## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606232.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606232.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606232.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:30:33 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 215 104 120 21 1056215 312.768413 324.203785 22466279 FR 65 123 169 205 241 301 1047 2323 4863 8753 30517 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 5 23 8 24 19 25 26 26 37 27 43 28 65 29 97 30 144 31 827 32 903 33 1032 34 1346 35 1582 36 1962 37 2355 38 2879 39 3660 40 4392 41 4974 42 4988 43 4894 44 5111 45 5177 46 5639 47 6319 48 7015 49 8000 50 9221 51 10097 52 10760 53 10693 54 11197 55 11918 56 12548 57 13840 58 15367 59 17027 60 19017 61 20780 62 22123 63 23478 64 24320 65 26028 66 27460 67 29635 68 31992 69 34629 70 38055 71 40831 72 43588 73 45991 74 48562 75 50758 76 53436 77 56267 78 59577 79 63463 80 67165 81 70706 82 74591 83 77898 84 80419 85 82564 86 84585 87 87845 88 90285 89 93349 90 96391 91 99933 92 102366 93 104581 94 106254 95 106861 96 108650 97 109441 98 110453 99 112932 100 114615 101 114953 102 116553 103 117329 104 117552 105 116870 106 116826 107 116275 108 116032 109 116085 110 116736 111 116062 112 116514 113 116398 114 115994 115 114454 116 113262 117 111135 118 110426 119 109533 120 108622 121 108391 122 107577 123 106603 124 105826 125 104208 126 102446 127 100764 128 99981 129 98503 130 97551 131 96575 132 95552 133 94189 134 93575 135 92415 136 90752 137 89566 138 87639 139 86826 140 84910 141 84141 142 83364 143 82651 144 81294 145 80522 146 79110 147 77704 148 76743 149 75170 150 74341 151 73120 152 72287 153 71502 154 70989 155 69732 156 68482 157 68018 158 66983 159 65546 160 65181 161 64252 162 63414 163 62176 164 61879 165 60487 166 60169 167 59165 168 58207 169 57662 170 57029 171 56180 172 55385 173 54704 174 54307 175 53585 176 52966 177 52287 178 51660 179 51065 180 50146 181 50122 182 49483 183 48360 184 48446 185 47919 186 47335 187 46661 188 45730 189 45532 190 44875 191 44306 192 43976 193 43121 194 42981 195 42560 196 42181 197 41672 198 41177 199 40837 200 40259 201 39903 202 39158 203 39081 204 38647 205 38345 206 37732 207 36947 208 36958 209 36208 210 36124 211 35353 212 35218 213 34961 214 34015 215 34399 216 33672 217 33494 218 33039 219 32579 220 32058 221 31748 222 31589 223 31173 224 30737 225 30500 226 30421 227 29817 228 29428 229 28983 230 28937 231 28712 232 28060 233 28110 234 27498 235 27141 236 27232 237 26566 238 26219 239 26446 240 25705 241 25233 242 25110 243 24848 244 24774 245 24396 246 24035 247 24118 248 23371 249 23204 250 22961 251 22954 252 22896 253 22109 254 21740 255 21733 256 21560 257 21399 258 21118 259 20631 260 20746 261 20369 262 20299 263 19941 264 19587 265 19430 266 19507 267 19189 268 19123 269 18901 270 18793 271 18416 272 18345 273 18102 274 17578 275 17471 276 17307 277 17421 278 17215 279 16992 280 16848 281 16539 282 16593 283 16262 284 16008 285 15907 286 15808 287 15627 288 15534 289 15412 290 15152 291 14971 292 14891 293 14859 294 14511 295 14697 296 14331 297 14319 298 14012 299 13919 300 13661 301 13852 302 13483 303 13399 304 13115 305 12875 306 13093 307 12789 308 12712 309 12587 310 12575 311 12459 312 12248 313 11958 314 11964 315 11890 316 11795 317 11883 318 11670 319 11374 320 11254 321 11259 322 11346 323 11034 324 11078 325 10929 326 10834 327 10677 328 10804 329 10549 330 10569 331 10205 332 10305 333 10073 334 10172 335 9934 336 10046 337 9854 338 9914 339 9529 340 9538 341 9635 342 9532 343 9441 344 9512 345 9114 346 9231 347 9210 348 9065 349 9085 350 8923 351 8778 352 8580 353 8813 354 8744 355 8600 356 8477 357 8441 358 8438 359 8361 360 8270 361 8328 362 8229 363 8143 364 8166 365 8054 366 8004 367 7866 368 7915 369 7939 370 7735 371 7754 372 7738 373 7635 374 7560 375 7588 376 7563 377 7606 378 7495 379 7428 380 7543 381 7490 382 7367 383 7310 384 7317 385 7243 386 7240 387 7181 388 7102 389 7103 390 7037 391 7011 392 7034 393 6985 394 6864 395 6980 396 6836 397 6873 398 6812 399 6743 400 6758 401 6705 402 6763 403 6688 404 6699 405 6539 406 6515 407 6592 408 6533 409 6566 410 6471 411 6527 412 6441 413 6333 414 6311 415 6387 416 6458 417 6213 418 6199 419 6330 420 6247 421 6222 422 6247 423 6155 424 6188 425 6050 426 6234 427 6108 428 5952 429 5913 430 5988 431 5982 432 5957 433 5776 434 5965 435 5820 436 5773 437 5895 438 5840 439 5830 440 5746 441 5775 442 5620 443 5668 444 5621 445 5836 446 5622 447 5651 448 5682 449 5555 450 5553 451 5494 452 5553 453 5617 454 5485 455 5526 456 5526 457 5508 458 5657 459 5359 460 5372 461 5498 462 5452 463 5471 464 5522 465 5239 466 5332 467 5386 468 5382 469 5294 470 5380 471 5317 472 5345 473 5347 474 5370 475 5369 476 5235 477 5230 478 5279 479 5105 480 5220 481 5116 482 5111 483 5276 484 5224 485 5213 486 5215 487 5114 488 4971 489 5200 490 5159 491 5111 492 5121 493 5170 494 5071 495 5132 496 5031 497 5136 498 5113 499 5120 500 4994 501 4967 502 5072 503 5051 504 5075 505 5061 506 5108 507 5003 508 4997 509 5097 510 4943 511 4921 512 4853 513 5059 514 5012 515 4996 516 5049 517 5058 518 4973 519 4942 520 4928 521 4838 522 4955 523 4876 524 4924 525 4801 526 4963 527 4825 528 4928 529 5003 530 4987 531 5018 532 4871 533 4948 534 4866 535 4839 536 4843 537 4858 538 4874 539 5002 540 5033 541 4895 542 4949 543 4910 544 4878 545 4922 546 4863 547 4827 548 4893 549 4807 550 4952 551 4762 552 4819 553 4851 554 4868 555 4729 556 4886 557 4786 558 4815 559 4716 560 4849 561 4768 562 4861 563 4790 564 4848 565 4855 566 4945 567 4800 568 4691 569 4829 570 4716 571 4866 572 4824 573 4718 574 4792 575 4805 576 4700 577 4823 578 4737 579 4828 580 4687 581 4759 582 4685 583 4778 584 4603 585 4640 586 4777 587 4678 588 4688 589 4732 590 4634 591 4731 592 4603 593 4576 594 4640 595 4584 596 4489 597 4638 598 4675 599 4673 600 4724 601 4612 602 4675 603 4655 604 4601 605 4652 606 4781 607 4781 608 4628 609 4654 610 4663 611 4710 612 4500 613 4607 614 4721 615 4533 616 4595 617 4476 618 4581 619 4441 620 4630 621 4581 622 4587 623 4596 624 4545 625 4628 626 4481 627 4542 628 4539 629 4647 630 4391 631 4471 632 4574 633 4486 634 4467 635 4599 636 4372 637 4439 638 4425 639 4454 640 4472 641 4510 642 4432 643 4456 644 4305 645 4519 646 4375 647 4395 648 4353 649 4384 650 4322 651 4315 652 4376 653 4372 654 4457 655 4428 656 4345 657 4372 658 4330 659 4401 660 4279 661 4283 662 4343 663 4312 664 4434 665 4449 666 4378 667 4282 668 4460 669 4366 670 4312 671 4407 672 4324 673 4532 674 4353 675 4401 676 4483 677 4307 678 4317 679 4395 680 4363 681 4244 682 4259 683 4376 684 4267 685 4342 686 4332 687 4344 688 4322 689 4515 690 4381 691 4384 692 4523 693 4491 694 4392 695 4306 696 4360 697 4360 698 4419 699 4575 700 4424 701 4326 702 4485 703 4477 704 4341 705 4372 706 4471 707 4486 708 4411 709 4517 710 4440 711 4413 712 4475 713 4429 714 4572 715 4601 716 4522 717 4414 718 4362 719 4436 720 4305 721 4466 722 4329 723 4346 724 4437 725 4302 726 4387 727 4416 728 4276 729 4351 730 4411 731 4339 732 4401 733 4283 734 4325 735 4379 736 4405 737 4382 738 4408 739 4401 740 4425 741 4368 742 4356 743 4394 744 4303 745 4434 746 4243 747 4312 748 4382 749 4436 750 4419 751 4426 752 4387 753 4286 754 4268 755 4412 756 4406 757 4332 758 4494 759 4322 760 4464 761 4369 762 4319 763 4410 764 4327 765 4369 766 4275 767 4442 768 4243 769 4232 770 4231 771 4268 772 4284 773 4393 774 4209 775 4257 776 4238 777 4226 778 4179 779 4244 780 4150 781 4232 782 4182 783 4203 784 4231 785 4162 786 4141 787 4155 788 4093 789 4141 790 4208 791 4208 792 4155 793 4163 794 4152 795 4091 796 4189 797 4143 798 4126 799 4256 800 4121 801 4112 802 4163 803 4162 804 4007 805 4114 806 4157 807 4153 808 4229 809 4103 810 4028 811 4025 812 4146 813 4076 814 4149 815 4136 816 4052 817 3970 818 4072 819 4006 820 4041 821 4039 822 4056 823 4043 824 4034 825 4010 826 3940 827 4069 828 4027 829 4043 830 3911 831 4009 832 4035 833 4057 834 3990 835 4062 836 3986 837 4182 838 4075 839 4044 840 4073 841 3935 842 3925 843 3976 844 3956 845 4066 846 4064 847 3905 848 4107 849 3965 850 3997 851 4020 852 3989 853 4039 854 3957 855 3969 856 3961 857 4001 858 4069 859 4038 860 4007 861 3921 862 4010 863 3996 864 4019 865 4024 866 4082 867 3885 868 4014 869 4110 870 3950 871 3884 872 4007 873 3972 874 4017 875 3857 876 4033 877 3935 878 3964 879 3932 880 3883 881 3962 882 3870 883 4018 884 3899 885 3864 886 3918 887 3993 888 3970 889 3998 890 3896 891 3902 892 3983 893 3917 894 3909 895 3867 896 3914 897 3926 898 3853 899 3916 900 3915 901 3881 902 3831 903 3826 904 3854 905 3859 906 3818 907 3817 908 3848 909 3857 910 3703 911 3902 912 3882 913 3868 914 3878 915 3845 916 3756 917 3808 918 3688 919 3853 920 3726 921 3807 922 3713 923 3709 924 3764 925 3730 926 3828 927 3725 928 3679 929 3815 930 3668 931 3795 932 3743 933 3593 934 3699 935 3589 936 3661 937 3601 938 3746 939 3642 940 3769 941 3697 942 3657 943 3591 944 3592 945 3778 946 3701 947 3663 948 3668 949 3712 950 3575 951 3635 952 3656 953 3672 954 3554 955 3585 956 3516 957 3648 958 3647 959 3573 960 3503 961 3549 962 3562 963 3650 964 3544 965 3589 966 3618 967 3619 968 3562 969 3438 970 3520 971 3505 972 3486 973 3555 974 3522 975 3502 976 3491 977 3547 978 3520 979 3403 980 3413 981 3527 982 3503 983 3483 984 3485 985 3385 986 3456 987 3337 988 3382 989 3497 990 3551 991 3435 992 3495 993 3413 994 3387 995 3407 996 3390 997 3424 998 3409 999 3417 1000 3412 1001 3486 1002 3463 1003 3424 1004 3362 1005 3314 1006 3422 1007 3461 1008 3336 1009 3386 1010 3483 1011 3468 1012 3412 1013 3378 1014 3497 1015 3415 1016 3420 1017 3475 1018 3422 1019 3489 1020 3424 1021 3389 1022 3528 1023 3493 1024 3459 1025 3492 1026 3428 1027 3446 1028 3412 1029 3449 1030 3417 1031 3547 1032 3398 1033 3481 1034 3438 1035 3480 1036 3420 1037 3390 1038 3420 1039 3460 1040 3483 1041 3477 1042 3404 1043 3495 1044 3464 1045 3506 1046 3496 1047 3508 1048 3530 1049 3527 1050 3528 1051 3563 1052 3543 1053 3442 1054 3494 1055 3479 1056 3521 1057 3621 1058 3611 1059 3580 1060 3598 1061 3551 1062 3532 1063 3525 1064 3588 1065 3619 1066 3483 1067 3544 1068 3536 1069 3645 1070 3626 1071 3634 1072 3611 1073 3669 1074 3632 1075 3655 1076 3607 1077 3671 1078 3698 1079 3759 1080 3597 1081 3662 1082 3584 1083 3667 1084 3685 1085 3675 1086 3700 1087 3519 1088 3662 1089 3564 1090 3551 1091 3672 1092 3576 1093 3653 1094 3630 1095 3732 1096 3558 1097 3586 1098 3624 1099 3611 1100 3588 1101 3591 1102 3574 1103 3603 1104 3585 1105 3527 1106 3601 1107 3700 1108 3631 1109 3570 1110 3575 1111 3460 1112 3490 1113 3494 1114 3506 1115 3560 1116 3484 1117 3490 1118 3537 1119 3456 1120 3531 1121 3565 1122 3565 1123 3485 1124 3506 1125 3623 1126 3440 1127 3509 1128 3615 1129 3526 1130 3495 1131 3455 1132 3466 1133 3455 1134 3411 1135 3448 1136 3546 1137 3464 1138 3438 1139 3513 1140 3503 1141 3524 1142 3486 1143 3330 1144 3484 1145 3420 1146 3452 1147 3364 1148 3414 1149 3406 1150 3385 1151 3387 1152 3396 1153 3285 1154 3319 1155 3372 1156 3455 1157 3386 1158 3350 1159 3345 1160 3467 1161 3260 1162 3304 1163 3274 1164 3265 1165 3218 1166 3318 1167 3358 1168 3319 1169 3287 1170 3258 1171 3303 1172 3264 1173 3241 1174 3250 1175 3210 1176 3239 1177 3276 1178 3208 1179 3290 1180 3206 1181 3303 1182 3175 1183 3202 1184 3156 1185 3182 1186 3241 1187 3227 1188 3312 1189 3198 1190 3154 1191 3235 1192 3231 1193 3207 1194 3182 1195 3141 1196 3217 1197 3078 1198 3106 1199 3230 1200 3094 1201 3192 1202 3071 1203 3123 1204 3122 1205 3164 1206 3164 1207 3083 1208 3192 1209 3163 1210 3134 1211 3118 1212 3194 1213 3143 1214 3152 1215 3155 1216 3116 1217 3111 1218 3158 1219 3112 1220 3151 1221 3179 1222 3117 1223 3057 1224 3041 1225 3175 1226 3117 1227 3068 1228 3137 1229 3037 1230 3121 1231 3146 1232 3003 1233 2975 1234 3145 1235 2997 1236 3162 1237 3047 1238 3077 1239 3071 1240 3109 1241 3081 1242 3024 1243 3069 1244 3110 1245 3057 1246 3111 1247 2990 1248 3071 1249 3118 1250 3095 1251 3107 1252 2998 1253 2978 1254 3018 1255 3167 1256 3041 1257 3068 1258 3022 1259 3062 1260 3056 1261 3014 1262 2842 1263 2981 1264 3079 1265 2975 1266 2951 1267 3037 1268 2962 1269 3040 1270 3091 1271 3034 1272 3023 1273 3000 1274 3020 1275 3003 1276 3011 1277 2991 1278 2994 1279 3076 1280 3020 1281 3127 1282 2908 1283 2997 1284 3107 1285 2973 1286 2964 1287 2915 1288 2953 1289 3067 1290 2847 1291 2996 1292 2937 1293 3078 1294 3043 1295 2948 1296 2933 1297 3062 1298 3019 1299 2913 1300 3022 1301 3024 1302 3047 1303 2921 1304 3051 1305 2968 1306 2936 1307 3022 1308 2961 1309 2945 1310 2988 1311 2948 1312 3038 1313 2989 1314 2949 1315 3004 1316 2982 1317 3016 1318 2974 1319 2934 1320 2969 1321 3012 1322 3000 1323 3004 1324 2946 1325 2923 1326 2899 1327 2969 1328 2900 1329 3009 1330 3049 1331 3023 1332 2925 1333 2979 1334 2970 1335 2903 1336 3002 1337 3016 1338 2906 1339 2994 1340 2821 1341 2969 1342 2875 1343 2961 1344 2918 1345 2977 1346 2920 1347 2918 1348 2974 1349 2851 1350 2979 1351 2918 1352 2911 1353 2840 1354 2854 1355 2898 1356 2873 1357 2866 1358 2859 1359 2860 1360 2899 1361 2842 1362 2863 1363 2870 1364 2841 1365 2859 1366 2875 1367 2810 1368 2875 1369 2843 1370 2819 1371 2769 1372 2872 1373 2733 1374 2808 1375 2797 1376 2751 1377 2741 1378 2833 1379 2782 1380 2686 1381 2787 1382 2742 1383 2781 1384 2796 1385 2789 1386 2846 1387 2761 1388 2746 1389 2718 1390 2800 1391 2714 1392 2848 1393 2713 1394 2853 1395 2777 1396 2859 1397 2761 1398 2753 1399 2677 1400 2721 1401 2732 1402 2710 1403 2773 1404 2804 1405 2746 1406 2746 1407 2751 1408 2589 1409 2794 1410 2730 1411 2744 1412 2705 1413 2767 1414 2626 1415 2686