## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606235.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606235.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606235.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:27:16 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 205 113 106 21 2228714 278.019931 274.964669 31664379 FR 55 105 145 179 213 263 923 2249 4905 9083 32549 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 6 23 6 24 16 25 32 26 42 27 55 28 69 29 108 30 150 31 758 32 888 33 974 34 1191 35 1418 36 1797 37 2156 38 2723 39 3311 40 4036 41 4598 42 4766 43 4920 44 4990 45 5372 46 5692 47 6185 48 6975 49 8009 50 9179 51 10035 52 10743 53 11047 54 11516 55 12162 56 13076 57 14137 58 15811 59 17489 60 19590 61 21520 62 23231 63 24823 64 26045 65 27497 66 29345 67 31888 68 34815 69 37806 70 41860 71 45467 72 48850 73 52440 74 55191 75 58181 76 62084 77 65958 78 69914 79 74952 80 80405 81 85633 82 91114 83 95558 84 99761 85 103584 86 107792 87 112629 88 117382 89 122281 90 127840 91 133820 92 139056 93 143403 94 146815 95 150561 96 152837 97 155010 98 158652 99 161738 100 165161 101 167825 102 170460 103 172115 104 174472 105 174062 106 175515 107 174880 108 175654 109 176121 110 176538 111 177103 112 176894 113 177385 114 175707 115 175016 116 173460 117 171725 118 171103 119 169136 120 167516 121 166935 122 165679 123 164173 124 163169 125 161281 126 159250 127 157200 128 155115 129 153620 130 151100 131 149846 132 147938 133 146659 134 144977 135 143121 136 140879 137 139150 138 136219 139 134524 140 131597 141 131005 142 129506 143 127690 144 124997 145 123608 146 121987 147 120031 148 118234 149 115840 150 114818 151 112751 152 111546 153 109954 154 108546 155 107256 156 105855 157 103609 158 102308 159 100988 160 99116 161 97342 162 96279 163 95525 164 94069 165 92834 166 91497 167 89834 168 88575 169 87298 170 85926 171 85106 172 84242 173 83426 174 82187 175 81248 176 79727 177 79099 178 78318 179 76905 180 76198 181 75189 182 74221 183 72919 184 72643 185 72014 186 70819 187 69812 188 69258 189 68499 190 67011 191 67034 192 65945 193 65163 194 64502 195 63788 196 63231 197 62313 198 61381 199 60711 200 59712 201 59163 202 58711 203 57965 204 57752 205 57240 206 56117 207 55736 208 55135 209 54143 210 53428 211 53300 212 52301 213 51686 214 51419 215 50714 216 50373 217 49711 218 48939 219 48713 220 47990 221 47220 222 46789 223 45942 224 45355 225 44773 226 44742 227 44145 228 43597 229 43314 230 42848 231 42025 232 41629 233 41277 234 40760 235 40066 236 39834 237 39763 238 39226 239 38500 240 37840 241 37534 242 36555 243 36564 244 35943 245 35992 246 35121 247 35362 248 34434 249 34046 250 33868 251 33491 252 32968 253 32319 254 32186 255 32045 256 31435 257 30894 258 30515 259 30525 260 30503 261 29743 262 29186 263 28905 264 28521 265 28318 266 27939 267 28085 268 27894 269 27583 270 26820 271 26414 272 26707 273 25979 274 25785 275 25524 276 25278 277 25176 278 24703 279 24523 280 23788 281 23981 282 23617 283 23480 284 23056 285 22870 286 22620 287 22294 288 22341 289 21890 290 21529 291 21672 292 21263 293 20986 294 20698 295 20520 296 20484 297 20151 298 19860 299 19628 300 19457 301 19380 302 19216 303 18763 304 18807 305 18446 306 18547 307 18199 308 17847 309 17935 310 17947 311 17619 312 17451 313 17282 314 17068 315 16716 316 16639 317 16561 318 16250 319 16289 320 16038 321 15730 322 15892 323 15713 324 15585 325 15304 326 15230 327 15021 328 14753 329 14935 330 14582 331 14336 332 14368 333 14352 334 14078 335 13920 336 14035 337 13631 338 13791 339 13669 340 13360 341 13357 342 13319 343 13030 344 13251 345 12962 346 12941 347 12730 348 12623 349 12428 350 12465 351 12353 352 12298 353 12223 354 11920 355 12055 356 11710 357 11569 358 11618 359 11831 360 11607 361 11438 362 11253 363 11169 364 10964 365 10884 366 11183 367 10984 368 10834 369 10707 370 10760 371 10760 372 10616 373 10545 374 10420 375 10459 376 10437 377 10180 378 10105 379 10431 380 10394 381 10005 382 10080 383 9999 384 9813 385 9927 386 9857 387 9857 388 9670 389 9855 390 9459 391 9412 392 9702 393 9448 394 9410 395 9325 396 9263 397 9157 398 9253 399 9272 400 9220 401 9111 402 8946 403 9025 404 9069 405 9208 406 8958 407 8825 408 8842 409 8707 410 8680 411 8720 412 8586 413 8560 414 8696 415 8359 416 8523 417 8433 418 8406 419 8390 420 8436 421 8415 422 8262 423 8251 424 8122 425 8163 426 8141 427 8090 428 7982 429 7973 430 7963 431 7935 432 7787 433 7881 434 7823 435 7578 436 7844 437 7734 438 7698 439 7575 440 7703 441 7551 442 7532 443 7617 444 7569 445 7498 446 7390 447 7442 448 7357 449 7337 450 7459 451 7426 452 7462 453 7407 454 7471 455 7142 456 7233 457 7255 458 7165 459 7196 460 7259 461 7064 462 7152 463 7161 464 7107 465 6973 466 7022 467 6954 468 6899 469 6893 470 6933 471 6909 472 7024 473 6915 474 6914 475 6900 476 6903 477 6732 478 6909 479 6924 480 6977 481 6771 482 6892 483 6886 484 6642 485 6803 486 6749 487 6676 488 6773 489 6811 490 6767 491 6658 492 6441 493 6694 494 6697 495 6597 496 6546 497 6484 498 6576 499 6670 500 6583 501 6644 502 6507 503 6398 504 6632 505 6478 506 6447 507 6402 508 6437 509 6276 510 6466 511 6409 512 6415 513 6509 514 6405 515 6417 516 6426 517 6286 518 6306 519 6393 520 6213 521 6398 522 6434 523 6293 524 6280 525 6482 526 6357 527 6456 528 6346 529 6305 530 6386 531 6447 532 6311 533 6386 534 6286 535 6335 536 6308 537 6360 538 6257 539 6288 540 6362 541 6129 542 6312 543 6344 544 6307 545 6247 546 6280 547 6286 548 6154 549 6251 550 6338 551 6190 552 6241 553 6192 554 6036 555 6275 556 6184 557 6229 558 6125 559 6266 560 6265 561 6116 562 6281 563 6221 564 6205 565 6335 566 6202 567 6150 568 6109 569 6089 570 5886 571 6225 572 6117 573 6132 574 6161 575 6041 576 6105 577 6065 578 5943 579 6136 580 6129 581 5961 582 6094 583 6200 584 5950 585 6143 586 6128 587 6122 588 6077 589 6129 590 6052 591 5899 592 5965 593 6089 594 5968 595 6034 596 5963 597 6070 598 5955 599 5908 600 6007 601 5931 602 6012 603 6004 604 5992 605 5949 606 5934 607 5905 608 6018 609 5936 610 5798 611 5960 612 5966 613 5952 614 6096 615 5898 616 6129 617 5990 618 5963 619 5928 620 5942 621 5928 622 5988 623 5937 624 5962 625 5814 626 5881 627 5813 628 5947 629 5812 630 5916 631 5863 632 5813 633 5845 634 5802 635 5847 636 5801 637 5956 638 5852 639 5837 640 5662 641 5842 642 5747 643 5736 644 5749 645 5613 646 5727 647 5909 648 5786 649 5773 650 5729 651 5603 652 5856 653 5629 654 5612 655 5781 656 5679 657 5628 658 5710 659 5593 660 5655 661 5588 662 5676 663 5724 664 5552 665 5706 666 5629 667 5708 668 5577 669 5738 670 5717 671 5670 672 5660 673 5725 674 5635 675 5582 676 5643 677 5665 678 5706 679 5708 680 5784 681 5613 682 5690 683 5741 684 5685 685 5638 686 5758 687 5609 688 5631 689 5618 690 5603 691 5655 692 5585 693 5602 694 5615 695 5601 696 5792 697 5665 698 5625 699 5613 700 5667 701 5684 702 5635 703 5665 704 5775 705 5661 706 5628 707 5775 708 5855 709 5741 710 5563 711 5708 712 5627 713 5712 714 5692 715 5818 716 5713 717 5734 718 5895 719 5803 720 5651 721 5732 722 5737 723 5819 724 5676 725 5723 726 5655 727 5706 728 5699 729 5674 730 5694 731 5606 732 5634 733 5651 734 5764 735 5685 736 5657 737 5647 738 5564 739 5732 740 5768 741 5609 742 5619 743 5741 744 5693 745 5649 746 5643 747 5655 748 5655 749 5537 750 5650 751 5652 752 5593 753 5696 754 5538 755 5679 756 5710 757 5643 758 5618 759 5576 760 5740 761 5567 762 5694 763 5620 764 5660 765 5626 766 5618 767 5664 768 5537 769 5600 770 5561 771 5423 772 5520 773 5657 774 5444 775 5616 776 5666 777 5410 778 5480 779 5465 780 5521 781 5588 782 5577 783 5383 784 5432 785 5498 786 5482 787 5510 788 5398 789 5507 790 5300 791 5352 792 5560 793 5440 794 5358 795 5422 796 5439 797 5397 798 5362 799 5330 800 5295 801 5338 802 5316 803 5462 804 5404 805 5283 806 5277 807 5267 808 5232 809 5429 810 5312 811 5229 812 5222 813 5309 814 5216 815 5341 816 5276 817 5178 818 5259 819 5247 820 5447 821 5227 822 5251 823 5266 824 5257 825 5299 826 5169 827 5372 828 5217 829 5185 830 5169 831 5284 832 5254 833 5162 834 5245 835 5262 836 5165 837 5312 838 5187 839 5252 840 5258 841 5241 842 5198 843 5283 844 5172 845 5331 846 5327 847 5215 848 5285 849 5220 850 5202 851 5190 852 5300 853 5305 854 5360 855 5250 856 5177 857 5252 858 5164 859 5127 860 5129 861 5254 862 5157 863 5265 864 5150 865 5233 866 5233 867 5231 868 5174 869 5068 870 5167 871 5084 872 5149 873 5153 874 5207 875 5188 876 5088 877 5200 878 5206 879 5096 880 5185 881 5136 882 5195 883 5102 884 4973 885 5144 886 5213 887 5232 888 5169 889 5157 890 5108 891 5161 892 5120 893 5020 894 4945 895 5109 896 5059 897 5143 898 5034 899 5068 900 5153 901 4985 902 5041 903 5040 904 4975 905 5016 906 5055 907 5140 908 4994 909 5024 910 4930 911 5047 912 5022 913 4968 914 4890 915 4958 916 4995 917 4997 918 4727 919 5057 920 4838 921 4964 922 4869 923 4806 924 4853 925 5027 926 4879 927 4888 928 4915 929 4837 930 4973 931 4838 932 4880 933 5013 934 4872 935 4836 936 4723 937 4863 938 4877 939 4828 940 4955 941 4756 942 4748 943 4875 944 4826 945 4739 946 4908 947 4630 948 4785 949 4889 950 4733 951 4655 952 4782 953 4709 954 4832 955 4679 956 4710 957 4718 958 4656 959 4686 960 4778 961 4612 962 4684 963 4637 964 4702 965 4699 966 4817 967 4638 968 4611 969 4731 970 4647 971 4550 972 4705 973 4565 974 4711 975 4619 976 4687 977 4583 978 4615 979 4428 980 4661 981 4549 982 4541 983 4617 984 4630 985 4486 986 4503 987 4505 988 4510 989 4587 990 4439 991 4642 992 4541 993 4618 994 4442 995 4528 996 4439 997 4391 998 4501 999 4511 1000 4505 1001 4552 1002 4514 1003 4377 1004 4510 1005 4505 1006 4443 1007 4515 1008 4467 1009 4321 1010 4468 1011 4474 1012 4534 1013 4504 1014 4584 1015 4517 1016 4401 1017 4440 1018 4521 1019 4570 1020 4617 1021 4339 1022 4571 1023 4469 1024 4496 1025 4408 1026 4459 1027 4519 1028 4466 1029 4550 1030 4530 1031 4503 1032 4596 1033 4412 1034 4550 1035 4500 1036 4436 1037 4559 1038 4550 1039 4482 1040 4546 1041 4382 1042 4502 1043 4453 1044 4519 1045 4475 1046 4558 1047 4589 1048 4466 1049 4537 1050 4592 1051 4595 1052 4671 1053 4547 1054 4678 1055 4653 1056 4624 1057 4666 1058 4573 1059 4635 1060 4618 1061 4509 1062 4557 1063 4555 1064 4725 1065 4575 1066 4559 1067 4557 1068 4638 1069 4659 1070 4631 1071 4711 1072 4628 1073 4796 1074 4632 1075 4720 1076 4622 1077 4601 1078 4739 1079 4753 1080 4642 1081 4651 1082 4640 1083 4609 1084 4710 1085 4654 1086 4705 1087 4664 1088 4682 1089 4566 1090 4710 1091 4501 1092 4618 1093 4684 1094 4772 1095 4685 1096 4626 1097 4687 1098 4672 1099 4742 1100 4627 1101 4559 1102 4629 1103 4716 1104 4541 1105 4596 1106 4601 1107 4736 1108 4664 1109 4761 1110 4643 1111 4623 1112 4536 1113 4665 1114 4660 1115 4637 1116 4650 1117 4628 1118 4576 1119 4600 1120 4472 1121 4589 1122 4704 1123 4541 1124 4511 1125 4506 1126 4614 1127 4556 1128 4637 1129 4530 1130 4592 1131 4409 1132 4437 1133 4474 1134 4515 1135 4512 1136 4521 1137 4490 1138 4451 1139 4454 1140 4464 1141 4474 1142 4495 1143 4583 1144 4473 1145 4513 1146 4477 1147 4466 1148 4329 1149 4427 1150 4450 1151 4371 1152 4435 1153 4397 1154 4500 1155 4325 1156 4532 1157 4365 1158 4301 1159 4414 1160 4364 1161 4304 1162 4498 1163 4297 1164 4491 1165 4221 1166 4311 1167 4342 1168 4359 1169 4257 1170 4412 1171 4336 1172 4261 1173 4305 1174 4384 1175 4198 1176 4316 1177 4214 1178 4220 1179 4253 1180 4179 1181 4360 1182 4322 1183 4288 1184 4266 1185 4373 1186 4071 1187 4213 1188 4284 1189 4259 1190 4145 1191 4268 1192 4208 1193 4302 1194 4182 1195 4208 1196 4143 1197 4113 1198 4087 1199 4159 1200 4145 1201 4211 1202 4172 1203 4078 1204 4060 1205 4101 1206 4125 1207 4179 1208 4171 1209 4144 1210 4120 1211 4079 1212 4135 1213 4147 1214 4119 1215 4103 1216 4148 1217 4129 1218 4075 1219 3944 1220 4118 1221 4123 1222 4122 1223 4041 1224 4049 1225 4104 1226 4148 1227 4090 1228 4096 1229 4089 1230 4150 1231 3965 1232 4102 1233 3986 1234 4036 1235 4037 1236 4107 1237 4050 1238 4012 1239 4166 1240 4095 1241 4061 1242 4085 1243 4010 1244 4007 1245 4082 1246 4136 1247 4082 1248 3895 1249 3970 1250 4033 1251 3988 1252 4035 1253 4080 1254 3978 1255 4005 1256 3973 1257 3921 1258 3971 1259 3936 1260 4055 1261 3922 1262 4038 1263 4034 1264 3915 1265 4044