## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606219.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606219.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606219.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:29:05 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 205 116 97 21 1848766 265.234501 245.013579 38271826 FR 49 93 131 163 195 235 833 2167 4833 9075 32537 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 8 24 11 25 14 26 19 27 19 28 18 29 33 30 48 31 320 32 328 33 337 34 342 35 339 36 325 37 337 38 348 39 383 40 370 41 391 42 389 43 355 44 412 45 436 46 459 47 471 48 454 49 527 50 599 51 579 52 715 53 686 54 797 55 871 56 1079 57 1259 58 1458 59 1753 60 2106 61 2496 62 3059 63 3762 64 4371 65 5475 66 6446 67 7877 68 9481 69 11020 70 13695 71 15665 72 18364 73 21665 74 24724 75 28387 76 32540 77 36850 78 41252 79 46396 80 51661 81 56921 82 62902 83 69110 84 75271 85 81680 86 88482 87 95598 88 102297 89 108922 90 117044 91 123986 92 131639 93 138300 94 145714 95 151710 96 158320 97 164139 98 169617 99 176348 100 181884 101 187069 102 192099 103 197205 104 200100 105 204258 106 208216 107 209130 108 212642 109 215446 110 218314 111 219337 112 220531 113 223341 114 222889 115 223448 116 224260 117 223460 118 224220 119 222855 120 222885 121 222839 122 220981 123 220111 124 219557 125 218255 126 216892 127 214678 128 212993 129 211299 130 209537 131 207422 132 206001 133 203926 134 201853 135 199453 136 198685 137 195750 138 192172 139 189828 140 187065 141 185117 142 183733 143 180481 144 178641 145 177110 146 173580 147 170522 148 168661 149 166895 150 162824 151 161194 152 158930 153 156505 154 154376 155 152124 156 150388 157 148104 158 145903 159 143449 160 141737 161 138780 162 136584 163 135538 164 133303 165 131195 166 129343 167 127433 168 125509 169 123721 170 122056 171 119689 172 119099 173 116540 174 115096 175 114286 176 111825 177 111166 178 109240 179 106687 180 105391 181 104142 182 102495 183 101626 184 100257 185 99461 186 96845 187 96565 188 95352 189 94565 190 92814 191 91274 192 90054 193 88891 194 88228 195 87115 196 86212 197 85849 198 83932 199 83140 200 81889 201 80805 202 79676 203 79292 204 78220 205 76739 206 76274 207 75192 208 74109 209 73262 210 72405 211 71529 212 71010 213 69828 214 68553 215 68244 216 67510 217 66503 218 66015 219 65016 220 64454 221 63524 222 62344 223 61212 224 61046 225 60273 226 59643 227 58925 228 57744 229 57391 230 56938 231 56097 232 55432 233 54813 234 53905 235 53157 236 52098 237 51962 238 52053 239 50827 240 50577 241 50260 242 48820 243 48659 244 47901 245 47299 246 46909 247 46155 248 45279 249 45512 250 44201 251 43732 252 42953 253 42944 254 42140 255 41775 256 40893 257 40580 258 40275 259 39355 260 39362 261 38570 262 38348 263 37974 264 36983 265 36930 266 36469 267 36251 268 35510 269 35379 270 34329 271 34455 272 34025 273 33071 274 33362 275 32859 276 32280 277 31981 278 31663 279 31334 280 30856 281 30695 282 30110 283 29742 284 28967 285 29031 286 28892 287 28403 288 28028 289 27866 290 27565 291 27070 292 26959 293 26748 294 26307 295 25628 296 25342 297 25293 298 25116 299 24529 300 24523 301 24343 302 24010 303 23914 304 23584 305 23546 306 22904 307 22638 308 22613 309 22171 310 21940 311 21875 312 21271 313 21438 314 20974 315 20632 316 20334 317 20416 318 20191 319 19892 320 19697 321 19613 322 19435 323 19086 324 19119 325 18867 326 18447 327 18557 328 17894 329 18223 330 17802 331 17520 332 17537 333 17485 334 17122 335 16915 336 16918 337 16663 338 16423 339 16157 340 16181 341 16008 342 16127 343 15846 344 15590 345 15400 346 15415 347 15242 348 15049 349 15039 350 14963 351 14762 352 14704 353 14523 354 14305 355 14087 356 14020 357 13739 358 13782 359 13748 360 13706 361 13483 362 13336 363 13359 364 13480 365 13087 366 13258 367 13004 368 12787 369 12773 370 12772 371 12597 372 12490 373 12583 374 12287 375 12116 376 12069 377 12255 378 12098 379 11910 380 12010 381 12039 382 11732 383 11752 384 11618 385 11461 386 11413 387 11424 388 11361 389 11526 390 11514 391 11052 392 11215 393 11144 394 10890 395 11067 396 10930 397 10751 398 10983 399 10636 400 10747 401 10623 402 10672 403 10601 404 10415 405 10526 406 10552 407 10250 408 10283 409 10190 410 10198 411 10213 412 10167 413 10147 414 10021 415 9898 416 9903 417 10210 418 10010 419 9768 420 9723 421 9835 422 9672 423 9869 424 9602 425 9582 426 9609 427 9572 428 9548 429 9390 430 9425 431 9342 432 9251 433 9323 434 9289 435 9221 436 9135 437 9137 438 8940 439 8977 440 8996 441 9106 442 8940 443 8858 444 8906 445 8715 446 8865 447 8679 448 8823 449 8769 450 8872 451 8718 452 8762 453 8716 454 8700 455 8531 456 8535 457 8570 458 8563 459 8481 460 8364 461 8335 462 8361 463 8495 464 8498 465 8187 466 8203 467 8358 468 8134 469 8281 470 8313 471 8094 472 8141 473 8114 474 8000 475 8192 476 8096 477 7999 478 8068 479 8066 480 8060 481 8092 482 7919 483 7937 484 8138 485 8038 486 7940 487 7964 488 7994 489 7892 490 7853 491 7946 492 7780 493 7767 494 7859 495 7656 496 7809 497 7721 498 7666 499 7859 500 7646 501 7577 502 7724 503 7624 504 7645 505 7603 506 7664 507 7585 508 7524 509 7528 510 7443 511 7616 512 7542 513 7463 514 7478 515 7532 516 7590 517 7463 518 7479 519 7448 520 7323 521 7360 522 7430 523 7299 524 7332 525 7332 526 7379 527 7537 528 7498 529 7528 530 7538 531 7331 532 7348 533 7319 534 7512 535 7345 536 7335 537 7321 538 7382 539 7358 540 7429 541 7293 542 7392 543 7251 544 7310 545 7344 546 7101 547 7217 548 7253 549 7268 550 7249 551 7270 552 7235 553 7354 554 7170 555 7218 556 7192 557 7082 558 7048 559 7158 560 7077 561 7209 562 7205 563 7069 564 7082 565 7142 566 7173 567 6966 568 6875 569 7137 570 6988 571 7063 572 7147 573 7013 574 6973 575 7122 576 7108 577 7004 578 7002 579 7057 580 7024 581 6982 582 6982 583 6937 584 6967 585 6837 586 6888 587 6862 588 7002 589 7007 590 6873 591 6985 592 6970 593 6933 594 7001 595 6941 596 7030 597 7040 598 6865 599 6868 600 6876 601 7040 602 6956 603 6908 604 6828 605 6820 606 6986 607 6968 608 6831 609 6859 610 6906 611 6893 612 6882 613 6988 614 6680 615 6973 616 6989 617 6876 618 6986 619 6915 620 6889 621 6936 622 6780 623 6870 624 6844 625 6798 626 6768 627 6742 628 6773 629 6843 630 6862 631 6691 632 6795 633 6669 634 6800 635 6881 636 6762 637 6778 638 6785 639 6804 640 6674 641 6795 642 6726 643 6834 644 6748 645 6585 646 6774 647 6597 648 6609 649 6692 650 6575 651 6578 652 6650 653 6680 654 6678 655 6699 656 6637 657 6769 658 6632 659 6631 660 6626 661 6616 662 6592 663 6518 664 6632 665 6610 666 6472 667 6624 668 6609 669 6593 670 6486 671 6621 672 6679 673 6568 674 6593 675 6662 676 6546 677 6609 678 6616 679 6650 680 6595 681 6640 682 6661 683 6728 684 6465 685 6444 686 6505 687 6664 688 6423 689 6646 690 6590 691 6417 692 6619 693 6652 694 6557 695 6625 696 6474 697 6685 698 6565 699 6721 700 6548 701 6516 702 6592 703 6531 704 6714 705 6553 706 6527 707 6607 708 6590 709 6659 710 6603 711 6814 712 6666 713 6706 714 6711 715 6635 716 6706 717 6687 718 6639 719 6766 720 6751 721 6780 722 6844 723 6760 724 6932 725 6717 726 6709 727 6792 728 6760 729 6663 730 6698 731 6751 732 6703 733 6833 734 6582 735 6634 736 6709 737 6552 738 6619 739 6758 740 6439 741 6635 742 6647 743 6659 744 6514 745 6792 746 6586 747 6632 748 6602 749 6475 750 6585 751 6554 752 6733 753 6595 754 6562 755 6657 756 6714 757 6757 758 6635 759 6585 760 6640 761 6632 762 6530 763 6611 764 6696 765 6649 766 6403 767 6523 768 6579 769 6535 770 6430 771 6472 772 6649 773 6634 774 6587 775 6592 776 6601 777 6563 778 6429 779 6581 780 6436 781 6366 782 6455 783 6614 784 6513 785 6373 786 6466 787 6449 788 6398 789 6485 790 6417 791 6515 792 6334 793 6364 794 6194 795 6430 796 6209 797 6394 798 6421 799 6374 800 6446 801 6314 802 6395 803 6239 804 6338 805 6303 806 6356 807 6288 808 6460 809 6287 810 6389 811 6386 812 6199 813 6415 814 6278 815 6212 816 6345 817 6049 818 6104 819 6169 820 6301 821 6139 822 6164 823 6092 824 6283 825 6113 826 6376 827 6238 828 6142 829 6210 830 6276 831 6198 832 6155 833 6113 834 6044 835 6234 836 6204 837 6174 838 6270 839 6103 840 6255 841 6250 842 6098 843 6054 844 6253 845 6175 846 6126 847 6152 848 6217 849 6065 850 6253 851 6043 852 6120 853 6113 854 6142 855 6047 856 6253 857 6132 858 6075 859 6127 860 6284 861 6302 862 6150 863 6226 864 6210 865 6108 866 6132 867 6050 868 6053 869 6224 870 6197 871 5993 872 6101 873 6125 874 6108 875 6031 876 5985 877 6085 878 6158 879 6253 880 6026 881 5979 882 6026 883 5995 884 5874 885 6060 886 6157 887 6093 888 5872 889 6063 890 5980 891 6183 892 6058 893 6093 894 5941 895 6011 896 6094 897 6018 898 6063 899 5907 900 5859 901 5857 902 5841 903 5981 904 5953 905 5968 906 5906 907 5778 908 5855 909 5989 910 5889 911 5859 912 5956 913 6070 914 5923 915 5929 916 5824 917 5809 918 5679 919 5694 920 5871 921 5885 922 5730 923 5837 924 5811 925 5698 926 5720 927 5600 928 5662 929 5718 930 5719 931 5633 932 5613 933 5787 934 5579 935 5705 936 5650 937 5702 938 5701 939 5761 940 5719 941 5677 942 5681 943 5676 944 5571 945 5535 946 5538 947 5588 948 5665 949 5676 950 5691 951 5623 952 5506 953 5690 954 5549 955 5419 956 5643 957 5448 958 5681 959 5589 960 5656 961 5592 962 5338 963 5628 964 5664 965 5519 966 5570 967 5569 968 5471 969 5553 970 5474 971 5470 972 5490 973 5535 974 5354 975 5471 976 5573 977 5549 978 5405 979 5435 980 5465 981 5582 982 5493 983 5499 984 5489 985 5437 986 5376 987 5411 988 5423 989 5457 990 5469 991 5426 992 5404 993 5263 994 5461 995 5353 996 5454 997 5319 998 5327 999 5182 1000 5337 1001 5386 1002 5419 1003 5315 1004 5377 1005 5413 1006 5394 1007 5379 1008 5308 1009 5272 1010 5342 1011 5374 1012 5252 1013 5430 1014 5358 1015 5269 1016 5298 1017 5275 1018 5430 1019 5399 1020 5291 1021 5404 1022 5279 1023 5383 1024 5306 1025 5324 1026 5383 1027 5374 1028 5324 1029 5402 1030 5344 1031 5282 1032 5320 1033 5199 1034 5236 1035 5189 1036 5227 1037 5322 1038 5201 1039 5402 1040 5151 1041 5267 1042 5190 1043 5377 1044 5224 1045 5238 1046 5373 1047 5232 1048 5227 1049 5258 1050 5226 1051 5345 1052 5140 1053 5169 1054 5311 1055 5444 1056 5346 1057 5370 1058 5403 1059 5335 1060 5301 1061 5180 1062 5466 1063 5403 1064 5271 1065 5376 1066 5291 1067 5311 1068 5336 1069 5461 1070 5517 1071 5347 1072 5235 1073 5325 1074 5347 1075 5326 1076 5389 1077 5394 1078 5227 1079 5450 1080 5372 1081 5378 1082 5394 1083 5387 1084 5418 1085 5355 1086 5468 1087 5465 1088 5443 1089 5425 1090 5335 1091 5411 1092 5430 1093 5394 1094 5401 1095 5492 1096 5469 1097 5441 1098 5444 1099 5356 1100 5545 1101 5453 1102 5458 1103 5423 1104 5322 1105 5423 1106 5482 1107 5428 1108 5358 1109 5335 1110 5315 1111 5367 1112 5407 1113 5368 1114 5345 1115 5368 1116 5374 1117 5354 1118 5250 1119 5294 1120 5201 1121 5297 1122 5389 1123 5206 1124 5219 1125 5313 1126 5302 1127 5288 1128 5295 1129 5208 1130 5426 1131 5179 1132 5295 1133 5349 1134 5232 1135 5288 1136 5422 1137 5244 1138 5330 1139 5286 1140 5152 1141 5154 1142 5121 1143 5361 1144 5164 1145 5337 1146 5171 1147 5046 1148 5174 1149 5195 1150 5188 1151 5181 1152 5134 1153 5196 1154 5176 1155 5141 1156 5106 1157 5169 1158 5161 1159 5127 1160 5075 1161 5041 1162 5049 1163 5001 1164 5136 1165 5012 1166 5101 1167 5022 1168 5003 1169 5023 1170 5084 1171 5069 1172 4995 1173 5038 1174 4984 1175 4833