## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606227.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606227.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606227.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:16:51 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 198 104 102 22 2596049 267.735428 264.450601 20104351 FR 55 103 141 173 205 251 891 2173 4703 8621 30539 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 2 24 11 25 10 26 22 27 39 28 34 29 57 30 77 31 399 32 432 33 557 34 646 35 759 36 919 37 1163 38 1611 39 2045 40 2473 41 2779 42 2931 43 2933 44 2983 45 3220 46 3564 47 3936 48 4455 49 5108 50 5928 51 6652 52 7111 53 7260 54 7570 55 8100 56 8739 57 9781 58 10728 59 11657 60 13614 61 15068 62 16632 63 17606 64 18634 65 19755 66 21004 67 23028 68 25119 69 27384 70 30481 71 32869 72 35913 73 38662 74 40486 75 43105 76 45973 77 48841 78 52602 79 56248 80 60341 81 64444 82 68510 83 71404 84 75120 85 78250 86 81229 87 84108 88 87275 89 90845 90 94077 91 98165 92 101109 93 104726 94 106801 95 107423 96 109155 97 110527 98 112942 99 113591 100 116154 101 117867 102 118307 103 120278 104 120290 105 119260 106 119568 107 119321 108 118912 109 118514 110 118646 111 118190 112 118753 113 118668 114 116822 115 116703 116 113773 117 112410 118 111972 119 110228 120 108930 121 108288 122 106797 123 105998 124 104974 125 103349 126 101973 127 99748 128 98303 129 96979 130 96045 131 95233 132 93721 133 92262 134 90717 135 89227 136 87840 137 86640 138 85067 139 83237 140 81316 141 80466 142 80150 143 78889 144 77836 145 75705 146 74332 147 72711 148 72446 149 70707 150 69541 151 68682 152 67814 153 67136 154 65682 155 64596 156 63705 157 62510 158 61250 159 60393 160 59685 161 58813 162 57935 163 56865 164 56500 165 55782 166 54574 167 53650 168 52860 169 52554 170 51364 171 51065 172 50132 173 49866 174 48873 175 48102 176 47504 177 46996 178 46262 179 45551 180 44876 181 44550 182 44143 183 43664 184 43219 185 42382 186 42333 187 41517 188 40858 189 40631 190 40171 191 39360 192 39250 193 38774 194 38256 195 38029 196 37419 197 36880 198 36539 199 36081 200 35615 201 34963 202 34637 203 34346 204 34411 205 34043 206 33568 207 32999 208 32295 209 32389 210 31640 211 31494 212 30959 213 30914 214 29942 215 29943 216 29847 217 29149 218 28804 219 28559 220 28353 221 27604 222 27670 223 27100 224 26768 225 26713 226 26700 227 26421 228 26067 229 25378 230 25010 231 24668 232 24458 233 24319 234 24086 235 23461 236 23707 237 23003 238 22888 239 22529 240 22303 241 22074 242 21626 243 21356 244 21157 245 21035 246 20817 247 20637 248 20316 249 20109 250 19993 251 19428 252 19882 253 19086 254 18793 255 18596 256 18429 257 18260 258 18161 259 17802 260 17886 261 17606 262 17298 263 17279 264 16853 265 16865 266 16639 267 16303 268 16046 269 16089 270 15872 271 15593 272 15503 273 15208 274 14952 275 14747 276 14821 277 14650 278 14452 279 14478 280 14283 281 14096 282 13903 283 13662 284 13817 285 13354 286 13302 287 13197 288 12950 289 13015 290 12785 291 12752 292 12506 293 12429 294 12262 295 12280 296 11963 297 11891 298 11717 299 11634 300 11526 301 11297 302 11211 303 11239 304 10970 305 10998 306 10753 307 10529 308 10691 309 10581 310 10589 311 10310 312 10434 313 10135 314 9919 315 9980 316 9979 317 9767 318 9680 319 9524 320 9419 321 9444 322 9397 323 9394 324 9112 325 9096 326 9097 327 8856 328 8841 329 8666 330 8785 331 8736 332 8667 333 8533 334 8415 335 8158 336 8304 337 8195 338 7983 339 7938 340 7950 341 8063 342 7966 343 7865 344 7881 345 7812 346 7620 347 7625 348 7585 349 7418 350 7518 351 7267 352 7312 353 7453 354 7132 355 7129 356 7017 357 7021 358 7035 359 6970 360 6893 361 6943 362 6848 363 6916 364 6882 365 6767 366 6675 367 6553 368 6610 369 6406 370 6465 371 6394 372 6470 373 6455 374 6231 375 6233 376 6361 377 6299 378 6306 379 6309 380 6268 381 6073 382 6163 383 6144 384 5978 385 5980 386 6082 387 5875 388 5899 389 5866 390 5842 391 5743 392 5880 393 5945 394 5783 395 5788 396 5724 397 5684 398 5589 399 5731 400 5598 401 5571 402 5493 403 5533 404 5571 405 5594 406 5454 407 5482 408 5393 409 5358 410 5294 411 5430 412 5257 413 5403 414 5348 415 5321 416 5236 417 5161 418 5217 419 5285 420 5150 421 5167 422 5226 423 5147 424 5124 425 5339 426 5199 427 4993 428 4933 429 4978 430 5051 431 4909 432 4966 433 4891 434 4879 435 4869 436 4930 437 4788 438 4847 439 4876 440 4889 441 4787 442 4835 443 4782 444 4715 445 4801 446 4755 447 4691 448 4599 449 4603 450 4695 451 4531 452 4665 453 4612 454 4619 455 4556 456 4602 457 4517 458 4546 459 4455 460 4516 461 4607 462 4534 463 4506 464 4559 465 4414 466 4493 467 4463 468 4441 469 4446 470 4443 471 4340 472 4415 473 4334 474 4253 475 4334 476 4385 477 4396 478 4394 479 4400 480 4443 481 4406 482 4208 483 4314 484 4424 485 4399 486 4300 487 4366 488 4345 489 4268 490 4269 491 4150 492 4215 493 4161 494 4112 495 4247 496 4303 497 4230 498 4165 499 4281 500 4219 501 4142 502 4144 503 4198 504 4335 505 4165 506 4257 507 4077 508 4218 509 4197 510 4138 511 4081 512 4041 513 4176 514 4127 515 4077 516 4104 517 4094 518 4178 519 4074 520 4063 521 4105 522 4146 523 4050 524 4079 525 4176 526 4213 527 4124 528 4177 529 4048 530 3988 531 4052 532 4105 533 4158 534 4167 535 4133 536 3924 537 4071 538 4090 539 4170 540 4145 541 4174 542 4153 543 3987 544 4071 545 4008 546 4010 547 4069 548 4096 549 4020 550 4317 551 4090 552 4191 553 4086 554 4068 555 4001 556 4077 557 4083 558 3973 559 3982 560 3931 561 4005 562 3977 563 3967 564 4024 565 4050 566 3982 567 3933 568 3997 569 4105 570 3880 571 4066 572 4030 573 3840 574 3984 575 4024 576 4035 577 3864 578 3901 579 3994 580 3959 581 3947 582 3822 583 3914 584 3887 585 3860 586 3946 587 3792 588 3860 589 3903 590 3929 591 3938 592 3889 593 3825 594 3860 595 3799 596 3833 597 3829 598 3918 599 3908 600 3873 601 3885 602 3964 603 3917 604 3827 605 3919 606 3947 607 3881 608 3926 609 3900 610 3872 611 3787 612 3851 613 3852 614 3905 615 3958 616 3820 617 3780 618 3795 619 3835 620 3873 621 3798 622 3800 623 3758 624 3884 625 3830 626 3863 627 3837 628 3797 629 3855 630 3817 631 3834 632 3717 633 3835 634 3791 635 3768 636 3802 637 3727 638 3781 639 3688 640 3744 641 3739 642 3692 643 3770 644 3653 645 3675 646 3862 647 3740 648 3664 649 3691 650 3675 651 3671 652 3739 653 3562 654 3676 655 3620 656 3656 657 3728 658 3702 659 3630 660 3656 661 3540 662 3715 663 3757 664 3726 665 3691 666 3655 667 3700 668 3606 669 3560 670 3720 671 3641 672 3682 673 3683 674 3633 675 3744 676 3700 677 3695 678 3697 679 3706 680 3774 681 3710 682 3708 683 3689 684 3656 685 3666 686 3704 687 3737 688 3616 689 3664 690 3731 691 3724 692 3701 693 3734 694 3695 695 3835 696 3678 697 3862 698 3773 699 3660 700 3703 701 3735 702 3709 703 3707 704 3764 705 3639 706 3678 707 3760 708 3776 709 3799 710 3743 711 3767 712 3662 713 3846 714 3712 715 3695 716 3715 717 3753 718 3680 719 3704 720 3691 721 3772 722 3735 723 3761 724 3718 725 3747 726 3731 727 3733 728 3772 729 3730 730 3717 731 3720 732 3803 733 3725 734 3774 735 3645 736 3681 737 3684 738 3813 739 3617 740 3814 741 3761 742 3705 743 3728 744 3700 745 3655 746 3659 747 3669 748 3688 749 3663 750 3738 751 3598 752 3651 753 3627 754 3706 755 3704 756 3708 757 3641 758 3759 759 3625 760 3703 761 3731 762 3715 763 3626 764 3691 765 3627 766 3619 767 3671 768 3586 769 3685 770 3637 771 3528 772 3577 773 3551 774 3571 775 3523 776 3559 777 3583 778 3461 779 3574 780 3493 781 3527 782 3444 783 3515 784 3564 785 3540 786 3571 787 3540 788 3578 789 3567 790 3553 791 3583 792 3476 793 3565 794 3500 795 3512 796 3420 797 3579 798 3489 799 3519 800 3444 801 3509 802 3487 803 3427 804 3473 805 3427 806 3510 807 3486 808 3490 809 3480 810 3460 811 3404 812 3475 813 3420 814 3475 815 3508 816 3458 817 3359 818 3413 819 3437 820 3516 821 3494 822 3578 823 3402 824 3340 825 3441 826 3501 827 3387 828 3444 829 3383 830 3360 831 3428 832 3403 833 3426 834 3346 835 3440 836 3446 837 3405 838 3428 839 3378 840 3397 841 3355 842 3461 843 3400 844 3348 845 3295 846 3224 847 3392 848 3420 849 3398 850 3391 851 3403 852 3396 853 3477 854 3381 855 3361 856 3269 857 3404 858 3460 859 3297 860 3307 861 3424 862 3336 863 3474 864 3391 865 3350 866 3402 867 3385 868 3361 869 3416 870 3254 871 3276 872 3340 873 3241 874 3332 875 3255 876 3425 877 3394 878 3375 879 3408 880 3323 881 3288 882 3304 883 3346 884 3348 885 3306 886 3439 887 3251 888 3382 889 3345 890 3264 891 3265 892 3246 893 3185 894 3245 895 3290 896 3251 897 3235 898 3269 899 3296 900 3314 901 3368 902 3290 903 3236 904 3243 905 3153 906 3209 907 3255 908 3208 909 3288 910 3182 911 3220 912 3249 913 3166 914 3214 915 3095 916 3209 917 3152 918 3041 919 3207 920 3197 921 3218 922 3095 923 3149 924 3134 925 3127 926 3172 927 2993 928 3088 929 3136 930 3041 931 3135 932 3061 933 3006 934 3141 935 3066 936 3119 937 3096 938 3133 939 3126 940 2986 941 3044 942 2973 943 3026 944 3041 945 2986 946 3099 947 3100 948 3014 949 3020 950 3076 951 3077 952 2968 953 3004 954 2959 955 3011 956 3020 957 3032 958 2982 959 2929 960 3031 961 3039 962 2944 963 2973 964 2960 965 2990 966 3028 967 3026 968 2973 969 2955 970 3010 971 2923 972 3000 973 2950 974 2905 975 2984 976 2940 977 2952 978 3047 979 2897 980 2917 981 2915 982 2951 983 2950 984 2889 985 2943 986 2911 987 2810 988 2838 989 2795 990 2913 991 2851 992 2851 993 2927 994 2807 995 2849 996 2874 997 2910 998 2858 999 2857 1000 2846 1001 2800 1002 2920 1003 2901 1004 2850 1005 2827 1006 2867 1007 2804 1008 2886 1009 2799 1010 2876 1011 2810 1012 2816 1013 2907 1014 2786 1015 2875 1016 2806 1017 2827 1018 2857 1019 2941 1020 2847 1021 2818 1022 2779 1023 2939 1024 2865 1025 2784 1026 2714 1027 2908 1028 2756 1029 2824 1030 2833 1031 2820 1032 2787 1033 2879 1034 2962 1035 2913 1036 2848 1037 2824 1038 2748 1039 2859 1040 2873 1041 2869 1042 2947 1043 2879 1044 2788 1045 2883 1046 2873 1047 2892 1048 2830 1049 2924 1050 2931 1051 2934 1052 3013 1053 2874 1054 2888 1055 2941 1056 2936 1057 2993 1058 2944 1059 2933 1060 2952 1061 2991 1062 3061 1063 2961 1064 2965 1065 2952 1066 2998 1067 2988 1068 3019 1069 2989 1070 3029 1071 3004 1072 3025 1073 3092 1074 3040 1075 2981 1076 3000 1077 3004 1078 3032 1079 3055 1080 3017 1081 3021 1082 2957 1083 2984 1084 3013 1085 2984 1086 3021 1087 3018 1088 3022 1089 3005 1090 3056 1091 2997 1092 3042 1093 3074 1094 3077 1095 2969 1096 2935 1097 2971 1098 2987 1099 3034 1100 2955 1101 3038 1102 3051 1103 3055 1104 2955 1105 2973 1106 2965 1107 3025 1108 3034 1109 3036 1110 2959 1111 2930 1112 2970 1113 2876 1114 2928 1115 2987 1116 2975 1117 2952 1118 3012 1119 2971 1120 3006 1121 2941 1122 2920 1123 3004 1124 2924 1125 2953 1126 2936 1127 2957 1128 2855 1129 2937 1130 2890 1131 3013 1132 2946 1133 2901 1134 2893 1135 2926 1136 2870 1137 2892 1138 2922 1139 2971 1140 2851 1141 2886 1142 2882 1143 2814 1144 2882 1145 2836 1146 2920 1147 2949 1148 2866 1149 2824 1150 2822 1151 2792 1152 2797 1153 2767 1154 2758 1155 2718 1156 2772 1157 2762 1158 2807 1159 2737 1160 2753 1161 2647 1162 2744 1163 2643 1164 2701 1165 2780 1166 2706 1167 2691 1168 2800 1169 2795 1170 2749 1171 2737 1172 2682 1173 2660 1174 2785 1175 2686 1176 2731 1177 2831 1178 2681 1179 2776 1180 2655 1181 2687 1182 2712 1183 2686 1184 2628 1185 2679 1186 2642 1187 2701 1188 2703 1189 2608 1190 2658 1191 2759 1192 2775 1193 2690 1194 2692 1195 2610 1196 2615 1197 2637 1198 2640 1199 2628 1200 2652 1201 2615 1202 2630 1203 2494 1204 2610 1205 2629 1206 2664 1207 2617 1208 2641 1209 2580 1210 2631 1211 2668 1212 2684 1213 2656 1214 2619 1215 2576 1216 2584 1217 2564 1218 2640