## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606221.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606221.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606221.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:28:39 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 203 115 95 21 1738527 261.693673 240.107328 28442804 FR 51 95 131 161 191 231 827 2143 4781 8997 32467 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 3 22 4 23 2 24 8 25 10 26 14 27 10 28 13 29 24 30 35 31 275 32 251 33 287 34 254 35 290 36 275 37 283 38 314 39 302 40 285 41 297 42 326 43 335 44 345 45 352 46 345 47 343 48 399 49 403 50 450 51 484 52 559 53 533 54 613 55 708 56 778 57 932 58 1099 59 1318 60 1591 61 1861 62 2323 63 2595 64 3152 65 3959 66 4529 67 5597 68 6745 69 7759 70 9433 71 11116 72 12917 73 14912 74 17437 75 19983 76 22722 77 25768 78 28972 79 32719 80 36164 81 40490 82 44491 83 49766 84 54215 85 58682 86 63495 87 69070 88 74270 89 80448 90 85783 91 91144 92 97323 93 103196 94 108979 95 113488 96 119284 97 124555 98 129376 99 134583 100 138989 101 143282 102 147571 103 150690 104 154932 105 158739 106 160504 107 163026 108 165521 109 167022 110 169001 111 170171 112 172143 113 173894 114 173398 115 174696 116 174221 117 174506 118 174163 119 173339 120 173518 121 172481 122 171231 123 169878 124 169999 125 168470 126 166449 127 165436 128 163584 129 162509 130 160821 131 159094 132 156540 133 154966 134 153591 135 152523 136 149432 137 147685 138 145225 139 143181 140 141999 141 139437 142 137585 143 136099 144 133886 145 131721 146 128761 147 127629 148 125066 149 123603 150 121266 151 119238 152 117922 153 115773 154 113863 155 112699 156 109917 157 108799 158 107591 159 105323 160 103375 161 101366 162 99865 163 98453 164 97332 165 95680 166 93893 167 92386 168 91322 169 90415 170 88389 171 86441 172 85637 173 84848 174 82913 175 82078 176 80744 177 79647 178 78708 179 77760 180 76167 181 75567 182 74756 183 73352 184 72428 185 71264 186 70300 187 69868 188 69122 189 67583 190 66830 191 66156 192 64870 193 64232 194 63342 195 62706 196 62128 197 61046 198 60281 199 59503 200 58867 201 58460 202 57621 203 56524 204 56239 205 55944 206 54849 207 54410 208 53603 209 52811 210 52303 211 51652 212 50595 213 50245 214 49622 215 49490 216 48605 217 48050 218 47303 219 46917 220 46203 221 45977 222 45035 223 44783 224 44362 225 43215 226 43217 227 42388 228 41874 229 41417 230 41260 231 40488 232 39614 233 40041 234 39035 235 38581 236 37890 237 37547 238 36916 239 36748 240 36383 241 35321 242 35304 243 34714 244 34506 245 34312 246 33362 247 33382 248 32693 249 32320 250 31889 251 31442 252 31187 253 31029 254 30224 255 29987 256 29871 257 29074 258 28826 259 28830 260 28443 261 27854 262 27646 263 27253 264 26894 265 26488 266 26210 267 26244 268 25643 269 25321 270 24947 271 24623 272 24572 273 24070 274 23941 275 23555 276 23201 277 23016 278 22577 279 22595 280 22429 281 21817 282 21730 283 21679 284 21159 285 20867 286 20937 287 20768 288 20508 289 19913 290 19862 291 19628 292 19386 293 19117 294 18981 295 18797 296 18565 297 18330 298 18327 299 17943 300 17545 301 17476 302 17594 303 17370 304 17094 305 17041 306 16620 307 16493 308 16257 309 16032 310 15835 311 15820 312 15647 313 15595 314 15447 315 15247 316 14823 317 14766 318 14574 319 14243 320 14422 321 14018 322 14218 323 13946 324 13786 325 13634 326 13702 327 13522 328 13265 329 13066 330 12981 331 12701 332 12719 333 12683 334 12517 335 12238 336 12211 337 12317 338 12038 339 11864 340 11907 341 11851 342 11698 343 11479 344 11542 345 11336 346 11319 347 11146 348 11041 349 10957 350 10788 351 10778 352 10665 353 10686 354 10406 355 10313 356 10317 357 10134 358 10070 359 9962 360 10008 361 9886 362 9925 363 9703 364 9794 365 9889 366 9735 367 9536 368 9658 369 9439 370 9308 371 9295 372 9268 373 9370 374 9074 375 9027 376 9099 377 8920 378 8792 379 8983 380 8739 381 8713 382 8636 383 8695 384 8657 385 8744 386 8585 387 8524 388 8510 389 8480 390 8432 391 8161 392 8306 393 8352 394 8188 395 8156 396 8197 397 8075 398 8076 399 7985 400 8042 401 7952 402 7878 403 7880 404 7662 405 7923 406 7793 407 7781 408 7688 409 7605 410 7776 411 7691 412 7718 413 7639 414 7471 415 7378 416 7519 417 7321 418 7384 419 7416 420 7306 421 7330 422 7207 423 7261 424 7240 425 7147 426 7239 427 7071 428 7083 429 6869 430 6919 431 7112 432 6944 433 6934 434 7012 435 6834 436 6824 437 6809 438 6688 439 6916 440 6653 441 6693 442 6804 443 6653 444 6711 445 6606 446 6614 447 6571 448 6445 449 6573 450 6429 451 6394 452 6531 453 6672 454 6569 455 6444 456 6298 457 6365 458 6336 459 6242 460 6309 461 6314 462 6359 463 6281 464 6167 465 6174 466 6187 467 6206 468 6141 469 6071 470 6244 471 6093 472 6143 473 6200 474 6082 475 6142 476 6190 477 6134 478 5966 479 6053 480 6063 481 6121 482 6003 483 6018 484 5966 485 5895 486 5796 487 6001 488 6026 489 5962 490 5825 491 5981 492 5845 493 6011 494 5798 495 5935 496 5980 497 5823 498 5835 499 5843 500 5700 501 5664 502 5677 503 5656 504 5796 505 5719 506 5755 507 5881 508 5658 509 5727 510 5700 511 5670 512 5653 513 5571 514 5786 515 5652 516 5664 517 5547 518 5630 519 5642 520 5733 521 5617 522 5731 523 5666 524 5559 525 5595 526 5581 527 5704 528 5413 529 5458 530 5547 531 5654 532 5600 533 5549 534 5610 535 5596 536 5481 537 5529 538 5489 539 5477 540 5566 541 5557 542 5552 543 5491 544 5493 545 5531 546 5493 547 5566 548 5458 549 5610 550 5637 551 5485 552 5527 553 5572 554 5382 555 5454 556 5510 557 5500 558 5522 559 5410 560 5425 561 5370 562 5425 563 5388 564 5297 565 5398 566 5311 567 5317 568 5296 569 5294 570 5271 571 5355 572 5558 573 5403 574 5223 575 5434 576 5360 577 5234 578 5389 579 5385 580 5382 581 5387 582 5337 583 5245 584 5302 585 5351 586 5202 587 5274 588 5300 589 5267 590 5260 591 5314 592 5351 593 5273 594 5193 595 5184 596 5134 597 5289 598 5296 599 5222 600 5197 601 5217 602 5248 603 5239 604 5288 605 5171 606 5275 607 5339 608 5301 609 5107 610 5241 611 5177 612 5209 613 5231 614 5205 615 5324 616 5130 617 5263 618 5194 619 5176 620 5215 621 5253 622 5163 623 5045 624 5215 625 5136 626 5187 627 5221 628 5195 629 5280 630 5146 631 5160 632 5070 633 5104 634 5157 635 5160 636 5232 637 5089 638 5147 639 4858 640 5213 641 5020 642 4955 643 5008 644 5228 645 5019 646 5019 647 5126 648 5066 649 5186 650 4959 651 5184 652 5159 653 5007 654 4998 655 5060 656 4988 657 4973 658 5077 659 5080 660 4984 661 4990 662 5016 663 4962 664 5053 665 4902 666 5030 667 5006 668 4933 669 4949 670 4928 671 4977 672 5002 673 5065 674 4896 675 5001 676 5124 677 4919 678 4975 679 5030 680 4961 681 4975 682 5042 683 5057 684 4895 685 5090 686 4889 687 4987 688 5017 689 4901 690 5019 691 4999 692 4937 693 5099 694 5028 695 4940 696 5013 697 5001 698 5111 699 4934 700 4830 701 4995 702 5059 703 5034 704 4981 705 5015 706 5105 707 5085 708 4952 709 5062 710 5116 711 5063 712 5054 713 5030 714 5014 715 5070 716 5111 717 5027 718 5038 719 5117 720 5219 721 5062 722 5137 723 5065 724 5006 725 5016 726 5047 727 5105 728 5184 729 5058 730 5044 731 5104 732 4991 733 5021 734 5003 735 5041 736 5018 737 4970 738 5075 739 5073 740 4999 741 5007 742 4895 743 5039 744 4919 745 5037 746 4816 747 4999 748 4927 749 5060 750 4938 751 4919 752 4938 753 4951 754 4963 755 5053 756 5019 757 4919 758 5005 759 4998 760 5081 761 4949 762 5095 763 4963 764 4947 765 5086 766 4907 767 4970 768 5002 769 4984 770 4833 771 4870 772 4951 773 4947 774 4911 775 4911 776 4839 777 4752 778 4779 779 4958 780 4831 781 4793 782 4891 783 4776 784 4777 785 4799 786 4821 787 4975 788 4763 789 4851 790 4692 791 4775 792 4869 793 4683 794 4794 795 4707 796 4710 797 4804 798 4843 799 4730 800 4794 801 4806 802 4781 803 4802 804 4789 805 4779 806 4707 807 4730 808 4779 809 4718 810 4778 811 4761 812 4645 813 4728 814 4684 815 4512 816 4750 817 4594 818 4709 819 4744 820 4710 821 4716 822 4671 823 4697 824 4597 825 4696 826 4655 827 4732 828 4629 829 4703 830 4664 831 4752 832 4518 833 4539 834 4598 835 4700 836 4687 837 4708 838 4640 839 4632 840 4777 841 4649 842 4746 843 4683 844 4733 845 4665 846 4653 847 4688 848 4699 849 4631 850 4636 851 4654 852 4655 853 4731 854 4702 855 4470 856 4637 857 4553 858 4721 859 4572 860 4614 861 4616 862 4480 863 4604 864 4671 865 4547 866 4600 867 4668 868 4651 869 4589 870 4544 871 4563 872 4482 873 4490 874 4498 875 4579 876 4512 877 4620 878 4567 879 4582 880 4515 881 4385 882 4601 883 4471 884 4635 885 4377 886 4445 887 4583 888 4619 889 4504 890 4497 891 4401 892 4472 893 4481 894 4378 895 4491 896 4426 897 4505 898 4377 899 4498 900 4574 901 4487 902 4508 903 4492 904 4603 905 4331 906 4366 907 4401 908 4326 909 4412 910 4383 911 4454 912 4442 913 4515 914 4383 915 4312 916 4359 917 4465 918 4245 919 4441 920 4303 921 4312 922 4254 923 4241 924 4297 925 4198 926 4301 927 4211 928 4261 929 4338 930 4227 931 4243 932 4182 933 4175 934 4332 935 4273 936 4263 937 4239 938 4300 939 4224 940 4221 941 4232 942 4228 943 4237 944 4139 945 4215 946 4215 947 4261 948 4340 949 4143 950 4208 951 4208 952 4153 953 4144 954 4186 955 4207 956 4186 957 4080 958 4249 959 4278 960 4234 961 4098 962 4113 963 4173 964 4099 965 4125 966 4183 967 4136 968 4212 969 4017 970 4118 971 4156 972 4072 973 4105 974 4211 975 4097 976 4222 977 4192 978 4125 979 4082 980 4152 981 4103 982 4097 983 4146 984 4014 985 4074 986 3942 987 4042 988 3986 989 3972 990 3868 991 4025 992 4109 993 3944 994 3933 995 3975 996 4054 997 3977 998 4000 999 4044 1000 3997 1001 4004 1002 4071 1003 3951 1004 3962 1005 4028 1006 3989 1007 3996 1008 3988 1009 3952 1010 3991 1011 4024 1012 4027 1013 3998 1014 3951 1015 3924 1016 3982 1017 4017 1018 4005 1019 4108 1020 3981 1021 3892 1022 4054 1023 3897 1024 3961 1025 3841 1026 3870 1027 3936 1028 3890 1029 3985 1030 3976 1031 3904 1032 3876 1033 3913 1034 3876 1035 3918 1036 3865 1037 3981 1038 3806 1039 3952 1040 3898 1041 3847 1042 3883 1043 3919 1044 3946 1045 3910 1046 4020 1047 3926 1048 3951 1049 3906 1050 3957 1051 3897 1052 3855 1053 3959 1054 3952 1055 3974 1056 4058 1057 4000 1058 3867 1059 3966 1060 3887 1061 3999 1062 4011 1063 4009 1064 4018 1065 4025 1066 3995 1067 4025 1068 4026 1069 4073 1070 3975 1071 3956 1072 3992 1073 4146 1074 4033 1075 3944 1076 4031 1077 4135 1078 4032 1079 3973 1080 3953 1081 4040 1082 4016 1083 4027 1084 4051 1085 4023 1086 3967 1087 3963 1088 4214 1089 4149 1090 4054 1091 4063 1092 4104 1093 3944 1094 4003 1095 4085 1096 4122 1097 4126 1098 4096 1099 4177 1100 4127 1101 4149 1102 4021 1103 4082 1104 4067 1105 4084 1106 4069 1107 4084 1108 4029 1109 4033 1110 3900 1111 4137 1112 4028 1113 3909 1114 4122 1115 3987 1116 3894 1117 3855 1118 4034 1119 3949 1120 3967 1121 4058 1122 4006 1123 3953 1124 3902 1125 3992 1126 3986 1127 4058 1128 3934 1129 3970 1130 3965 1131 4008 1132 3934 1133 3826 1134 4035 1135 3878 1136 3927 1137 3893 1138 3917 1139 3937 1140 3873 1141 3925 1142 3912 1143 3887 1144 3875 1145 3961 1146 3805 1147 3863 1148 3818 1149 3809 1150 3838 1151 3769 1152 3822 1153 3842