## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606220.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606220.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606220.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:54:34 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 115 96 22 1209183 263.226179 242.141822 32228372 FR 49 93 131 163 193 233 829 2161 4833 9119 33013 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 3 23 5 24 7 25 6 26 12 27 11 28 12 29 22 30 42 31 306 32 264 33 279 34 267 35 273 36 276 37 278 38 312 39 312 40 305 41 329 42 320 43 362 44 366 45 383 46 364 47 430 48 435 49 460 50 475 51 525 52 645 53 651 54 731 55 810 56 979 57 1146 58 1312 59 1547 60 1801 61 2298 62 2866 63 3347 64 3779 65 4676 66 5368 67 6675 68 8026 69 9659 70 11690 71 13574 72 15809 73 18296 74 21053 75 24141 76 27110 77 30632 78 34810 79 38947 80 42963 81 47700 82 53143 83 57708 84 62856 85 68622 86 73981 87 79665 88 85775 89 91689 90 97419 91 103907 92 110397 93 116219 94 122018 95 128243 96 133263 97 138238 98 143641 99 148551 100 154032 101 157694 102 163382 103 167320 104 170660 105 174039 106 177131 107 179170 108 181698 109 183302 110 184799 111 186473 112 188627 113 189877 114 190761 115 191230 116 190866 117 189915 118 191078 119 190042 120 190032 121 189589 122 188389 123 187541 124 187742 125 185945 126 184601 127 183052 128 181612 129 179817 130 178435 131 176138 132 174313 133 173864 134 171174 135 169300 136 168201 137 165898 138 162874 139 161905 140 159391 141 157012 142 155833 143 153105 144 151477 145 149481 146 147142 147 144553 148 142411 149 140358 150 138300 151 136822 152 134543 153 132374 154 131128 155 128581 156 125720 157 124322 158 123012 159 120555 160 119008 161 116805 162 115501 163 113601 164 111526 165 110400 166 108947 167 106696 168 105307 169 103468 170 102068 171 101105 172 99647 173 97563 174 96700 175 95075 176 93718 177 92561 178 90455 179 89253 180 88761 181 87584 182 85758 183 84848 184 83382 185 82796 186 81756 187 80322 188 79708 189 78447 190 76814 191 76869 192 74893 193 74499 194 73816 195 72816 196 71421 197 70702 198 70136 199 68923 200 68536 201 67468 202 66520 203 65679 204 64694 205 64485 206 63647 207 62589 208 61987 209 61180 210 60778 211 59578 212 59368 213 58378 214 57607 215 57139 216 56223 217 54882 218 54340 219 54131 220 53658 221 52628 222 51707 223 51125 224 51101 225 50341 226 49314 227 49193 228 48520 229 47712 230 47396 231 46841 232 46354 233 45495 234 44637 235 44425 236 43736 237 43001 238 42718 239 42392 240 41574 241 41238 242 41098 243 40151 244 39566 245 39341 246 38569 247 38275 248 37846 249 37739 250 37361 251 36420 252 36017 253 35694 254 34883 255 34452 256 34498 257 33911 258 33565 259 32857 260 32835 261 32481 262 31990 263 31321 264 31149 265 30667 266 30146 267 29906 268 29769 269 29435 270 28547 271 28576 272 28161 273 27815 274 27745 275 27379 276 26678 277 26700 278 26015 279 26038 280 25648 281 25539 282 25105 283 24866 284 24500 285 24318 286 24240 287 23567 288 23402 289 23081 290 22991 291 22827 292 22455 293 22063 294 21848 295 21509 296 21338 297 21126 298 21032 299 20711 300 20458 301 19961 302 19849 303 19776 304 19491 305 18985 306 18994 307 18680 308 18811 309 18218 310 18432 311 18190 312 18135 313 17698 314 17573 315 17285 316 17366 317 17133 318 16515 319 16524 320 16415 321 16199 322 16180 323 16009 324 15692 325 15465 326 15532 327 15351 328 15118 329 15240 330 14780 331 14787 332 14535 333 14376 334 14424 335 14149 336 13965 337 14140 338 13852 339 13689 340 13486 341 13572 342 13233 343 13151 344 13158 345 12985 346 12719 347 12876 348 12544 349 12557 350 12354 351 12348 352 12343 353 11944 354 11884 355 11817 356 11749 357 11649 358 11456 359 11584 360 11185 361 11303 362 11104 363 11195 364 11087 365 11018 366 10905 367 11067 368 10667 369 10762 370 10801 371 10531 372 10458 373 10422 374 10338 375 10271 376 10276 377 10260 378 10151 379 10164 380 10030 381 9921 382 9934 383 9865 384 9788 385 9612 386 9529 387 9630 388 9715 389 9557 390 9450 391 9290 392 9470 393 9291 394 9388 395 9238 396 9311 397 9160 398 9180 399 8947 400 8967 401 9146 402 8943 403 8987 404 8920 405 8928 406 8755 407 8655 408 8640 409 8714 410 8754 411 8628 412 8734 413 8567 414 8452 415 8532 416 8404 417 8391 418 8368 419 8392 420 8247 421 8258 422 8308 423 8186 424 8072 425 8225 426 8103 427 8067 428 7993 429 7894 430 8000 431 7974 432 7990 433 7886 434 7731 435 7887 436 7825 437 7645 438 7616 439 7572 440 7662 441 7656 442 7509 443 7582 444 7550 445 7584 446 7517 447 7409 448 7411 449 7353 450 7211 451 7179 452 7323 453 7368 454 7271 455 7215 456 7250 457 7139 458 7166 459 7139 460 7065 461 7165 462 7148 463 7149 464 7099 465 7217 466 7054 467 6995 468 6901 469 6984 470 6943 471 6929 472 6846 473 6908 474 6952 475 6912 476 6755 477 6854 478 6679 479 6853 480 6907 481 6657 482 6732 483 6855 484 6714 485 6739 486 6731 487 6609 488 6704 489 6634 490 6645 491 6615 492 6540 493 6624 494 6578 495 6772 496 6580 497 6623 498 6588 499 6576 500 6542 501 6602 502 6492 503 6463 504 6577 505 6457 506 6423 507 6384 508 6471 509 6445 510 6475 511 6364 512 6267 513 6314 514 6398 515 6294 516 6429 517 6335 518 6327 519 6299 520 6308 521 6260 522 6329 523 6131 524 6290 525 6350 526 6276 527 6294 528 6253 529 6264 530 6330 531 6311 532 6285 533 6185 534 6172 535 6220 536 6207 537 6242 538 6162 539 6149 540 6197 541 6150 542 6213 543 6120 544 6146 545 6117 546 6114 547 6069 548 6106 549 6108 550 6239 551 6182 552 6297 553 6127 554 6002 555 6102 556 6193 557 6032 558 5975 559 6019 560 6085 561 5909 562 6076 563 5986 564 6010 565 6037 566 6037 567 6101 568 5998 569 6069 570 6042 571 6003 572 5957 573 6011 574 5974 575 6099 576 5978 577 5929 578 5924 579 5824 580 5903 581 5907 582 5949 583 5830 584 5889 585 5860 586 5846 587 5979 588 6043 589 5780 590 5821 591 5868 592 5829 593 5975 594 5698 595 5972 596 5830 597 5798 598 5849 599 5666 600 5888 601 5827 602 5924 603 5913 604 5861 605 5864 606 5757 607 5856 608 5811 609 5814 610 5841 611 5930 612 5801 613 5858 614 5856 615 5902 616 5906 617 5904 618 5835 619 5707 620 5822 621 5905 622 5634 623 5756 624 5757 625 5732 626 5902 627 5771 628 5833 629 5715 630 5914 631 5588 632 5670 633 5765 634 5660 635 5810 636 5824 637 5813 638 5743 639 5689 640 5647 641 5744 642 5762 643 5752 644 5724 645 5687 646 5737 647 5753 648 5590 649 5671 650 5660 651 5654 652 5520 653 5709 654 5621 655 5690 656 5558 657 5654 658 5555 659 5583 660 5517 661 5673 662 5664 663 5576 664 5561 665 5422 666 5616 667 5606 668 5531 669 5522 670 5677 671 5535 672 5522 673 5549 674 5559 675 5666 676 5509 677 5473 678 5602 679 5536 680 5551 681 5535 682 5537 683 5646 684 5735 685 5572 686 5581 687 5535 688 5570 689 5424 690 5455 691 5500 692 5511 693 5734 694 5527 695 5689 696 5574 697 5542 698 5636 699 5577 700 5599 701 5626 702 5594 703 5700 704 5657 705 5641 706 5570 707 5594 708 5596 709 5626 710 5475 711 5710 712 5605 713 5686 714 5555 715 5618 716 5648 717 5659 718 5701 719 5853 720 5770 721 5838 722 5632 723 5749 724 5784 725 5739 726 5777 727 5757 728 5653 729 5692 730 5650 731 5636 732 5746 733 5525 734 5558 735 5596 736 5610 737 5551 738 5459 739 5493 740 5560 741 5471 742 5512 743 5724 744 5629 745 5596 746 5528 747 5573 748 5754 749 5573 750 5512 751 5510 752 5563 753 5580 754 5569 755 5437 756 5599 757 5522 758 5591 759 5511 760 5623 761 5533 762 5531 763 5568 764 5521 765 5588 766 5625 767 5434 768 5574 769 5435 770 5602 771 5525 772 5352 773 5488 774 5588 775 5531 776 5539 777 5362 778 5437 779 5519 780 5469 781 5498 782 5464 783 5545 784 5458 785 5392 786 5505 787 5480 788 5418 789 5415 790 5458 791 5389 792 5303 793 5369 794 5350 795 5398 796 5362 797 5429 798 5401 799 5409 800 5290 801 5286 802 5420 803 5317 804 5251 805 5298 806 5342 807 5314 808 5318 809 5439 810 5280 811 5400 812 5295 813 5389 814 5306 815 5270 816 5262 817 5261 818 5213 819 5220 820 5254 821 5212 822 5360 823 5199 824 5112 825 5310 826 5166 827 5183 828 5253 829 5307 830 5266 831 5271 832 5290 833 5211 834 5178 835 5192 836 5158 837 5269 838 5293 839 5174 840 5221 841 5175 842 5182 843 5138 844 5217 845 5087 846 5121 847 5227 848 5138 849 5240 850 5132 851 5160 852 5070 853 5364 854 5270 855 5143 856 5207 857 5178 858 5201 859 5172 860 5109 861 5251 862 5208 863 5143 864 5063 865 5053 866 5085 867 5080 868 5151 869 5117 870 5089 871 5293 872 5154 873 5129 874 5110 875 5262 876 5026 877 5159 878 5074 879 5079 880 5218 881 4975 882 5083 883 4975 884 5048 885 5191 886 5034 887 5051 888 5027 889 5017 890 5183 891 4977 892 5106 893 5140 894 5040 895 5154 896 4926 897 4970 898 5225 899 4985 900 5018 901 4899 902 4889 903 5101 904 4909 905 5096 906 5088 907 4948 908 4916 909 4995 910 4909 911 4983 912 4829 913 4866 914 4911 915 5061 916 4983 917 4944 918 4818 919 4865 920 4884 921 4952 922 4791 923 4914 924 4844 925 4903 926 4851 927 4828 928 4795 929 4785 930 4797 931 4743 932 4789 933 4723 934 4720 935 4743 936 4748 937 4783 938 4873 939 4641 940 4761 941 4740 942 4723 943 4804 944 4813 945 4710 946 4668 947 4753 948 4869 949 4786 950 4753 951 4708 952 4707 953 4727 954 4665 955 4574 956 4632 957 4690 958 4644 959 4854 960 4756 961 4737 962 4685 963 4634 964 4679 965 4756 966 4610 967 4714 968 4689 969 4732 970 4608 971 4594 972 4620 973 4654 974 4660 975 4661 976 4603 977 4700 978 4575 979 4516 980 4522 981 4598 982 4673 983 4632 984 4602 985 4594 986 4609 987 4418 988 4574 989 4545 990 4560 991 4554 992 4517 993 4427 994 4544 995 4478 996 4399 997 4603 998 4604 999 4511 1000 4513 1001 4416 1002 4410 1003 4571 1004 4458 1005 4510 1006 4469 1007 4466 1008 4471 1009 4531 1010 4505 1011 4452 1012 4523 1013 4436 1014 4510 1015 4391 1016 4471 1017 4453 1018 4490 1019 4575 1020 4407 1021 4355 1022 4415 1023 4440 1024 4410 1025 4304 1026 4512 1027 4447 1028 4332 1029 4424 1030 4411 1031 4327 1032 4457 1033 4463 1034 4419 1035 4368 1036 4495 1037 4532 1038 4348 1039 4456 1040 4394 1041 4506 1042 4393 1043 4491 1044 4304 1045 4418 1046 4440 1047 4368 1048 4368 1049 4472 1050 4465 1051 4593 1052 4368 1053 4436 1054 4481 1055 4460 1056 4475 1057 4500 1058 4444 1059 4492 1060 4509 1061 4466 1062 4558 1063 4595 1064 4415 1065 4456 1066 4537 1067 4519 1068 4551 1069 4600 1070 4434 1071 4548 1072 4621 1073 4506 1074 4552 1075 4584 1076 4488 1077 4536 1078 4539 1079 4565 1080 4462 1081 4516 1082 4489 1083 4525 1084 4507 1085 4698 1086 4524 1087 4654 1088 4498 1089 4578 1090 4568 1091 4574 1092 4540 1093 4518 1094 4513 1095 4565 1096 4530 1097 4515 1098 4615 1099 4538 1100 4587 1101 4525 1102 4598 1103 4470 1104 4580 1105 4517 1106 4640 1107 4618 1108 4495 1109 4552 1110 4499 1111 4539 1112 4442 1113 4545 1114 4402 1115 4430 1116 4487 1117 4454 1118 4529 1119 4542 1120 4522 1121 4564 1122 4503 1123 4512 1124 4444 1125 4509 1126 4540 1127 4380 1128 4431 1129 4270 1130 4512 1131 4388 1132 4452 1133 4357 1134 4461 1135 4392 1136 4353 1137 4368 1138 4349 1139 4327 1140 4439 1141 4411 1142 4352 1143 4411 1144 4470 1145 4384 1146 4340 1147 4400 1148 4357 1149 4517 1150 4406 1151 4257 1152 4303 1153 4264 1154 4211 1155 4278 1156 4329 1157 4235 1158 4300 1159 4305 1160 4302 1161 4275 1162 4226 1163 4219 1164 4213