## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606233.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606233.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606233.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:38:49 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 209 105 112 21 2596048 292.711004 296.335275 28682439 FR 61 115 157 191 225 277 971 2261 4837 8817 30967 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 7 24 17 25 29 26 33 27 53 28 53 29 90 30 125 31 646 32 680 33 813 34 979 35 1155 36 1410 37 1738 38 2077 39 2677 40 3491 41 3761 42 3950 43 3987 44 4071 45 4290 46 4524 47 5332 48 5821 49 6846 50 7900 51 8812 52 9359 53 9656 54 10025 55 10977 56 11671 57 12908 58 14446 59 16023 60 17973 61 20058 62 21724 63 23414 64 24448 65 26116 66 28079 67 30339 68 32846 69 36188 70 40314 71 43729 72 47656 73 50512 74 53145 75 56860 76 60112 77 64004 78 68498 79 73687 80 79055 81 84298 82 89073 83 93413 84 97533 85 101500 86 104698 87 109101 88 114049 89 118387 90 123447 91 127815 92 132430 93 136792 94 139881 95 142571 96 144615 97 147286 98 149138 99 150452 100 154632 101 156453 102 158594 103 160428 104 160661 105 161559 106 160983 107 160688 108 161204 109 160941 110 161319 111 161008 112 160322 113 159916 114 159287 115 157802 116 157002 117 154842 118 153170 119 151790 120 150702 121 149092 122 147884 123 145997 124 144695 125 143546 126 140850 127 138915 128 136661 129 135046 130 132499 131 130916 132 130650 133 127772 134 126307 135 124557 136 122195 137 120348 138 118636 139 117112 140 114603 141 112923 142 111912 143 110367 144 108597 145 106857 146 105363 147 103121 148 101631 149 99818 150 98232 151 96847 152 95444 153 93587 154 93116 155 91503 156 89549 157 88197 158 87218 159 86139 160 84375 161 83474 162 82063 163 81520 164 80021 165 78582 166 78181 167 76548 168 75375 169 74830 170 73047 171 72156 172 71869 173 70830 174 70068 175 68861 176 67732 177 67512 178 66911 179 65573 180 65046 181 64478 182 63479 183 62723 184 62196 185 61569 186 60927 187 59999 188 59089 189 58387 190 57797 191 57084 192 56330 193 56200 194 55669 195 55257 196 54561 197 53539 198 53263 199 52260 200 51230 201 51118 202 50252 203 50340 204 49636 205 49331 206 48520 207 48054 208 47672 209 47156 210 46420 211 45905 212 45498 213 45034 214 44767 215 44097 216 43405 217 43084 218 42594 219 42114 220 41617 221 40821 222 40707 223 40106 224 39864 225 39672 226 39114 227 38271 228 38154 229 37655 230 37525 231 36824 232 36632 233 36273 234 35459 235 35498 236 34621 237 34517 238 34288 239 34005 240 33327 241 32989 242 32538 243 32215 244 31776 245 31403 246 31387 247 30995 248 30497 249 29989 250 29738 251 29172 252 29072 253 28866 254 28728 255 28144 256 27655 257 27420 258 27288 259 27149 260 26619 261 26054 262 26160 263 26049 264 25628 265 25066 266 24856 267 24843 268 24360 269 23987 270 23988 271 23418 272 23368 273 23165 274 23387 275 22613 276 22200 277 22320 278 22115 279 21965 280 21774 281 21572 282 21508 283 21040 284 20821 285 20655 286 20357 287 20125 288 19634 289 19669 290 19493 291 19218 292 18944 293 18716 294 18796 295 18404 296 18433 297 18120 298 18055 299 17808 300 17392 301 17359 302 17454 303 16964 304 16891 305 16824 306 16622 307 16353 308 16468 309 16102 310 16034 311 15728 312 15689 313 15528 314 15203 315 15310 316 15166 317 15136 318 14736 319 14666 320 14570 321 14498 322 14443 323 14203 324 14136 325 14061 326 13860 327 13626 328 13408 329 13461 330 13298 331 13267 332 13223 333 13036 334 12715 335 12804 336 12707 337 12648 338 12474 339 12451 340 12406 341 12186 342 12160 343 11839 344 11866 345 11864 346 11679 347 11426 348 11460 349 11494 350 11346 351 11399 352 11341 353 11026 354 11043 355 11053 356 10648 357 10739 358 10710 359 10661 360 10581 361 10450 362 10317 363 10384 364 10292 365 10191 366 10272 367 10188 368 10136 369 9928 370 9878 371 9796 372 9780 373 9911 374 9704 375 9647 376 9651 377 9558 378 9476 379 9442 380 9329 381 9383 382 9333 383 9232 384 9086 385 9121 386 9271 387 9033 388 8969 389 9039 390 8971 391 8865 392 8829 393 8629 394 8802 395 8824 396 8753 397 8763 398 8575 399 8424 400 8562 401 8502 402 8558 403 8464 404 8324 405 8255 406 8231 407 8313 408 8152 409 8109 410 8067 411 8114 412 8198 413 8048 414 7909 415 8006 416 8029 417 7938 418 7998 419 8004 420 7878 421 7664 422 7812 423 7685 424 7690 425 7721 426 7721 427 7583 428 7574 429 7482 430 7424 431 7521 432 7383 433 7480 434 7380 435 7344 436 7395 437 7281 438 7186 439 7239 440 7305 441 7153 442 7143 443 7056 444 7085 445 7159 446 7150 447 6993 448 6987 449 6953 450 6948 451 6903 452 6753 453 6951 454 7018 455 7055 456 6698 457 6895 458 6773 459 6700 460 6618 461 6729 462 6863 463 6731 464 6729 465 6591 466 6703 467 6568 468 6660 469 6649 470 6600 471 6459 472 6598 473 6529 474 6537 475 6463 476 6404 477 6569 478 6647 479 6529 480 6527 481 6499 482 6525 483 6445 484 6546 485 6471 486 6415 487 6447 488 6416 489 6536 490 6469 491 6491 492 6219 493 6452 494 6214 495 6334 496 6348 497 6174 498 6222 499 6226 500 6155 501 6250 502 6206 503 6237 504 6307 505 6237 506 6253 507 6165 508 6190 509 6214 510 6077 511 6120 512 6141 513 6105 514 6080 515 6120 516 6079 517 6012 518 5974 519 6090 520 6047 521 5914 522 6117 523 6028 524 5998 525 6049 526 6012 527 6073 528 6219 529 6031 530 6039 531 5973 532 6011 533 6165 534 6017 535 5975 536 5963 537 6110 538 5984 539 6025 540 6141 541 6034 542 5887 543 6003 544 5944 545 6053 546 5980 547 5961 548 6023 549 5946 550 6090 551 5890 552 6084 553 5934 554 5932 555 5912 556 5935 557 5915 558 5841 559 5971 560 5910 561 5923 562 5861 563 5938 564 5918 565 5864 566 5871 567 5780 568 5856 569 5910 570 5759 571 5852 572 5863 573 5731 574 5840 575 5889 576 5765 577 5710 578 5739 579 5758 580 5741 581 5844 582 5708 583 5760 584 5655 585 5709 586 5618 587 5730 588 5789 589 5764 590 5665 591 5613 592 5726 593 5636 594 5815 595 5846 596 5805 597 5690 598 5836 599 5727 600 5820 601 5648 602 5726 603 5778 604 5651 605 5790 606 5750 607 5731 608 5588 609 5700 610 5695 611 5719 612 5727 613 5636 614 5604 615 5610 616 5660 617 5701 618 5607 619 5711 620 5625 621 5607 622 5617 623 5689 624 5491 625 5560 626 5559 627 5646 628 5682 629 5572 630 5544 631 5602 632 5557 633 5473 634 5560 635 5675 636 5629 637 5637 638 5609 639 5416 640 5668 641 5473 642 5552 643 5481 644 5609 645 5446 646 5337 647 5444 648 5523 649 5509 650 5456 651 5528 652 5497 653 5429 654 5321 655 5457 656 5470 657 5421 658 5417 659 5377 660 5461 661 5408 662 5414 663 5283 664 5536 665 5351 666 5310 667 5448 668 5315 669 5486 670 5405 671 5363 672 5472 673 5405 674 5381 675 5425 676 5447 677 5386 678 5296 679 5439 680 5411 681 5289 682 5520 683 5476 684 5499 685 5356 686 5367 687 5451 688 5469 689 5517 690 5481 691 5609 692 5519 693 5488 694 5425 695 5419 696 5447 697 5512 698 5339 699 5398 700 5410 701 5478 702 5494 703 5513 704 5427 705 5550 706 5417 707 5450 708 5445 709 5396 710 5495 711 5489 712 5422 713 5467 714 5535 715 5475 716 5593 717 5393 718 5449 719 5392 720 5472 721 5476 722 5422 723 5484 724 5503 725 5374 726 5424 727 5385 728 5489 729 5574 730 5376 731 5426 732 5328 733 5365 734 5422 735 5522 736 5295 737 5422 738 5359 739 5344 740 5553 741 5439 742 5340 743 5482 744 5241 745 5395 746 5312 747 5406 748 5523 749 5360 750 5359 751 5466 752 5408 753 5341 754 5374 755 5402 756 5461 757 5303 758 5343 759 5349 760 5280 761 5344 762 5279 763 5220 764 5336 765 5290 766 5285 767 5250 768 5252 769 5216 770 5288 771 5379 772 5306 773 5145 774 5178 775 5281 776 5263 777 5189 778 5249 779 5205 780 5149 781 5261 782 5150 783 5051 784 5259 785 5199 786 5242 787 5085 788 5089 789 5195 790 5211 791 5153 792 5036 793 5146 794 5011 795 5128 796 5094 797 5046 798 5017 799 5124 800 4879 801 5013 802 5031 803 5049 804 5100 805 5088 806 4983 807 5071 808 5057 809 5067 810 5089 811 5063 812 5053 813 5004 814 5079 815 4991 816 5018 817 4978 818 4999 819 4897 820 5077 821 5076 822 5097 823 4880 824 4919 825 4903 826 5068 827 4876 828 4904 829 4896 830 4825 831 4907 832 4883 833 5020 834 4923 835 4863 836 4978 837 5013 838 4942 839 4923 840 4963 841 4945 842 5053 843 4976 844 5122 845 4950 846 4851 847 4945 848 4965 849 4928 850 4905 851 4917 852 5064 853 4947 854 4890 855 4951 856 5005 857 5018 858 5128 859 4976 860 4941 861 4826 862 4895 863 4945 864 4843 865 4916 866 4889 867 4878 868 4806 869 4928 870 4823 871 5042 872 4958 873 4826 874 4873 875 4830 876 4887 877 4976 878 4908 879 4904 880 4688 881 4789 882 4818 883 4867 884 4786 885 4748 886 4914 887 4714 888 4936 889 4758 890 4911 891 4746 892 4824 893 4805 894 4820 895 4729 896 4710 897 4676 898 4797 899 4743 900 4830 901 4602 902 4692 903 4723 904 4747 905 4731 906 4786 907 4653 908 4754 909 4764 910 4677 911 4717 912 4695 913 4643 914 4667 915 4687 916 4690 917 4541 918 4564 919 4654 920 4676 921 4590 922 4499 923 4572 924 4501 925 4495 926 4495 927 4524 928 4689 929 4478 930 4634 931 4534 932 4479 933 4504 934 4631 935 4567 936 4525 937 4568 938 4602 939 4458 940 4558 941 4527 942 4530 943 4528 944 4334 945 4505 946 4565 947 4685 948 4551 949 4411 950 4359 951 4410 952 4460 953 4444 954 4483 955 4421 956 4419 957 4460 958 4379 959 4464 960 4520 961 4506 962 4347 963 4333 964 4372 965 4299 966 4443 967 4485 968 4333 969 4268 970 4302 971 4375 972 4404 973 4324 974 4371 975 4423 976 4296 977 4338 978 4331 979 4398 980 4291 981 4317 982 4236 983 4199 984 4190 985 4292 986 4236 987 4241 988 4346 989 4176 990 4179 991 4206 992 4202 993 4231 994 4227 995 4224 996 4215 997 4316 998 4210 999 4183 1000 4265 1001 4262 1002 4216 1003 4225 1004 4108 1005 4213 1006 4178 1007 4241 1008 4203 1009 4129 1010 4317 1011 4314 1012 4135 1013 4197 1014 4147 1015 4224 1016 4218 1017 4152 1018 4286 1019 4190 1020 4223 1021 4088 1022 4219 1023 4226 1024 4277 1025 4246 1026 4304 1027 4190 1028 4154 1029 4190 1030 4201 1031 4187 1032 4200 1033 4220 1034 4173 1035 4127 1036 4220 1037 4233 1038 4310 1039 4351 1040 4240 1041 4284 1042 4130 1043 4301 1044 4318 1045 4202 1046 4192 1047 4190 1048 4148 1049 4265 1050 4466 1051 4255 1052 4327 1053 4308 1054 4354 1055 4332 1056 4264 1057 4289 1058 4360 1059 4367 1060 4289 1061 4339 1062 4300 1063 4329 1064 4324 1065 4346 1066 4445 1067 4393 1068 4465 1069 4357 1070 4425 1071 4476 1072 4373 1073 4488 1074 4325 1075 4423 1076 4407 1077 4347 1078 4389 1079 4530 1080 4458 1081 4385 1082 4379 1083 4358 1084 4409 1085 4375 1086 4510 1087 4411 1088 4489 1089 4342 1090 4561 1091 4415 1092 4397 1093 4460 1094 4417 1095 4396 1096 4405 1097 4483 1098 4460 1099 4474 1100 4373 1101 4316 1102 4325 1103 4505 1104 4348 1105 4386 1106 4362 1107 4426 1108 4309 1109 4483 1110 4400 1111 4362 1112 4263 1113 4313 1114 4388 1115 4329 1116 4300 1117 4289 1118 4368 1119 4344 1120 4251 1121 4224 1122 4307 1123 4212 1124 4269 1125 4250 1126 4238 1127 4236 1128 4261 1129 4215 1130 4272 1131 4288 1132 4226 1133 4216 1134 4299 1135 4186 1136 4283 1137 4283 1138 4225 1139 4223 1140 4208 1141 4325 1142 4178 1143 4279 1144 4151 1145 4208 1146 4180 1147 4156 1148 4098 1149 4132 1150 4217 1151 4073 1152 4175 1153 4189 1154 4124 1155 4124 1156 4144 1157 4020 1158 4175 1159 4092 1160 4213 1161 4100 1162 4070 1163 3991 1164 4015 1165 3931 1166 4016 1167 4050 1168 4090 1169 4079 1170 4073 1171 4020 1172 4070 1173 4107 1174 4123 1175 3832 1176 3970 1177 3958 1178 3949 1179 3928 1180 4036 1181 3969 1182 3996 1183 3813 1184 3916 1185 3935 1186 3961 1187 3922 1188 4051 1189 3864 1190 3935 1191 3900 1192 3841 1193 3863 1194 3828 1195 3856 1196 3818 1197 3889 1198 3916 1199 3942 1200 3832 1201 3876 1202 3945 1203 3816 1204 3890 1205 3916 1206 3791 1207 3862 1208 3874 1209 3854 1210 3900 1211 3839 1212 3817 1213 3963 1214 3844 1215 3873 1216 3866 1217 3844 1218 3858 1219 3889 1220 3846 1221 3836 1222 3864 1223 3760 1224 3890 1225 3710 1226 3832 1227 3715 1228 3798 1229 3786 1230 3819 1231 3912 1232 3756 1233 3734 1234 3753 1235 3858 1236 3778 1237 3744 1238 3851 1239 3787 1240 3763 1241 3846 1242 3727 1243 3865 1244 3720 1245 3846 1246 3830 1247 3702 1248 3749 1249 3730 1250 3892 1251 3725 1252 3752 1253 3701 1254 3737 1255 3662 1256 3763 1257 3727 1258 3730 1259 3748 1260 3721 1261 3651 1262 3695 1263 3762 1264 3819 1265 3673 1266 3670 1267 3700 1268 3647 1269 3571 1270 3700 1271 3764 1272 3724 1273 3580 1274 3703 1275 3716 1276 3728 1277 3620 1278 3626 1279 3766 1280 3717 1281 3740 1282 3586 1283 3650 1284 3671 1285 3604 1286 3680 1287 3663 1288 3764 1289 3656 1290 3680 1291 3657 1292 3719 1293 3548 1294 3659 1295 3725 1296 3672 1297 3715 1298 3642 1299 3664 1300 3699 1301 3572 1302 3723 1303 3583 1304 3702 1305 3570 1306 3622 1307 3541 1308 3681 1309 3757 1310 3689 1311 3637 1312 3655 1313 3614 1314 3675 1315 3683 1316 3682 1317 3746 1318 3734 1319 3570 1320 3718 1321 3596 1322 3737 1323 3657 1324 3764 1325 3637 1326 3632 1327 3685 1328 3674 1329 3687