## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606223.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606223.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606223.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:07:01 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 224 114 115 21 1363528 309.593921 304.20168 22572485 FR 61 115 161 197 231 281 1037 2393 5165 9581 33611 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 1 23 3 24 5 25 1 26 2 27 6 28 9 29 22 30 49 31 137 32 159 33 150 34 151 35 183 36 166 37 138 38 166 39 168 40 184 41 172 42 204 43 179 44 174 45 198 46 171 47 202 48 225 49 208 50 291 51 280 52 331 53 326 54 349 55 454 56 500 57 545 58 689 59 834 60 1065 61 1342 62 1592 63 1855 64 2204 65 2677 66 3283 67 4192 68 4914 69 5953 70 7127 71 8548 72 10054 73 11500 74 13217 75 15113 76 17068 77 19535 78 21660 79 24627 80 27759 81 30633 82 34192 83 37366 84 40356 85 43227 86 46284 87 49850 88 53642 89 57893 90 62111 91 66685 92 70453 93 74475 94 78245 95 80731 96 83656 97 86678 98 89918 99 93289 100 97060 101 100705 102 103852 103 106615 104 107842 105 109144 106 110943 107 112012 108 112948 109 115057 110 116568 111 118542 112 119503 113 120536 114 121488 115 121175 116 120092 117 119518 118 119393 119 119726 120 119102 121 119487 122 120006 123 119378 124 120121 125 118305 126 117162 127 115876 128 114748 129 113404 130 113129 131 112150 132 112352 133 111491 134 110874 135 109297 136 107657 137 106870 138 104282 139 102743 140 102419 141 101256 142 100961 143 100526 144 99029 145 97980 146 95958 147 94543 148 93382 149 91669 150 90655 151 89184 152 88614 153 87813 154 87280 155 85421 156 84460 157 82423 158 81795 159 80046 160 79084 161 78170 162 77104 163 76882 164 75520 165 74510 166 73780 167 72362 168 71544 169 70303 170 68883 171 67771 172 67220 173 66778 174 66229 175 65219 176 64505 177 63602 178 62552 179 61434 180 60300 181 60042 182 58859 183 58563 184 58463 185 57629 186 57176 187 56718 188 55414 189 54128 190 53590 191 53015 192 52388 193 52094 194 51752 195 51198 196 50312 197 50405 198 48723 199 48618 200 47513 201 47626 202 46526 203 45985 204 45540 205 45309 206 44840 207 44663 208 43989 209 43216 210 42927 211 42257 212 41280 213 41433 214 40951 215 40461 216 40603 217 39514 218 39388 219 38877 220 38339 221 37468 222 37130 223 36737 224 36464 225 36115 226 35648 227 35157 228 34767 229 34913 230 33951 231 33501 232 33200 233 32683 234 32717 235 31857 236 31872 237 31590 238 31064 239 30849 240 29933 241 29859 242 29576 243 29009 244 28799 245 28603 246 28458 247 28138 248 27777 249 27734 250 27182 251 26621 252 26187 253 25779 254 25701 255 25142 256 24921 257 25001 258 24844 259 24570 260 24372 261 23937 262 23597 263 22991 264 22814 265 22695 266 22397 267 22506 268 22198 269 21919 270 21690 271 21299 272 20915 273 20869 274 20620 275 20269 276 20010 277 20180 278 19713 279 19458 280 19392 281 19275 282 19182 283 18504 284 18203 285 18265 286 17984 287 17741 288 17545 289 17487 290 17660 291 17046 292 16833 293 16875 294 16293 295 16360 296 16194 297 16076 298 15956 299 15847 300 15430 301 15360 302 15233 303 15256 304 14992 305 14610 306 14749 307 14400 308 14212 309 14207 310 13791 311 14072 312 13771 313 13546 314 13394 315 13270 316 12856 317 13113 318 12833 319 12845 320 12764 321 12539 322 12572 323 12355 324 12233 325 12252 326 12152 327 11781 328 11743 329 11636 330 11588 331 11397 332 11232 333 11317 334 11083 335 10911 336 10938 337 10763 338 10693 339 10630 340 10370 341 10439 342 10361 343 10044 344 10401 345 10039 346 9898 347 10051 348 9733 349 9648 350 9587 351 9665 352 9794 353 9334 354 9333 355 9202 356 9172 357 9117 358 9017 359 8990 360 8768 361 9033 362 8628 363 8674 364 8639 365 8552 366 8464 367 8409 368 8269 369 8181 370 8230 371 8261 372 7959 373 8217 374 7881 375 8194 376 8005 377 7814 378 7897 379 7809 380 7735 381 7853 382 7617 383 7794 384 7630 385 7580 386 7403 387 7497 388 7592 389 7396 390 7367 391 7266 392 7379 393 7294 394 7270 395 7356 396 7053 397 7099 398 7104 399 7031 400 7190 401 7017 402 6952 403 6915 404 7033 405 6926 406 6954 407 6841 408 6694 409 6672 410 6634 411 6784 412 6782 413 6729 414 6678 415 6569 416 6441 417 6599 418 6491 419 6434 420 6372 421 6458 422 6334 423 6246 424 6268 425 6129 426 6200 427 6200 428 6162 429 6281 430 6178 431 5927 432 6010 433 6043 434 6116 435 5884 436 6050 437 5852 438 5762 439 5966 440 5862 441 5849 442 5733 443 5757 444 5763 445 5603 446 5802 447 5753 448 5705 449 5678 450 5726 451 5680 452 5539 453 5533 454 5639 455 5563 456 5549 457 5324 458 5632 459 5350 460 5313 461 5446 462 5464 463 5343 464 5378 465 5420 466 5400 467 5261 468 5358 469 5186 470 5209 471 5354 472 5217 473 5218 474 5279 475 5225 476 5161 477 5233 478 5174 479 5227 480 5147 481 5021 482 5097 483 5138 484 5157 485 5073 486 5101 487 5231 488 5128 489 5062 490 5111 491 5131 492 5069 493 5064 494 4980 495 4888 496 5016 497 5112 498 5130 499 4944 500 4866 501 4938 502 4930 503 4911 504 4945 505 4896 506 4875 507 4986 508 4876 509 4837 510 4853 511 4815 512 4788 513 4731 514 4698 515 4820 516 4663 517 4870 518 4780 519 4723 520 4889 521 4620 522 4739 523 4721 524 4786 525 4755 526 4723 527 4698 528 4728 529 4748 530 4740 531 4656 532 4792 533 4690 534 4692 535 4657 536 4614 537 4724 538 4637 539 4658 540 4689 541 4634 542 4642 543 4520 544 4644 545 4651 546 4639 547 4556 548 4698 549 4716 550 4569 551 4566 552 4661 553 4452 554 4586 555 4549 556 4662 557 4553 558 4695 559 4500 560 4470 561 4544 562 4602 563 4501 564 4433 565 4431 566 4564 567 4499 568 4483 569 4485 570 4458 571 4419 572 4489 573 4463 574 4450 575 4373 576 4420 577 4433 578 4398 579 4418 580 4355 581 4417 582 4472 583 4362 584 4441 585 4513 586 4483 587 4386 588 4403 589 4278 590 4461 591 4462 592 4332 593 4343 594 4455 595 4475 596 4396 597 4389 598 4335 599 4456 600 4382 601 4388 602 4270 603 4358 604 4431 605 4425 606 4474 607 4294 608 4397 609 4459 610 4286 611 4363 612 4462 613 4359 614 4379 615 4365 616 4339 617 4450 618 4461 619 4354 620 4305 621 4481 622 4481 623 4329 624 4352 625 4267 626 4396 627 4194 628 4303 629 4337 630 4217 631 4264 632 4272 633 4175 634 4317 635 4354 636 4271 637 4352 638 4293 639 4279 640 4152 641 4235 642 4097 643 4195 644 4321 645 4221 646 4232 647 4190 648 4140 649 4152 650 4186 651 4214 652 4207 653 4318 654 4110 655 4154 656 4193 657 4198 658 4058 659 4099 660 4074 661 4227 662 4210 663 4202 664 4070 665 4131 666 4219 667 4168 668 4167 669 4123 670 4087 671 4117 672 4128 673 4133 674 4077 675 4100 676 4112 677 4193 678 4156 679 4087 680 4185 681 4095 682 4204 683 4029 684 4193 685 4125 686 4133 687 4110 688 4047 689 4179 690 4083 691 4039 692 4112 693 4088 694 4102 695 4159 696 4143 697 4077 698 4137 699 4234 700 4148 701 4215 702 4110 703 4191 704 4162 705 4186 706 4180 707 4177 708 4184 709 4167 710 4108 711 4124 712 4226 713 4088 714 4201 715 4127 716 4183 717 4196 718 4242 719 4236 720 4214 721 4179 722 4307 723 4279 724 4138 725 4139 726 4246 727 4211 728 4275 729 4207 730 4178 731 4117 732 4194 733 4223 734 4130 735 4144 736 4205 737 4088 738 4155 739 4097 740 4237 741 4220 742 4251 743 4362 744 4170 745 4300 746 4230 747 4230 748 4307 749 4208 750 4053 751 4087 752 4196 753 4090 754 4221 755 4205 756 4183 757 4252 758 4206 759 4245 760 3992 761 4130 762 4147 763 4178 764 4237 765 4170 766 4149 767 4054 768 4081 769 4095 770 4121 771 4090 772 4046 773 4160 774 4092 775 4144 776 4098 777 4008 778 4148 779 4020 780 4113 781 4054 782 4123 783 4055 784 3928 785 3988 786 3982 787 4101 788 4069 789 3985 790 3923 791 3986 792 3993 793 3960 794 3956 795 3953 796 3937 797 3974 798 3997 799 4020 800 4082 801 3957 802 3818 803 3930 804 4073 805 3896 806 4011 807 3926 808 3897 809 4023 810 3765 811 3886 812 3946 813 3985 814 3988 815 3893 816 3864 817 3817 818 3910 819 3863 820 3843 821 3898 822 3913 823 3745 824 3959 825 3954 826 3898 827 3936 828 3797 829 3779 830 3801 831 3906 832 3877 833 3947 834 3919 835 3853 836 3861 837 3937 838 3782 839 3794 840 3897 841 3888 842 3766 843 3887 844 3816 845 3750 846 3764 847 3885 848 3794 849 3889 850 3859 851 3898 852 3887 853 3808 854 3829 855 3898 856 3781 857 3956 858 3860 859 3927 860 3712 861 3912 862 3765 863 3847 864 3857 865 3828 866 3833 867 3833 868 3807 869 3804 870 3776 871 3816 872 3899 873 3784 874 3719 875 3841 876 3739 877 3892 878 3826 879 3812 880 3862 881 3683 882 3766 883 3695 884 3764 885 3721 886 3753 887 3731 888 3700 889 3824 890 3719 891 3666 892 3731 893 3705 894 3700 895 3694 896 3837 897 3753 898 3750 899 3792 900 3773 901 3673 902 3737 903 3642 904 3690 905 3667 906 3714 907 3659 908 3705 909 3782 910 3736 911 3711 912 3678 913 3635 914 3608 915 3653 916 3713 917 3686 918 3550 919 3614 920 3654 921 3623 922 3641 923 3583 924 3630 925 3546 926 3584 927 3613 928 3491 929 3513 930 3592 931 3516 932 3581 933 3644 934 3540 935 3529 936 3635 937 3576 938 3583 939 3544 940 3591 941 3601 942 3598 943 3506 944 3580 945 3636 946 3591 947 3556 948 3472 949 3476 950 3449 951 3503 952 3458 953 3633 954 3489 955 3489 956 3497 957 3478 958 3506 959 3602 960 3489 961 3511 962 3445 963 3399 964 3426 965 3482 966 3476 967 3455 968 3383 969 3379 970 3465 971 3456 972 3400 973 3409 974 3437 975 3393 976 3438 977 3335 978 3298 979 3352 980 3328 981 3349 982 3402 983 3304 984 3431 985 3461 986 3381 987 3411 988 3473 989 3448 990 3233 991 3330 992 3368 993 3282 994 3277 995 3377 996 3382 997 3380 998 3401 999 3360 1000 3191 1001 3368 1002 3525 1003 3333 1004 3203 1005 3263 1006 3327 1007 3309 1008 3281 1009 3325 1010 3361 1011 3359 1012 3371 1013 3374 1014 3288 1015 3336 1016 3335 1017 3265 1018 3397 1019 3345 1020 3264 1021 3211 1022 3348 1023 3286 1024 3307 1025 3326 1026 3268 1027 3220 1028 3257 1029 3283 1030 3280 1031 3341 1032 3253 1033 3266 1034 3275 1035 3304 1036 3301 1037 3249 1038 3217 1039 3188 1040 3267 1041 3257 1042 3325 1043 3271 1044 3238 1045 3294 1046 3373 1047 3276 1048 3263 1049 3154 1050 3338 1051 3269 1052 3371 1053 3379 1054 3353 1055 3351 1056 3342 1057 3338 1058 3334 1059 3256 1060 3269 1061 3298 1062 3325 1063 3292 1064 3381 1065 3275 1066 3373 1067 3384 1068 3366 1069 3339 1070 3320 1071 3405 1072 3367 1073 3372 1074 3452 1075 3337 1076 3283 1077 3396 1078 3365 1079 3407 1080 3343 1081 3384 1082 3386 1083 3407 1084 3418 1085 3373 1086 3414 1087 3436 1088 3404 1089 3427 1090 3369 1091 3392 1092 3324 1093 3324 1094 3400 1095 3475 1096 3410 1097 3423 1098 3434 1099 3491 1100 3412 1101 3435 1102 3355 1103 3309 1104 3387 1105 3340 1106 3406 1107 3458 1108 3335 1109 3331 1110 3370 1111 3379 1112 3357 1113 3349 1114 3362 1115 3265 1116 3247 1117 3360 1118 3351 1119 3321 1120 3355 1121 3243 1122 3373 1123 3318 1124 3303 1125 3351 1126 3355 1127 3342 1128 3326 1129 3236 1130 3377 1131 3335 1132 3383 1133 3350 1134 3284 1135 3405 1136 3325 1137 3324 1138 3238 1139 3242 1140 3305 1141 3275 1142 3290 1143 3302 1144 3220 1145 3302 1146 3294 1147 3152 1148 3181 1149 3291 1150 3318 1151 3198 1152 3223 1153 3208 1154 3222 1155 3201 1156 3208 1157 3232 1158 3239 1159 3233 1160 3176 1161 3227 1162 3199 1163 3124 1164 3177 1165 3089 1166 3195 1167 3195 1168 3201 1169 3143 1170 3061 1171 3118 1172 3095 1173 3188 1174 3128 1175 3123 1176 3142 1177 3107 1178 2987 1179 3012 1180 3141 1181 3151 1182 3211 1183 3125 1184 3065 1185 3056 1186 3136 1187 2933 1188 3053 1189 3045 1190 3080 1191 3036 1192 3079 1193 3087 1194 3072 1195 3125 1196 3048 1197 3062 1198 3035 1199 3035 1200 3085 1201 2964 1202 3027 1203 2960 1204 3112 1205 2996 1206 2924 1207 3020 1208 3107 1209 3084 1210 2961 1211 3045 1212 3010 1213 3042 1214 2950 1215 3059 1216 2999 1217 2965 1218 3015 1219 3035 1220 2977 1221 2991 1222 3058 1223 3054 1224 2978 1225 3002 1226 3017 1227 3026 1228 2974 1229 2953 1230 3041 1231 3032 1232 3046 1233 2997 1234 3017 1235 2915 1236 2965 1237 3057 1238 2947 1239 3017 1240 2925 1241 3002 1242 3045 1243 2960 1244 2921 1245 2959 1246 2894 1247 2889 1248 3001 1249 3023 1250 2943 1251 3006 1252 2944 1253 2856 1254 2959 1255 3008 1256 2951 1257 2971 1258 2918 1259 2928 1260 2909 1261 2938 1262 3007 1263 3010 1264 2939 1265 2936 1266 2967 1267 2995 1268 2949 1269 2939 1270 3004 1271 3006 1272 2876 1273 2995 1274 3017 1275 2862 1276 2880 1277 2884 1278 2967 1279 3016 1280 2794 1281 2855 1282 2965 1283 2862 1284 2823 1285 2917 1286 2947 1287 2827 1288 2931 1289 2930 1290 2911 1291 2880 1292 2892 1293 2887 1294 2885 1295 2872 1296 2862 1297 2820 1298 2876 1299 2826 1300 2730 1301 2810 1302 2797 1303 2732 1304 2729 1305 2877 1306 2845 1307 2835 1308 2861 1309 2874 1310 2815 1311 2900 1312 2796 1313 2822 1314 2873 1315 2835 1316 2815 1317 2882 1318 2840 1319 2883 1320 2905 1321 2831 1322 2883 1323 2910 1324 2786 1325 2869 1326 2886 1327 2905 1328 2852 1329 2909 1330 2852 1331 2867 1332 2791 1333 2820 1334 2766 1335 2806 1336 2855 1337 2789 1338 2876 1339 2811 1340 2797 1341 2823 1342 2825 1343 2830 1344 2772 1345 2756 1346 2801 1347 2715 1348 2861 1349 2878 1350 2913 1351 2798 1352 2793 1353 2855 1354 2860 1355 2724 1356 2891 1357 2816 1358 2738 1359 2772 1360 2796 1361 2739 1362 2798 1363 2787 1364 2807 1365 2843 1366 2782 1367 2816 1368 2728 1369 2787 1370 2701 1371 2824 1372 2757 1373 2711 1374 2725