## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606266.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606266.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606266.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:37:45 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 249 135 127 20 2596025 350.920418 340.603515 12062856 FR 65 123 171 213 255 315 1141 2551 5553 10493 37721 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 1 22 4 23 3 24 6 25 7 26 8 27 18 28 19 29 19 30 44 31 279 32 272 33 224 34 253 35 224 36 276 37 258 38 251 39 254 40 250 41 260 42 245 43 247 44 270 45 259 46 273 47 262 48 228 49 242 50 231 51 235 52 295 53 249 54 258 55 298 56 293 57 299 58 314 59 358 60 388 61 414 62 467 63 481 64 503 65 563 66 650 67 708 68 781 69 899 70 1124 71 1181 72 1409 73 1684 74 1825 75 2213 76 2546 77 2946 78 3338 79 3963 80 4444 81 5208 82 5933 83 6658 84 7476 85 8192 86 9061 87 10029 88 11029 89 12441 90 13623 91 15083 92 16431 93 18043 94 19267 95 20582 96 21931 97 23122 98 24343 99 26090 100 27644 101 29666 102 31091 103 32435 104 33952 105 34841 106 36236 107 36753 108 38098 109 38704 110 40775 111 41593 112 43249 113 44590 114 45232 115 46082 116 46371 117 46859 118 48080 119 48288 120 48935 121 49836 122 50699 123 51022 124 51836 125 52333 126 52465 127 52299 128 52633 129 52591 130 52818 131 53281 132 54179 133 53892 134 54114 135 54379 136 54239 137 53920 138 53725 139 53579 140 53539 141 53645 142 53557 143 53468 144 53336 145 53200 146 53062 147 52878 148 52213 149 51776 150 51465 151 51416 152 51279 153 51090 154 50824 155 50754 156 50381 157 49458 158 48891 159 48869 160 48061 161 47574 162 47572 163 47328 164 47117 165 46873 166 45833 167 45282 168 45085 169 44230 170 44175 171 43606 172 43379 173 42597 174 42576 175 42214 176 41411 177 40897 178 41050 179 40185 180 39641 181 39357 182 39329 183 38543 184 38285 185 38155 186 37553 187 37291 188 36476 189 36158 190 35483 191 35437 192 35006 193 34622 194 34339 195 33962 196 33844 197 33280 198 32603 199 32297 200 31934 201 31297 202 31373 203 31010 204 30961 205 30670 206 30207 207 29608 208 29440 209 29046 210 28634 211 28133 212 28169 213 27769 214 27428 215 27376 216 27089 217 26887 218 26408 219 25991 220 25648 221 25298 222 24421 223 24576 224 24383 225 24441 226 24161 227 23659 228 23739 229 23235 230 22775 231 22623 232 22231 233 21930 234 21925 235 21390 236 21206 237 21454 238 20720 239 20487 240 20305 241 19902 242 19673 243 19847 244 19446 245 19439 246 19266 247 18869 248 18762 249 18453 250 17868 251 17792 252 17578 253 17538 254 17236 255 17007 256 16813 257 16759 258 16631 259 16419 260 16036 261 15881 262 15610 263 15480 264 15543 265 15084 266 15017 267 14857 268 14787 269 14723 270 14431 271 14298 272 13883 273 13921 274 13626 275 13395 276 13398 277 13340 278 13252 279 12968 280 12687 281 12807 282 12505 283 12481 284 12137 285 11946 286 11858 287 11695 288 11580 289 11455 290 11652 291 11298 292 11144 293 10994 294 10843 295 10651 296 10567 297 10413 298 10215 299 10191 300 9934 301 10000 302 9893 303 9697 304 9593 305 9570 306 9533 307 9268 308 9261 309 9125 310 9023 311 9031 312 8891 313 8778 314 8700 315 8450 316 8503 317 8438 318 8264 319 8175 320 8031 321 8116 322 8106 323 7844 324 7775 325 7723 326 7449 327 7427 328 7386 329 7376 330 7223 331 7319 332 7058 333 7062 334 6985 335 6778 336 6744 337 6902 338 6770 339 6730 340 6555 341 6462 342 6402 343 6457 344 6267 345 6305 346 6147 347 6219 348 6021 349 6134 350 5950 351 5895 352 5857 353 5843 354 5800 355 5727 356 5618 357 5580 358 5615 359 5599 360 5395 361 5436 362 5414 363 5295 364 5238 365 5333 366 5241 367 5178 368 5083 369 4941 370 5067 371 5029 372 5001 373 4966 374 4882 375 4750 376 4625 377 4661 378 4677 379 4682 380 4641 381 4643 382 4571 383 4523 384 4511 385 4660 386 4528 387 4542 388 4429 389 4311 390 4345 391 4381 392 4191 393 4196 394 4191 395 4262 396 4271 397 4305 398 4078 399 4169 400 4122 401 4086 402 4026 403 4112 404 3967 405 4087 406 4036 407 3907 408 4004 409 3788 410 3888 411 3886 412 3908 413 3821 414 3819 415 3788 416 3736 417 3807 418 3725 419 3703 420 3693 421 3671 422 3718 423 3649 424 3596 425 3670 426 3634 427 3548 428 3632 429 3410 430 3488 431 3566 432 3545 433 3542 434 3527 435 3525 436 3424 437 3353 438 3499 439 3309 440 3311 441 3320 442 3386 443 3309 444 3285 445 3289 446 3281 447 3272 448 3256 449 3203 450 3206 451 3203 452 3155 453 3125 454 3169 455 3166 456 3114 457 3195 458 3088 459 3089 460 3013 461 3139 462 3079 463 3100 464 3084 465 3040 466 2995 467 3009 468 2934 469 2947 470 2977 471 2935 472 2990 473 2946 474 3076 475 2888 476 3054 477 2902 478 2928 479 2887 480 3010 481 2872 482 2865 483 2870 484 2804 485 2903 486 2893 487 2828 488 2840 489 2773 490 2873 491 2750 492 2792 493 2814 494 2904 495 2818 496 2892 497 2767 498 2730 499 2730 500 2778 501 2792 502 2830 503 2722 504 2709 505 2845 506 2761 507 2744 508 2759 509 2711 510 2634 511 2708 512 2732 513 2699 514 2687 515 2649 516 2685 517 2633 518 2616 519 2701 520 2666 521 2603 522 2576 523 2624 524 2646 525 2571 526 2572 527 2658 528 2627 529 2579 530 2628 531 2538 532 2614 533 2624 534 2573 535 2555 536 2565 537 2525 538 2532 539 2528 540 2628 541 2427 542 2539 543 2539 544 2533 545 2599 546 2525 547 2598 548 2524 549 2536 550 2560 551 2600 552 2561 553 2516 554 2513 555 2525 556 2563 557 2445 558 2484 559 2482 560 2457 561 2490 562 2438 563 2506 564 2503 565 2473 566 2413 567 2471 568 2411 569 2418 570 2489 571 2482 572 2446 573 2413 574 2505 575 2459 576 2467 577 2503 578 2411 579 2432 580 2473 581 2309 582 2455 583 2441 584 2434 585 2416 586 2398 587 2368 588 2454 589 2402 590 2346 591 2349 592 2381 593 2368 594 2278 595 2376 596 2457 597 2385 598 2488 599 2404 600 2314 601 2415 602 2430 603 2347 604 2385 605 2315 606 2337 607 2425 608 2428 609 2370 610 2430 611 2399 612 2339 613 2396 614 2433 615 2398 616 2343 617 2329 618 2306 619 2410 620 2295 621 2323 622 2312 623 2364 624 2359 625 2398 626 2368 627 2326 628 2337 629 2323 630 2418 631 2293 632 2345 633 2339 634 2379 635 2281 636 2318 637 2393 638 2354 639 2310 640 2366 641 2312 642 2269 643 2269 644 2370 645 2213 646 2295 647 2359 648 2334 649 2297 650 2250 651 2296 652 2342 653 2239 654 2294 655 2314 656 2390 657 2262 658 2296 659 2329 660 2251 661 2252 662 2272 663 2354 664 2227 665 2234 666 2287 667 2307 668 2236 669 2230 670 2227 671 2248 672 2261 673 2340 674 2260 675 2228 676 2295 677 2191 678 2246 679 2263 680 2222 681 2226 682 2154 683 2188 684 2267 685 2219 686 2276 687 2247 688 2294 689 2183 690 2246 691 2201 692 2286 693 2282 694 2218 695 2292 696 2239 697 2335 698 2214 699 2214 700 2293 701 2248 702 2269 703 2131 704 2287 705 2164 706 2227 707 2229 708 2252 709 2245 710 2208 711 2254 712 2309 713 2264 714 2252 715 2183 716 2221 717 2274 718 2250 719 2310 720 2372 721 2267 722 2301 723 2318 724 2200 725 2248 726 2233 727 2198 728 2253 729 2281 730 2198 731 2179 732 2266 733 2273 734 2248 735 2213 736 2313 737 2257 738 2177 739 2278 740 2245 741 2213 742 2200 743 2320 744 2316 745 2259 746 2159 747 2275 748 2223 749 2227 750 2258 751 2262 752 2231 753 2271 754 2305 755 2202 756 2247 757 2293 758 2178 759 2239 760 2254 761 2272 762 2220 763 2166 764 2292 765 2210 766 2249 767 2185 768 2213 769 2225 770 2249 771 2227 772 2312 773 2280 774 2187 775 2232 776 2204 777 2233 778 2270 779 2172 780 2215 781 2205 782 2191 783 2288 784 2176 785 2145 786 2268 787 2173 788 2323 789 2183 790 2125 791 2126 792 2140 793 2189 794 2080 795 2097 796 2123 797 2090 798 2259 799 2181 800 2176 801 2206 802 2131 803 2201 804 2160 805 2152 806 2138 807 2135 808 2113 809 2182 810 2150 811 2152 812 2111 813 2134 814 2100 815 2112 816 2185 817 2094 818 2143 819 2087 820 2128 821 2084 822 2158 823 2130 824 2152 825 2062 826 2185 827 2067 828 2129 829 2023 830 2160 831 2077 832 1997 833 2094 834 2152 835 2181 836 2087 837 2148 838 2145 839 2058 840 2028 841 2134 842 2154 843 2090 844 2097 845 2134 846 2049 847 2084 848 2140 849 2122 850 2083 851 2167 852 2127 853 2100 854 2137 855 1970 856 2054 857 2139 858 2123 859 2068 860 2089 861 2088 862 2079 863 2120 864 2127 865 2102 866 2135 867 2074 868 2126 869 2036 870 2111 871 2058 872 2051 873 2040 874 2070 875 2022 876 2082 877 2126 878 2093 879 2045 880 2091 881 2006 882 2045 883 2076 884 2090 885 2021 886 2156 887 2011 888 2096 889 2019 890 2091 891 2087 892 2027 893 2014 894 1986 895 2076 896 2035 897 2016 898 1947 899 2023 900 2062 901 2035 902 1995 903 2054 904 2073 905 2045 906 1980 907 2117 908 2034 909 2070 910 2036 911 2041 912 2013 913 2010 914 2029 915 2076 916 1992 917 2031 918 1984 919 1965 920 2008 921 1979 922 1986 923 1913 924 1959 925 2021 926 1959 927 1937 928 1954 929 1978 930 1937 931 1951 932 2002 933 1987 934 1933 935 1976 936 1943 937 1927 938 2041 939 1951 940 1912 941 1928 942 1904 943 1909 944 2010 945 1874 946 1971 947 1959 948 1955 949 1984 950 1830 951 1921 952 2043 953 1953 954 1880 955 1899 956 1938 957 1870 958 1900 959 1918 960 1977 961 1882 962 1873 963 1872 964 1883 965 1887 966 1921 967 1865 968 1935 969 1841 970 1884 971 1853 972 1846 973 1871 974 1852 975 1860 976 1885 977 1825 978 1842 979 1857 980 1867 981 1807 982 1826 983 1836 984 1901 985 1886 986 1859 987 1863 988 1840 989 1823 990 1811 991 1790 992 1798 993 1825 994 1745 995 1839 996 1847 997 1823 998 1832 999 1761 1000 1841 1001 1802 1002 1819 1003 1855 1004 1783 1005 1803 1006 1801 1007 1838 1008 1788 1009 1801 1010 1795 1011 1778 1012 1800 1013 1900 1014 1829 1015 1802 1016 1868 1017 1782 1018 1802 1019 1792 1020 1804 1021 1882 1022 1790 1023 1865 1024 1732 1025 1714 1026 1742 1027 1696 1028 1815 1029 1785 1030 1744 1031 1729 1032 1771 1033 1808 1034 1816 1035 1799 1036 1660 1037 1718 1038 1741 1039 1840 1040 1750 1041 1775 1042 1785 1043 1738 1044 1739 1045 1690 1046 1749 1047 1694 1048 1739 1049 1778 1050 1742 1051 1767 1052 1724 1053 1795 1054 1816 1055 1838 1056 1741 1057 1773 1058 1710 1059 1859 1060 1748 1061 1788 1062 1792 1063 1802 1064 1752 1065 1775 1066 1792 1067 1775 1068 1771 1069 1791 1070 1815 1071 1754 1072 1802 1073 1769 1074 1755 1075 1812 1076 1852 1077 1915 1078 1793 1079 1819 1080 1751 1081 1810 1082 1816 1083 1793 1084 1751 1085 1845 1086 1891 1087 1810 1088 1912 1089 1801 1090 1891 1091 1876 1092 1793 1093 1809 1094 1830 1095 1773 1096 1811 1097 1841 1098 1823 1099 1796 1100 1843 1101 1778 1102 1834 1103 1819 1104 1736 1105 1861 1106 1750 1107 1841 1108 1830 1109 1834 1110 1834 1111 1799 1112 1878 1113 1760 1114 1729 1115 1716 1116 1828 1117 1777 1118 1763 1119 1722 1120 1753 1121 1863 1122 1869 1123 1781 1124 1831 1125 1758 1126 1726 1127 1849 1128 1768 1129 1769 1130 1705 1131 1713 1132 1741 1133 1842 1134 1767 1135 1782 1136 1791 1137 1741 1138 1807 1139 1803 1140 1784 1141 1760 1142 1745 1143 1819 1144 1755 1145 1790 1146 1718 1147 1819 1148 1772 1149 1824 1150 1774 1151 1780 1152 1822 1153 1673 1154 1776 1155 1760 1156 1710 1157 1749 1158 1753 1159 1690 1160 1735 1161 1771 1162 1660 1163 1750 1164 1665 1165 1707 1166 1707 1167 1776 1168 1737 1169 1652 1170 1739 1171 1718 1172 1661 1173 1748 1174 1711 1175 1665 1176 1730 1177 1714 1178 1717 1179 1729 1180 1719 1181 1668 1182 1703 1183 1660 1184 1662 1185 1717 1186 1700 1187 1683 1188 1639 1189 1629 1190 1731 1191 1685 1192 1650 1193 1643 1194 1707 1195 1665 1196 1629 1197 1694 1198 1569 1199 1651 1200 1659 1201 1612 1202 1655 1203 1621 1204 1632 1205 1625 1206 1626 1207 1601 1208 1689 1209 1646 1210 1576 1211 1654 1212 1615 1213 1631 1214 1609 1215 1632 1216 1533 1217 1579 1218 1640 1219 1596 1220 1609 1221 1634 1222 1618 1223 1623 1224 1592 1225 1671 1226 1635 1227 1589 1228 1611 1229 1662 1230 1620 1231 1646 1232 1604 1233 1630 1234 1606 1235 1612 1236 1660 1237 1569 1238 1596 1239 1572 1240 1604 1241 1614 1242 1683 1243 1634 1244 1623 1245 1623 1246 1601 1247 1564 1248 1631 1249 1591 1250 1579 1251 1530 1252 1536 1253 1590 1254 1538 1255 1615 1256 1622 1257 1615 1258 1615 1259 1549 1260 1558 1261 1593 1262 1575 1263 1597 1264 1566 1265 1600 1266 1545 1267 1626 1268 1655 1269 1658 1270 1585 1271 1626 1272 1644 1273 1626 1274 1557 1275 1628 1276 1643 1277 1575 1278 1615 1279 1605 1280 1608 1281 1570 1282 1577 1283 1619 1284 1581 1285 1531 1286 1590 1287 1604 1288 1562 1289 1623 1290 1548 1291 1528 1292 1532 1293 1622 1294 1591 1295 1560 1296 1504 1297 1569 1298 1453 1299 1548 1300 1578 1301 1564 1302 1559 1303 1547 1304 1528 1305 1553 1306 1558 1307 1554 1308 1554 1309 1584 1310 1536 1311 1541 1312 1618 1313 1514 1314 1570 1315 1560 1316 1547 1317 1584 1318 1553 1319 1576 1320 1536 1321 1501 1322 1571 1323 1480 1324 1559 1325 1497 1326 1519 1327 1511 1328 1543 1329 1530 1330 1530 1331 1550 1332 1512 1333 1519 1334 1512 1335 1555 1336 1577 1337 1558 1338 1546 1339 1539 1340 1557 1341 1514 1342 1532 1343 1562 1344 1525 1345 1576 1346 1570 1347 1517 1348 1478 1349 1597 1350 1547 1351 1499 1352 1544 1353 1542 1354 1519 1355 1508 1356 1469 1357 1534 1358 1505 1359 1523 1360 1514 1361 1498 1362 1520 1363 1568 1364 1527 1365 1474 1366 1516 1367 1580 1368 1528 1369 1540 1370 1509 1371 1576 1372 1501 1373 1496 1374 1419 1375 1555 1376 1528 1377 1524 1378 1512 1379 1502 1380 1496 1381 1508 1382 1583 1383 1503 1384 1490 1385 1467 1386 1513 1387 1483 1388 1496 1389 1459 1390 1528 1391 1473 1392 1486 1393 1434 1394 1438 1395 1489 1396 1513 1397 1507 1398 1476 1399 1437 1400 1490 1401 1477 1402 1461 1403 1470 1404 1533 1405 1568 1406 1553 1407 1434 1408 1510 1409 1437 1410 1438 1411 1506 1412 1423 1413 1468 1414 1374 1415 1498 1416 1499 1417 1477 1418 1515 1419 1469 1420 1494 1421 1498 1422 1466 1423 1511 1424 1500 1425 1540 1426 1418 1427 1508 1428 1545 1429 1475 1430 1493 1431 1400 1432 1476 1433 1495 1434 1464 1435 1522 1436 1480 1437 1500 1438 1443 1439 1457 1440 1458 1441 1421 1442 1421 1443 1481 1444 1487 1445 1458 1446 1512 1447 1434 1448 1417 1449 1498 1450 1499 1451 1394 1452 1463 1453 1423 1454 1441 1455 1401 1456 1376 1457 1378 1458 1438 1459 1437 1460 1438 1461 1396 1462 1484 1463 1341 1464 1395 1465 1478 1466 1442 1467 1454 1468 1424 1469 1466 1470 1448 1471 1432 1472 1380 1473 1407 1474 1439 1475 1365 1476 1477 1477 1419 1478 1370 1479 1369 1480 1510 1481 1393 1482 1419 1483 1454 1484 1355 1485 1485 1486 1385 1487 1493 1488 1450 1489 1447 1490 1412 1491 1475 1492 1401 1493 1387 1494 1445 1495 1463 1496 1411 1497 1391 1498 1441 1499 1341 1500 1381 1501 1444 1502 1434 1503 1426 1504 1405 1505 1441 1506 1415 1507 1350 1508 1408 1509 1410 1510 1354 1511 1384 1512 1466 1513 1372 1514 1382 1515 1390 1516 1419 1517 1416 1518 1388 1519 1350