## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606231.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606231.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606231.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:50:38 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 207 113 109 21 1294637 285.002054 286.011935 27240828 FR 59 111 151 187 219 269 963 2275 4901 8987 31683 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 4 22 5 23 4 24 10 25 20 26 27 27 27 28 53 29 76 30 107 31 545 32 676 33 714 34 864 35 1019 36 1293 37 1569 38 1952 39 2566 40 3123 41 3482 42 3717 43 3619 44 3827 45 3963 46 4331 47 4872 48 5561 49 6324 50 7289 51 8008 52 8716 53 9049 54 9280 55 9750 56 10527 57 11724 58 13016 59 14491 60 16324 61 18135 62 19785 63 21068 64 22117 65 23351 66 25372 67 27664 68 29639 69 32664 70 35997 71 39648 72 42892 73 45730 74 48406 75 51467 76 54731 77 58114 78 62163 79 66998 80 72208 81 76795 82 81849 83 86305 84 90365 85 93559 86 97381 87 101536 88 106091 89 110252 90 115569 91 120027 92 125168 93 128950 94 131654 95 134012 96 136999 97 138726 98 141324 99 143846 100 147155 101 149690 102 152017 103 153599 104 153476 105 153228 106 153976 107 153888 108 154050 109 153930 110 153752 111 154031 112 153891 113 154221 114 153314 115 151779 116 150601 117 148523 118 147014 119 146140 120 144628 121 143514 122 142685 123 141025 124 139389 125 138137 126 136043 127 132864 128 131266 129 129460 130 127498 131 126520 132 125393 133 124292 134 121450 135 120070 136 118727 137 116563 138 114446 139 112452 140 111104 141 109631 142 107729 143 107162 144 104885 145 103142 146 102000 147 99997 148 98613 149 97187 150 95745 151 94009 152 93002 153 91392 154 90051 155 89073 156 87659 157 85668 158 84646 159 82989 160 81936 161 81157 162 80307 163 79058 164 77642 165 77387 166 75777 167 75034 168 73276 169 72634 170 71477 171 70278 172 70306 173 68766 174 67793 175 67308 176 66513 177 65236 178 64617 179 63811 180 62464 181 62136 182 61640 183 61055 184 60246 185 59728 186 59118 187 58539 188 57778 189 56654 190 56135 191 55318 192 55058 193 54290 194 53875 195 52857 196 52810 197 51558 198 51315 199 50460 200 50182 201 49670 202 49089 203 48269 204 47920 205 47548 206 47051 207 46733 208 46288 209 45613 210 45006 211 44285 212 43795 213 43507 214 42973 215 42655 216 42058 217 41409 218 40936 219 40544 220 40204 221 39672 222 39448 223 38674 224 38494 225 37822 226 37467 227 36998 228 36381 229 36344 230 35380 231 35046 232 34790 233 34431 234 34148 235 33866 236 33468 237 32719 238 32679 239 32353 240 31719 241 31300 242 30914 243 30415 244 30306 245 30303 246 29826 247 29523 248 29182 249 28623 250 28356 251 27957 252 27914 253 27293 254 26751 255 26789 256 26578 257 26277 258 26039 259 25970 260 25418 261 25069 262 24629 263 24923 264 24295 265 23667 266 23683 267 23403 268 23302 269 23212 270 23013 271 22513 272 22396 273 22217 274 21924 275 21383 276 21388 277 21212 278 20852 279 20940 280 20522 281 20161 282 19972 283 19857 284 19569 285 19489 286 19124 287 18887 288 18693 289 18532 290 18625 291 18243 292 18144 293 17904 294 17645 295 17403 296 17229 297 17006 298 17060 299 16817 300 16593 301 16332 302 16194 303 16327 304 15946 305 15786 306 15686 307 15505 308 15394 309 15211 310 15048 311 14924 312 14686 313 14707 314 14542 315 14327 316 14063 317 14011 318 13904 319 14022 320 13682 321 13597 322 13454 323 13152 324 13013 325 12919 326 13041 327 12761 328 12798 329 12555 330 12473 331 12210 332 12404 333 12269 334 12025 335 11850 336 11736 337 11733 338 11665 339 11591 340 11501 341 11237 342 11311 343 11118 344 10999 345 10810 346 10868 347 10852 348 10568 349 10637 350 10580 351 10273 352 10386 353 10401 354 10110 355 10123 356 10121 357 9976 358 9894 359 9867 360 9763 361 9720 362 9471 363 9566 364 9565 365 9595 366 9346 367 9545 368 9277 369 9301 370 9263 371 9241 372 9244 373 8989 374 9055 375 9115 376 9077 377 8900 378 8839 379 8702 380 8768 381 8556 382 8659 383 8622 384 8445 385 8418 386 8287 387 8264 388 8118 389 8369 390 8122 391 8286 392 8120 393 8127 394 7979 395 8026 396 7982 397 7966 398 8087 399 7908 400 7998 401 7788 402 7753 403 7628 404 7733 405 7605 406 7621 407 7606 408 7554 409 7525 410 7498 411 7599 412 7567 413 7446 414 7383 415 7473 416 7280 417 7281 418 7381 419 7409 420 7281 421 7110 422 7148 423 7084 424 7085 425 7086 426 7033 427 7157 428 6946 429 6888 430 6852 431 6797 432 6795 433 6795 434 6742 435 6624 436 6692 437 6729 438 6658 439 6717 440 6543 441 6521 442 6432 443 6437 444 6391 445 6606 446 6405 447 6478 448 6463 449 6353 450 6346 451 6166 452 6376 453 6491 454 6357 455 6386 456 6236 457 6262 458 6086 459 6096 460 6125 461 6146 462 6050 463 6301 464 6081 465 6103 466 6125 467 6066 468 6084 469 5912 470 5956 471 6005 472 6011 473 5958 474 6082 475 6081 476 6040 477 5980 478 5956 479 5856 480 6031 481 5800 482 5989 483 5661 484 5994 485 5914 486 5888 487 5848 488 5801 489 5803 490 5709 491 5687 492 5750 493 5811 494 5689 495 5967 496 5678 497 5783 498 5931 499 5628 500 5881 501 5735 502 5748 503 5512 504 5796 505 5666 506 5736 507 5633 508 5664 509 5606 510 5736 511 5676 512 5497 513 5688 514 5560 515 5560 516 5635 517 5555 518 5586 519 5567 520 5634 521 5454 522 5589 523 5546 524 5615 525 5531 526 5628 527 5621 528 5553 529 5571 530 5396 531 5509 532 5521 533 5429 534 5453 535 5548 536 5500 537 5512 538 5438 539 5458 540 5493 541 5421 542 5532 543 5479 544 5404 545 5561 546 5560 547 5642 548 5625 549 5454 550 5448 551 5437 552 5586 553 5465 554 5382 555 5394 556 5523 557 5442 558 5365 559 5456 560 5532 561 5414 562 5439 563 5416 564 5416 565 5384 566 5436 567 5348 568 5412 569 5444 570 5318 571 5346 572 5412 573 5409 574 5467 575 5326 576 5350 577 5372 578 5285 579 5306 580 5318 581 5342 582 5373 583 5227 584 5210 585 5308 586 5270 587 5242 588 5481 589 5295 590 5253 591 5363 592 5257 593 5262 594 5332 595 5147 596 5241 597 5181 598 5308 599 5347 600 5335 601 5223 602 5274 603 5225 604 5176 605 5381 606 5172 607 5359 608 5260 609 5254 610 5233 611 5288 612 5245 613 5160 614 5328 615 5213 616 5195 617 5178 618 5159 619 5139 620 5164 621 5136 622 5253 623 5129 624 5118 625 5183 626 5163 627 5238 628 5235 629 5191 630 5153 631 5122 632 5148 633 5168 634 5183 635 5094 636 5113 637 5106 638 5189 639 4970 640 4989 641 5110 642 5154 643 5053 644 5073 645 4976 646 5134 647 5004 648 5036 649 5082 650 5120 651 4923 652 5004 653 4994 654 5070 655 5118 656 5005 657 4796 658 4870 659 4946 660 4965 661 5049 662 4997 663 5054 664 4994 665 4980 666 4913 667 5173 668 5007 669 5056 670 4966 671 5017 672 5072 673 4831 674 4951 675 4971 676 4871 677 4941 678 4892 679 4982 680 5133 681 4906 682 5060 683 4949 684 5015 685 4862 686 4913 687 4902 688 4941 689 5075 690 4931 691 4996 692 4995 693 4983 694 5028 695 5076 696 4980 697 5096 698 5004 699 4854 700 5021 701 5043 702 5089 703 5032 704 5041 705 5005 706 5072 707 4983 708 5063 709 4909 710 4910 711 5055 712 5102 713 5002 714 5127 715 5062 716 5138 717 4994 718 5165 719 5029 720 5013 721 4956 722 4888 723 5029 724 4923 725 4995 726 4910 727 5169 728 5047 729 5078 730 4934 731 4882 732 4971 733 4966 734 4995 735 5026 736 4994 737 5001 738 4916 739 4932 740 4963 741 5029 742 4979 743 4956 744 4998 745 4959 746 5020 747 5070 748 4978 749 4936 750 4926 751 5008 752 5002 753 5019 754 4937 755 5050 756 4916 757 4863 758 5005 759 4952 760 4902 761 4972 762 4911 763 4821 764 4893 765 4952 766 4917 767 4914 768 4833 769 4883 770 4842 771 4873 772 4867 773 4826 774 4917 775 4830 776 4866 777 4760 778 4855 779 4946 780 4818 781 4826 782 4888 783 4736 784 4765 785 4764 786 4926 787 4904 788 4730 789 4732 790 4723 791 4685 792 4804 793 4803 794 4705 795 4796 796 4884 797 4670 798 4872 799 4809 800 4705 801 4770 802 4692 803 4713 804 4762 805 4683 806 4698 807 4656 808 4686 809 4698 810 4650 811 4706 812 4646 813 4713 814 4689 815 4688 816 4794 817 4567 818 4772 819 4657 820 4694 821 4606 822 4574 823 4659 824 4608 825 4570 826 4703 827 4734 828 4609 829 4590 830 4658 831 4568 832 4530 833 4637 834 4565 835 4581 836 4595 837 4665 838 4665 839 4591 840 4642 841 4569 842 4672 843 4633 844 4571 845 4612 846 4613 847 4577 848 4674 849 4635 850 4596 851 4640 852 4627 853 4585 854 4557 855 4656 856 4596 857 4570 858 4775 859 4509 860 4605 861 4544 862 4569 863 4628 864 4518 865 4566 866 4508 867 4482 868 4632 869 4511 870 4549 871 4450 872 4508 873 4637 874 4612 875 4570 876 4586 877 4591 878 4493 879 4482 880 4537 881 4454 882 4568 883 4584 884 4535 885 4548 886 4589 887 4537 888 4476 889 4484 890 4491 891 4494 892 4455 893 4468 894 4494 895 4442 896 4420 897 4491 898 4500 899 4441 900 4521 901 4352 902 4508 903 4444 904 4476 905 4460 906 4387 907 4309 908 4421 909 4399 910 4417 911 4406 912 4383 913 4369 914 4261 915 4348 916 4305 917 4433 918 4220 919 4251 920 4344 921 4332 922 4372 923 4317 924 4224 925 4251 926 4336 927 4423 928 4270 929 4317 930 4299 931 4231 932 4161 933 4245 934 4251 935 4271 936 4158 937 4284 938 4217 939 4138 940 4217 941 4166 942 4217 943 4158 944 4170 945 4208 946 4152 947 4149 948 4073 949 4061 950 4189 951 4084 952 4204 953 4130 954 4111 955 4196 956 4197 957 4151 958 4154 959 4069 960 4246 961 4079 962 4097 963 4037 964 4119 965 3986 966 4006 967 4232 968 4050 969 4080 970 4095 971 4044 972 4170 973 4002 974 4065 975 4064 976 4066 977 3947 978 4059 979 4103 980 3997 981 3993 982 4093 983 4101 984 4070 985 4015 986 3957 987 3894 988 3970 989 3954 990 3914 991 3958 992 3989 993 4013 994 4020 995 3918 996 3873 997 3997 998 4015 999 3840 1000 3995 1001 3917 1002 3832 1003 3938 1004 3881 1005 3859 1006 3855 1007 3996 1008 3920 1009 3920 1010 3968 1011 3960 1012 3866 1013 4038 1014 3901 1015 4007 1016 3979 1017 3907 1018 4012 1019 3904 1020 3996 1021 3941 1022 4025 1023 4003 1024 3911 1025 3939 1026 3967 1027 3927 1028 3907 1029 3952 1030 3970 1031 3929 1032 3856 1033 3896 1034 3894 1035 3956 1036 3932 1037 3921 1038 3922 1039 3922 1040 3851 1041 3923 1042 3959 1043 3936 1044 3958 1045 4003 1046 3935 1047 3985 1048 3993 1049 4060 1050 4179 1051 4069 1052 3925 1053 3898 1054 4013 1055 4013 1056 4152 1057 4003 1058 4025 1059 4052 1060 4057 1061 4080 1062 4077 1063 4190 1064 4051 1065 3973 1066 4029 1067 4083 1068 4029 1069 4145 1070 4166 1071 4207 1072 4064 1073 4126 1074 4115 1075 4208 1076 4143 1077 4028 1078 4139 1079 4234 1080 4135 1081 4232 1082 4098 1083 4131 1084 4170 1085 4148 1086 4237 1087 4076 1088 4158 1089 4077 1090 4046 1091 4186 1092 4128 1093 4211 1094 4244 1095 4194 1096 4174 1097 4201 1098 4153 1099 4135 1100 4206 1101 4020 1102 4170 1103 4161 1104 4161 1105 4113 1106 4164 1107 3952 1108 4103 1109 4037 1110 4117 1111 4000 1112 3994 1113 4027 1114 4067 1115 3877 1116 4143 1117 4061 1118 3897 1119 4049 1120 3982 1121 4137 1122 4098 1123 4001 1124 4064 1125 3925 1126 3942 1127 4020 1128 4001 1129 3971 1130 4025 1131 4090 1132 3933 1133 4034 1134 3960 1135 3952 1136 4048 1137 3999 1138 3960 1139 3975 1140 3838 1141 3944 1142 3997 1143 3829 1144 3846 1145 3935 1146 3950 1147 3909 1148 3940 1149 3977 1150 3812 1151 3875 1152 3858 1153 3924 1154 3878 1155 3793 1156 3791 1157 3803 1158 3894 1159 3870 1160 3908 1161 3795 1162 3787 1163 3735 1164 3783 1165 3769 1166 3829 1167 3872 1168 3777 1169 3767 1170 3772 1171 3717 1172 3810 1173 3884 1174 3759 1175 3672 1176 3729 1177 3671 1178 3753 1179 3750 1180 3692 1181 3873 1182 3715 1183 3748 1184 3742 1185 3778 1186 3642 1187 3725 1188 3690 1189 3554 1190 3639 1191 3671 1192 3660 1193 3726 1194 3685 1195 3673 1196 3532 1197 3585 1198 3642 1199 3686 1200 3717 1201 3713 1202 3685 1203 3560 1204 3732 1205 3593 1206 3651 1207 3582 1208 3647 1209 3629 1210 3556 1211 3629 1212 3643 1213 3636 1214 3599 1215 3560 1216 3609 1217 3688 1218 3715 1219 3657 1220 3502 1221 3535 1222 3704 1223 3573 1224 3558 1225 3506 1226 3588 1227 3518 1228 3535 1229 3506 1230 3543 1231 3550 1232 3549 1233 3571 1234 3526 1235 3495 1236 3449 1237 3601 1238 3543 1239 3448 1240 3478 1241 3492 1242 3481 1243 3643 1244 3523 1245 3576 1246 3529 1247 3543 1248 3544 1249 3655 1250 3607 1251 3521 1252 3478 1253 3468 1254 3551 1255 3434 1256 3493 1257 3515 1258 3521 1259 3505 1260 3550 1261 3510 1262 3541 1263 3530 1264 3479 1265 3509 1266 3462 1267 3474 1268 3479 1269 3464 1270 3467 1271 3428 1272 3365 1273 3486 1274 3418 1275 3538 1276 3419 1277 3350 1278 3496 1279 3403 1280 3569 1281 3472 1282 3494 1283 3429 1284 3416 1285 3409 1286 3418 1287 3418 1288 3477 1289 3331 1290 3424 1291 3389 1292 3419 1293 3416 1294 3377 1295 3376 1296 3413 1297 3436