## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606267.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606267.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606267.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:06:57 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 246 115 139 21 1709383 373.358459 385.395039 20809308 FR 81 149 201 241 279 355 1269 2617 5405 9783 33537 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 3 22 6 23 5 24 8 25 13 26 16 27 22 28 44 29 34 30 41 31 400 32 433 33 415 34 390 35 355 36 342 37 388 38 402 39 364 40 418 41 354 42 423 43 394 44 418 45 407 46 435 47 372 48 388 49 397 50 421 51 432 52 473 53 477 54 565 55 571 56 677 57 796 58 847 59 989 60 1148 61 1313 62 1644 63 1837 64 2061 65 2446 66 2946 67 3515 68 4180 69 5008 70 6044 71 7037 72 8229 73 9643 74 10910 75 12263 76 14067 77 15925 78 17897 79 20579 80 23145 81 25976 82 28966 83 32339 84 34560 85 37376 86 40026 87 42699 88 46374 89 49842 90 52988 91 57213 92 61274 93 64165 94 67267 95 69573 96 72294 97 74853 98 77928 99 80179 100 83413 101 86425 102 88846 103 91641 104 93596 105 94879 106 95533 107 96226 108 97872 109 98532 110 100189 111 101127 112 102790 113 103981 114 103922 115 104323 116 103874 117 103774 118 103480 119 103436 120 103554 121 103728 122 103146 123 103513 124 102763 125 102201 126 101008 127 100266 128 99296 129 98906 130 97957 131 97562 132 96823 133 96568 134 95543 135 95008 136 94276 137 92481 138 90967 139 90012 140 89079 141 88376 142 87956 143 86670 144 85633 145 84848 146 83292 147 82162 148 80676 149 79212 150 78615 151 77934 152 76575 153 76206 154 74790 155 74531 156 72662 157 71594 158 71092 159 69762 160 68834 161 67987 162 66929 163 66333 164 66065 165 64641 166 63866 167 61822 168 61672 169 60495 170 59653 171 58622 172 58745 173 57892 174 56727 175 56368 176 55619 177 54353 178 54150 179 53110 180 52111 181 51783 182 51164 183 50659 184 50545 185 49613 186 48871 187 48185 188 47292 189 46815 190 46570 191 46046 192 45164 193 44674 194 44560 195 44245 196 43896 197 43140 198 42181 199 41906 200 40827 201 40909 202 40664 203 39896 204 39827 205 39636 206 38791 207 38420 208 37860 209 37712 210 37019 211 36853 212 35937 213 35934 214 35620 215 35546 216 35027 217 34446 218 34425 219 33482 220 33112 221 32979 222 32576 223 31936 224 32162 225 31848 226 31500 227 31168 228 30812 229 30581 230 30030 231 29475 232 29204 233 29370 234 28672 235 28344 236 28236 237 27840 238 27727 239 27651 240 27040 241 26714 242 26607 243 26198 244 25778 245 25332 246 25079 247 24995 248 25059 249 24500 250 24371 251 23915 252 23572 253 23438 254 23204 255 22714 256 22546 257 22541 258 22336 259 21723 260 21460 261 21648 262 21004 263 20797 264 20722 265 20281 266 20347 267 20301 268 19835 269 19857 270 19557 271 19412 272 18919 273 18559 274 18661 275 18289 276 18203 277 17923 278 17780 279 17470 280 17541 281 17371 282 17170 283 16925 284 16736 285 16466 286 16261 287 16001 288 16007 289 15727 290 15512 291 15726 292 15518 293 15054 294 15155 295 14965 296 14830 297 14572 298 14295 299 14408 300 14160 301 14250 302 14176 303 13878 304 13634 305 13415 306 13596 307 13159 308 13336 309 13309 310 12928 311 12935 312 12704 313 12492 314 12268 315 12364 316 12080 317 12211 318 11975 319 11847 320 11711 321 11534 322 11552 323 11503 324 11282 325 11328 326 11115 327 10952 328 10964 329 10841 330 10563 331 10583 332 10684 333 10445 334 10336 335 10216 336 9999 337 10027 338 10003 339 9916 340 9735 341 9537 342 9859 343 9473 344 9562 345 9481 346 9376 347 9284 348 9118 349 9148 350 8988 351 8946 352 8982 353 8853 354 8764 355 8813 356 8492 357 8539 358 8624 359 8585 360 8281 361 8315 362 8342 363 8178 364 8055 365 8276 366 8100 367 8060 368 7861 369 7859 370 7846 371 7951 372 7821 373 7897 374 7739 375 7542 376 7612 377 7402 378 7604 379 7613 380 7553 381 7416 382 7188 383 7334 384 7249 385 7254 386 7184 387 7056 388 7181 389 7047 390 6976 391 6930 392 6991 393 6985 394 6881 395 6946 396 6870 397 6813 398 6821 399 6806 400 6850 401 6779 402 6730 403 6777 404 6613 405 6537 406 6553 407 6569 408 6494 409 6537 410 6505 411 6312 412 6390 413 6451 414 6243 415 6311 416 6374 417 6216 418 6193 419 6141 420 6153 421 6262 422 6098 423 6089 424 6128 425 5989 426 6079 427 6133 428 5925 429 5848 430 5879 431 5901 432 5843 433 5939 434 5785 435 5787 436 5763 437 5710 438 5607 439 5677 440 5733 441 5558 442 5669 443 5610 444 5639 445 5536 446 5577 447 5568 448 5526 449 5594 450 5579 451 5562 452 5395 453 5582 454 5385 455 5368 456 5328 457 5281 458 5262 459 5235 460 5260 461 5137 462 5311 463 5428 464 5203 465 5301 466 5139 467 5155 468 5202 469 5172 470 5104 471 5211 472 5152 473 5229 474 5197 475 5181 476 5185 477 5011 478 5186 479 5089 480 5109 481 5206 482 5086 483 4970 484 4978 485 5046 486 5021 487 4929 488 4884 489 5002 490 5110 491 5013 492 4907 493 4990 494 4938 495 4983 496 4974 497 4905 498 4922 499 4862 500 4954 501 5044 502 4854 503 4915 504 4902 505 4813 506 4716 507 4847 508 4854 509 4840 510 4795 511 4753 512 4806 513 4671 514 4810 515 4823 516 4879 517 4833 518 4706 519 4660 520 4773 521 4660 522 4554 523 4629 524 4808 525 4714 526 4695 527 4801 528 4785 529 4675 530 4766 531 4662 532 4637 533 4690 534 4693 535 4755 536 4707 537 4677 538 4636 539 4811 540 4802 541 4675 542 4698 543 4600 544 4615 545 4637 546 4678 547 4628 548 4642 549 4652 550 4642 551 4634 552 4723 553 4775 554 4651 555 4745 556 4642 557 4696 558 4661 559 4707 560 4674 561 4770 562 4563 563 4609 564 4599 565 4693 566 4544 567 4585 568 4489 569 4559 570 4486 571 4645 572 4655 573 4509 574 4584 575 4510 576 4582 577 4749 578 4557 579 4431 580 4589 581 4530 582 4505 583 4612 584 4486 585 4568 586 4474 587 4475 588 4497 589 4509 590 4575 591 4448 592 4628 593 4425 594 4364 595 4542 596 4392 597 4432 598 4537 599 4585 600 4493 601 4333 602 4397 603 4471 604 4428 605 4444 606 4541 607 4463 608 4635 609 4383 610 4488 611 4412 612 4495 613 4488 614 4344 615 4390 616 4437 617 4396 618 4414 619 4445 620 4467 621 4580 622 4319 623 4412 624 4416 625 4408 626 4258 627 4368 628 4473 629 4396 630 4463 631 4355 632 4310 633 4477 634 4313 635 4420 636 4318 637 4249 638 4334 639 4347 640 4188 641 4298 642 4168 643 4299 644 4235 645 4254 646 4305 647 4335 648 4276 649 4211 650 4233 651 4262 652 4307 653 4294 654 4323 655 4187 656 4206 657 4215 658 4220 659 4182 660 4124 661 4326 662 4326 663 4102 664 4188 665 4180 666 4182 667 4206 668 4212 669 4145 670 4244 671 4210 672 4216 673 4344 674 4092 675 4278 676 4200 677 4095 678 4306 679 4178 680 4243 681 4121 682 4167 683 4069 684 4127 685 4128 686 4150 687 4276 688 4213 689 4041 690 4158 691 4068 692 4217 693 4257 694 4145 695 4279 696 4148 697 4226 698 4246 699 4175 700 4123 701 4128 702 4219 703 4257 704 4245 705 4174 706 4173 707 4227 708 4272 709 4197 710 4230 711 4285 712 4177 713 4267 714 4100 715 4273 716 4247 717 4290 718 4186 719 4162 720 4209 721 4243 722 4336 723 4223 724 4263 725 4296 726 4229 727 4174 728 4230 729 4330 730 4151 731 4171 732 4288 733 4162 734 4214 735 4253 736 4257 737 4115 738 4149 739 4200 740 4167 741 4288 742 4229 743 4273 744 4214 745 4235 746 4169 747 4210 748 4127 749 4162 750 4241 751 4235 752 4317 753 4273 754 4234 755 4092 756 4237 757 4199 758 4224 759 4235 760 4155 761 4241 762 4226 763 4174 764 4186 765 4225 766 4107 767 4086 768 4078 769 4203 770 4082 771 4239 772 4192 773 4167 774 4216 775 4210 776 4269 777 4085 778 4062 779 4209 780 4147 781 4126 782 4206 783 4134 784 4099 785 4077 786 4083 787 4091 788 4048 789 4151 790 4154 791 4176 792 4032 793 3855 794 3909 795 4011 796 3951 797 3945 798 4041 799 4081 800 4035 801 4067 802 4045 803 4053 804 4110 805 3946 806 3881 807 4005 808 4062 809 4105 810 3863 811 3963 812 3996 813 4056 814 3950 815 3971 816 3939 817 3980 818 3874 819 3961 820 3947 821 3907 822 3921 823 3909 824 3923 825 3944 826 3990 827 3967 828 3911 829 3928 830 3882 831 3953 832 3894 833 3873 834 3930 835 3799 836 3903 837 3946 838 3902 839 3965 840 3991 841 3809 842 3870 843 3864 844 3942 845 3893 846 3845 847 3787 848 3925 849 3983 850 3999 851 3937 852 3880 853 3890 854 3847 855 3843 856 3948 857 3945 858 3915 859 3958 860 3839 861 3963 862 3846 863 3891 864 3874 865 3921 866 3880 867 3850 868 3882 869 3895 870 3792 871 3915 872 3853 873 3818 874 3954 875 3796 876 3917 877 3910 878 3794 879 3855 880 3756 881 3778 882 3843 883 3933 884 3896 885 3884 886 3936 887 3950 888 3886 889 3786 890 3760 891 3702 892 3679 893 3797 894 3757 895 3800 896 3630 897 3795 898 3811 899 3726 900 3840 901 3817 902 3635 903 3790 904 3677 905 3718 906 3713 907 3802 908 3730 909 3756 910 3825 911 3768 912 3725 913 3800 914 3697 915 3621 916 3732 917 3657 918 3637 919 3691 920 3717 921 3631 922 3742 923 3647 924 3629 925 3637 926 3738 927 3640 928 3632 929 3577 930 3572 931 3668 932 3637 933 3591 934 3576 935 3603 936 3602 937 3589 938 3609 939 3583 940 3666 941 3555 942 3651 943 3503 944 3556 945 3629 946 3517 947 3587 948 3563 949 3525 950 3644 951 3542 952 3551 953 3512 954 3463 955 3530 956 3586 957 3543 958 3584 959 3583 960 3514 961 3509 962 3393 963 3440 964 3550 965 3499 966 3559 967 3454 968 3439 969 3323 970 3405 971 3515 972 3449 973 3484 974 3473 975 3451 976 3440 977 3456 978 3517 979 3500 980 3398 981 3341 982 3377 983 3346 984 3405 985 3386 986 3363 987 3304 988 3431 989 3350 990 3373 991 3328 992 3330 993 3353 994 3290 995 3267 996 3423 997 3407 998 3289 999 3415 1000 3369 1001 3319 1002 3363 1003 3365 1004 3414 1005 3368 1006 3264 1007 3329 1008 3331 1009 3276 1010 3269 1011 3420 1012 3323 1013 3361 1014 3306 1015 3206 1016 3426 1017 3313 1018 3325 1019 3321 1020 3244 1021 3311 1022 3253 1023 3333 1024 3274 1025 3279 1026 3265 1027 3258 1028 3333 1029 3249 1030 3250 1031 3314 1032 3253 1033 3248 1034 3387 1035 3341 1036 3250 1037 3306 1038 3379 1039 3326 1040 3299 1041 3293 1042 3204 1043 3323 1044 3272 1045 3315 1046 3199 1047 3284 1048 3319 1049 3314 1050 3420 1051 3345 1052 3377 1053 3455 1054 3388 1055 3417 1056 3301 1057 3380 1058 3374 1059 3418 1060 3412 1061 3430 1062 3443 1063 3454 1064 3419 1065 3491 1066 3474 1067 3438 1068 3419 1069 3470 1070 3367 1071 3478 1072 3505 1073 3450 1074 3365 1075 3405 1076 3425 1077 3467 1078 3529 1079 3491 1080 3556 1081 3488 1082 3448 1083 3553 1084 3538 1085 3537 1086 3557 1087 3494 1088 3462 1089 3458 1090 3589 1091 3493 1092 3495 1093 3488 1094 3556 1095 3533 1096 3540 1097 3474 1098 3445 1099 3568 1100 3486 1101 3567 1102 3420 1103 3460 1104 3402 1105 3483 1106 3449 1107 3497 1108 3537 1109 3432 1110 3466 1111 3353 1112 3406 1113 3425 1114 3491 1115 3449 1116 3499 1117 3459 1118 3425 1119 3401 1120 3429 1121 3348 1122 3447 1123 3540 1124 3369 1125 3418 1126 3464 1127 3426 1128 3469 1129 3361 1130 3384 1131 3416 1132 3426 1133 3441 1134 3426 1135 3437 1136 3389 1137 3340 1138 3468 1139 3338 1140 3429 1141 3389 1142 3443 1143 3444 1144 3351 1145 3267 1146 3336 1147 3313 1148 3376 1149 3374 1150 3289 1151 3355 1152 3347 1153 3332 1154 3272 1155 3296 1156 3347 1157 3211 1158 3322 1159 3301 1160 3232 1161 3221 1162 3250 1163 3169 1164 3182 1165 3203 1166 3258 1167 3283 1168 3239 1169 3154 1170 3151 1171 3241 1172 3257 1173 3163 1174 3288 1175 3204 1176 3104 1177 3250 1178 3118 1179 3167 1180 3139 1181 3147 1182 3283 1183 3133 1184 3170 1185 3044 1186 3180 1187 3134 1188 3118 1189 3111 1190 3155 1191 3124 1192 3160 1193 3065 1194 3027 1195 3123 1196 3086 1197 2976 1198 3134 1199 3131 1200 3088 1201 3029 1202 3058 1203 3071 1204 3044 1205 3040 1206 3007 1207 2979 1208 3038 1209 3033 1210 3119 1211 3071 1212 3079 1213 3047 1214 3034 1215 3048 1216 3103 1217 3062 1218 3048 1219 3037 1220 3107 1221 3142 1222 3085 1223 3001 1224 3115 1225 3142 1226 3062 1227 3006 1228 3003 1229 3046 1230 3093 1231 2994 1232 3018 1233 3007 1234 3057 1235 2999 1236 3067 1237 2915 1238 3002 1239 2957 1240 2996 1241 3008 1242 3026 1243 3055 1244 2942 1245 2997 1246 3010 1247 3010 1248 2909 1249 3015 1250 2965 1251 2955 1252 3053 1253 2970 1254 3060 1255 2947 1256 3099 1257 2910 1258 3025 1259 3051 1260 3007 1261 2941 1262 2905 1263 2954 1264 2995 1265 2984 1266 2910 1267 2870 1268 2949 1269 2899 1270 3005 1271 2960 1272 3031 1273 3098 1274 2977 1275 2965 1276 2965 1277 2814 1278 3034 1279 2962 1280 2912 1281 2935 1282 2952 1283 2945 1284 3013 1285 2933 1286 3026 1287 2927 1288 2770 1289 2980 1290 2813 1291 2879 1292 2803 1293 2943 1294 2986 1295 2896 1296 2890 1297 2877 1298 2959 1299 2884 1300 2893 1301 2842 1302 2869 1303 2898 1304 2921 1305 2832 1306 2827 1307 2879 1308 2918 1309 2863 1310 2898 1311 2887 1312 2851 1313 2815 1314 2827 1315 2907 1316 2818 1317 2896 1318 2825 1319 2856 1320 2949 1321 2893 1322 3014 1323 2841 1324 2852 1325 2827 1326 2891 1327 2919 1328 2988 1329 2907 1330 2812 1331 2936 1332 2942 1333 2950 1334 2821 1335 2841 1336 2933 1337 2966 1338 2894 1339 3027 1340 2932 1341 2873 1342 2874 1343 2930 1344 2930 1345 2896 1346 2883 1347 2932 1348 2856 1349 2869 1350 2841 1351 2849 1352 2890 1353 2792 1354 2869 1355 2784 1356 2806 1357 2842 1358 2833 1359 2914 1360 2872 1361 2790 1362 2742 1363 2807 1364 2748 1365 2767 1366 2787 1367 2820 1368 2852 1369 2801 1370 2753 1371 2724 1372 2773 1373 2830 1374 2727 1375 2857 1376 2819 1377 2729 1378 2848 1379 2741 1380 2803 1381 2771 1382 2784 1383 2735 1384 2740 1385 2780 1386 2745 1387 2648 1388 2694 1389 2685 1390 2737 1391 2718 1392 2734 1393 2697 1394 2680 1395 2720 1396 2730 1397 2665 1398 2663 1399 2621 1400 2674 1401 2733 1402 2709 1403 2700 1404 2667 1405 2635 1406 2683 1407 2693 1408 2639 1409 2664 1410 2713 1411 2595 1412 2728 1413 2792 1414 2625 1415 2680 1416 2695 1417 2630 1418 2768 1419 2840 1420 2679 1421 2677 1422 2678 1423 2701 1424 2647 1425 2587 1426 2691 1427 2761 1428 2839 1429 2673 1430 2711 1431 2674 1432 2773 1433 2654 1434 2722 1435 2659 1436 2619 1437 2656 1438 2646 1439 2699 1440 2727 1441 2600 1442 2588 1443 2577 1444 2606 1445 2671 1446 2640 1447 2613 1448 2580 1449 2620 1450 2628 1451 2598 1452 2610 1453 2625 1454 2675 1455 2652 1456 2620 1457 2550 1458 2701 1459 2572 1460 2602 1461 2639 1462 2554 1463 2634 1464 2575 1465 2482 1466 2520 1467 2632 1468 2680 1469 2661 1470 2622 1471 2571 1472 2540 1473 2597 1474 2594 1475 2543 1476 2628 1477 2595 1478 2524 1479 2522 1480 2649 1481 2694 1482 2570 1483 2637 1484 2533 1485 2555 1486 2545 1487 2680 1488 2599 1489 2566 1490 2486 1491 2553 1492 2620 1493 2487 1494 2533 1495 2505 1496 2553 1497 2578 1498 2569 1499 2559 1500 2494 1501 2595 1502 2541 1503 2635 1504 2570 1505 2543 1506 2498 1507 2543 1508 2474 1509 2555 1510 2531 1511 2521 1512 2492 1513 2433 1514 2477 1515 2529 1516 2492 1517 2568 1518 2499 1519 2382 1520 2449 1521 2503 1522 2462 1523 2484 1524 2483 1525 2434 1526 2428 1527 2438 1528 2539 1529 2461 1530 2447 1531 2488 1532 2489 1533 2503 1534 2403 1535 2463 1536 2418 1537 2419 1538 2582 1539 2469 1540 2497 1541 2524 1542 2485 1543 2464 1544 2422 1545 2438 1546 2358 1547 2438 1548 2345 1549 2371 1550 2542 1551 2442 1552 2457 1553 2479 1554 2453 1555 2340 1556 2460 1557 2358 1558 2386 1559 2342 1560 2444 1561 2382 1562 2393 1563 2331 1564 2339 1565 2428 1566 2341 1567 2389 1568 2423 1569 2393 1570 2390 1571 2345 1572 2420 1573 2400 1574 2295 1575 2381 1576 2326 1577 2247 1578 2303 1579 2308 1580 2308 1581 2385 1582 2411 1583 2293 1584 2377 1585 2334 1586 2299 1587 2266 1588 2251 1589 2241 1590 2343 1591 2335 1592 2222 1593 2326 1594 2196 1595 2361 1596 2290 1597 2295 1598 2277 1599 2270 1600 2295 1601 2194 1602 2244 1603 2267 1604 2286 1605 2241 1606 2289 1607 2291 1608 2282 1609 2222 1610 2310 1611 2260 1612 2286 1613 2268 1614 2242 1615 2244 1616 2156 1617 2318 1618 2315 1619 2315 1620 2211 1621 2289 1622 2253 1623 2252 1624 2327 1625 2256 1626 2382 1627 2263 1628 2297 1629 2219 1630 2160 1631 2297 1632 2234 1633 2218 1634 2259 1635 2257 1636 2202