## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606222.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606222.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606222.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 00:25:37 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 116 93 22 2596053 256.047557 233.460311 30355332 FR 49 91 127 157 187 227 827 2155 4807 9065 32871 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 5 24 9 25 15 26 15 27 12 28 6 29 24 30 32 31 254 32 268 33 262 34 242 35 281 36 271 37 263 38 262 39 258 40 287 41 319 42 316 43 315 44 362 45 344 46 349 47 390 48 448 49 432 50 453 51 527 52 573 53 669 54 683 55 786 56 919 57 1060 58 1264 59 1437 60 1772 61 2142 62 2706 63 3181 64 3827 65 4536 66 5385 67 6535 68 7883 69 9309 70 11473 71 13414 72 15605 73 18142 74 20519 75 23539 76 26676 77 30120 78 33989 79 38012 80 42057 81 46444 82 52027 83 56565 84 62056 85 67726 86 73240 87 78641 88 84428 89 90386 90 95933 91 102092 92 108425 93 115033 94 120619 95 126209 96 130769 97 136501 98 142195 99 146136 100 151960 101 156978 102 160070 103 164135 104 167797 105 170973 106 173822 107 176255 108 178307 109 179939 110 181277 111 183179 112 184556 113 186207 114 186077 115 186681 116 187218 117 186657 118 186421 119 186232 120 184857 121 184299 122 182501 123 182742 124 182445 125 179922 126 178243 127 176871 128 175334 129 173768 130 172126 131 169795 132 168221 133 166331 134 164586 135 162532 136 160023 137 157718 138 155896 139 153961 140 151254 141 148935 142 147426 143 144966 144 142932 145 140762 146 138679 147 136927 148 134035 149 132261 150 130166 151 128375 152 125547 153 123678 154 121442 155 119924 156 118332 157 116455 158 114677 159 112374 160 110539 161 108610 162 107447 163 105028 164 103601 165 102480 166 100766 167 98463 168 97613 169 95813 170 94261 171 92581 172 91656 173 90052 174 88845 175 87552 176 86011 177 84967 178 83472 179 82698 180 81296 181 80337 182 78416 183 77477 184 77247 185 76031 186 74966 187 73849 188 72994 189 72376 190 71097 191 70352 192 69725 193 68450 194 67174 195 66596 196 65659 197 64837 198 63980 199 63679 200 62176 201 61803 202 60908 203 60477 204 59381 205 58352 206 57895 207 57035 208 56591 209 55484 210 55055 211 54421 212 53810 213 52993 214 51934 215 51683 216 51131 217 50906 218 50056 219 49352 220 48231 221 47968 222 47364 223 47110 224 46233 225 46015 226 45140 227 44283 228 43629 229 43401 230 42799 231 42312 232 42265 233 41418 234 41003 235 39865 236 39902 237 39115 238 38640 239 38168 240 37862 241 37478 242 36778 243 36376 244 36176 245 35578 246 34981 247 34638 248 34070 249 33404 250 32845 251 32925 252 32458 253 31899 254 31454 255 31058 256 30626 257 30643 258 30223 259 29939 260 29257 261 28994 262 28571 263 28344 264 28314 265 27438 266 27309 267 27064 268 26624 269 26364 270 25678 271 25570 272 25598 273 25145 274 25002 275 24465 276 24473 277 23942 278 23853 279 23542 280 22835 281 23058 282 22577 283 22387 284 21876 285 21674 286 21472 287 21326 288 21015 289 20958 290 20736 291 20551 292 20287 293 19741 294 19495 295 19431 296 19393 297 18995 298 18615 299 18435 300 18117 301 18444 302 17926 303 17801 304 17746 305 17270 306 17190 307 16968 308 16867 309 16674 310 16537 311 16568 312 16309 313 16154 314 15830 315 15494 316 15460 317 15439 318 15029 319 15012 320 14934 321 14610 322 14509 323 14273 324 14306 325 14124 326 14167 327 13911 328 13690 329 13638 330 13403 331 13564 332 13345 333 12962 334 12949 335 12899 336 12752 337 12376 338 12427 339 12540 340 12408 341 12120 342 12207 343 11905 344 12095 345 11910 346 11773 347 11631 348 11285 349 11401 350 11356 351 11263 352 11009 353 11090 354 10898 355 10877 356 10803 357 10667 358 10601 359 10664 360 10446 361 10303 362 10181 363 10103 364 10212 365 10063 366 9863 367 9949 368 9751 369 9661 370 9582 371 9575 372 9478 373 9501 374 9549 375 9358 376 9326 377 9295 378 9393 379 9220 380 9256 381 9291 382 8984 383 9149 384 8960 385 8923 386 9070 387 8825 388 8736 389 8674 390 8574 391 8678 392 8703 393 8492 394 8527 395 8576 396 8500 397 8376 398 8357 399 8381 400 8357 401 8309 402 8072 403 8268 404 8219 405 8078 406 8078 407 7889 408 7954 409 7945 410 8019 411 7822 412 7944 413 7899 414 7783 415 7745 416 7658 417 7814 418 7700 419 7740 420 7538 421 7754 422 7577 423 7526 424 7575 425 7582 426 7652 427 7322 428 7281 429 7330 430 7304 431 7365 432 7295 433 7189 434 7093 435 7249 436 7170 437 7026 438 7071 439 6957 440 6932 441 6992 442 6913 443 6894 444 6890 445 6898 446 6929 447 6939 448 6757 449 6754 450 6765 451 6875 452 6845 453 6767 454 6760 455 6597 456 6575 457 6631 458 6571 459 6660 460 6575 461 6523 462 6384 463 6582 464 6506 465 6392 466 6536 467 6563 468 6474 469 6449 470 6496 471 6423 472 6215 473 6392 474 6527 475 6461 476 6382 477 6325 478 6306 479 6366 480 6464 481 6354 482 6281 483 6352 484 6283 485 6345 486 6221 487 6140 488 6282 489 6241 490 6131 491 6211 492 6205 493 6241 494 6235 495 6132 496 6239 497 6147 498 6000 499 6109 500 5930 501 6117 502 6069 503 5933 504 6077 505 6006 506 5913 507 6009 508 5929 509 5812 510 5852 511 6032 512 5931 513 5833 514 5884 515 5933 516 5929 517 5790 518 5828 519 5937 520 5843 521 5839 522 5845 523 6028 524 5839 525 5759 526 5770 527 5822 528 5862 529 5910 530 5911 531 5850 532 5887 533 5629 534 5871 535 5808 536 5755 537 5897 538 5633 539 5751 540 5692 541 5821 542 5763 543 5813 544 5898 545 5822 546 5733 547 5865 548 5751 549 5800 550 5815 551 5748 552 5742 553 5802 554 5604 555 5643 556 5812 557 5616 558 5643 559 5754 560 5734 561 5597 562 5671 563 5713 564 5620 565 5643 566 5614 567 5464 568 5583 569 5636 570 5625 571 5636 572 5685 573 5651 574 5681 575 5685 576 5572 577 5481 578 5494 579 5602 580 5457 581 5594 582 5526 583 5665 584 5484 585 5584 586 5464 587 5580 588 5536 589 5539 590 5472 591 5428 592 5584 593 5589 594 5593 595 5424 596 5500 597 5480 598 5507 599 5467 600 5456 601 5525 602 5394 603 5554 604 5422 605 5490 606 5455 607 5355 608 5317 609 5491 610 5480 611 5575 612 5522 613 5406 614 5556 615 5510 616 5415 617 5457 618 5452 619 5446 620 5342 621 5338 622 5459 623 5546 624 5525 625 5362 626 5316 627 5432 628 5482 629 5375 630 5318 631 5323 632 5467 633 5427 634 5424 635 5430 636 5408 637 5406 638 5314 639 5349 640 5419 641 5430 642 5410 643 5275 644 5402 645 5415 646 5262 647 5318 648 5234 649 5275 650 5318 651 5463 652 5326 653 5263 654 5415 655 5299 656 5225 657 5278 658 5289 659 5244 660 5319 661 5186 662 5220 663 5140 664 5272 665 5264 666 5286 667 5315 668 5325 669 5279 670 5218 671 5263 672 5270 673 5243 674 5223 675 5430 676 5206 677 5266 678 5202 679 5219 680 5288 681 5236 682 5208 683 5205 684 5304 685 5349 686 5251 687 5225 688 5273 689 5210 690 5191 691 5137 692 5156 693 5269 694 5205 695 5258 696 5273 697 5230 698 5159 699 5232 700 5242 701 5307 702 5345 703 5180 704 5379 705 5365 706 5166 707 5242 708 5260 709 5378 710 5296 711 5238 712 5271 713 5263 714 5438 715 5253 716 5353 717 5351 718 5339 719 5405 720 5400 721 5341 722 5360 723 5290 724 5369 725 5329 726 5319 727 5416 728 5260 729 5340 730 5380 731 5236 732 5302 733 5302 734 5214 735 5257 736 5189 737 5193 738 5277 739 5160 740 5233 741 5229 742 5311 743 5335 744 5235 745 5188 746 5264 747 5231 748 5239 749 5183 750 5309 751 5114 752 5259 753 5263 754 5130 755 5222 756 5288 757 5343 758 5260 759 5254 760 5148 761 5220 762 5164 763 5219 764 5292 765 5201 766 5266 767 5193 768 5154 769 5182 770 5234 771 5304 772 5096 773 5158 774 5093 775 5198 776 5342 777 5096 778 5068 779 5007 780 5079 781 5111 782 5177 783 5149 784 5125 785 4948 786 5135 787 5214 788 5032 789 5051 790 4996 791 5094 792 5126 793 5065 794 5053 795 4989 796 4932 797 5040 798 5055 799 5109 800 5089 801 5044 802 5075 803 5079 804 4928 805 4995 806 5013 807 5057 808 5211 809 4977 810 5017 811 5052 812 4932 813 5011 814 4943 815 4960 816 4862 817 4919 818 4901 819 5007 820 4962 821 4921 822 4872 823 4900 824 5033 825 4944 826 4932 827 4951 828 4890 829 4924 830 4861 831 4843 832 4879 833 4758 834 5001 835 4880 836 4964 837 4856 838 4862 839 4858 840 4842 841 4920 842 4968 843 4867 844 4816 845 4951 846 4850 847 4820 848 4915 849 4950 850 4985 851 4952 852 4858 853 4898 854 4960 855 4886 856 4794 857 4900 858 4976 859 4831 860 4930 861 4951 862 4894 863 4915 864 4875 865 4839 866 4858 867 4773 868 4857 869 4742 870 4824 871 4803 872 4798 873 4883 874 4883 875 4861 876 4854 877 4805 878 4845 879 4886 880 4821 881 4656 882 4769 883 4798 884 4838 885 4803 886 4861 887 4753 888 4844 889 4817 890 4824 891 4699 892 4717 893 4769 894 4760 895 4800 896 4738 897 4610 898 4745 899 4682 900 4742 901 4718 902 4674 903 4778 904 4671 905 4683 906 4802 907 4598 908 4611 909 4612 910 4671 911 4652 912 4675 913 4631 914 4613 915 4791 916 4583 917 4649 918 4483 919 4681 920 4632 921 4738 922 4581 923 4546 924 4588 925 4552 926 4456 927 4563 928 4562 929 4580 930 4520 931 4536 932 4465 933 4484 934 4588 935 4504 936 4517 937 4512 938 4556 939 4511 940 4628 941 4506 942 4537 943 4403 944 4423 945 4392 946 4447 947 4486 948 4581 949 4445 950 4456 951 4475 952 4483 953 4333 954 4353 955 4424 956 4390 957 4340 958 4452 959 4343 960 4584 961 4265 962 4332 963 4421 964 4415 965 4387 966 4349 967 4462 968 4262 969 4408 970 4358 971 4315 972 4413 973 4376 974 4248 975 4396 976 4331 977 4389 978 4369 979 4273 980 4348 981 4240 982 4304 983 4262 984 4221 985 4225 986 4247 987 4284 988 4332 989 4225 990 4207 991 4168 992 4294 993 4198 994 4233 995 4170 996 4199 997 4193 998 4276 999 4340 1000 4213 1001 4203 1002 4298 1003 4208 1004 4227 1005 4127 1006 4342 1007 4183 1008 4236 1009 4120 1010 4192 1011 4207 1012 4256 1013 4253 1014 4250 1015 4180 1016 4268 1017 4235 1018 4370 1019 4306 1020 4147 1021 4211 1022 4157 1023 4199 1024 4163 1025 4138 1026 4203 1027 4234 1028 4157 1029 4270 1030 4005 1031 4131 1032 4113 1033 4119 1034 4095 1035 4208 1036 4179 1037 4133 1038 4263 1039 4037 1040 4103 1041 4153 1042 4033 1043 4126 1044 4111 1045 4120 1046 4214 1047 4131 1048 4042 1049 4233 1050 4096 1051 4169 1052 4193 1053 4300 1054 4251 1055 4235 1056 4233 1057 4289 1058 4130 1059 4209 1060 4261 1061 4232 1062 4242 1063 4189 1064 4173 1065 4211 1066 4215 1067 4318 1068 4298 1069 4301 1070 4372 1071 4230 1072 4375 1073 4287 1074 4282 1075 4128 1076 4223 1077 4276 1078 4336 1079 4358 1080 4256 1081 4231 1082 4239 1083 4345 1084 4235 1085 4229 1086 4216 1087 4262 1088 4385 1089 4240 1090 4307 1091 4323 1092 4300 1093 4322 1094 4309 1095 4190 1096 4310 1097 4424 1098 4378 1099 4423 1100 4334 1101 4356 1102 4284 1103 4295 1104 4243 1105 4323 1106 4234 1107 4301 1108 4247 1109 4201 1110 4303 1111 4238 1112 4327 1113 4256 1114 4250 1115 4240 1116 4383 1117 4153 1118 4274 1119 4295 1120 4376 1121 4211 1122 4270 1123 4275 1124 4282 1125 4071 1126 4386 1127 4184 1128 4279 1129 4197 1130 4151