## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606224.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606224.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606224.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 00:42:45 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 193 103 98 22 1067511 255.610303 249.238451 28923849 FR 51 97 135 165 197 241 815 2113 4653 8613 30747 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 4 23 14 24 14 25 25 26 53 27 48 28 75 29 128 30 186 31 835 32 984 33 1070 34 1254 35 1565 36 1919 37 2418 38 3056 39 3854 40 4877 41 5590 42 5561 43 5625 44 5582 45 5992 46 6546 47 7203 48 8019 49 9416 50 10865 51 11691 52 12715 53 12998 54 13320 55 14110 56 15109 57 16628 58 18449 59 20814 60 23032 61 25429 62 27562 63 29063 64 30578 65 32301 66 34769 67 37165 68 40793 69 44926 70 49302 71 53480 72 58025 73 61595 74 64266 75 68135 76 72109 77 76571 78 81157 79 87307 80 93018 81 99160 82 104915 83 109002 84 114306 85 117063 86 121390 87 125997 88 130361 89 135375 90 141344 91 146176 92 150830 93 154114 94 155969 95 158037 96 160099 97 161859 98 164063 99 165747 100 169362 101 171497 102 172379 103 173842 104 173646 105 173286 106 172264 107 172369 108 171567 109 171384 110 171023 111 171000 112 171658 113 170162 114 168894 115 166739 116 164482 117 161503 118 160198 119 158573 120 157643 121 155649 122 155156 123 152643 124 150829 125 147930 126 146222 127 142916 128 141157 129 139796 130 137418 131 136745 132 135056 133 132272 134 130289 135 128380 136 126390 137 123765 138 121345 139 120058 140 117414 141 116028 142 115183 143 113806 144 111859 145 109854 146 108184 147 105352 148 103390 149 102477 150 100956 151 99603 152 97856 153 96597 154 94770 155 93262 156 91877 157 90381 158 88738 159 86907 160 86650 161 84317 162 83600 163 81763 164 82003 165 80593 166 79092 167 77583 168 76615 169 75534 170 74654 171 73127 172 72698 173 71601 174 70906 175 69968 176 69241 177 68193 178 67475 179 66209 180 65068 181 64431 182 63747 183 63086 184 62218 185 61622 186 61107 187 60391 188 59194 189 58749 190 57582 191 57091 192 56366 193 55679 194 55521 195 54516 196 53889 197 53667 198 52453 199 52016 200 51009 201 51002 202 49796 203 49434 204 48901 205 48633 206 48133 207 47348 208 47099 209 46236 210 45812 211 45231 212 44810 213 43995 214 43897 215 43534 216 42455 217 42596 218 41780 219 41177 220 40790 221 40266 222 39748 223 39245 224 38841 225 38176 226 38122 227 37912 228 36949 229 36520 230 36500 231 35736 232 35416 233 35044 234 34966 235 34104 236 34001 237 33679 238 33043 239 32684 240 32266 241 31552 242 31558 243 31095 244 30748 245 30626 246 30225 247 29911 248 29430 249 29194 250 28616 251 27962 252 28005 253 27485 254 27714 255 27237 256 26740 257 26440 258 26055 259 25920 260 25560 261 25379 262 25075 263 24860 264 24357 265 23945 266 24103 267 23904 268 23444 269 23116 270 23068 271 22711 272 22570 273 22309 274 21838 275 21837 276 21386 277 21048 278 21079 279 20551 280 20799 281 20219 282 20099 283 19911 284 19555 285 19415 286 19344 287 19283 288 18903 289 18659 290 18566 291 18379 292 18180 293 17903 294 17752 295 17369 296 17536 297 17061 298 16994 299 16809 300 16444 301 16606 302 16399 303 16132 304 15875 305 15734 306 15815 307 15409 308 15464 309 15190 310 15218 311 15114 312 14827 313 14854 314 14403 315 14474 316 14176 317 13960 318 13881 319 13902 320 13493 321 13581 322 13482 323 13191 324 13158 325 12945 326 12921 327 12932 328 12462 329 12439 330 12478 331 12439 332 12393 333 12008 334 12098 335 12149 336 11972 337 11840 338 11549 339 11469 340 11504 341 11385 342 11328 343 11109 344 11290 345 11105 346 11063 347 10898 348 10887 349 10666 350 10716 351 10617 352 10519 353 10513 354 10158 355 10290 356 10126 357 10075 358 10021 359 10024 360 9773 361 9753 362 9547 363 9682 364 9754 365 9515 366 9427 367 9335 368 9499 369 9217 370 9210 371 9190 372 9073 373 9278 374 9289 375 8995 376 9070 377 8820 378 8801 379 8800 380 8775 381 8873 382 8568 383 8753 384 8555 385 8503 386 8595 387 8412 388 8260 389 8306 390 8338 391 8207 392 8299 393 8368 394 8224 395 8152 396 8003 397 8204 398 8089 399 7892 400 7948 401 7901 402 7868 403 8083 404 7834 405 7573 406 7644 407 7688 408 7635 409 7722 410 7468 411 7632 412 7571 413 7555 414 7428 415 7503 416 7451 417 7392 418 7397 419 7428 420 7184 421 7314 422 7162 423 7255 424 7181 425 7161 426 7074 427 7075 428 7195 429 6913 430 6978 431 7190 432 6872 433 6964 434 6852 435 6815 436 6817 437 6727 438 6834 439 6646 440 6683 441 6684 442 6777 443 6518 444 6578 445 6557 446 6640 447 6811 448 6588 449 6615 450 6627 451 6416 452 6562 453 6443 454 6496 455 6479 456 6439 457 6454 458 6371 459 6168 460 6268 461 6216 462 6359 463 6342 464 6411 465 6196 466 6246 467 6305 468 6182 469 6254 470 6229 471 6109 472 6267 473 6362 474 6204 475 6206 476 6118 477 6190 478 6059 479 6048 480 6109 481 6048 482 6012 483 6080 484 6082 485 6101 486 6079 487 5943 488 5998 489 6115 490 6035 491 5832 492 5911 493 5879 494 5933 495 5910 496 5816 497 5790 498 5965 499 5867 500 5857 501 5880 502 5882 503 5887 504 5880 505 5821 506 5739 507 5706 508 5822 509 5825 510 5807 511 5726 512 5677 513 5701 514 5824 515 5848 516 5717 517 5854 518 5684 519 5702 520 5799 521 5814 522 5648 523 5853 524 5718 525 5893 526 5728 527 5793 528 5766 529 5582 530 5689 531 5703 532 5654 533 5717 534 5726 535 5601 536 5602 537 5668 538 5590 539 5649 540 5704 541 5657 542 5601 543 5542 544 5581 545 5760 546 5601 547 5668 548 5574 549 5553 550 5698 551 5523 552 5690 553 5621 554 5701 555 5534 556 5570 557 5598 558 5591 559 5526 560 5629 561 5548 562 5614 563 5561 564 5463 565 5431 566 5539 567 5598 568 5486 569 5491 570 5511 571 5444 572 5565 573 5475 574 5483 575 5528 576 5317 577 5360 578 5425 579 5358 580 5537 581 5404 582 5486 583 5417 584 5445 585 5395 586 5291 587 5445 588 5379 589 5379 590 5358 591 5394 592 5223 593 5248 594 5527 595 5375 596 5411 597 5439 598 5428 599 5352 600 5279 601 5435 602 5356 603 5327 604 5337 605 5447 606 5340 607 5406 608 5314 609 5235 610 5288 611 5310 612 5305 613 5382 614 5324 615 5368 616 5355 617 5286 618 5326 619 5241 620 5311 621 5346 622 5171 623 5271 624 5279 625 5270 626 5304 627 5298 628 5304 629 5262 630 5309 631 5245 632 5222 633 5180 634 5304 635 5195 636 5279 637 5168 638 5266 639 5167 640 5107 641 5037 642 5084 643 5194 644 5158 645 5147 646 5149 647 5146 648 5167 649 5100 650 5132 651 5083 652 5102 653 5041 654 5100 655 5048 656 4996 657 5099 658 4986 659 5011 660 5090 661 5164 662 5115 663 5131 664 4989 665 5062 666 5029 667 5118 668 4987 669 5056 670 5062 671 5139 672 5207 673 5131 674 5032 675 5076 676 5029 677 5033 678 5069 679 5131 680 5099 681 5098 682 5015 683 4970 684 5076 685 5254 686 5050 687 5036 688 5210 689 5083 690 5108 691 5169 692 5102 693 5189 694 5084 695 5213 696 5130 697 5176 698 5173 699 5088 700 5138 701 5099 702 5078 703 5023 704 5090 705 5188 706 5256 707 5133 708 5109 709 5050 710 5186 711 5285 712 5193 713 5167 714 5136 715 5155 716 5198 717 5134 718 5163 719 5122 720 5091 721 5059 722 5167 723 5102 724 5258 725 5015 726 5064 727 5075 728 5131 729 5202 730 5105 731 5105 732 5210 733 5100 734 5138 735 5096 736 5090 737 5108 738 5037 739 5083 740 5147 741 5050 742 5082 743 5077 744 5152 745 5109 746 5038 747 5057 748 5161 749 5013 750 5217 751 5119 752 5098 753 5134 754 5111 755 5088 756 5066 757 5229 758 5104 759 5063 760 5090 761 4998 762 5097 763 5039 764 4942 765 5047 766 4959 767 5030 768 4973 769 5113 770 4984 771 5066 772 4967 773 5142 774 4946 775 5057 776 4913 777 4890 778 4970 779 4995 780 4917 781 4819 782 5077 783 4835 784 4878 785 4857 786 4969 787 4969 788 4923 789 4781 790 4940 791 4908 792 4912 793 4912 794 4784 795 4870 796 4726 797 4902 798 4944 799 4872 800 4747 801 4840 802 4850 803 4790 804 4844 805 4696 806 4859 807 4769 808 4843 809 4880 810 4823 811 4814 812 4840 813 4779 814 4836 815 4727 816 4798 817 4802 818 4794 819 4626 820 4650 821 4720 822 4759 823 4654 824 4661 825 4608 826 4670 827 4745 828 4609 829 4728 830 4724 831 4734 832 4720 833 4627 834 4632 835 4632 836 4783 837 4847 838 4757 839 4732 840 4687 841 4668 842 4634 843 4717 844 4746 845 4763 846 4743 847 4655 848 4808 849 4730 850 4710 851 4598 852 4810 853 4743 854 4689 855 4648 856 4813 857 4746 858 4698 859 4649 860 4680 861 4664 862 4605 863 4751 864 4583 865 4615 866 4700 867 4663 868 4673 869 4673 870 4577 871 4661 872 4625 873 4596 874 4693 875 4667 876 4642 877 4691 878 4593 879 4626 880 4651 881 4598 882 4665 883 4610 884 4594 885 4701 886 4693 887 4684 888 4561 889 4500 890 4521 891 4580 892 4534 893 4558 894 4496 895 4456 896 4571 897 4526 898 4589 899 4631 900 4665 901 4385 902 4550 903 4533 904 4660 905 4483 906 4498 907 4399 908 4419 909 4496 910 4389 911 4419 912 4432 913 4466 914 4387 915 4400 916 4473 917 4323 918 4353 919 4401 920 4437 921 4405 922 4374 923 4405 924 4402 925 4312 926 4352 927 4295 928 4249 929 4435 930 4395 931 4379 932 4410 933 4347 934 4325 935 4338 936 4326 937 4323 938 4312 939 4344 940 4152 941 4230 942 4289 943 4369 944 4213 945 4171 946 4207 947 4153 948 4319 949 4135 950 4243 951 4260 952 4221 953 4253 954 4289 955 4167 956 4108 957 4197 958 4088 959 4293 960 4217 961 4135 962 4085 963 4051 964 4194 965 4176 966 4179 967 4187 968 4081 969 4094 970 4171 971 4188 972 4057 973 4105 974 4115 975 4048 976 4101 977 4087 978 4060 979 4168 980 4145 981 4167 982 4096 983 4095 984 4009 985 3952 986 4086 987 3900 988 4039 989 4051 990 3978 991 4030 992 3982 993 4059 994 4039 995 4078 996 4032 997 3931 998 4010 999 4008 1000 4014 1001 4004 1002 3903 1003 4097 1004 4017 1005 4043 1006 3955 1007 4012 1008 3923 1009 3940 1010 4097 1011 4006 1012 3986 1013 4014 1014 4019 1015 3936 1016 4017 1017 3997 1018 4038 1019 4022 1020 4010 1021 3892 1022 4048 1023 4072 1024 4135 1025 4040 1026 3895 1027 4004 1028 3946 1029 3994 1030 4067 1031 3994 1032 3911 1033 3982 1034 4008 1035 3960 1036 3948 1037 3980 1038 3953 1039 4177 1040 3852 1041 3979 1042 3959 1043 4080 1044 4041 1045 3991 1046 4044 1047 4100 1048 4031 1049 3951 1050 4123 1051 4145 1052 4027 1053 4237 1054 4090 1055 4084 1056 4008 1057 4056 1058 4145 1059 4075 1060 4114 1061 4063 1062 4091 1063 4128 1064 4090 1065 4076 1066 4185 1067 4054 1068 4091 1069 4187 1070 4144 1071 4146 1072 4232 1073 4196 1074 4190 1075 4205 1076 4094 1077 4263 1078 4263 1079 4184 1080 4158 1081 4196 1082 4172 1083 4152 1084 4269 1085 4162 1086 4240 1087 4146 1088 4175 1089 4283 1090 4207 1091 4185 1092 4210 1093 4211 1094 4133 1095 4194 1096 4100 1097 4199 1098 4085 1099 4178 1100 4221 1101 4195 1102 4265 1103 4101 1104 4033 1105 4184 1106 4207 1107 4159 1108 4188 1109 4122 1110 4045 1111 4147 1112 4087 1113 4115 1114 4053 1115 4080 1116 4022 1117 4100 1118 4062 1119 4049 1120 4132 1121 4024 1122 4121 1123 3978 1124 3997 1125 3980 1126 4053 1127 4074 1128 4055 1129 4008 1130 4091 1131 4107 1132 4071 1133 3895 1134 3983 1135 4012 1136 3975 1137 3858 1138 4048 1139 3999 1140 4014 1141 3957 1142 4028 1143 3953 1144 3905 1145 3997 1146 4085 1147 3873 1148 3925 1149 3912 1150 3958 1151 3940 1152 3831 1153 3742 1154 3965 1155 3845 1156 3867 1157 3859 1158 3758 1159 3928 1160 3910 1161 3942 1162 3849 1163 3737 1164 3813 1165 3793 1166 3774 1167 3864 1168 3804 1169 3799 1170 3838 1171 3818 1172 3844 1173 3891