## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606225.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606225.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606225.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:34:32 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 190 104 95 21 1180167 248.106702 238.938049 32382080 FR 49 93 129 161 191 233 789 2099 4665 8679 31119 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 3 22 4 23 6 24 18 25 26 26 41 27 39 28 56 29 118 30 140 31 729 32 838 33 1035 34 1193 35 1483 36 1785 37 2193 38 2917 39 3672 40 4502 41 5216 42 5338 43 5467 44 5475 45 5951 46 6515 47 7324 48 8401 49 9510 50 10935 51 12104 52 13037 53 13581 54 13870 55 15092 56 16150 57 17723 58 20161 59 21980 60 25022 61 27642 62 30251 63 31567 64 33536 65 35445 66 38215 67 41125 68 45543 69 49714 70 55297 71 59894 72 64478 73 68911 74 72883 75 76984 76 81411 77 87004 78 92917 79 98465 80 106211 81 113097 82 120163 83 125679 84 130778 85 134868 86 139889 87 145196 88 150747 89 156817 90 162481 91 167909 92 173610 93 177985 94 180837 95 183337 96 185469 97 186659 98 190015 99 191779 100 194692 101 196927 102 198505 103 199232 104 200039 105 198834 106 197976 107 197618 108 196503 109 195885 110 194487 111 193917 112 193955 113 192498 114 190823 115 188872 116 186412 117 184579 118 181593 119 179762 120 177333 121 175584 122 174227 123 171562 124 169890 125 167750 126 164080 127 161189 128 158662 129 156643 130 153673 131 151975 132 150286 133 148041 134 146210 135 143579 136 140712 137 138479 138 136881 139 134443 140 131715 141 130176 142 128518 143 126648 144 124547 145 122810 146 120464 147 118208 148 116179 149 114153 150 112562 151 110741 152 109517 153 107209 154 106661 155 104811 156 102674 157 101097 158 99241 159 97980 160 96931 161 95280 162 94069 163 92181 164 91152 165 90270 166 88234 167 87080 168 85961 169 85310 170 83042 171 82627 172 82037 173 80252 174 79798 175 78488 176 77726 177 76811 178 75359 179 74654 180 73398 181 72765 182 71681 183 71423 184 70074 185 69881 186 68496 187 67457 188 66680 189 66451 190 65444 191 64261 192 63866 193 62788 194 62211 195 61662 196 61238 197 59816 198 58908 199 58530 200 57816 201 56745 202 56383 203 56062 204 55045 205 54567 206 54115 207 53478 208 53228 209 52526 210 51420 211 50736 212 50409 213 49699 214 49292 215 48599 216 48041 217 47755 218 46826 219 46367 220 45819 221 45242 222 44432 223 44012 224 43462 225 42927 226 42736 227 42023 228 41631 229 41212 230 40725 231 40282 232 39602 233 38962 234 38630 235 38265 236 37657 237 37299 238 37306 239 36660 240 36088 241 35847 242 34801 243 34582 244 34136 245 33978 246 33562 247 33110 248 32397 249 32153 250 31912 251 31250 252 31182 253 30958 254 30303 255 29948 256 29827 257 29438 258 29310 259 28877 260 28417 261 28133 262 28078 263 27358 264 27335 265 26681 266 26539 267 26302 268 26237 269 25488 270 25343 271 25093 272 24864 273 24639 274 24176 275 24117 276 23583 277 23337 278 23331 279 23158 280 22754 281 22490 282 22235 283 22092 284 21658 285 21625 286 21274 287 21010 288 20729 289 20625 290 20422 291 20262 292 20012 293 20028 294 19739 295 19399 296 19189 297 18860 298 18641 299 18663 300 18435 301 18275 302 17956 303 17763 304 17642 305 17613 306 17096 307 17188 308 16893 309 16667 310 16707 311 16459 312 16289 313 15980 314 15962 315 15810 316 15977 317 15583 318 15313 319 15111 320 15172 321 14915 322 15127 323 14703 324 14535 325 14400 326 14229 327 14161 328 14011 329 13711 330 13677 331 13624 332 13600 333 13494 334 13299 335 13187 336 13045 337 13065 338 12862 339 12594 340 12500 341 12531 342 12398 343 12314 344 12000 345 12045 346 11781 347 11927 348 11812 349 11695 350 11834 351 11652 352 11723 353 11488 354 11406 355 11316 356 11216 357 11088 358 10966 359 10884 360 10900 361 10767 362 10593 363 10602 364 10545 365 10568 366 10569 367 10349 368 10357 369 10210 370 10294 371 10184 372 10015 373 9996 374 9925 375 10008 376 9845 377 9781 378 9691 379 9873 380 9786 381 9607 382 9418 383 9461 384 9463 385 9414 386 9331 387 9239 388 9223 389 9277 390 9091 391 9087 392 9218 393 9127 394 8704 395 9190 396 8674 397 8795 398 8860 399 8748 400 8754 401 8677 402 8772 403 8679 404 8536 405 8473 406 8388 407 8348 408 8391 409 8269 410 8370 411 8575 412 8409 413 8271 414 8210 415 8176 416 8251 417 8069 418 8121 419 8156 420 8054 421 7950 422 7962 423 7918 424 7998 425 7798 426 7790 427 7685 428 7900 429 7679 430 7645 431 7581 432 7547 433 7613 434 7432 435 7514 436 7352 437 7387 438 7315 439 7370 440 7275 441 7286 442 7330 443 7366 444 7444 445 7373 446 7262 447 7337 448 7110 449 7193 450 7196 451 7010 452 7149 453 6975 454 7186 455 7044 456 7198 457 7066 458 6997 459 6839 460 6838 461 6947 462 6877 463 6908 464 6920 465 6867 466 6813 467 6811 468 6989 469 6709 470 6877 471 6776 472 6739 473 6878 474 6642 475 6704 476 6573 477 6764 478 6663 479 6473 480 6545 481 6548 482 6652 483 6637 484 6653 485 6593 486 6620 487 6537 488 6590 489 6505 490 6471 491 6468 492 6538 493 6544 494 6491 495 6407 496 6409 497 6489 498 6348 499 6289 500 6396 501 6357 502 6403 503 6405 504 6304 505 6211 506 6265 507 6119 508 6331 509 6300 510 6329 511 6456 512 6272 513 6144 514 6253 515 6471 516 6180 517 6234 518 6222 519 6237 520 6212 521 6226 522 6291 523 6232 524 6223 525 6187 526 6061 527 6248 528 6305 529 6212 530 6245 531 6115 532 6213 533 6088 534 6215 535 6165 536 6220 537 6117 538 6006 539 6122 540 6312 541 6123 542 6190 543 6152 544 5952 545 6152 546 6118 547 6024 548 6195 549 6076 550 6263 551 6065 552 6212 553 6141 554 6031 555 6134 556 6020 557 6051 558 6012 559 5948 560 6044 561 6152 562 6124 563 6123 564 5988 565 6016 566 6125 567 5985 568 5892 569 6002 570 5993 571 5941 572 6037 573 5906 574 6042 575 6008 576 5990 577 5834 578 6023 579 6058 580 6016 581 6102 582 5815 583 5947 584 5959 585 5963 586 5882 587 5907 588 5754 589 5859 590 5887 591 5839 592 5804 593 5890 594 5879 595 5810 596 5937 597 5926 598 5847 599 5984 600 5853 601 5929 602 5773 603 5891 604 5837 605 5908 606 5833 607 5746 608 5731 609 5890 610 5811 611 5776 612 5852 613 5805 614 5877 615 5737 616 5770 617 5837 618 5586 619 5919 620 5807 621 5684 622 5821 623 5794 624 5730 625 5733 626 5768 627 5737 628 5699 629 5687 630 5697 631 5673 632 5679 633 5813 634 5585 635 5632 636 5659 637 5630 638 5668 639 5668 640 5519 641 5636 642 5736 643 5657 644 5623 645 5690 646 5580 647 5522 648 5667 649 5549 650 5492 651 5531 652 5593 653 5556 654 5725 655 5553 656 5484 657 5596 658 5544 659 5565 660 5610 661 5660 662 5513 663 5522 664 5625 665 5493 666 5411 667 5627 668 5635 669 5591 670 5605 671 5640 672 5664 673 5468 674 5504 675 5581 676 5654 677 5540 678 5503 679 5616 680 5604 681 5535 682 5626 683 5591 684 5494 685 5414 686 5777 687 5641 688 5538 689 5470 690 5628 691 5530 692 5663 693 5666 694 5771 695 5594 696 5652 697 5640 698 5693 699 5595 700 5637 701 5643 702 5448 703 5484 704 5666 705 5685 706 5533 707 5628 708 5701 709 5653 710 5701 711 5721 712 5565 713 5594 714 5695 715 5727 716 5723 717 5663 718 5677 719 5479 720 5734 721 5649 722 5579 723 5634 724 5709 725 5599 726 5683 727 5673 728 5530 729 5569 730 5509 731 5544 732 5481 733 5465 734 5684 735 5588 736 5586 737 5473 738 5684 739 5562 740 5529 741 5634 742 5627 743 5640 744 5522 745 5467 746 5519 747 5590 748 5564 749 5642 750 5544 751 5619 752 5543 753 5646 754 5565 755 5604 756 5488 757 5438 758 5562 759 5520 760 5596 761 5525 762 5500 763 5436 764 5511 765 5595 766 5533 767 5400 768 5466 769 5538 770 5437 771 5452 772 5431 773 5552 774 5436 775 5270 776 5511 777 5451 778 5373 779 5317 780 5331 781 5384 782 5488 783 5319 784 5408 785 5241 786 5295 787 5374 788 5403 789 5230 790 5354 791 5194 792 5405 793 5287 794 5284 795 5292 796 5438 797 5331 798 5410 799 5308 800 5310 801 5340 802 5301 803 5386 804 5278 805 5256 806 5399 807 5241 808 5290 809 5236 810 5188 811 5297 812 5244 813 5291 814 5274 815 5190 816 5223 817 5160 818 5276 819 5193 820 5337 821 5216 822 5171 823 5118 824 5125 825 5228 826 5179 827 5154 828 5209 829 5193 830 5138 831 5350 832 5310 833 5208 834 5174 835 5155 836 5193 837 5277 838 5241 839 5229 840 5247 841 5224 842 5266 843 5230 844 5203 845 5213 846 5138 847 5154 848 5206 849 5117 850 5132 851 5180 852 5188 853 5335 854 5269 855 5045 856 5131 857 5265 858 5148 859 5112 860 5058 861 5179 862 5136 863 5120 864 5211 865 5152 866 5226 867 5045 868 5168 869 5149 870 5124 871 5205 872 5277 873 5075 874 5100 875 5200 876 5288 877 5165 878 5119 879 5336 880 4994 881 5068 882 4977 883 5021 884 4972 885 5163 886 5158 887 5141 888 5066 889 4994 890 5008 891 5008 892 5033 893 4983 894 4982 895 5055 896 5021 897 5036 898 4942 899 5114 900 5036 901 4819 902 5066 903 4991 904 4981 905 4994 906 4965 907 4835 908 4872 909 4852 910 4941 911 4981 912 4983 913 4946 914 4842 915 5001 916 4785 917 4838 918 4708 919 4852 920 4876 921 5046 922 4780 923 4830 924 4791 925 4825 926 4723 927 4832 928 4771 929 4808 930 4737 931 4739 932 4726 933 4744 934 4669 935 4643 936 4707 937 4740 938 4711 939 4671 940 4753 941 4746 942 4657 943 4722 944 4690 945 4613 946 4575 947 4607 948 4735 949 4624 950 4743 951 4740 952 4604 953 4615 954 4595 955 4581 956 4539 957 4707 958 4517 959 4692 960 4595 961 4582 962 4576 963 4599 964 4563 965 4489 966 4617 967 4622 968 4732 969 4576 970 4537 971 4457 972 4467 973 4573 974 4519 975 4506 976 4485 977 4508 978 4719 979 4518 980 4511 981 4446 982 4568 983 4463 984 4441 985 4516 986 4547 987 4384 988 4470 989 4454 990 4445 991 4370 992 4379 993 4444 994 4308 995 4330 996 4366 997 4354 998 4328 999 4450 1000 4383 1001 4507 1002 4479 1003 4370 1004 4426 1005 4423 1006 4530 1007 4506 1008 4379 1009 4427 1010 4354 1011 4489 1012 4312 1013 4527 1014 4341 1015 4461 1016 4392 1017 4490 1018 4366 1019 4473 1020 4437 1021 4481 1022 4413 1023 4421 1024 4322 1025 4326 1026 4310 1027 4440 1028 4505 1029 4461 1030 4537 1031 4348 1032 4444 1033 4404 1034 4465 1035 4406 1036 4460 1037 4368 1038 4408 1039 4451 1040 4413 1041 4484 1042 4376 1043 4364 1044 4446 1045 4498 1046 4562 1047 4456 1048 4472 1049 4553 1050 4482 1051 4423 1052 4533 1053 4637 1054 4542 1055 4463 1056 4522 1057 4545 1058 4560 1059 4647 1060 4597 1061 4572 1062 4451 1063 4510 1064 4476 1065 4586 1066 4618 1067 4554 1068 4512 1069 4595 1070 4570 1071 4667 1072 4547 1073 4622 1074 4507 1075 4677 1076 4636 1077 4715 1078 4548 1079 4568 1080 4686 1081 4675 1082 4629 1083 4619 1084 4733 1085 4660 1086 4570 1087 4550 1088 4425 1089 4686 1090 4573 1091 4571 1092 4662 1093 4537 1094 4662 1095 4652 1096 4593 1097 4441 1098 4572 1099 4578 1100 4596 1101 4555 1102 4553 1103 4543 1104 4544 1105 4581 1106 4636 1107 4622 1108 4520 1109 4551 1110 4441 1111 4549 1112 4519 1113 4539 1114 4569 1115 4564 1116 4594 1117 4403 1118 4453 1119 4412 1120 4436 1121 4453 1122 4504 1123 4521 1124 4450 1125 4391 1126 4535 1127 4486 1128 4421 1129 4529 1130 4366 1131 4515 1132 4421 1133 4554 1134 4496 1135 4321 1136 4542 1137 4366 1138 4482 1139 4345 1140 4519