## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606226.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606226.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606226.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:41:29 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 191 104 95 21 1848773 248.968301 238.932724 26921336 FR 49 93 131 161 191 235 785 2093 4657 8707 31371 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 4 23 9 24 18 25 11 26 34 27 37 28 56 29 79 30 112 31 613 32 678 33 806 34 956 35 1196 36 1545 37 1876 38 2518 39 3068 40 3732 41 4318 42 4439 43 4612 44 4712 45 4887 46 5475 47 6123 48 7016 49 7917 50 9006 51 9889 52 10688 53 11288 54 11509 55 12323 56 13456 57 14578 58 16172 59 18361 60 20296 61 22317 62 24110 63 25685 64 27091 65 28995 66 31021 67 33765 68 36585 69 40341 70 44201 71 48364 72 51906 73 55285 74 58436 75 62292 76 65798 77 70372 78 74499 79 80299 80 85510 81 91541 82 96531 83 100878 84 105557 85 109275 86 113280 87 117790 88 122540 89 126824 90 131849 91 136866 92 140466 93 144386 94 146369 95 148668 96 150880 97 152263 98 154498 99 156205 100 159619 101 161184 102 162247 103 163359 104 163461 105 162860 106 162740 107 162026 108 161753 109 161594 110 160537 111 160665 112 160739 113 159443 114 158034 115 156446 116 153942 117 152212 118 151218 119 149783 120 147809 121 147035 122 144652 123 143098 124 142129 125 140267 126 136997 127 135386 128 133223 129 131025 130 130142 131 128401 132 126991 133 124979 134 123081 135 120799 136 119104 137 117130 138 114497 139 112936 140 111286 141 109387 142 108523 143 107038 144 105596 145 103450 146 101346 147 99919 148 98860 149 96918 150 94496 151 94123 152 92155 153 90496 154 89510 155 88671 156 86919 157 85152 158 83978 159 82840 160 81133 161 80056 162 79561 163 78027 164 77214 165 75492 166 74608 167 73818 168 72534 169 71493 170 70301 171 69364 172 68664 173 67800 174 66800 175 65829 176 65040 177 64222 178 63527 179 62567 180 61732 181 60934 182 60172 183 59665 184 59107 185 58235 186 57607 187 56590 188 55756 189 55441 190 54461 191 54206 192 53372 193 52677 194 52045 195 51595 196 50967 197 50234 198 49941 199 49072 200 48314 201 47539 202 47449 203 46604 204 46210 205 45422 206 45507 207 44541 208 43941 209 43674 210 42770 211 42586 212 41721 213 41665 214 41055 215 40621 216 40273 217 39187 218 39517 219 38205 220 38054 221 37819 222 36900 223 36534 224 36570 225 36348 226 35885 227 35099 228 34689 229 34359 230 33802 231 33308 232 33045 233 32858 234 32098 235 32023 236 31712 237 31306 238 30744 239 30681 240 30058 241 29594 242 29314 243 28920 244 28638 245 28509 246 28185 247 27706 248 27274 249 27167 250 26727 251 26237 252 26099 253 25674 254 25432 255 25357 256 25157 257 24437 258 24283 259 24350 260 23665 261 23533 262 23424 263 23190 264 22670 265 22479 266 22253 267 21813 268 21980 269 21729 270 21327 271 21007 272 20764 273 20754 274 20626 275 19999 276 20010 277 19881 278 19480 279 19120 280 19036 281 18923 282 18847 283 18653 284 18298 285 18270 286 17621 287 17706 288 17584 289 17502 290 17307 291 17392 292 16942 293 16473 294 16563 295 16324 296 16296 297 15860 298 15556 299 15567 300 15638 301 15271 302 15263 303 14889 304 14792 305 14737 306 14506 307 14466 308 14097 309 14087 310 14017 311 13880 312 13790 313 13430 314 13532 315 13457 316 13245 317 13265 318 12902 319 12845 320 12722 321 12215 322 12520 323 12288 324 12159 325 11956 326 11765 327 11704 328 11934 329 11795 330 11560 331 11530 332 11403 333 11173 334 11110 335 11111 336 10932 337 10868 338 10779 339 10684 340 10557 341 10721 342 10480 343 10458 344 10404 345 10285 346 10223 347 9999 348 9877 349 9950 350 10039 351 9779 352 9748 353 9688 354 9509 355 9215 356 9459 357 9353 358 9328 359 9208 360 8983 361 9063 362 8943 363 8997 364 9004 365 8861 366 8895 367 8575 368 8711 369 8598 370 8649 371 8489 372 8688 373 8549 374 8306 375 8475 376 8302 377 8258 378 8280 379 8308 380 8092 381 8009 382 7981 383 8156 384 7778 385 7817 386 7999 387 7731 388 7889 389 7810 390 7697 391 7722 392 7684 393 7734 394 7542 395 7503 396 7413 397 7576 398 7390 399 7354 400 7471 401 7472 402 7338 403 7457 404 7256 405 7262 406 7324 407 7228 408 7114 409 6966 410 6878 411 7200 412 7015 413 6890 414 6804 415 6943 416 6791 417 6816 418 6804 419 6722 420 6703 421 6873 422 6757 423 6798 424 6694 425 6622 426 6593 427 6434 428 6595 429 6465 430 6564 431 6466 432 6420 433 6458 434 6385 435 6333 436 6378 437 6266 438 6251 439 6315 440 6172 441 6131 442 6230 443 6168 444 6137 445 6091 446 6102 447 5963 448 6167 449 6072 450 6023 451 5913 452 5934 453 5910 454 6078 455 5823 456 5815 457 5883 458 5824 459 5679 460 5804 461 5862 462 5861 463 5735 464 5791 465 5761 466 5681 467 5867 468 5752 469 5734 470 5758 471 5651 472 5625 473 5628 474 5755 475 5657 476 5684 477 5627 478 5605 479 5687 480 5559 481 5677 482 5519 483 5571 484 5603 485 5547 486 5493 487 5572 488 5538 489 5470 490 5459 491 5424 492 5366 493 5429 494 5492 495 5484 496 5345 497 5501 498 5384 499 5400 500 5307 501 5372 502 5314 503 5277 504 5291 505 5490 506 5207 507 5424 508 5193 509 5376 510 5209 511 5280 512 5329 513 5300 514 5192 515 5263 516 5319 517 5219 518 5183 519 5477 520 5367 521 5189 522 5210 523 5172 524 5338 525 5334 526 5215 527 5206 528 5177 529 5248 530 5201 531 5115 532 5286 533 5207 534 5162 535 5166 536 5083 537 5280 538 5083 539 5241 540 5242 541 5102 542 5173 543 5127 544 5113 545 5223 546 4999 547 5026 548 5127 549 5059 550 5193 551 5078 552 5165 553 5166 554 5068 555 5038 556 4968 557 5056 558 5104 559 4958 560 5088 561 4980 562 5097 563 4987 564 5109 565 5163 566 5062 567 5048 568 5105 569 5100 570 5009 571 4956 572 5102 573 5009 574 5009 575 4904 576 4943 577 4936 578 4874 579 5106 580 4998 581 5003 582 4775 583 4866 584 4887 585 4950 586 4877 587 4915 588 4899 589 4936 590 4947 591 4926 592 4903 593 4938 594 4899 595 4891 596 4823 597 4919 598 4796 599 4913 600 4982 601 4884 602 4906 603 4860 604 4859 605 4816 606 4873 607 4963 608 4956 609 4787 610 4842 611 4871 612 4925 613 4847 614 4745 615 4899 616 4780 617 4736 618 4819 619 4886 620 4786 621 4902 622 4706 623 4918 624 4832 625 4677 626 4788 627 4823 628 4830 629 4825 630 4786 631 4753 632 4844 633 4693 634 4855 635 4819 636 4786 637 4762 638 4774 639 4757 640 4692 641 4754 642 4784 643 4780 644 4712 645 4613 646 4618 647 4764 648 4741 649 4735 650 4548 651 4655 652 4662 653 4578 654 4669 655 4679 656 4707 657 4728 658 4607 659 4625 660 4705 661 4650 662 4727 663 4725 664 4554 665 4601 666 4618 667 4657 668 4641 669 4688 670 4605 671 4644 672 4737 673 4692 674 4588 675 4652 676 4643 677 4596 678 4579 679 4602 680 4607 681 4679 682 4594 683 4647 684 4652 685 4651 686 4604 687 4614 688 4539 689 4704 690 4702 691 4602 692 4714 693 4604 694 4595 695 4685 696 4871 697 4842 698 4693 699 4713 700 4777 701 4682 702 4686 703 4649 704 4782 705 4685 706 4704 707 4724 708 4593 709 4633 710 4803 711 4749 712 4723 713 4740 714 4694 715 4664 716 4761 717 4620 718 4619 719 4652 720 4614 721 4732 722 4740 723 4670 724 4742 725 4714 726 4813 727 4665 728 4771 729 4582 730 4586 731 4661 732 4543 733 4752 734 4621 735 4751 736 4702 737 4615 738 4660 739 4562 740 4632 741 4778 742 4665 743 4587 744 4639 745 4671 746 4655 747 4624 748 4686 749 4508 750 4687 751 4711 752 4600 753 4604 754 4648 755 4604 756 4701 757 4672 758 4655 759 4597 760 4683 761 4562 762 4552 763 4578 764 4549 765 4519 766 4570 767 4539 768 4604 769 4478 770 4576 771 4487 772 4441 773 4528 774 4610 775 4509 776 4506 777 4429 778 4425 779 4495 780 4503 781 4432 782 4407 783 4527 784 4569 785 4451 786 4481 787 4574 788 4657 789 4485 790 4338 791 4395 792 4398 793 4506 794 4411 795 4364 796 4416 797 4450 798 4327 799 4449 800 4465 801 4543 802 4365 803 4487 804 4315 805 4347 806 4447 807 4379 808 4447 809 4372 810 4480 811 4396 812 4354 813 4395 814 4297 815 4311 816 4425 817 4281 818 4281 819 4374 820 4381 821 4434 822 4395 823 4318 824 4277 825 4409 826 4349 827 4355 828 4210 829 4284 830 4386 831 4468 832 4242 833 4361 834 4359 835 4250 836 4243 837 4360 838 4261 839 4272 840 4285 841 4238 842 4179 843 4331 844 4276 845 4243 846 4408 847 4428 848 4341 849 4304 850 4348 851 4331 852 4295 853 4378 854 4303 855 4270 856 4229 857 4373 858 4401 859 4306 860 4264 861 4251 862 4345 863 4378 864 4305 865 4239 866 4259 867 4237 868 4237 869 4263 870 4234 871 4100 872 4253 873 4255 874 4185 875 4221 876 4275 877 4287 878 4261 879 4296 880 4294 881 4220 882 4105 883 4226 884 4325 885 4292 886 4197 887 4198 888 4171 889 4124 890 4217 891 4163 892 4175 893 4115 894 4144 895 4205 896 4150 897 4163 898 4208 899 4106 900 4210 901 4154 902 4170 903 4145 904 4131 905 4208 906 4028 907 4120 908 4103 909 4152 910 4138 911 4040 912 4060 913 3999 914 4061 915 4003 916 4035 917 4033 918 3900 919 4072 920 3973 921 4093 922 4050 923 4020 924 3920 925 4081 926 4004 927 4045 928 4004 929 4018 930 3947 931 3949 932 3886 933 4021 934 3957 935 4031 936 3968 937 3842 938 3956 939 3895 940 4008 941 3911 942 3896 943 3931 944 3855 945 3916 946 3925 947 3960 948 3827 949 3825 950 3980 951 3780 952 3801 953 3818 954 3870 955 3864 956 3864 957 3839 958 3850 959 3806 960 3833 961 3773 962 3774 963 3845 964 3752 965 3757 966 3888 967 3843 968 3679 969 3807 970 3771 971 3796 972 3694 973 3762 974 3797 975 3778 976 3740 977 3674 978 3707 979 3694 980 3697 981 3755 982 3788 983 3688 984 3750 985 3677 986 3768 987 3609 988 3686 989 3581 990 3661 991 3656 992 3679 993 3624 994 3720 995 3549 996 3575 997 3701 998 3693 999 3729 1000 3672 1001 3741 1002 3622 1003 3725 1004 3659 1005 3754 1006 3608 1007 3709 1008 3725 1009 3683 1010 3678 1011 3721 1012 3739 1013 3736 1014 3598 1015 3642 1016 3640 1017 3727 1018 3655 1019 3686 1020 3696 1021 3679 1022 3678 1023 3637 1024 3627 1025 3653 1026 3706 1027 3657 1028 3671 1029 3715 1030 3595 1031 3596 1032 3609 1033 3659 1034 3653 1035 3587 1036 3669 1037 3558 1038 3673 1039 3585 1040 3574 1041 3678 1042 3666 1043 3640 1044 3709 1045 3758 1046 3626 1047 3726 1048 3764 1049 3788 1050 3781 1051 3817 1052 3733 1053 3822 1054 3706 1055 3750 1056 3635 1057 3873 1058 3737 1059 3787 1060 3858 1061 3710 1062 3634 1063 3774 1064 3771 1065 3833 1066 3725 1067 3774 1068 3690 1069 3774 1070 3674 1071 3854 1072 3741 1073 3868 1074 3753 1075 3879 1076 3854 1077 3807 1078 3791 1079 3899 1080 3713 1081 3889 1082 3843 1083 3794 1084 3850 1085 3887 1086 3782 1087 3866 1088 3853 1089 3826 1090 3760 1091 3852 1092 3858 1093 3837 1094 3782 1095 3875 1096 3757 1097 3787 1098 3741 1099 3787 1100 3850 1101 3852 1102 3776 1103 3719 1104 3744 1105 3801 1106 3735 1107 3851 1108 3819 1109 3732 1110 3899 1111 3810 1112 3708 1113 3717 1114 3830 1115 3849 1116 3656 1117 3686 1118 3825 1119 3654 1120 3681 1121 3742 1122 3744 1123 3578 1124 3664 1125 3632 1126 3675 1127 3694 1128 3728 1129 3715 1130 3711 1131 3684 1132 3671 1133 3688 1134 3778 1135 3763 1136 3682 1137 3628 1138 3607 1139 3641 1140 3673 1141 3553