## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606265.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606265.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606265.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:27:46 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 227 123 112 21 906660 308.616377 294.179851 15387024 FR 59 111 153 191 225 273 975 2297 5041 9191 30779 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 5 23 5 24 11 25 13 26 11 27 29 28 26 29 44 30 65 31 378 32 345 33 334 34 350 35 332 36 365 37 299 38 379 39 370 40 324 41 347 42 341 43 330 44 350 45 360 46 337 47 338 48 356 49 318 50 354 51 339 52 384 53 378 54 403 55 435 56 497 57 455 58 517 59 585 60 637 61 718 62 885 63 921 64 962 65 1136 66 1237 67 1459 68 1681 69 1960 70 2407 71 2770 72 3268 73 3600 74 4183 75 4865 76 5524 77 6344 78 7393 79 8765 80 9886 81 11630 82 13043 83 14779 84 16358 85 18002 86 19544 87 21488 88 23618 89 26108 90 28551 91 31607 92 34704 93 37003 94 39283 95 41740 96 43446 97 45636 98 47633 99 50726 100 53576 101 56762 102 59473 103 61938 104 63883 105 65217 106 66228 107 67622 108 69184 109 70408 110 72002 111 74305 112 75905 113 77502 114 78368 115 79262 116 78818 117 78929 118 79494 119 79257 120 80066 121 81406 122 82015 123 82702 124 82668 125 82323 126 81062 127 80103 128 80097 129 79442 130 78952 131 79634 132 79650 133 79604 134 78917 135 78432 136 77229 137 76065 138 74828 139 74307 140 73315 141 73033 142 73532 143 72652 144 71832 145 71699 146 70593 147 68748 148 67496 149 66559 150 65358 151 64896 152 65167 153 64559 154 63854 155 62599 156 62383 157 60266 158 60292 159 58912 160 57954 161 57527 162 57293 163 57187 164 56542 165 55679 166 54727 167 53740 168 52720 169 51369 170 50994 171 50126 172 50141 173 49507 174 49035 175 48668 176 47674 177 46795 178 46488 179 45087 180 44604 181 44242 182 43730 183 43386 184 43265 185 43009 186 42510 187 42189 188 41343 189 40437 190 39585 191 39188 192 39036 193 38352 194 38234 195 37909 196 37604 197 36923 198 36910 199 35772 200 35696 201 35356 202 34616 203 34076 204 34114 205 33929 206 33890 207 33484 208 33077 209 32463 210 31783 211 31616 212 30867 213 30854 214 30686 215 30306 216 30327 217 29923 218 29611 219 29039 220 28790 221 28533 222 27383 223 27644 224 27490 225 26979 226 27199 227 26805 228 26683 229 26211 230 25739 231 25206 232 25275 233 24968 234 24545 235 24208 236 24293 237 23980 238 23496 239 23395 240 22960 241 22746 242 22080 243 22101 244 21868 245 21703 246 21354 247 21055 248 21076 249 20985 250 20592 251 20279 252 20010 253 19708 254 19495 255 19215 256 19110 257 18713 258 18911 259 18505 260 18445 261 17904 262 17776 263 17338 264 17359 265 17018 266 16960 267 16823 268 16749 269 16779 270 16488 271 16135 272 16003 273 15762 274 15570 275 15426 276 15201 277 14809 278 14867 279 14819 280 14587 281 14732 282 14251 283 13822 284 13630 285 13873 286 13538 287 13473 288 13462 289 13271 290 13166 291 12924 292 12963 293 12612 294 12258 295 12110 296 12222 297 11982 298 11925 299 11657 300 11822 301 11520 302 11312 303 11105 304 11273 305 10974 306 11027 307 10842 308 10430 309 10612 310 10256 311 10482 312 10100 313 9946 314 10087 315 9735 316 9736 317 9645 318 9245 319 9230 320 9409 321 9146 322 9359 323 9082 324 8985 325 8881 326 8793 327 8630 328 8606 329 8472 330 8477 331 8322 332 8422 333 8211 334 7968 335 7872 336 7833 337 7843 338 7776 339 7532 340 7675 341 7463 342 7302 343 7488 344 7354 345 7103 346 7188 347 7093 348 7108 349 6960 350 6784 351 6942 352 6673 353 6598 354 6762 355 6577 356 6470 357 6464 358 6494 359 6386 360 6376 361 6263 362 6173 363 6185 364 6197 365 6052 366 6026 367 5978 368 5923 369 5797 370 5862 371 5771 372 5760 373 5641 374 5666 375 5590 376 5498 377 5667 378 5566 379 5490 380 5463 381 5455 382 5368 383 5364 384 5220 385 5204 386 5168 387 5141 388 5149 389 5071 390 4941 391 5048 392 5038 393 5146 394 4863 395 4940 396 4991 397 4825 398 4831 399 4811 400 4952 401 4845 402 4706 403 4639 404 4813 405 4726 406 4632 407 4626 408 4606 409 4684 410 4726 411 4458 412 4417 413 4569 414 4503 415 4429 416 4354 417 4486 418 4349 419 4353 420 4468 421 4316 422 4329 423 4384 424 4342 425 4344 426 4247 427 4174 428 4180 429 4195 430 4220 431 4229 432 4046 433 4136 434 4004 435 4087 436 4026 437 4041 438 4054 439 4126 440 3871 441 3998 442 3921 443 3969 444 3934 445 3908 446 3840 447 3939 448 3977 449 3891 450 3950 451 3715 452 3792 453 3874 454 3856 455 3648 456 3742 457 3725 458 3736 459 3727 460 3793 461 3883 462 3666 463 3709 464 3685 465 3696 466 3655 467 3634 468 3669 469 3617 470 3603 471 3669 472 3638 473 3482 474 3665 475 3449 476 3620 477 3496 478 3548 479 3548 480 3438 481 3551 482 3534 483 3491 484 3605 485 3494 486 3520 487 3394 488 3474 489 3411 490 3604 491 3444 492 3359 493 3424 494 3383 495 3365 496 3495 497 3318 498 3552 499 3420 500 3366 501 3337 502 3325 503 3325 504 3319 505 3404 506 3249 507 3262 508 3325 509 3315 510 3250 511 3198 512 3303 513 3237 514 3299 515 3218 516 3195 517 3139 518 3234 519 3136 520 3147 521 3226 522 3167 523 3166 524 3159 525 3172 526 3151 527 3052 528 3112 529 3150 530 3209 531 3050 532 3075 533 3233 534 3030 535 3130 536 3213 537 3044 538 3049 539 3033 540 3065 541 3093 542 3053 543 2991 544 3021 545 3106 546 3022 547 3081 548 2976 549 2986 550 3090 551 3117 552 3100 553 3140 554 3116 555 3033 556 3108 557 2866 558 3066 559 3022 560 3022 561 2898 562 2975 563 2984 564 3014 565 3088 566 3023 567 2957 568 3003 569 3050 570 2942 571 2995 572 3029 573 3056 574 2979 575 3007 576 2963 577 2948 578 2970 579 3031 580 3017 581 2989 582 2998 583 2999 584 3075 585 2996 586 3001 587 3084 588 3020 589 3028 590 3006 591 2877 592 2974 593 3020 594 3016 595 3038 596 2938 597 2916 598 3066 599 2927 600 2916 601 2992 602 2959 603 3014 604 2958 605 2947 606 2945 607 3088 608 3112 609 2962 610 3061 611 3059 612 2950 613 2976 614 2972 615 3003 616 3028 617 2885 618 2932 619 3064 620 3038 621 2951 622 2844 623 3060 624 2915 625 2968 626 2920 627 2908 628 2948 629 2978 630 2891 631 2912 632 2983 633 2891 634 2992 635 2913 636 2957 637 2879 638 2906 639 2972 640 2786 641 2902 642 3028 643 2935 644 2858 645 2959 646 2893 647 2902 648 2940 649 2962 650 2922 651 2926 652 2895 653 2863 654 2930 655 2893 656 2985 657 2894 658 2827 659 2778 660 2794 661 2943 662 2870 663 2839 664 2830 665 2836 666 2829 667 2847 668 2855 669 2864 670 2894 671 2883 672 2814 673 2937 674 2946 675 2843 676 2896 677 2811 678 2806 679 2866 680 2869 681 2770 682 2850 683 2855 684 2881 685 2783 686 2941 687 2881 688 2835 689 2872 690 2791 691 2809 692 2839 693 2856 694 2857 695 2768 696 2797 697 2827 698 2878 699 2882 700 2841 701 2848 702 2769 703 2821 704 2747 705 2857 706 2808 707 2852 708 2784 709 2833 710 2752 711 2822 712 2833 713 2854 714 2849 715 2737 716 2989 717 2849 718 2818 719 2896 720 2859 721 2831 722 2801 723 2898 724 2868 725 2740 726 2804 727 2926 728 2863 729 2842 730 2854 731 2772 732 2834 733 2833 734 2744 735 2826 736 2823 737 2774 738 2791 739 2787 740 2728 741 2822 742 2779 743 2726 744 2842 745 2712 746 2797 747 2752 748 2804 749 2822 750 2756 751 2814 752 2828 753 2823 754 2780 755 2742 756 2801 757 2830 758 2771 759 2818 760 2823 761 2807 762 2709 763 2811 764 2725 765 2858 766 2741 767 2810 768 2819 769 2780 770 2780 771 2811 772 2743 773 2831 774 2804 775 2721 776 2810 777 2813 778 2729 779 2694 780 2692 781 2766 782 2758 783 2673 784 2758 785 2752 786 2768 787 2828 788 2664 789 2705 790 2724 791 2694 792 2730 793 2710 794 2705 795 2759 796 2587 797 2702 798 2783 799 2710 800 2725 801 2798 802 2759 803 2762 804 2681 805 2655 806 2842 807 2833 808 2754 809 2663 810 2739 811 2736 812 2638 813 2763 814 2734 815 2697 816 2759 817 2614 818 2626 819 2799 820 2710 821 2727 822 2639 823 2682 824 2722 825 2658 826 2739 827 2689 828 2777 829 2658 830 2692 831 2610 832 2735 833 2685 834 2671 835 2683 836 2688 837 2714 838 2678 839 2691 840 2806 841 2707 842 2689 843 2729 844 2625 845 2818 846 2790 847 2809 848 2712 849 2720 850 2766 851 2760 852 2771 853 2770 854 2716 855 2671 856 2720 857 2672 858 2740 859 2718 860 2755 861 2678 862 2720 863 2779 864 2739 865 2739 866 2720 867 2752 868 2625 869 2674 870 2693 871 2716 872 2676 873 2652 874 2591 875 2710 876 2624 877 2680 878 2619 879 2728 880 2695 881 2769 882 2734 883 2679 884 2708 885 2765 886 2631 887 2558 888 2615 889 2606 890 2611 891 2546 892 2612 893 2563 894 2548 895 2480 896 2635 897 2578 898 2647 899 2617 900 2523 901 2529 902 2608 903 2554 904 2631 905 2604 906 2564 907 2497 908 2539 909 2557 910 2513 911 2608 912 2548 913 2560 914 2618 915 2576 916 2486 917 2455 918 2504 919 2506 920 2439 921 2511 922 2454 923 2565 924 2585 925 2494 926 2473 927 2420 928 2448 929 2473 930 2515 931 2487 932 2498 933 2436 934 2466 935 2535 936 2493 937 2395 938 2421 939 2491 940 2542 941 2499 942 2544 943 2475 944 2521 945 2491 946 2460 947 2459 948 2468 949 2428 950 2459 951 2439 952 2447 953 2445 954 2376 955 2363 956 2382 957 2337 958 2349 959 2416 960 2450 961 2404 962 2413 963 2471 964 2434 965 2439 966 2433 967 2393 968 2389 969 2448 970 2435 971 2383 972 2385 973 2394 974 2354 975 2375 976 2372 977 2395 978 2516 979 2383 980 2225 981 2313 982 2399 983 2328 984 2340 985 2314 986 2348 987 2282 988 2273 989 2250 990 2296 991 2323 992 2326 993 2382 994 2250 995 2293 996 2209 997 2334 998 2303 999 2331 1000 2345 1001 2272 1002 2355 1003 2362 1004 2284 1005 2272 1006 2280 1007 2240 1008 2277 1009 2268 1010 2272 1011 2250 1012 2335 1013 2328 1014 2348 1015 2312 1016 2295 1017 2272 1018 2245 1019 2278 1020 2295 1021 2245 1022 2256 1023 2244 1024 2264 1025 2208 1026 2243 1027 2252 1028 2235 1029 2263 1030 2301 1031 2294 1032 2249 1033 2265 1034 2314 1035 2291 1036 2254 1037 2194 1038 2211 1039 2239 1040 2232 1041 2166 1042 2249 1043 2223 1044 2226 1045 2288 1046 2232 1047 2252 1048 2268 1049 2370 1050 2276 1051 2310 1052 2168 1053 2224 1054 2170 1055 2158 1056 2156 1057 2196 1058 2231 1059 2281 1060 2338 1061 2253 1062 2259 1063 2214 1064 2173 1065 2232 1066 2149 1067 2174 1068 2254 1069 2252 1070 2210 1071 2241 1072 2218 1073 2124 1074 2239 1075 2227 1076 2168 1077 2135 1078 2146 1079 2201 1080 2166 1081 2193 1082 2146 1083 2223 1084 2198 1085 2207 1086 2258 1087 2228 1088 2303 1089 2263 1090 2259 1091 2281 1092 2183 1093 2212 1094 2219 1095 2242 1096 2254 1097 2184 1098 2288 1099 2156 1100 2203 1101 2269 1102 2186 1103 2240 1104 2192 1105 2262 1106 2226 1107 2249 1108 2268 1109 2258 1110 2231 1111 2269 1112 2217 1113 2157 1114 2191 1115 2118 1116 2270 1117 2289 1118 2150 1119 2188 1120 2253 1121 2260 1122 2183 1123 2207 1124 2279 1125 2164 1126 2277 1127 2194 1128 2125 1129 2217 1130 2257 1131 2210 1132 2243 1133 2245 1134 2203 1135 2167 1136 2223 1137 2364 1138 2188 1139 2220 1140 2202 1141 2167 1142 2281 1143 2314 1144 2214 1145 2241 1146 2244 1147 2167 1148 2207 1149 2231 1150 2042 1151 2220 1152 2208 1153 2251 1154 2196 1155 2199 1156 2180 1157 2176 1158 2240 1159 2178 1160 2211 1161 2231 1162 2222 1163 2155 1164 2160 1165 2187 1166 2197 1167 2194 1168 2203 1169 2083 1170 2033 1171 2172 1172 2124 1173 2178 1174 2161 1175 2180 1176 2219 1177 2137 1178 2132 1179 2270 1180 2083 1181 2049 1182 2111 1183 2160 1184 2205 1185 2017 1186 2128 1187 2090 1188 2113 1189 2123 1190 2128 1191 2075 1192 2144 1193 2097 1194 2120 1195 2017 1196 2068 1197 2074 1198 2013 1199 2071 1200 1979 1201 2021 1202 2077 1203 1984 1204 2001 1205 2000 1206 2097 1207 1974 1208 2036 1209 2065 1210 2074 1211 2009 1212 2030 1213 2104 1214 2052 1215 2094 1216 2079 1217 2014 1218 2085 1219 2102 1220 2063 1221 2000 1222 2043 1223 2046 1224 2002 1225 2050 1226 2018 1227 2004 1228 2138 1229 2003 1230 2019 1231 2090 1232 2158 1233 2024 1234 2034 1235 2059 1236 2082 1237 2083 1238 2009 1239 2066 1240 2002 1241 2041 1242 2057 1243 2020 1244 2057 1245 2006 1246 2074 1247 1970 1248 2027 1249 1938 1250 1984 1251 1926 1252 2045 1253 2041 1254 2023 1255 1997 1256 2032 1257 1978 1258 1984 1259 1998 1260 2053 1261 1924 1262 1969 1263 2017 1264 2096 1265 1998 1266 1935 1267 1953 1268 2077 1269 2001 1270 1979 1271 2015 1272 1970 1273 2047 1274 2043 1275 1979 1276 2051 1277 1990 1278 1984 1279 1894 1280 1933 1281 2008 1282 2082 1283 1968 1284 1952 1285 2017 1286 1907 1287 1992 1288 2052 1289 1977 1290 1939 1291 1963 1292 1997 1293 1972 1294 1942 1295 1958 1296 2011 1297 1949 1298 1881 1299 1925 1300 1860 1301 1843 1302 1892 1303 1887 1304 1925 1305 1945 1306 1904 1307 1877 1308 1905 1309 1935 1310 1891 1311 1908 1312 1890 1313 1909 1314 1865 1315 1912 1316 1958 1317 1875 1318 1933 1319 1904 1320 1979 1321 1920 1322 1919 1323 1991 1324 1922 1325 1875 1326 1928 1327 1916 1328 1885 1329 1980 1330 1958 1331 1912 1332 1836 1333 1895 1334 1952 1335 1869 1336 2040 1337 1875 1338 1997 1339 1896 1340 1915 1341 1955 1342 1893 1343 1899 1344 1881 1345 1919 1346 1941 1347 1928