## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606268.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606268.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606268.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:14:14 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 249 116 143 21 3080500 383.508744 398.355782 20001519 FR 85 155 207 249 287 367 1281 2613 5375 9701 33405 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 1 23 5 24 14 25 13 26 12 27 22 28 17 29 43 30 66 31 384 32 442 33 420 34 409 35 438 36 435 37 408 38 440 39 419 40 415 41 432 42 445 43 414 44 436 45 464 46 479 47 370 48 423 49 408 50 433 51 409 52 511 53 534 54 546 55 648 56 670 57 759 58 918 59 1042 60 1173 61 1381 62 1663 63 1925 64 2049 65 2489 66 2908 67 3512 68 4040 69 4870 70 6012 71 7162 72 8237 73 9554 74 10727 75 12136 76 13774 77 15732 78 17859 79 20250 80 22971 81 25625 82 28440 83 31518 84 33926 85 36672 86 39163 87 42098 88 45067 89 48420 90 52102 91 56143 92 60249 93 63541 94 66285 95 68624 96 71375 97 73201 98 76113 99 78825 100 81757 101 84886 102 86962 103 89019 104 90891 105 92093 106 93233 107 93939 108 94988 109 96301 110 96812 111 97979 112 99387 113 100441 114 100317 115 100626 116 100629 117 100049 118 99528 119 99406 120 99238 121 98739 122 98691 123 98846 124 98621 125 97551 126 96647 127 95901 128 94862 129 94740 130 93255 131 92895 132 92176 133 91690 134 90218 135 89526 136 88077 137 87452 138 85637 139 85120 140 83612 141 83206 142 83723 143 81584 144 81074 145 79333 146 78850 147 77504 148 76792 149 74894 150 74526 151 74451 152 72358 153 71918 154 71225 155 70569 156 68854 157 67567 158 66281 159 65861 160 64596 161 63383 162 63054 163 62477 164 61950 165 60605 166 59944 167 58636 168 57755 169 56995 170 56574 171 55901 172 55003 173 54217 174 54082 175 52777 176 52260 177 51733 178 50851 179 50016 180 49703 181 49135 182 48286 183 47858 184 47135 185 47017 186 46396 187 45361 188 44989 189 44528 190 44119 191 43415 192 42833 193 42311 194 42322 195 41863 196 41406 197 41137 198 40195 199 39763 200 39247 201 38756 202 37918 203 38126 204 37907 205 37518 206 37068 207 36546 208 36357 209 35857 210 34795 211 35084 212 34323 213 34376 214 33805 215 34025 216 33196 217 32834 218 32663 219 32179 220 31612 221 31471 222 30800 223 30962 224 30592 225 29912 226 30019 227 29636 228 29318 229 28839 230 28514 231 27829 232 28163 233 27536 234 27368 235 27123 236 26855 237 26804 238 26496 239 26088 240 25538 241 25141 242 25424 243 24917 244 24441 245 24409 246 23767 247 23878 248 23632 249 23300 250 23098 251 22681 252 22474 253 22016 254 22206 255 21731 256 21247 257 21271 258 20932 259 20743 260 20666 261 20294 262 20018 263 19657 264 19445 265 19533 266 19257 267 19022 268 19072 269 18751 270 18467 271 18303 272 18370 273 17789 274 17519 275 17432 276 17177 277 17051 278 17041 279 16731 280 16617 281 16388 282 16255 283 16004 284 15840 285 15673 286 15552 287 15695 288 15196 289 15081 290 15065 291 14697 292 14818 293 14833 294 14533 295 14330 296 14126 297 14115 298 13858 299 13653 300 13613 301 13739 302 13533 303 13021 304 13080 305 12929 306 12668 307 12697 308 12613 309 12578 310 12454 311 12409 312 12329 313 11741 314 11837 315 11735 316 11494 317 11437 318 11133 319 11120 320 11218 321 11075 322 11141 323 10856 324 10712 325 10872 326 10653 327 10637 328 10311 329 10382 330 10354 331 10294 332 10189 333 9969 334 9794 335 9721 336 9738 337 9746 338 9621 339 9486 340 9380 341 9192 342 9211 343 9309 344 9263 345 8984 346 8999 347 8966 348 8984 349 8683 350 8534 351 8594 352 8553 353 8387 354 8533 355 8403 356 8298 357 8134 358 8199 359 8092 360 7992 361 8084 362 7802 363 7872 364 8027 365 7747 366 7783 367 7609 368 7620 369 7589 370 7693 371 7590 372 7348 373 7421 374 7347 375 7256 376 7286 377 7289 378 7293 379 7121 380 7339 381 7259 382 6919 383 7088 384 6920 385 6975 386 6873 387 6924 388 6733 389 6923 390 6880 391 6878 392 6735 393 6781 394 6448 395 6790 396 6674 397 6590 398 6585 399 6490 400 6488 401 6472 402 6402 403 6544 404 6420 405 6398 406 6396 407 6400 408 6402 409 6327 410 6259 411 6168 412 6207 413 6177 414 5978 415 6046 416 6025 417 6096 418 6073 419 6038 420 6056 421 6021 422 5987 423 5920 424 5872 425 5831 426 6035 427 5791 428 5938 429 5729 430 5774 431 5692 432 5708 433 5603 434 5702 435 5628 436 5555 437 5614 438 5500 439 5543 440 5485 441 5551 442 5482 443 5468 444 5393 445 5489 446 5477 447 5409 448 5362 449 5368 450 5353 451 5319 452 5399 453 5320 454 5431 455 5251 456 5311 457 5230 458 5172 459 5218 460 5097 461 5087 462 5068 463 5072 464 4996 465 5031 466 5134 467 4992 468 5081 469 4981 470 5042 471 4952 472 4957 473 5003 474 5059 475 4879 476 4953 477 4989 478 4818 479 4969 480 4884 481 4957 482 4906 483 4877 484 5036 485 4930 486 4912 487 4830 488 4895 489 4852 490 4851 491 4756 492 4792 493 4852 494 4795 495 4836 496 4826 497 4817 498 4871 499 4689 500 4836 501 4886 502 4802 503 4807 504 4685 505 4737 506 4693 507 4651 508 4694 509 4705 510 4701 511 4714 512 4589 513 4545 514 4703 515 4754 516 4632 517 4615 518 4547 519 4636 520 4588 521 4605 522 4564 523 4655 524 4725 525 4600 526 4546 527 4590 528 4555 529 4595 530 4614 531 4597 532 4583 533 4558 534 4580 535 4379 536 4517 537 4505 538 4574 539 4597 540 4508 541 4558 542 4591 543 4604 544 4498 545 4686 546 4597 547 4624 548 4653 549 4608 550 4692 551 4567 552 4576 553 4521 554 4556 555 4597 556 4628 557 4615 558 4601 559 4498 560 4506 561 4487 562 4604 563 4390 564 4565 565 4633 566 4526 567 4635 568 4460 569 4511 570 4585 571 4441 572 4639 573 4395 574 4496 575 4446 576 4453 577 4645 578 4411 579 4435 580 4526 581 4500 582 4383 583 4394 584 4477 585 4491 586 4380 587 4466 588 4496 589 4406 590 4376 591 4371 592 4381 593 4366 594 4331 595 4297 596 4283 597 4343 598 4394 599 4440 600 4415 601 4331 602 4398 603 4283 604 4398 605 4283 606 4478 607 4372 608 4335 609 4422 610 4432 611 4419 612 4318 613 4558 614 4359 615 4355 616 4461 617 4274 618 4341 619 4342 620 4340 621 4476 622 4344 623 4387 624 4233 625 4320 626 4244 627 4328 628 4344 629 4215 630 4292 631 4285 632 4256 633 4293 634 4246 635 4241 636 4265 637 4220 638 4249 639 4218 640 4251 641 4277 642 4266 643 4289 644 4190 645 4181 646 4194 647 4124 648 4197 649 4152 650 4257 651 4169 652 4107 653 4188 654 4147 655 4082 656 4053 657 4163 658 4055 659 4183 660 4159 661 4123 662 4156 663 4080 664 4112 665 4160 666 4102 667 4182 668 4091 669 4158 670 3967 671 4134 672 4221 673 4054 674 4055 675 4102 676 4173 677 4160 678 4142 679 4149 680 4114 681 4042 682 3976 683 4039 684 4122 685 4115 686 4117 687 4210 688 4167 689 4008 690 3981 691 4106 692 4114 693 4158 694 4156 695 4008 696 4096 697 4072 698 4137 699 4126 700 4128 701 4052 702 4160 703 4047 704 4126 705 4092 706 3948 707 4132 708 4163 709 4106 710 4094 711 4143 712 4138 713 4115 714 4092 715 4205 716 4059 717 4109 718 4123 719 4182 720 4082 721 4215 722 4156 723 4204 724 4143 725 4144 726 4105 727 4160 728 4196 729 4046 730 4243 731 4013 732 4218 733 4072 734 4140 735 4183 736 4064 737 4095 738 4026 739 4099 740 4124 741 4122 742 4164 743 4071 744 4315 745 4109 746 4123 747 4168 748 4160 749 4132 750 4063 751 4091 752 4113 753 4161 754 4007 755 4065 756 4045 757 4075 758 4076 759 4212 760 4112 761 4088 762 3929 763 4057 764 4202 765 4133 766 4123 767 4057 768 4022 769 4137 770 4027 771 3936 772 4180 773 4050 774 4073 775 4036 776 4032 777 3994 778 4076 779 3929 780 4075 781 4043 782 3970 783 4078 784 4029 785 3987 786 3968 787 3981 788 4022 789 4057 790 3872 791 3896 792 3850 793 3997 794 3960 795 3901 796 3891 797 3999 798 3921 799 3831 800 3868 801 3880 802 3843 803 3912 804 3932 805 3917 806 3921 807 3950 808 3946 809 3996 810 3825 811 3847 812 3934 813 3869 814 3842 815 3806 816 3880 817 3834 818 3824 819 3944 820 3840 821 3774 822 3821 823 3876 824 3825 825 3769 826 3850 827 3776 828 3773 829 3703 830 3780 831 3864 832 3811 833 3825 834 3859 835 3800 836 3763 837 3918 838 3820 839 3765 840 3839 841 3782 842 3832 843 3806 844 3704 845 3813 846 3886 847 3717 848 3776 849 3712 850 3760 851 3772 852 3788 853 3808 854 3893 855 3835 856 3784 857 3802 858 3874 859 3718 860 3713 861 3803 862 3805 863 3806 864 3785 865 3752 866 3849 867 3773 868 3702 869 3905 870 3840 871 3686 872 3840 873 3719 874 3743 875 3820 876 3707 877 3831 878 3669 879 3675 880 3755 881 3649 882 3751 883 3553 884 3706 885 3656 886 3775 887 3793 888 3771 889 3737 890 3712 891 3758 892 3695 893 3634 894 3623 895 3737 896 3676 897 3743 898 3657 899 3621 900 3751 901 3579 902 3614 903 3660 904 3767 905 3560 906 3641 907 3662 908 3566 909 3628 910 3743 911 3586 912 3670 913 3599 914 3601 915 3629 916 3663 917 3575 918 3434 919 3569 920 3590 921 3619 922 3605 923 3573 924 3541 925 3503 926 3553 927 3563 928 3410 929 3478 930 3476 931 3608 932 3388 933 3588 934 3465 935 3501 936 3537 937 3588 938 3526 939 3481 940 3490 941 3522 942 3508 943 3505 944 3494 945 3511 946 3417 947 3452 948 3500 949 3374 950 3369 951 3413 952 3523 953 3519 954 3440 955 3471 956 3438 957 3424 958 3453 959 3354 960 3430 961 3414 962 3367 963 3385 964 3472 965 3416 966 3442 967 3441 968 3375 969 3460 970 3438 971 3389 972 3340 973 3423 974 3366 975 3273 976 3430 977 3369 978 3351 979 3326 980 3170 981 3371 982 3350 983 3363 984 3386 985 3312 986 3319 987 3286 988 3294 989 3133 990 3276 991 3295 992 3316 993 3371 994 3315 995 3312 996 3366 997 3250 998 3244 999 3231 1000 3283 1001 3265 1002 3257 1003 3240 1004 3227 1005 3300 1006 3292 1007 3216 1008 3221 1009 3223 1010 3279 1011 3211 1012 3265 1013 3218 1014 3215 1015 3229 1016 3264 1017 3251 1018 3180 1019 3236 1020 3242 1021 3166 1022 3230 1023 3287 1024 3243 1025 3287 1026 3218 1027 3267 1028 3159 1029 3270 1030 3203 1031 3151 1032 3173 1033 3247 1034 3240 1035 3246 1036 3279 1037 3146 1038 3382 1039 3138 1040 3129 1041 3352 1042 3176 1043 3179 1044 3264 1045 3227 1046 3219 1047 3276 1048 3179 1049 3209 1050 3290 1051 3365 1052 3354 1053 3355 1054 3335 1055 3351 1056 3289 1057 3307 1058 3362 1059 3362 1060 3338 1061 3411 1062 3307 1063 3439 1064 3344 1065 3342 1066 3379 1067 3410 1068 3427 1069 3349 1070 3390 1071 3448 1072 3405 1073 3345 1074 3437 1075 3417 1076 3483 1077 3393 1078 3419 1079 3418 1080 3334 1081 3487 1082 3477 1083 3453 1084 3368 1085 3459 1086 3407 1087 3423 1088 3404 1089 3411 1090 3403 1091 3431 1092 3392 1093 3419 1094 3501 1095 3508 1096 3464 1097 3408 1098 3505 1099 3452 1100 3467 1101 3471 1102 3387 1103 3458 1104 3365 1105 3470 1106 3464 1107 3483 1108 3328 1109 3419 1110 3366 1111 3387 1112 3351 1113 3368 1114 3474 1115 3390 1116 3350 1117 3422 1118 3332 1119 3449 1120 3450 1121 3430 1122 3392 1123 3423 1124 3341 1125 3328 1126 3245 1127 3387 1128 3326 1129 3276 1130 3345 1131 3368 1132 3364 1133 3393 1134 3245 1135 3290 1136 3290 1137 3320 1138 3288 1139 3342 1140 3381 1141 3265 1142 3317 1143 3301 1144 3249 1145 3215 1146 3287 1147 3242 1148 3234 1149 3234 1150 3202 1151 3243 1152 3203 1153 3226 1154 3150 1155 3228 1156 3178 1157 3219 1158 3186 1159 3229 1160 3157 1161 3156 1162 3139 1163 3084 1164 3163 1165 3106 1166 3149 1167 3196 1168 3219 1169 3122 1170 3218 1171 3163 1172 3156 1173 3206 1174 3070 1175 3148 1176 3164 1177 3100 1178 3156 1179 3100 1180 3148 1181 3061 1182 3126 1183 3019 1184 3075 1185 2938 1186 3025 1187 3061 1188 3051 1189 3033 1190 2970 1191 3085 1192 3018 1193 2934 1194 3025 1195 3042 1196 3006 1197 3013 1198 3010 1199 3036 1200 3014 1201 3014 1202 2952 1203 2934 1204 2995 1205 3023 1206 2991 1207 2863 1208 2944 1209 2975 1210 2994 1211 2947 1212 2915 1213 2987 1214 3036 1215 3000 1216 3014 1217 2987 1218 2979 1219 2908 1220 2981 1221 2972 1222 2974 1223 2977 1224 2939 1225 2927 1226 3015 1227 2954 1228 3003 1229 3038 1230 3001 1231 2999 1232 2937 1233 2935 1234 2958 1235 3021 1236 3005 1237 2892 1238 2957 1239 2911 1240 2998 1241 2927 1242 2949 1243 2915 1244 2911 1245 2937 1246 2902 1247 2896 1248 2853 1249 2879 1250 2961 1251 2935 1252 2995 1253 2851 1254 2871 1255 3012 1256 2881 1257 2984 1258 2904 1259 2900 1260 2850 1261 2824 1262 2835 1263 2827 1264 2939 1265 2812 1266 2786 1267 2932 1268 2886 1269 3025 1270 2920 1271 2970 1272 2893 1273 3031 1274 2888 1275 2908 1276 2852 1277 2737 1278 2804 1279 2915 1280 2940 1281 2907 1282 2910 1283 2819 1284 2858 1285 2798 1286 2793 1287 2817 1288 2860 1289 2964 1290 2837 1291 2883 1292 2855 1293 2781 1294 2827 1295 2885 1296 2766 1297 2781 1298 2762 1299 2812 1300 2864 1301 2793 1302 2967 1303 2765 1304 2864 1305 2896 1306 2810 1307 2814 1308 2778 1309 2803 1310 2819 1311 2794 1312 2875 1313 2812 1314 2879 1315 2777 1316 2875 1317 2777 1318 2856 1319 2874 1320 2783 1321 2859 1322 2889 1323 2790 1324 2816 1325 2848 1326 2867 1327 2934 1328 2766 1329 2851 1330 2873 1331 2896 1332 2950 1333 2782 1334 2901 1335 2825 1336 2951 1337 2871 1338 2821 1339 2816 1340 2830 1341 2853 1342 2848 1343 2881 1344 2752 1345 2801 1346 2820 1347 2793 1348 2844 1349 2822 1350 2859 1351 2800 1352 2806 1353 2713 1354 2769 1355 2730 1356 2809 1357 2763 1358 2763 1359 2836 1360 2852 1361 2771 1362 2765 1363 2776 1364 2649 1365 2815 1366 2748 1367 2704 1368 2695 1369 2670 1370 2737 1371 2775 1372 2731 1373 2717 1374 2665 1375 2692 1376 2657 1377 2762 1378 2700 1379 2610 1380 2714 1381 2670 1382 2730 1383 2735 1384 2687 1385 2654 1386 2762 1387 2644 1388 2730 1389 2592 1390 2724 1391 2571 1392 2693 1393 2548 1394 2598 1395 2636 1396 2621 1397 2605 1398 2652 1399 2625 1400 2657 1401 2612 1402 2498 1403 2633 1404 2624 1405 2545 1406 2578 1407 2612 1408 2645 1409 2626 1410 2636 1411 2610 1412 2622 1413 2664 1414 2628 1415 2540 1416 2582 1417 2755 1418 2634 1419 2629 1420 2621 1421 2599 1422 2550 1423 2652 1424 2592 1425 2563 1426 2571 1427 2644 1428 2705 1429 2683 1430 2646 1431 2590 1432 2585 1433 2644 1434 2536 1435 2534 1436 2605 1437 2604 1438 2458 1439 2607 1440 2551 1441 2478 1442 2540 1443 2642 1444 2515 1445 2585 1446 2514 1447 2582 1448 2586 1449 2409 1450 2517 1451 2562 1452 2515 1453 2548 1454 2608 1455 2492 1456 2444 1457 2623 1458 2553 1459 2489 1460 2603 1461 2555 1462 2577 1463 2483 1464 2528 1465 2501 1466 2531 1467 2571 1468 2457 1469 2562 1470 2616 1471 2546 1472 2531 1473 2492 1474 2488 1475 2512 1476 2509 1477 2486 1478 2523 1479 2476 1480 2541 1481 2500 1482 2476 1483 2530 1484 2476 1485 2518 1486 2489 1487 2556 1488 2512 1489 2430 1490 2421 1491 2435 1492 2526 1493 2501 1494 2491 1495 2517 1496 2487 1497 2512 1498 2531 1499 2467 1500 2403 1501 2515 1502 2502 1503 2463 1504 2511 1505 2473 1506 2461 1507 2455 1508 2485 1509 2428 1510 2393 1511 2458 1512 2339 1513 2477 1514 2411 1515 2370 1516 2385 1517 2329 1518 2423 1519 2465 1520 2404 1521 2513 1522 2555 1523 2400 1524 2424 1525 2487 1526 2497 1527 2485 1528 2473 1529 2388 1530 2484 1531 2432 1532 2458 1533 2443 1534 2377 1535 2308 1536 2398 1537 2480 1538 2449 1539 2360 1540 2357 1541 2421 1542 2412 1543 2398 1544 2359 1545 2328 1546 2407 1547 2276 1548 2372 1549 2408 1550 2411 1551 2310 1552 2398 1553 2335 1554 2259 1555 2302 1556 2335 1557 2351 1558 2312 1559 2321 1560 2389 1561 2363 1562 2399 1563 2353 1564 2315 1565 2401 1566 2345 1567 2330 1568 2294 1569 2252 1570 2264 1571 2218 1572 2389 1573 2301 1574 2299 1575 2309 1576 2336 1577 2292 1578 2186 1579 2270 1580 2241 1581 2289 1582 2282 1583 2284 1584 2280 1585 2223 1586 2194 1587 2314 1588 2289 1589 2207 1590 2177 1591 2268 1592 2294 1593 2194 1594 2329 1595 2227 1596 2172 1597 2171 1598 2219 1599 2288 1600 2182 1601 2186 1602 2169 1603 2216 1604 2234 1605 2181 1606 2153 1607 2181 1608 2158 1609 2240 1610 2180 1611 2177 1612 2203 1613 2159 1614 2219 1615 2207 1616 2122 1617 2247 1618 2311 1619 2187 1620 2190 1621 2260 1622 2120 1623 2207 1624 2193 1625 2277 1626 2199 1627 2165 1628 2275 1629 2123 1630 2198 1631 2191 1632 2105 1633 2152 1634 2204 1635 2196 1636 2179 1637 2173 1638 2170 1639 2161 1640 2255 1641 2108 1642 2219 1643 2167 1644 2164 1645 2210 1646 2151 1647 2186 1648 2224 1649 2114 1650 2190 1651 2100 1652 2244 1653 2228 1654 2269 1655 2247 1656 2141 1657 2189 1658 2118 1659 2044 1660 2220 1661 2158 1662 2221 1663 2184 1664 2208 1665 2205 1666 2096 1667 2173 1668 2173 1669 2090 1670 2076 1671 2165 1672 2159 1673 2185 1674 2271 1675 2149 1676 2063 1677 2157 1678 2163 1679 2098