## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606228.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606228.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606228.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:34:59 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 194 104 98 21 1103499 256.809347 249.823062 30361580 FR 53 97 135 167 197 241 831 2131 4685 8661 30979 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 2 23 10 24 15 25 20 26 39 27 35 28 71 29 75 30 117 31 612 32 665 33 831 34 962 35 1214 36 1481 37 1819 38 2463 39 2941 40 3733 41 4100 42 4274 43 4476 44 4643 45 4888 46 5290 47 6066 48 7009 49 7829 50 9002 51 10114 52 10666 53 11124 54 11728 55 12570 56 13475 57 15062 58 16655 59 18331 60 20818 61 23029 62 24680 63 26450 64 28096 65 30093 66 32062 67 35096 68 38507 69 42297 70 46883 71 51017 72 54648 73 58337 74 62103 75 65893 76 70711 77 75127 78 80102 79 86730 80 92927 81 98782 82 105096 83 110226 84 115193 85 118621 86 124011 87 128749 88 133974 89 139651 90 145437 91 150778 92 156328 93 160255 94 163567 95 166115 96 168436 97 169665 98 172959 99 176069 100 178988 101 181380 102 183308 103 185423 104 185659 105 184365 106 183957 107 183860 108 183674 109 183763 110 183719 111 182923 112 182104 113 181978 114 179989 115 178679 116 176587 117 174129 118 171759 119 170317 120 168871 121 167175 122 165430 123 163470 124 161784 125 158880 126 155910 127 153533 128 151469 129 148889 130 146690 131 145249 132 143559 133 141223 134 138871 135 137577 136 134553 137 131905 138 129399 139 127112 140 125619 141 123133 142 122285 143 119661 144 118075 145 115624 146 113746 147 111213 148 109987 149 107724 150 106243 151 104716 152 103200 153 101955 154 100297 155 98246 156 97120 157 94888 158 93366 159 91972 160 90689 161 89140 162 87892 163 86783 164 85538 165 84931 166 82966 167 81254 168 80500 169 79296 170 78469 171 77021 172 76139 173 74903 174 74666 175 73637 176 72346 177 70903 178 70685 179 69347 180 68391 181 67596 182 66770 183 66505 184 65252 185 64856 186 64109 187 63492 188 61787 189 61352 190 60891 191 59839 192 59644 193 59260 194 58270 195 57462 196 56454 197 56276 198 55447 199 54742 200 53564 201 53779 202 52677 203 52567 204 51892 205 50948 206 50494 207 50113 208 49365 209 48665 210 48170 211 47742 212 46875 213 47181 214 45672 215 46036 216 44919 217 44622 218 44458 219 43284 220 43014 221 42445 222 41887 223 41120 224 40922 225 40158 226 40284 227 39866 228 39391 229 38726 230 37892 231 37870 232 37179 233 37027 234 36133 235 35970 236 35524 237 35178 238 34739 239 34237 240 33936 241 33284 242 32953 243 32582 244 32427 245 32026 246 31766 247 31224 248 31043 249 30690 250 30348 251 29654 252 29285 253 28842 254 28871 255 28409 256 28238 257 27700 258 27524 259 27221 260 26815 261 26757 262 26318 263 26128 264 25491 265 25215 266 25137 267 25021 268 24639 269 24619 270 24054 271 24014 272 23250 273 22959 274 22935 275 22845 276 22520 277 22547 278 22132 279 21894 280 21660 281 21001 282 21111 283 20938 284 20679 285 20655 286 20060 287 20282 288 19737 289 19599 290 19695 291 19201 292 19107 293 18958 294 18448 295 18323 296 17993 297 17884 298 17929 299 17676 300 17398 301 17493 302 17354 303 16972 304 16727 305 16796 306 16227 307 16426 308 16283 309 15896 310 15825 311 15582 312 15513 313 15569 314 15283 315 14762 316 14875 317 14621 318 14651 319 14358 320 14633 321 14419 322 14171 323 13898 324 14067 325 13673 326 13578 327 13472 328 13427 329 13333 330 12973 331 12740 332 13028 333 13007 334 12453 335 12618 336 12550 337 12483 338 12263 339 12140 340 12116 341 11892 342 12038 343 11718 344 11766 345 11545 346 11404 347 11470 348 11273 349 11089 350 11151 351 10961 352 11081 353 11019 354 10955 355 10584 356 10518 357 10474 358 10512 359 10574 360 10366 361 10282 362 10139 363 10010 364 10135 365 10065 366 10099 367 9702 368 9961 369 9885 370 9757 371 9694 372 9739 373 9586 374 9379 375 9366 376 9437 377 9360 378 9369 379 9368 380 9219 381 9044 382 9238 383 9068 384 9042 385 8852 386 9071 387 8724 388 8680 389 8783 390 8676 391 8847 392 8737 393 8761 394 8554 395 8585 396 8641 397 8403 398 8464 399 8465 400 8413 401 8379 402 8288 403 8404 404 8089 405 8034 406 8180 407 8269 408 8181 409 8121 410 8141 411 8060 412 8012 413 7945 414 7850 415 8050 416 7860 417 7802 418 7730 419 7892 420 7653 421 7665 422 7576 423 7586 424 7561 425 7534 426 7520 427 7357 428 7504 429 7396 430 7288 431 7327 432 7241 433 7376 434 7197 435 7209 436 7150 437 7197 438 7125 439 7162 440 7054 441 7035 442 7115 443 6871 444 7049 445 6842 446 6892 447 7065 448 7040 449 6934 450 6775 451 6835 452 6946 453 6883 454 6831 455 6742 456 6664 457 6679 458 6671 459 6625 460 6586 461 6543 462 6640 463 6643 464 6562 465 6465 466 6568 467 6490 468 6465 469 6674 470 6552 471 6496 472 6470 473 6563 474 6504 475 6411 476 6386 477 6499 478 6473 479 6371 480 6382 481 6341 482 6345 483 6388 484 6338 485 6289 486 6293 487 6277 488 6404 489 6348 490 6215 491 6143 492 6153 493 6256 494 6217 495 6150 496 6282 497 6247 498 6102 499 6039 500 6133 501 6226 502 6145 503 6181 504 6144 505 5962 506 6034 507 6037 508 6064 509 6041 510 6104 511 6131 512 6002 513 5971 514 6071 515 6149 516 5914 517 6065 518 5950 519 5994 520 5938 521 6140 522 5874 523 6124 524 5978 525 5934 526 5962 527 6058 528 5993 529 6031 530 5825 531 5980 532 6035 533 5945 534 5947 535 5945 536 5943 537 5927 538 5898 539 5963 540 5849 541 5874 542 5868 543 5911 544 5987 545 5955 546 5890 547 5921 548 6009 549 5862 550 5837 551 6024 552 5919 553 5758 554 5846 555 5951 556 5985 557 5762 558 5808 559 5949 560 5918 561 5811 562 5830 563 5825 564 5773 565 5791 566 5745 567 5726 568 5523 569 5804 570 5690 571 5835 572 5814 573 5625 574 5788 575 5769 576 5712 577 5545 578 5773 579 5664 580 5677 581 5660 582 5756 583 5690 584 5670 585 5633 586 5680 587 5674 588 5757 589 5669 590 5636 591 5700 592 5579 593 5799 594 5500 595 5522 596 5712 597 5564 598 5666 599 5685 600 5609 601 5772 602 5649 603 5658 604 5717 605 5678 606 5577 607 5611 608 5610 609 5564 610 5638 611 5494 612 5761 613 5610 614 5572 615 5566 616 5458 617 5538 618 5491 619 5554 620 5580 621 5612 622 5639 623 5563 624 5606 625 5669 626 5412 627 5453 628 5528 629 5469 630 5424 631 5433 632 5419 633 5482 634 5450 635 5408 636 5534 637 5346 638 5572 639 5543 640 5350 641 5424 642 5390 643 5437 644 5436 645 5365 646 5492 647 5332 648 5369 649 5406 650 5420 651 5333 652 5434 653 5292 654 5441 655 5356 656 5262 657 5301 658 5356 659 5392 660 5355 661 5396 662 5264 663 5334 664 5337 665 5281 666 5256 667 5382 668 5383 669 5337 670 5448 671 5335 672 5442 673 5253 674 5269 675 5493 676 5456 677 5181 678 5303 679 5470 680 5321 681 5410 682 5474 683 5313 684 5325 685 5265 686 5267 687 5342 688 5341 689 5342 690 5315 691 5267 692 5208 693 5399 694 5331 695 5426 696 5272 697 5447 698 5325 699 5298 700 5308 701 5281 702 5393 703 5457 704 5433 705 5332 706 5432 707 5347 708 5369 709 5341 710 5425 711 5444 712 5363 713 5321 714 5499 715 5339 716 5470 717 5443 718 5371 719 5371 720 5483 721 5518 722 5462 723 5402 724 5449 725 5425 726 5347 727 5394 728 5308 729 5327 730 5366 731 5407 732 5401 733 5393 734 5284 735 5349 736 5437 737 5313 738 5346 739 5222 740 5380 741 5315 742 5413 743 5431 744 5373 745 5279 746 5324 747 5374 748 5368 749 5292 750 5394 751 5239 752 5184 753 5405 754 5229 755 5381 756 5482 757 5313 758 5297 759 5293 760 5365 761 5376 762 5348 763 5290 764 5273 765 5187 766 5208 767 5336 768 5286 769 5236 770 5283 771 5250 772 5320 773 5253 774 5164 775 5235 776 5130 777 5182 778 5242 779 5206 780 5239 781 5130 782 5269 783 5257 784 5150 785 5255 786 5074 787 5183 788 5151 789 5071 790 5086 791 5278 792 5171 793 5152 794 5114 795 5038 796 4932 797 5152 798 4970 799 5046 800 5099 801 5042 802 5116 803 5089 804 5019 805 5084 806 5026 807 4990 808 5150 809 5030 810 5138 811 5081 812 5010 813 5088 814 5020 815 4984 816 5059 817 4992 818 4936 819 5015 820 4980 821 4948 822 5099 823 4999 824 5036 825 4946 826 5153 827 5130 828 4885 829 4967 830 4922 831 5101 832 5051 833 5065 834 5076 835 5022 836 4970 837 5013 838 5125 839 4875 840 5152 841 5026 842 4944 843 4939 844 4954 845 5001 846 4956 847 4898 848 5001 849 4907 850 4914 851 4869 852 4994 853 5021 854 4904 855 4958 856 4900 857 4988 858 4965 859 5029 860 4927 861 5015 862 4941 863 5054 864 4943 865 4906 866 4849 867 4871 868 4948 869 4907 870 4969 871 4936 872 4993 873 4815 874 4956 875 4828 876 4925 877 4828 878 4983 879 4922 880 4760 881 4844 882 4881 883 4885 884 4916 885 4800 886 4842 887 5015 888 4826 889 4838 890 4735 891 4958 892 4926 893 4786 894 4826 895 4905 896 4715 897 4746 898 4693 899 4785 900 4832 901 4823 902 4740 903 4639 904 4779 905 4655 906 4779 907 4690 908 4739 909 4535 910 4735 911 4616 912 4682 913 4753 914 4746 915 4604 916 4723 917 4672 918 4621 919 4772 920 4664 921 4639 922 4678 923 4606 924 4522 925 4469 926 4572 927 4515 928 4573 929 4546 930 4659 931 4549 932 4504 933 4659 934 4567 935 4539 936 4450 937 4621 938 4618 939 4600 940 4483 941 4457 942 4479 943 4484 944 4576 945 4601 946 4494 947 4395 948 4428 949 4361 950 4480 951 4343 952 4294 953 4492 954 4509 955 4431 956 4365 957 4370 958 4423 959 4501 960 4578 961 4329 962 4449 963 4415 964 4379 965 4473 966 4419 967 4359 968 4368 969 4234 970 4313 971 4425 972 4364 973 4401 974 4354 975 4358 976 4337 977 4292 978 4312 979 4330 980 4315 981 4189 982 4321 983 4307 984 4278 985 4320 986 4304 987 4225 988 4135 989 4209 990 4124 991 4325 992 4271 993 4219 994 4149 995 4224 996 4181 997 4151 998 4287 999 4239 1000 4255 1001 4211 1002 4243 1003 4231 1004 4290 1005 4157 1006 4182 1007 4220 1008 4325 1009 4235 1010 4162 1011 4181 1012 4211 1013 4157 1014 4114 1015 4128 1016 4218 1017 4232 1018 4254 1019 4313 1020 4270 1021 4232 1022 4190 1023 4231 1024 4112 1025 4235 1026 4180 1027 4208 1028 4198 1029 4200 1030 4257 1031 4157 1032 4211 1033 4230 1034 4263 1035 4125 1036 4297 1037 4334 1038 4301 1039 4258 1040 4142 1041 4226 1042 4191 1043 4204 1044 4347 1045 4417 1046 4263 1047 4246 1048 4347 1049 4357 1050 4274 1051 4267 1052 4449 1053 4303 1054 4366 1055 4262 1056 4253 1057 4363 1058 4265 1059 4391 1060 4436 1061 4374 1062 4313 1063 4391 1064 4345 1065 4510 1066 4360 1067 4353 1068 4376 1069 4445 1070 4405 1071 4422 1072 4321 1073 4388 1074 4540 1075 4470 1076 4365 1077 4413 1078 4375 1079 4392 1080 4376 1081 4429 1082 4374 1083 4344 1084 4317 1085 4544 1086 4465 1087 4436 1088 4479 1089 4410 1090 4487 1091 4363 1092 4402 1093 4374 1094 4435 1095 4404 1096 4346 1097 4393 1098 4370 1099 4297 1100 4338 1101 4378 1102 4322 1103 4362 1104 4386 1105 4343 1106 4423 1107 4339 1108 4370 1109 4367 1110 4330 1111 4358 1112 4304 1113 4355 1114 4354 1115 4456 1116 4226 1117 4245 1118 4312 1119 4370 1120 4263 1121 4269 1122 4434 1123 4322 1124 4305 1125 4301 1126 4295 1127 4423 1128 4289 1129 4265 1130 4216 1131 4242 1132 4264 1133 4207 1134 4254 1135 4222 1136 4213 1137 4234 1138 4141 1139 4256 1140 4269 1141 4163 1142 4237 1143 4152 1144 4207 1145 4124 1146 4194 1147 4147 1148 4128 1149 4239 1150 4135 1151 4112 1152 4155 1153 4114 1154 4122 1155 4205 1156 4089 1157 4114 1158 4129 1159 4028 1160 4049 1161 4052 1162 4094 1163 3955 1164 3969 1165 4022 1166 3974 1167 4024 1168 4099 1169 4110 1170 4034 1171 3993 1172 4041 1173 4088 1174 3984