## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606229.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606229.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606229.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:23:10 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 211 102 115 20 2505879 301.658078 308.47579 18691826 FR 63 119 161 197 231 285 1027 2303 4841 8767 30569 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 2 22 1 23 3 24 15 25 10 26 12 27 24 28 28 29 51 30 72 31 346 32 459 33 479 34 529 35 635 36 787 37 1031 38 1291 39 1662 40 2012 41 2310 42 2430 43 2399 44 2522 45 2631 46 2918 47 3267 48 3699 49 4282 50 4924 51 5315 52 5867 53 6004 54 6409 55 6883 56 7170 57 8076 58 8974 59 10006 60 11257 61 12528 62 13728 63 14555 64 15374 65 16575 66 17690 67 19470 68 21075 69 23687 70 25672 71 28382 72 30608 73 32697 74 34707 75 36978 76 39422 77 41663 78 44745 79 47702 80 51811 81 55241 82 59062 83 61940 84 64474 85 67006 86 69816 87 72079 88 75501 89 78358 90 81608 91 85484 92 88032 93 90321 94 92566 95 94189 96 95398 97 96677 98 97955 99 99832 100 101991 101 102201 102 104734 103 104599 104 104728 105 104698 106 104647 107 104217 108 103905 109 104259 110 104172 111 103565 112 104316 113 103653 114 103413 115 101621 116 100396 117 99469 118 98958 119 97099 120 96530 121 95891 122 95194 123 94090 124 93288 125 91842 126 90788 127 88962 128 87199 129 86455 130 85108 131 84352 132 83733 133 82694 134 80679 135 80444 136 78672 137 78296 138 76206 139 74920 140 73602 141 72489 142 71780 143 71128 144 70041 145 68830 146 68115 147 66521 148 65655 149 64565 150 63257 151 62436 152 61568 153 61077 154 59655 155 59552 156 58030 157 56897 158 56092 159 54852 160 54389 161 53725 162 52995 163 52394 164 52046 165 51181 166 50078 167 49418 168 48723 169 48043 170 47119 171 46685 172 46654 173 45561 174 45056 175 44824 176 44285 177 43547 178 43146 179 42096 180 41271 181 41227 182 41043 183 40065 184 39840 185 39673 186 39105 187 38686 188 38164 189 37614 190 37215 191 36368 192 36326 193 36081 194 35373 195 35181 196 34421 197 34494 198 34227 199 33424 200 33303 201 32605 202 32128 203 32330 204 31494 205 31331 206 31036 207 30645 208 30440 209 29938 210 29805 211 29307 212 29164 213 28939 214 28518 215 28297 216 27655 217 27376 218 27073 219 26980 220 26391 221 26257 222 25988 223 25365 224 25307 225 25278 226 25065 227 24377 228 24246 229 23959 230 23716 231 23405 232 22983 233 22802 234 22473 235 22296 236 22201 237 22042 238 21786 239 21330 240 21280 241 20811 242 20754 243 20033 244 20020 245 19798 246 19932 247 19466 248 19368 249 18950 250 18847 251 18614 252 18424 253 18130 254 17995 255 17739 256 17412 257 17433 258 17230 259 16909 260 16800 261 16578 262 16505 263 16242 264 15948 265 15927 266 15894 267 15825 268 15448 269 15172 270 15183 271 15119 272 14716 273 14601 274 14482 275 14316 276 14085 277 13804 278 14271 279 13799 280 13730 281 13578 282 13453 283 13267 284 13225 285 12917 286 12644 287 12698 288 12486 289 12641 290 12376 291 12208 292 12304 293 11833 294 11739 295 11665 296 11701 297 11487 298 11480 299 11281 300 10912 301 11131 302 10922 303 10753 304 10891 305 10470 306 10616 307 10499 308 10379 309 10312 310 10237 311 9965 312 10007 313 9824 314 9805 315 9674 316 9519 317 9488 318 9330 319 9165 320 9132 321 9199 322 9134 323 9089 324 9015 325 8765 326 8733 327 8596 328 8455 329 8505 330 8507 331 8498 332 8479 333 8232 334 8098 335 8126 336 8052 337 7900 338 7985 339 7665 340 7801 341 7939 342 7732 343 7642 344 7769 345 7631 346 7412 347 7390 348 7297 349 7271 350 7185 351 7176 352 7188 353 7108 354 6942 355 6970 356 6905 357 6857 358 6843 359 6776 360 6735 361 6635 362 6609 363 6638 364 6536 365 6663 366 6591 367 6492 368 6379 369 6378 370 6185 371 6214 372 6286 373 6168 374 6118 375 6082 376 6287 377 6170 378 6167 379 6132 380 6004 381 5960 382 5931 383 5895 384 5875 385 5772 386 5875 387 5880 388 5812 389 5873 390 5691 391 5682 392 5768 393 5697 394 5708 395 5716 396 5490 397 5685 398 5611 399 5606 400 5462 401 5659 402 5396 403 5256 404 5578 405 5391 406 5404 407 5360 408 5244 409 5136 410 5231 411 5331 412 5347 413 5218 414 5157 415 5167 416 5114 417 5240 418 5150 419 5139 420 5044 421 5076 422 5085 423 5003 424 4927 425 5007 426 4996 427 4968 428 4941 429 4823 430 4855 431 4921 432 4804 433 4961 434 4776 435 4821 436 4725 437 4782 438 4611 439 4641 440 4790 441 4777 442 4670 443 4693 444 4509 445 4645 446 4542 447 4629 448 4642 449 4592 450 4471 451 4531 452 4421 453 4469 454 4579 455 4518 456 4367 457 4562 458 4442 459 4381 460 4432 461 4368 462 4371 463 4375 464 4441 465 4325 466 4462 467 4450 468 4360 469 4351 470 4382 471 4359 472 4379 473 4308 474 4254 475 4315 476 4243 477 4208 478 4313 479 4267 480 4344 481 4448 482 4241 483 4336 484 4284 485 4164 486 4189 487 4190 488 4289 489 4268 490 4217 491 4202 492 4211 493 4267 494 4197 495 4153 496 4251 497 4142 498 4106 499 4071 500 4158 501 4126 502 4097 503 4111 504 4086 505 4144 506 4078 507 4114 508 4229 509 4134 510 4148 511 4078 512 4007 513 3970 514 4023 515 4023 516 4078 517 4109 518 4135 519 3970 520 4097 521 3984 522 4253 523 4095 524 4012 525 4104 526 3815 527 4153 528 4085 529 4069 530 4041 531 4037 532 4023 533 4061 534 4057 535 4092 536 4102 537 4014 538 3961 539 4025 540 3933 541 3924 542 4071 543 3889 544 3963 545 4050 546 3986 547 4057 548 4123 549 3951 550 4041 551 3988 552 4040 553 4030 554 3881 555 3953 556 3993 557 3967 558 4001 559 3952 560 3952 561 3940 562 3996 563 4019 564 3958 565 4036 566 4043 567 3964 568 3943 569 4068 570 3850 571 3924 572 3963 573 3867 574 4014 575 3839 576 3871 577 3868 578 3950 579 3852 580 3920 581 3939 582 3967 583 3900 584 3825 585 3925 586 3737 587 3790 588 3883 589 3946 590 3906 591 3892 592 3892 593 3869 594 3810 595 3854 596 3862 597 3845 598 3897 599 3840 600 3799 601 3781 602 3832 603 3785 604 3912 605 3780 606 3790 607 3795 608 3795 609 3899 610 3774 611 3718 612 3817 613 3778 614 3801 615 3780 616 3756 617 3753 618 3654 619 3782 620 3765 621 3756 622 3806 623 3720 624 3818 625 3730 626 3776 627 3658 628 3759 629 3681 630 3767 631 3727 632 3771 633 3762 634 3807 635 3688 636 3722 637 3761 638 3689 639 3668 640 3740 641 3668 642 3625 643 3710 644 3659 645 3649 646 3714 647 3660 648 3552 649 3651 650 3697 651 3615 652 3599 653 3651 654 3491 655 3617 656 3562 657 3661 658 3607 659 3599 660 3497 661 3569 662 3577 663 3656 664 3672 665 3569 666 3691 667 3588 668 3588 669 3660 670 3611 671 3687 672 3671 673 3664 674 3605 675 3764 676 3609 677 3552 678 3589 679 3645 680 3692 681 3634 682 3606 683 3661 684 3457 685 3475 686 3593 687 3633 688 3604 689 3632 690 3633 691 3612 692 3497 693 3631 694 3594 695 3645 696 3691 697 3681 698 3530 699 3551 700 3615 701 3647 702 3631 703 3517 704 3713 705 3737 706 3523 707 3659 708 3719 709 3567 710 3710 711 3671 712 3660 713 3667 714 3694 715 3593 716 3678 717 3666 718 3696 719 3687 720 3696 721 3700 722 3626 723 3550 724 3579 725 3637 726 3752 727 3613 728 3508 729 3701 730 3629 731 3606 732 3668 733 3667 734 3797 735 3596 736 3604 737 3581 738 3639 739 3561 740 3687 741 3658 742 3587 743 3572 744 3611 745 3639 746 3556 747 3522 748 3615 749 3554 750 3539 751 3596 752 3685 753 3622 754 3486 755 3677 756 3655 757 3563 758 3588 759 3440 760 3683 761 3775 762 3596 763 3679 764 3601 765 3577 766 3599 767 3476 768 3475 769 3565 770 3584 771 3618 772 3531 773 3639 774 3629 775 3470 776 3491 777 3508 778 3582 779 3448 780 3401 781 3482 782 3618 783 3567 784 3533 785 3538 786 3530 787 3480 788 3485 789 3450 790 3489 791 3429 792 3499 793 3444 794 3463 795 3469 796 3483 797 3369 798 3429 799 3456 800 3447 801 3429 802 3425 803 3387 804 3522 805 3341 806 3476 807 3466 808 3422 809 3468 810 3311 811 3397 812 3409 813 3405 814 3292 815 3297 816 3448 817 3416 818 3360 819 3294 820 3304 821 3351 822 3253 823 3239 824 3403 825 3343 826 3386 827 3293 828 3361 829 3257 830 3305 831 3432 832 3367 833 3277 834 3366 835 3320 836 3407 837 3415 838 3324 839 3384 840 3337 841 3311 842 3344 843 3334 844 3384 845 3362 846 3237 847 3381 848 3266 849 3300 850 3395 851 3348 852 3299 853 3336 854 3230 855 3257 856 3373 857 3272 858 3267 859 3274 860 3285 861 3189 862 3238 863 3258 864 3334 865 3288 866 3342 867 3394 868 3290 869 3225 870 3103 871 3212 872 3209 873 3183 874 3369 875 3210 876 3286 877 3254 878 3236 879 3370 880 3178 881 3213 882 3296 883 3263 884 3260 885 3212 886 3303 887 3225 888 3306 889 3239 890 3237 891 3269 892 3226 893 3262 894 3191 895 3206 896 3121 897 3152 898 3152 899 3182 900 3150 901 3140 902 3142 903 3149 904 3146 905 3203 906 3160 907 3169 908 3144 909 3134 910 3112 911 3147 912 3186 913 3143 914 3035 915 3089 916 3105 917 3042 918 3087 919 3079 920 3185 921 3074 922 3027 923 3118 924 3060 925 2965 926 3095 927 3020 928 3011 929 2998 930 3014 931 3077 932 2981 933 3040 934 3017 935 3041 936 3008 937 3008 938 3038 939 3022 940 3089 941 2926 942 3008 943 2928 944 3072 945 2913 946 2975 947 2927 948 2959 949 2966 950 3035 951 2902 952 2927 953 3014 954 3045 955 2907 956 3037 957 2883 958 2939 959 2989 960 2942 961 2856 962 2921 963 2962 964 2948 965 2909 966 2918 967 2895 968 2929 969 2857 970 2871 971 2908 972 2862 973 2901 974 2888 975 2942 976 2918 977 2868 978 2860 979 2894 980 2821 981 2853 982 2962 983 2870 984 2921 985 2824 986 2853 987 2808 988 2769 989 2756 990 2904 991 2756 992 2810 993 2869 994 2901 995 2818 996 2814 997 2797 998 2865 999 2758 1000 2825 1001 2793 1002 2812 1003 2796 1004 2744 1005 2892 1006 2804 1007 2801 1008 2793 1009 2772 1010 2843 1011 2739 1012 2822 1013 2829 1014 2794 1015 2756 1016 2860 1017 2771 1018 2770 1019 2842 1020 2796 1021 2772 1022 2852 1023 2769 1024 2829 1025 2818 1026 2833 1027 2768 1028 2804 1029 2904 1030 2769 1031 2766 1032 2765 1033 2786 1034 2898 1035 2826 1036 2760 1037 2795 1038 2804 1039 2838 1040 2783 1041 2772 1042 2886 1043 2824 1044 2905 1045 2863 1046 2863 1047 2876 1048 2743 1049 2844 1050 2981 1051 2907 1052 2973 1053 2922 1054 2883 1055 3048 1056 2928 1057 2882 1058 2927 1059 2986 1060 2934 1061 2881 1062 2950 1063 2920 1064 2907 1065 3061 1066 2914 1067 3012 1068 3017 1069 2935 1070 2948 1071 2994 1072 2956 1073 3048 1074 2951 1075 2936 1076 2971 1077 2966 1078 2991 1079 3017 1080 3007 1081 3034 1082 2972 1083 2970 1084 2904 1085 2989 1086 2982 1087 2954 1088 3043 1089 2973 1090 3023 1091 2984 1092 2984 1093 2948 1094 3065 1095 3032 1096 3039 1097 2980 1098 2964 1099 2905 1100 2987 1101 2945 1102 2984 1103 2932 1104 2873 1105 2984 1106 2978 1107 2986 1108 2961 1109 2882 1110 2873 1111 2846 1112 2929 1113 2935 1114 2904 1115 2937 1116 2894 1117 2898 1118 2895 1119 2888 1120 2839 1121 2913 1122 2883 1123 2927 1124 2932 1125 2887 1126 2853 1127 2949 1128 2894 1129 2837 1130 2784 1131 2876 1132 2905 1133 2828 1134 2834 1135 2844 1136 2829 1137 2785 1138 2813 1139 2823 1140 2823 1141 2787 1142 2816 1143 2791 1144 2768 1145 2848 1146 2723 1147 2761 1148 2876 1149 2702 1150 2819 1151 2852 1152 2726 1153 2794 1154 2772 1155 2749 1156 2760 1157 2826 1158 2823 1159 2754 1160 2787 1161 2805 1162 2710 1163 2670 1164 2625 1165 2712 1166 2734 1167 2786 1168 2791 1169 2734 1170 2669 1171 2749 1172 2760 1173 2716 1174 2800 1175 2597 1176 2700 1177 2644 1178 2630 1179 2790 1180 2577 1181 2589 1182 2618 1183 2650 1184 2576 1185 2657 1186 2664 1187 2612 1188 2663 1189 2603 1190 2556 1191 2627 1192 2616 1193 2665 1194 2488 1195 2585 1196 2567 1197 2573 1198 2512 1199 2682 1200 2630 1201 2608 1202 2534 1203 2583 1204 2590 1205 2643 1206 2567 1207 2538 1208 2613 1209 2603 1210 2579 1211 2616 1212 2547 1213 2553 1214 2589 1215 2592 1216 2672 1217 2576 1218 2490 1219 2487 1220 2558 1221 2515 1222 2592 1223 2555 1224 2559 1225 2632 1226 2567 1227 2480 1228 2594 1229 2556 1230 2546 1231 2600 1232 2549 1233 2551 1234 2503 1235 2463 1236 2569 1237 2496 1238 2616 1239 2572 1240 2518 1241 2483 1242 2588 1243 2666 1244 2587 1245 2525 1246 2557 1247 2611 1248 2550 1249 2596 1250 2444 1251 2525 1252 2529 1253 2446 1254 2547 1255 2450 1256 2507 1257 2516 1258 2480 1259 2507 1260 2500 1261 2469 1262 2455 1263 2595 1264 2482 1265 2491 1266 2498 1267 2443 1268 2436 1269 2493 1270 2460 1271 2488 1272 2439 1273 2465 1274 2484 1275 2555 1276 2458 1277 2483 1278 2484 1279 2395 1280 2479 1281 2463 1282 2482 1283 2385 1284 2398 1285 2487 1286 2395 1287 2425 1288 2516 1289 2512 1290 2396 1291 2405 1292 2464 1293 2432 1294 2556 1295 2402 1296 2510 1297 2472 1298 2467 1299 2422 1300 2364 1301 2416 1302 2444 1303 2467 1304 2422 1305 2468 1306 2513 1307 2367 1308 2458 1309 2423 1310 2523 1311 2401 1312 2491 1313 2453 1314 2435 1315 2440 1316 2520 1317 2443 1318 2454 1319 2461 1320 2425 1321 2371 1322 2406 1323 2469 1324 2491 1325 2518 1326 2370 1327 2450 1328 2464 1329 2480 1330 2439 1331 2410 1332 2536 1333 2478 1334 2437 1335 2342 1336 2412 1337 2431 1338 2412 1339 2390 1340 2378 1341 2366 1342 2436 1343 2429 1344 2367 1345 2427 1346 2377 1347 2364 1348 2431 1349 2346 1350 2359 1351 2317 1352 2418 1353 2380 1354 2396 1355 2363 1356 2350 1357 2279 1358 2491 1359 2354 1360 2412 1361 2387