## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606234.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606234.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606234.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:50:49 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 195 103 99 21 3080489 258.890017 252.66423 22765325 FR 53 99 137 169 199 245 827 2125 4681 8687 31407 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 3 22 4 23 9 24 13 25 21 26 26 27 41 28 59 29 77 30 110 31 587 32 726 33 794 34 929 35 1220 36 1430 37 1830 38 2290 39 2904 40 3579 41 3876 42 4070 43 4109 44 4204 45 4491 46 4841 47 5367 48 6132 49 6973 50 8117 51 8603 52 9197 53 9519 54 10078 55 10422 56 11425 57 12239 58 13898 59 15313 60 17035 61 19135 62 20358 63 21610 64 22989 65 24383 66 25849 67 27962 68 30437 69 33356 70 36849 71 39692 72 43092 73 45901 74 47992 75 51283 76 53896 77 57611 78 60832 79 64999 80 70131 81 74596 82 78777 83 82341 84 86570 85 89504 86 92710 87 96275 88 100049 89 104598 90 107992 91 112116 92 115840 93 119130 94 120983 95 123812 96 125210 97 126849 98 128827 99 129983 100 132801 101 133943 102 135827 103 136571 104 136272 105 136364 106 136051 107 135070 108 135294 109 135576 110 134496 111 134410 112 134322 113 133598 114 132876 115 131167 116 129655 117 127599 118 126683 119 125063 120 122850 121 122482 122 120001 123 119658 124 118284 125 116280 126 114361 127 112431 128 110789 129 109603 130 108262 131 105800 132 105253 133 103267 134 102577 135 100369 136 98794 137 97867 138 95200 139 94090 140 93155 141 91168 142 90441 143 88694 144 87122 145 86576 146 84512 147 82524 148 81914 149 80806 150 79503 151 77827 152 76779 153 75880 154 74818 155 73397 156 72413 157 71099 158 70298 159 69212 160 67558 161 66879 162 65768 163 65344 164 64480 165 63762 166 62512 167 61366 168 60659 169 60459 170 59393 171 58447 172 57348 173 56840 174 55929 175 55491 176 54933 177 54036 178 53637 179 52252 180 51994 181 51608 182 50949 183 50164 184 50000 185 49020 186 48597 187 48101 188 47632 189 46575 190 46256 191 45528 192 45184 193 44713 194 44085 195 43573 196 43266 197 42482 198 42020 199 41508 200 40688 201 40556 202 40223 203 39981 204 39038 205 38691 206 38598 207 37709 208 37477 209 36955 210 36371 211 36167 212 35983 213 35370 214 35073 215 34756 216 34359 217 33772 218 33144 219 32893 220 32611 221 32079 222 31861 223 31247 224 31044 225 30725 226 30510 227 30085 228 29692 229 28987 230 28846 231 28584 232 28348 233 27714 234 27732 235 27513 236 26654 237 26736 238 26134 239 26150 240 25607 241 25189 242 25208 243 24614 244 24553 245 24419 246 24040 247 23727 248 23657 249 23033 250 22909 251 22538 252 22202 253 21785 254 21837 255 21354 256 21271 257 21125 258 20923 259 20820 260 20151 261 19916 262 19958 263 19460 264 19330 265 19188 266 19307 267 18785 268 18758 269 18426 270 18134 271 18139 272 17812 273 17769 274 17414 275 17342 276 17105 277 17010 278 16678 279 16727 280 16681 281 16284 282 16280 283 15755 284 15587 285 15474 286 15059 287 15055 288 15059 289 14906 290 14810 291 14727 292 14433 293 14242 294 14242 295 13900 296 13715 297 13767 298 13793 299 13371 300 13180 301 13322 302 13085 303 12885 304 12847 305 12600 306 12525 307 12396 308 12264 309 12285 310 12059 311 12016 312 11878 313 11559 314 11540 315 11274 316 11436 317 11178 318 11170 319 11056 320 10874 321 10926 322 10862 323 10660 324 10575 325 10344 326 10303 327 10361 328 10048 329 10137 330 10003 331 9943 332 9934 333 9514 334 9630 335 9573 336 9640 337 9400 338 9527 339 9196 340 9142 341 9122 342 8970 343 9024 344 8974 345 8939 346 8803 347 8603 348 8631 349 8418 350 8471 351 8418 352 8306 353 8190 354 8251 355 8131 356 8113 357 8081 358 8159 359 7852 360 7815 361 7697 362 7779 363 7834 364 7678 365 7682 366 7610 367 7371 368 7573 369 7400 370 7332 371 7394 372 7304 373 7256 374 7270 375 7169 376 7144 377 7225 378 7144 379 7076 380 7190 381 6951 382 6998 383 6935 384 6898 385 6845 386 6825 387 6714 388 6682 389 6557 390 6730 391 6710 392 6563 393 6610 394 6390 395 6465 396 6545 397 6231 398 6401 399 6364 400 6336 401 6313 402 6350 403 6251 404 6344 405 6168 406 6220 407 6198 408 6046 409 6133 410 6241 411 6223 412 6101 413 6133 414 5827 415 5946 416 5836 417 5907 418 5936 419 5815 420 5854 421 5876 422 5802 423 5749 424 5795 425 5805 426 5701 427 5644 428 5659 429 5694 430 5414 431 5445 432 5556 433 5529 434 5531 435 5436 436 5403 437 5488 438 5424 439 5447 440 5286 441 5332 442 5325 443 5310 444 5297 445 5329 446 5203 447 5328 448 5197 449 5160 450 5157 451 5240 452 5079 453 5273 454 5175 455 5121 456 5218 457 5094 458 5081 459 4879 460 5082 461 4918 462 5048 463 4989 464 4945 465 4975 466 5129 467 4971 468 5005 469 4935 470 4877 471 4925 472 4979 473 4848 474 4922 475 4825 476 4873 477 4928 478 4939 479 4823 480 4907 481 4753 482 4794 483 4824 484 4763 485 4851 486 4779 487 4676 488 4792 489 4892 490 4756 491 4661 492 4737 493 4691 494 4612 495 4662 496 4759 497 4747 498 4680 499 4683 500 4656 501 4693 502 4654 503 4617 504 4529 505 4637 506 4497 507 4611 508 4585 509 4509 510 4600 511 4585 512 4574 513 4432 514 4508 515 4629 516 4559 517 4477 518 4389 519 4586 520 4437 521 4458 522 4503 523 4660 524 4550 525 4445 526 4541 527 4579 528 4461 529 4537 530 4542 531 4575 532 4526 533 4589 534 4609 535 4621 536 4382 537 4427 538 4432 539 4433 540 4535 541 4429 542 4571 543 4426 544 4479 545 4404 546 4491 547 4432 548 4447 549 4375 550 4397 551 4473 552 4551 553 4494 554 4422 555 4360 556 4437 557 4324 558 4311 559 4471 560 4368 561 4526 562 4449 563 4305 564 4373 565 4409 566 4364 567 4390 568 4283 569 4395 570 4489 571 4406 572 4354 573 4519 574 4410 575 4391 576 4327 577 4259 578 4278 579 4399 580 4268 581 4240 582 4192 583 4211 584 4293 585 4268 586 4308 587 4324 588 4264 589 4196 590 4246 591 4222 592 4248 593 4229 594 4259 595 4256 596 4323 597 4207 598 4266 599 4395 600 4299 601 4251 602 4256 603 4216 604 4336 605 4280 606 4314 607 4283 608 4207 609 4153 610 4348 611 4233 612 4253 613 4167 614 4139 615 4240 616 4281 617 4167 618 4241 619 4373 620 4145 621 4205 622 4227 623 4108 624 4147 625 4186 626 4243 627 4173 628 4241 629 4235 630 4094 631 4099 632 4235 633 4117 634 4259 635 4166 636 4274 637 4121 638 4195 639 4061 640 4069 641 4215 642 4099 643 4107 644 4140 645 4143 646 4091 647 4053 648 4110 649 4089 650 4200 651 3967 652 4061 653 4008 654 4090 655 4028 656 4158 657 4042 658 4043 659 4143 660 4026 661 4032 662 3988 663 4065 664 4185 665 3988 666 3975 667 4057 668 4111 669 4121 670 4066 671 3986 672 4113 673 3944 674 4024 675 4072 676 3981 677 4044 678 3929 679 4054 680 4058 681 4049 682 4037 683 4086 684 4173 685 4044 686 4057 687 4109 688 4089 689 4094 690 4046 691 3993 692 4073 693 4186 694 4205 695 4163 696 4108 697 4108 698 4153 699 4186 700 3973 701 4062 702 3980 703 4018 704 4208 705 4099 706 4092 707 4077 708 4013 709 4055 710 4054 711 4115 712 4059 713 4054 714 4164 715 4099 716 4094 717 4041 718 4046 719 4072 720 4119 721 4023 722 4041 723 3933 724 4129 725 4047 726 3998 727 4008 728 4022 729 4042 730 3934 731 4052 732 4112 733 3982 734 4043 735 3840 736 4083 737 3990 738 4037 739 3914 740 4017 741 3971 742 4122 743 4015 744 4018 745 4022 746 4001 747 4012 748 4120 749 3999 750 3895 751 4199 752 3975 753 3935 754 3987 755 4014 756 3972 757 4004 758 4010 759 4016 760 3926 761 3906 762 3878 763 4005 764 3932 765 4050 766 4024 767 4028 768 3838 769 3905 770 3882 771 3958 772 3922 773 3899 774 3949 775 3946 776 3929 777 3819 778 3802 779 3939 780 3773 781 3872 782 3904 783 3845 784 3782 785 3911 786 3810 787 3811 788 3785 789 3881 790 3764 791 3860 792 3884 793 3788 794 3755 795 3786 796 3801 797 3749 798 3856 799 3872 800 3799 801 3662 802 3771 803 3801 804 3787 805 3735 806 3863 807 3821 808 3835 809 3789 810 3652 811 3636 812 3718 813 3748 814 3775 815 3772 816 3688 817 3805 818 3710 819 3659 820 3767 821 3873 822 3753 823 3705 824 3801 825 3654 826 3730 827 3752 828 3751 829 3661 830 3632 831 3747 832 3665 833 3756 834 3695 835 3844 836 3708 837 3757 838 3797 839 3681 840 3719 841 3646 842 3736 843 3616 844 3749 845 3680 846 3626 847 3803 848 3814 849 3668 850 3756 851 3776 852 3561 853 3724 854 3753 855 3730 856 3629 857 3884 858 3769 859 3593 860 3757 861 3689 862 3632 863 3749 864 3617 865 3677 866 3598 867 3600 868 3657 869 3552 870 3687 871 3730 872 3689 873 3605 874 3636 875 3601 876 3666 877 3577 878 3679 879 3665 880 3594 881 3625 882 3584 883 3601 884 3615 885 3650 886 3596 887 3563 888 3752 889 3496 890 3733 891 3496 892 3611 893 3572 894 3547 895 3581 896 3582 897 3577 898 3520 899 3567 900 3539 901 3498 902 3518 903 3587 904 3586 905 3468 906 3580 907 3573 908 3582 909 3611 910 3481 911 3587 912 3480 913 3575 914 3601 915 3457 916 3375 917 3460 918 3490 919 3489 920 3507 921 3464 922 3491 923 3355 924 3518 925 3521 926 3466 927 3373 928 3339 929 3460 930 3387 931 3568 932 3258 933 3350 934 3384 935 3370 936 3406 937 3444 938 3404 939 3312 940 3405 941 3339 942 3371 943 3331 944 3342 945 3383 946 3419 947 3372 948 3330 949 3377 950 3353 951 3330 952 3342 953 3345 954 3291 955 3295 956 3368 957 3325 958 3335 959 3304 960 3341 961 3259 962 3249 963 3291 964 3379 965 3398 966 3337 967 3245 968 3394 969 3337 970 3258 971 3238 972 3225 973 3167 974 3332 975 3331 976 3179 977 3322 978 3257 979 3279 980 3285 981 3093 982 3280 983 3232 984 3214 985 3263 986 3349 987 3211 988 3250 989 3188 990 3187 991 3188 992 3219 993 3194 994 3127 995 3129 996 3171 997 3207 998 3088 999 3139 1000 3114 1001 3128 1002 3113 1003 3013 1004 3145 1005 3129 1006 3141 1007 3123 1008 3160 1009 3146 1010 3137 1011 3116 1012 3184 1013 3216 1014 3148 1015 3115 1016 3195 1017 3184 1018 3195 1019 3138 1020 3144 1021 3152 1022 3211 1023 3089 1024 3124 1025 3081 1026 3129 1027 3203 1028 3172 1029 3169 1030 3065 1031 3203 1032 3142 1033 3161 1034 3130 1035 3065 1036 3222 1037 3150 1038 3169 1039 3173 1040 3149 1041 3175 1042 3263 1043 3190 1044 3183 1045 3249 1046 3136 1047 3193 1048 3226 1049 3239 1050 3266 1051 3198 1052 3184 1053 3194 1054 3194 1055 3241 1056 3262 1057 3265 1058 3301 1059 3347 1060 3284 1061 3356 1062 3284 1063 3280 1064 3213 1065 3263 1066 3312 1067 3275 1068 3261 1069 3286 1070 3283 1071 3342 1072 3333 1073 3331 1074 3320 1075 3318 1076 3299 1077 3338 1078 3337 1079 3312 1080 3311 1081 3341 1082 3316 1083 3287 1084 3340 1085 3331 1086 3272 1087 3381 1088 3302 1089 3318 1090 3274 1091 3310 1092 3333 1093 3277 1094 3336 1095 3387 1096 3242 1097 3441 1098 3317 1099 3289 1100 3263 1101 3286 1102 3349 1103 3300 1104 3279 1105 3287 1106 3189 1107 3327 1108 3313 1109 3287 1110 3260 1111 3223 1112 3262 1113 3228 1114 3259 1115 3289 1116 3293 1117 3212 1118 3253 1119 3213 1120 3265 1121 3155 1122 3208 1123 3235 1124 3191 1125 3152 1126 3193 1127 3218 1128 3131 1129 3127 1130 3112 1131 3174 1132 3211 1133 3203 1134 3155 1135 3221 1136 3227 1137 3199 1138 3075 1139 3189 1140 3205 1141 3207 1142 3161 1143 3150 1144 3082 1145 3080 1146 3202 1147 3149 1148 3047 1149 3045 1150 3039 1151 3109 1152 3070 1153 3077 1154 3065 1155 2983 1156 3040 1157 3118 1158 3201 1159 3055 1160 3141 1161 3053 1162 3077 1163 2961 1164 2937 1165 3059 1166 3019 1167 2997 1168 2990 1169 3054 1170 3085 1171 3010 1172 3150 1173 3015 1174 3059 1175 2924 1176 2959 1177 3030 1178 2865 1179 2994 1180 3056 1181 2926 1182 2897 1183 2927 1184 2914 1185 3045