## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606218.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606218.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606218.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 22:59:32 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 196 113 91 21 1392891 249.894465 227.269939 33247123 FR 49 91 125 155 183 221 787 2093 4727 9015 33093 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 6 23 7 24 8 25 5 26 9 27 20 28 24 29 29 30 53 31 313 32 319 33 317 34 291 35 304 36 270 37 340 38 323 39 365 40 334 41 325 42 369 43 346 44 375 45 378 46 399 47 406 48 447 49 528 50 463 51 558 52 663 53 709 54 811 55 960 56 1071 57 1285 58 1585 59 1807 60 2308 61 2728 62 3523 63 4095 64 4764 65 5895 66 6914 67 8581 68 10509 69 12494 70 15013 71 17541 72 20554 73 24068 74 27762 75 31568 76 36163 77 40358 78 44880 79 50709 80 56307 81 62091 82 69002 83 75456 84 81790 85 88522 86 94959 87 102247 88 109124 89 116417 90 123833 91 130228 92 137857 93 145317 94 151395 95 157232 96 162843 97 168822 98 173984 99 179083 100 184004 101 187872 102 191904 103 196148 104 198406 105 201231 106 204672 107 206236 108 206598 109 208248 110 208977 111 210091 112 209739 113 211553 114 211014 115 211012 116 210307 117 208687 118 208034 119 206768 120 204351 121 202847 122 200956 123 199865 124 197949 125 195815 126 193834 127 192321 128 189354 129 188313 130 184707 131 183181 132 180101 133 178023 134 174688 135 173198 136 170771 137 168631 138 165441 139 163189 140 160334 141 157520 142 156598 143 152728 144 151042 145 148389 146 145802 147 143536 148 141570 149 139307 150 136226 151 134336 152 131888 153 129979 154 127385 155 125811 156 123256 157 121255 158 120079 159 117589 160 115714 161 113383 162 112224 163 109677 164 108041 165 106589 166 104456 167 103166 168 101754 169 100503 170 98270 171 97192 172 95898 173 94808 174 92747 175 91523 176 89890 177 88827 178 87951 179 86166 180 85155 181 84850 182 82808 183 82007 184 80817 185 79729 186 78436 187 77288 188 76995 189 75968 190 74243 191 73501 192 73030 193 71784 194 71436 195 70080 196 69663 197 68193 198 67270 199 66746 200 65869 201 64970 202 64197 203 63355 204 62719 205 61862 206 61254 207 60596 208 59682 209 59123 210 58299 211 57588 212 57458 213 56202 214 55616 215 54846 216 53961 217 53347 218 52517 219 52096 220 51840 221 50674 222 50155 223 49400 224 48743 225 48360 226 48022 227 47436 228 46661 229 46364 230 45357 231 44924 232 44480 233 43832 234 43076 235 42863 236 42030 237 41872 238 41469 239 40861 240 40056 241 39664 242 39242 243 38497 244 38250 245 37746 246 37069 247 36660 248 36502 249 35630 250 35273 251 34789 252 34718 253 34178 254 33555 255 33394 256 32744 257 32151 258 31911 259 31747 260 31486 261 31046 262 30453 263 30114 264 29649 265 29576 266 29103 267 29135 268 28275 269 27995 270 27903 271 27264 272 27071 273 26570 274 26384 275 26339 276 25735 277 25580 278 25091 279 24853 280 24529 281 24655 282 24281 283 23784 284 23453 285 23192 286 23006 287 22817 288 22497 289 22136 290 22279 291 21596 292 21660 293 21570 294 21193 295 20716 296 20717 297 20287 298 20094 299 19795 300 19370 301 19494 302 19112 303 18913 304 18705 305 18578 306 18451 307 18255 308 18070 309 18074 310 17717 311 17822 312 17287 313 17173 314 16917 315 16598 316 16696 317 16550 318 16190 319 16185 320 15799 321 15545 322 15788 323 15363 324 15266 325 15171 326 15009 327 14849 328 14533 329 14601 330 14438 331 14350 332 14229 333 14063 334 13808 335 13809 336 13621 337 13403 338 13398 339 13234 340 13138 341 13070 342 12839 343 12890 344 12665 345 12525 346 12475 347 12356 348 12277 349 12088 350 11994 351 12035 352 12141 353 12023 354 11701 355 11379 356 11280 357 11514 358 11434 359 11318 360 11117 361 11099 362 10923 363 10992 364 11141 365 10962 366 10866 367 10791 368 10593 369 10501 370 10713 371 10577 372 10368 373 10508 374 10314 375 10307 376 10182 377 10015 378 10067 379 10037 380 9931 381 9928 382 9713 383 9651 384 9753 385 9812 386 9586 387 9735 388 9523 389 9399 390 9378 391 9505 392 9311 393 9367 394 9207 395 9165 396 9068 397 9180 398 9253 399 9271 400 9142 401 9259 402 9077 403 8839 404 8990 405 8814 406 8854 407 8726 408 8733 409 8825 410 8730 411 8644 412 8647 413 8570 414 8665 415 8468 416 8609 417 8512 418 8530 419 8517 420 8415 421 8418 422 8360 423 8282 424 8294 425 8245 426 8148 427 8201 428 8024 429 8136 430 8009 431 7944 432 8055 433 8016 434 8003 435 7888 436 7956 437 7842 438 7906 439 7565 440 7680 441 7691 442 7619 443 7547 444 7476 445 7730 446 7615 447 7464 448 7495 449 7550 450 7323 451 7522 452 7409 453 7386 454 7421 455 7540 456 7365 457 7295 458 7227 459 7252 460 7165 461 7110 462 7068 463 7017 464 7105 465 7175 466 7250 467 7194 468 7164 469 7230 470 7065 471 7041 472 7270 473 7154 474 7039 475 7088 476 6980 477 7045 478 7017 479 7006 480 7091 481 7112 482 7028 483 6940 484 6895 485 6824 486 6901 487 7013 488 6823 489 6874 490 7016 491 6842 492 6775 493 6824 494 6792 495 6644 496 6646 497 6866 498 6669 499 6678 500 6808 501 6720 502 6707 503 6659 504 6640 505 6763 506 6678 507 6594 508 6550 509 6580 510 6618 511 6644 512 6608 513 6531 514 6660 515 6550 516 6384 517 6543 518 6379 519 6709 520 6427 521 6446 522 6481 523 6488 524 6576 525 6560 526 6525 527 6401 528 6471 529 6320 530 6446 531 6602 532 6571 533 6504 534 6472 535 6569 536 6380 537 6482 538 6410 539 6387 540 6459 541 6384 542 6386 543 6404 544 6329 545 6455 546 6269 547 6431 548 6353 549 6319 550 6370 551 6146 552 6325 553 6299 554 6353 555 6258 556 6292 557 6300 558 6268 559 6285 560 6089 561 6243 562 6271 563 6322 564 6278 565 6179 566 6335 567 6132 568 6143 569 6075 570 6055 571 6084 572 6158 573 6185 574 6035 575 6258 576 6180 577 5919 578 6202 579 6216 580 6139 581 6047 582 6141 583 6005 584 6022 585 6039 586 6124 587 6035 588 6108 589 5908 590 6068 591 6139 592 6023 593 5978 594 6062 595 6103 596 5977 597 6005 598 6090 599 6119 600 6094 601 6056 602 6195 603 6015 604 6012 605 6068 606 5997 607 6131 608 6081 609 6046 610 6028 611 5990 612 5886 613 6188 614 6066 615 5916 616 5962 617 5893 618 5977 619 6031 620 5985 621 6166 622 6016 623 5924 624 6021 625 5889 626 6014 627 5993 628 5997 629 6031 630 5986 631 6046 632 5937 633 5864 634 5934 635 6049 636 5801 637 5955 638 5873 639 5937 640 5852 641 5860 642 5890 643 6017 644 5855 645 5815 646 5820 647 5895 648 5804 649 5866 650 5684 651 5801 652 5709 653 5995 654 5838 655 5772 656 5796 657 5824 658 5761 659 5741 660 5819 661 5770 662 5769 663 5749 664 5865 665 5934 666 5891 667 5766 668 5797 669 5761 670 5712 671 5780 672 5821 673 5866 674 5797 675 5833 676 5742 677 5810 678 5825 679 5805 680 5901 681 5710 682 5785 683 5944 684 5909 685 5812 686 5833 687 5667 688 5737 689 5801 690 5931 691 5834 692 5763 693 5813 694 5802 695 5826 696 5703 697 5869 698 5762 699 5892 700 5801 701 5954 702 5756 703 5830 704 5901 705 5767 706 5923 707 5888 708 5800 709 5933 710 5912 711 5952 712 5846 713 5868 714 5917 715 5877 716 5960 717 5872 718 5935 719 5955 720 5953 721 5774 722 5931 723 6034 724 5773 725 5953 726 5751 727 5861 728 5766 729 5797 730 5898 731 5809 732 5872 733 5698 734 5796 735 5909 736 5806 737 5727 738 5897 739 5806 740 5841 741 5852 742 5816 743 5850 744 5668 745 5795 746 5658 747 5810 748 5838 749 5778 750 5736 751 5831 752 5802 753 5768 754 5783 755 5840 756 5747 757 5776 758 5624 759 5788 760 5720 761 5742 762 5832 763 5694 764 5716 765 5716 766 5818 767 5678 768 5724 769 5673 770 5810 771 5620 772 5642 773 5718 774 5577 775 5698 776 5692 777 5546 778 5660 779 5692 780 5658 781 5639 782 5651 783 5597 784 5627 785 5546 786 5601 787 5570 788 5684 789 5530 790 5513 791 5581 792 5490 793 5503 794 5596 795 5628 796 5478 797 5501 798 5571 799 5591 800 5504 801 5450 802 5419 803 5559 804 5565 805 5431 806 5472 807 5557 808 5625 809 5460 810 5379 811 5594 812 5456 813 5430 814 5315 815 5403 816 5378 817 5361 818 5481 819 5430 820 5418 821 5474 822 5596 823 5517 824 5538 825 5342 826 5431 827 5443 828 5399 829 5452 830 5358 831 5399 832 5473 833 5336 834 5322 835 5370 836 5526 837 5434 838 5456 839 5363 840 5472 841 5356 842 5285 843 5403 844 5432 845 5449 846 5446 847 5370 848 5387 849 5314 850 5357 851 5292 852 5310 853 5408 854 5420 855 5397 856 5459 857 5235 858 5334 859 5230 860 5264 861 5391 862 5357 863 5334 864 5388 865 5400 866 5273 867 5281 868 5373 869 5429 870 5411 871 5347 872 5290 873 5166 874 5340 875 5355 876 5351 877 5382 878 5330 879 5242 880 5299 881 5262 882 5266 883 5465 884 5235 885 5370 886 5104 887 5437 888 5180 889 5198 890 5274 891 5164 892 5186 893 5230 894 5154 895 5185 896 5229 897 5208 898 5234 899 5138 900 5227 901 5101 902 5170 903 5042 904 5270 905 5041 906 5162 907 5171 908 5023 909 5145 910 5049 911 5083 912 5121 913 5177 914 5007 915 5058 916 5100 917 5027 918 5006 919 4941 920 5025 921 4961 922 5074 923 5042 924 5134 925 4888 926 5011 927 4939 928 5026 929 4944 930 4910 931 4992 932 4860 933 5088 934 5003 935 5007 936 4961 937 4972 938 4825 939 4921 940 4843 941 4925 942 4945 943 4932 944 4757 945 4815 946 4936 947 4819 948 4863 949 4823 950 4905 951 4915 952 4788 953 4833 954 4830 955 4745 956 4940 957 4802 958 4885 959 4936 960 4811 961 4827 962 4777 963 4666 964 4846 965 4835 966 4866 967 4828 968 4801 969 4730 970 4676 971 4786 972 4775 973 4632 974 4712 975 4737 976 4807 977 4629 978 4667 979 4699 980 4708 981 4697 982 4779 983 4721 984 4801 985 4701 986 4663 987 4755 988 4580 989 4701 990 4639 991 4609 992 4658 993 4521 994 4670 995 4613 996 4574 997 4817 998 4616 999 4566 1000 4598 1001 4592 1002 4714 1003 4766 1004 4594 1005 4564 1006 4636 1007 4603 1008 4552 1009 4579 1010 4531 1011 4533 1012 4655 1013 4639 1014 4631 1015 4606 1016 4560 1017 4537 1018 4597 1019 4697 1020 4563 1021 4505 1022 4632 1023 4675 1024 4572 1025 4442 1026 4420 1027 4539 1028 4526 1029 4661 1030 4423 1031 4477 1032 4493 1033 4495 1034 4529 1035 4612 1036 4628 1037 4427 1038 4580 1039 4420 1040 4574 1041 4434 1042 4467 1043 4522 1044 4486 1045 4472 1046 4579 1047 4447 1048 4497 1049 4515 1050 4585 1051 4614 1052 4590 1053 4534 1054 4691 1055 4583 1056 4448 1057 4553 1058 4598 1059 4450 1060 4470 1061 4625 1062 4505 1063 4509 1064 4623 1065 4484 1066 4603 1067 4671 1068 4631 1069 4657 1070 4577 1071 4638 1072 4641 1073 4571 1074 4584 1075 4711 1076 4679 1077 4613 1078 4634 1079 4772 1080 4668 1081 4706 1082 4582 1083 4781 1084 4567 1085 4689 1086 4546 1087 4701 1088 4616 1089 4707 1090 4704 1091 4781 1092 4526 1093 4667 1094 4665 1095 4514 1096 4699 1097 4681 1098 4593 1099 4740 1100 4680 1101 4718 1102 4609 1103 4462 1104 4583 1105 4689 1106 4736