## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606230.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606230.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606230.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:28:01 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 105 107 22 1061764 282.104645 282.381284 14313933 FR 59 109 149 183 215 267 963 2239 4761 8657 30639 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 3 24 5 25 10 26 11 27 21 28 30 29 36 30 63 31 284 32 333 33 377 34 466 35 504 36 656 37 762 38 1004 39 1379 40 1591 41 1856 42 1891 43 1875 44 1925 45 2101 46 2281 47 2519 48 2806 49 3166 50 3667 51 4145 52 4434 53 4522 54 4706 55 5033 56 5622 57 6204 58 6745 59 7553 60 8465 61 9541 62 10383 63 11058 64 11653 65 12208 66 13438 67 14429 68 16035 69 17557 70 19573 71 21396 72 22940 73 24694 74 25910 75 27762 76 29319 77 31794 78 33840 79 36628 80 39491 81 42195 82 44671 83 47043 84 49213 85 51385 86 53288 87 55451 88 58297 89 60686 90 63567 91 66068 92 68321 93 70828 94 72132 95 73649 96 74291 97 75639 98 76970 99 78129 100 80088 101 81656 102 82476 103 83093 104 83434 105 83601 106 83193 107 83140 108 83325 109 83371 110 83069 111 83338 112 83150 113 83144 114 83293 115 82001 116 81017 117 79905 118 79232 119 78042 120 77458 121 76867 122 75730 123 75562 124 74539 125 73281 126 72041 127 71326 128 70089 129 69666 130 68458 131 67465 132 66210 133 65937 134 64284 135 63428 136 63092 137 61659 138 60484 139 59166 140 58690 141 58109 142 56905 143 55970 144 55333 145 54040 146 53476 147 52781 148 51352 149 50832 150 49702 151 48946 152 48189 153 47792 154 47097 155 46459 156 45221 157 44673 158 44011 159 43119 160 42508 161 41448 162 41142 163 40852 164 40311 165 39422 166 38954 167 38366 168 37390 169 37393 170 36709 171 36370 172 35812 173 35414 174 34890 175 34464 176 34258 177 33883 178 33121 179 32627 180 31944 181 31744 182 31414 183 31082 184 30915 185 30401 186 30111 187 29810 188 29094 189 28968 190 28410 191 28257 192 28136 193 27832 194 27274 195 27056 196 26497 197 26466 198 26115 199 25565 200 25362 201 25021 202 24612 203 24712 204 24102 205 23970 206 23640 207 23349 208 23477 209 23404 210 22797 211 22548 212 22106 213 21908 214 21565 215 21463 216 20969 217 21031 218 20465 219 20367 220 20188 221 19903 222 19726 223 19539 224 19289 225 19016 226 18726 227 18351 228 18463 229 18196 230 17891 231 17653 232 17425 233 17349 234 17120 235 16773 236 16845 237 16518 238 16643 239 15936 240 15893 241 15864 242 15588 243 15442 244 15052 245 15061 246 14884 247 14681 248 14550 249 14383 250 14295 251 13660 252 13794 253 13862 254 13526 255 13495 256 13026 257 13135 258 12915 259 12943 260 12630 261 12442 262 12403 263 12268 264 12060 265 11983 266 11899 267 11747 268 11594 269 11285 270 11449 271 11034 272 11057 273 10888 274 10915 275 10764 276 10663 277 10480 278 10488 279 10325 280 10162 281 10119 282 9940 283 9910 284 9670 285 9666 286 9572 287 9361 288 9276 289 9249 290 9278 291 9183 292 8871 293 8827 294 8690 295 8660 296 8703 297 8667 298 8428 299 8251 300 8356 301 8478 302 8076 303 7974 304 8143 305 7908 306 7910 307 7631 308 7715 309 7605 310 7479 311 7455 312 7234 313 7480 314 7230 315 7201 316 7083 317 7078 318 6956 319 7032 320 6722 321 6731 322 6760 323 6605 324 6580 325 6620 326 6495 327 6429 328 6344 329 6242 330 6266 331 6135 332 6260 333 6187 334 6192 335 6003 336 5810 337 5881 338 5845 339 5988 340 5962 341 5677 342 5767 343 5646 344 5634 345 5545 346 5598 347 5567 348 5355 349 5480 350 5351 351 5274 352 5269 353 5258 354 5279 355 5149 356 5108 357 4981 358 5100 359 5084 360 4981 361 5025 362 5006 363 4888 364 4802 365 4798 366 4692 367 4754 368 4741 369 4728 370 4702 371 4615 372 4682 373 4657 374 4660 375 4411 376 4648 377 4512 378 4557 379 4574 380 4566 381 4555 382 4469 383 4502 384 4451 385 4385 386 4304 387 4338 388 4280 389 4224 390 4331 391 4260 392 4263 393 4321 394 4184 395 4192 396 4185 397 4223 398 4144 399 4078 400 4168 401 4047 402 3967 403 4085 404 4001 405 3984 406 3927 407 4053 408 4004 409 4038 410 3985 411 3943 412 3902 413 4012 414 3876 415 3834 416 3837 417 3762 418 3790 419 3754 420 3875 421 3807 422 3892 423 3751 424 3899 425 3689 426 3735 427 3684 428 3635 429 3694 430 3800 431 3587 432 3643 433 3579 434 3612 435 3590 436 3665 437 3523 438 3482 439 3522 440 3401 441 3466 442 3478 443 3478 444 3471 445 3490 446 3424 447 3420 448 3416 449 3454 450 3396 451 3359 452 3419 453 3379 454 3321 455 3377 456 3264 457 3400 458 3225 459 3196 460 3268 461 3244 462 3293 463 3258 464 3322 465 3245 466 3398 467 3377 468 3301 469 3272 470 3277 471 3362 472 3163 473 3141 474 3194 475 3223 476 3144 477 3147 478 3268 479 3113 480 3190 481 3187 482 3153 483 3101 484 3090 485 3087 486 3066 487 3229 488 3121 489 3157 490 3033 491 3111 492 3052 493 3177 494 3093 495 3084 496 3126 497 3108 498 3078 499 3075 500 3114 501 3126 502 3125 503 3120 504 3042 505 3038 506 3015 507 3050 508 3020 509 3076 510 3003 511 3044 512 3034 513 3071 514 3022 515 3082 516 3024 517 3122 518 2944 519 3027 520 2937 521 3013 522 2982 523 3009 524 2987 525 2991 526 3008 527 2967 528 3045 529 3047 530 3012 531 3055 532 3048 533 2970 534 2965 535 3044 536 2953 537 2971 538 3041 539 2938 540 3068 541 3027 542 3023 543 3028 544 2931 545 2985 546 3029 547 3060 548 2988 549 2959 550 3028 551 2972 552 3066 553 2988 554 2969 555 2966 556 3048 557 2881 558 2946 559 2948 560 2896 561 2978 562 2972 563 2909 564 2987 565 2996 566 2869 567 2996 568 2972 569 2970 570 2948 571 2996 572 3065 573 2990 574 2918 575 2945 576 2951 577 2953 578 2876 579 2947 580 2917 581 2900 582 2885 583 2892 584 2821 585 2796 586 2910 587 2921 588 2910 589 2932 590 2860 591 2831 592 2898 593 2840 594 2885 595 2789 596 2830 597 2848 598 2806 599 2842 600 2861 601 2947 602 2796 603 2883 604 2827 605 2834 606 2794 607 2910 608 2774 609 2746 610 2808 611 2858 612 2947 613 2869 614 2830 615 2888 616 2784 617 2846 618 2828 619 2761 620 2844 621 2878 622 2843 623 2893 624 2808 625 2731 626 2739 627 2775 628 2726 629 2782 630 2764 631 2795 632 2747 633 2774 634 2801 635 2755 636 2757 637 2759 638 2835 639 2718 640 2711 641 2719 642 2877 643 2693 644 2712 645 2654 646 2738 647 2715 648 2714 649 2729 650 2662 651 2748 652 2754 653 2672 654 2676 655 2658 656 2752 657 2555 658 2597 659 2679 660 2636 661 2677 662 2706 663 2721 664 2644 665 2697 666 2692 667 2706 668 2694 669 2652 670 2584 671 2678 672 2653 673 2739 674 2621 675 2698 676 2754 677 2671 678 2664 679 2708 680 2728 681 2629 682 2704 683 2719 684 2650 685 2656 686 2759 687 2652 688 2736 689 2703 690 2751 691 2591 692 2701 693 2663 694 2763 695 2631 696 2641 697 2771 698 2708 699 2751 700 2736 701 2778 702 2639 703 2639 704 2867 705 2801 706 2701 707 2678 708 2729 709 2689 710 2707 711 2695 712 2689 713 2773 714 2739 715 2888 716 2798 717 2718 718 2734 719 2712 720 2701 721 2693 722 2763 723 2717 724 2746 725 2715 726 2808 727 2619 728 2727 729 2793 730 2757 731 2756 732 2716 733 2725 734 2619 735 2643 736 2717 737 2704 738 2699 739 2656 740 2712 741 2743 742 2725 743 2660 744 2673 745 2665 746 2779 747 2695 748 2789 749 2735 750 2711 751 2709 752 2706 753 2711 754 2678 755 2784 756 2647 757 2760 758 2707 759 2577 760 2667 761 2695 762 2586 763 2634 764 2619 765 2714 766 2537 767 2658 768 2727 769 2574 770 2616 771 2595 772 2605 773 2672 774 2631 775 2642 776 2627 777 2649 778 2668 779 2605 780 2635 781 2560 782 2694 783 2508 784 2588 785 2574 786 2541 787 2669 788 2622 789 2584 790 2570 791 2549 792 2626 793 2600 794 2468 795 2511 796 2510 797 2424 798 2583 799 2668 800 2566 801 2576 802 2528 803 2629 804 2543 805 2534 806 2590 807 2610 808 2667 809 2479 810 2495 811 2500 812 2562 813 2524 814 2585 815 2572 816 2518 817 2471 818 2562 819 2567 820 2499 821 2464 822 2500 823 2515 824 2495 825 2418 826 2536 827 2521 828 2517 829 2452 830 2524 831 2495 832 2489 833 2494 834 2490 835 2470 836 2492 837 2517 838 2471 839 2406 840 2423 841 2486 842 2530 843 2533 844 2544 845 2442 846 2502 847 2469 848 2485 849 2483 850 2484 851 2467 852 2436 853 2491 854 2503 855 2400 856 2435 857 2497 858 2439 859 2489 860 2389 861 2507 862 2471 863 2416 864 2502 865 2425 866 2432 867 2425 868 2460 869 2393 870 2468 871 2428 872 2429 873 2443 874 2514 875 2536 876 2362 877 2419 878 2387 879 2414 880 2441 881 2396 882 2455 883 2444 884 2366 885 2455 886 2409 887 2423 888 2389 889 2459 890 2415 891 2421 892 2417 893 2421 894 2452 895 2384 896 2303 897 2503 898 2377 899 2397 900 2444 901 2315 902 2377 903 2369 904 2367 905 2404 906 2343 907 2368 908 2371 909 2374 910 2362 911 2407 912 2318 913 2298 914 2315 915 2274 916 2331 917 2366 918 2295 919 2307 920 2336 921 2303 922 2275 923 2368 924 2306 925 2228 926 2282 927 2291 928 2364 929 2214 930 2294 931 2147 932 2308 933 2359 934 2253 935 2160 936 2249 937 2256 938 2267 939 2214 940 2189 941 2347 942 2165 943 2165 944 2214 945 2251 946 2226 947 2333 948 2203 949 2285 950 2274 951 2230 952 2117 953 2177 954 2253 955 2269 956 2249 957 2095 958 2234 959 2231 960 2161 961 2273 962 2163 963 2181 964 2160 965 2225 966 2160 967 2133 968 2165 969 2152 970 2141 971 2243 972 2204 973 2193 974 2164 975 2145 976 2247 977 2155 978 2101 979 2146 980 2126 981 2088 982 2156 983 2228 984 2151 985 2109 986 2071 987 2106 988 2072 989 2146 990 2097 991 2167 992 2130 993 2094 994 2123 995 2117 996 2191 997 2021 998 2064 999 2064 1000 2052 1001 2071 1002 2088 1003 2060 1004 2030 1005 2079 1006 2075 1007 2149 1008 2003 1009 2126 1010 2098 1011 2107 1012 2128 1013 2125 1014 2076 1015 2070 1016 2038 1017 2112 1018 2125 1019 2106 1020 2137 1021 2059 1022 2042 1023 2046 1024 2110 1025 2133 1026 2159 1027 2036 1028 2062 1029 2024 1030 2086 1031 2004 1032 2134 1033 2078 1034 2013 1035 2108 1036 2113 1037 2068 1038 2150 1039 2085 1040 2056 1041 2096 1042 2126 1043 2080 1044 2090 1045 2165 1046 2109 1047 2108 1048 2120 1049 2131 1050 2246 1051 2188 1052 2068 1053 2175 1054 2185 1055 2247 1056 2186 1057 2103 1058 2180 1059 2106 1060 2253 1061 2225 1062 2174 1063 2277 1064 2110 1065 2199 1066 2228 1067 2223 1068 2193 1069 2207 1070 2174 1071 2287 1072 2236 1073 2175 1074 2272 1075 2166 1076 2225 1077 2158 1078 2163 1079 2236 1080 2221 1081 2249 1082 2208 1083 2254 1084 2214 1085 2231 1086 2268 1087 2223 1088 2181 1089 2118 1090 2253 1091 2323 1092 2159 1093 2224 1094 2248 1095 2191 1096 2274 1097 2178 1098 2219 1099 2229 1100 2268 1101 2245 1102 2222 1103 2212 1104 2179 1105 2229 1106 2139 1107 2156 1108 2251 1109 2197 1110 2187 1111 2145 1112 2204 1113 2149 1114 2191 1115 2214 1116 2266 1117 2115 1118 2167 1119 2131 1120 2166 1121 2172 1122 2209 1123 2186 1124 2209 1125 2149 1126 2183 1127 2151 1128 2148 1129 2172 1130 2162 1131 2140 1132 2116 1133 2105 1134 2123 1135 2084 1136 2166 1137 2139 1138 2113 1139 2084 1140 2138 1141 2110 1142 2105 1143 2099 1144 2115 1145 2032 1146 2108 1147 2072 1148 2150 1149 2004 1150 2054 1151 2208 1152 2039 1153 2107 1154 1992 1155 2020 1156 2017 1157 1963 1158 2112 1159 2043 1160 2089 1161 2101 1162 2031 1163 2047 1164 2017 1165 2007 1166 2005 1167 2086 1168 1988 1169 2101 1170 2045 1171 2073 1172 2038 1173 2036 1174 2012 1175 1976 1176 2025 1177 1905 1178 2050 1179 1949 1180 1913 1181 2108 1182 1974 1183 2024 1184 1926 1185 1879 1186 1948 1187 1964 1188 1951 1189 2030 1190 1981 1191 1958 1192 2063 1193 2004 1194 1982 1195 1928 1196 1932 1197 1886 1198 1960 1199 1954 1200 1891 1201 2028 1202 1920 1203 1880 1204 1949 1205 1948 1206 1958 1207 1901 1208 1910 1209 1956 1210 1888 1211 1954 1212 1962 1213 1911 1214 1882 1215 1920 1216 1970 1217 1962 1218 1935 1219 1858 1220 1940 1221 1891 1222 1919 1223 1914 1224 1849 1225 1879 1226 1930 1227 1857 1228 1923 1229 1887 1230 1948 1231 1902 1232 1855 1233 1933 1234 1950 1235 1959 1236 1895 1237 1908 1238 1870 1239 1968 1240 1884 1241 1921 1242 1837 1243 1877 1244 1929 1245 1975 1246 1887 1247 1929 1248 1879 1249 1862 1250 1899 1251 1957 1252 1929 1253 1926 1254 1937 1255 1872 1256 1869 1257 1883 1258 1842 1259 1820 1260 1879 1261 1904 1262 1831 1263 1872 1264 1823 1265 1819 1266 1845 1267 1850 1268 1874 1269 1958 1270 1864 1271 1890 1272 1839 1273 1856 1274 1794