## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606217.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606217.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606217.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:23:14 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 195 113 90 22 1626867 247.270534 223.691408 28847252 FR 47 89 123 153 181 219 761 2059 4647 8859 32519 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 2 24 2 25 6 26 12 27 21 28 19 29 29 30 38 31 268 32 213 33 265 34 255 35 239 36 263 37 295 38 266 39 320 40 315 41 284 42 308 43 326 44 326 45 388 46 343 47 380 48 418 49 443 50 431 51 521 52 582 53 656 54 709 55 877 56 1015 57 1166 58 1476 59 1752 60 1994 61 2486 62 3094 63 3666 64 4283 65 5299 66 6261 67 7700 68 9160 69 10932 70 12949 71 15441 72 18019 73 20990 74 24162 75 27460 76 31447 77 35129 78 39354 79 43542 80 48621 81 54327 82 59313 83 65022 84 70508 85 76207 86 82504 87 88870 88 94514 89 100136 90 106692 91 113433 92 119820 93 125921 94 131823 95 137034 96 142119 97 147047 98 151732 99 155803 100 160019 101 164331 102 168204 103 171788 104 175274 105 177207 106 179222 107 180831 108 182651 109 183207 110 183590 111 183991 112 184803 113 185534 114 185452 115 185348 116 184007 117 182572 118 182763 119 180440 120 180125 121 178180 122 177661 123 175240 124 173127 125 172380 126 170988 127 167905 128 165721 129 164158 130 162520 131 159837 132 157754 133 155372 134 153474 135 152427 136 150286 137 147570 138 144812 139 142931 140 140594 141 137862 142 135731 143 134224 144 132005 145 130285 146 127654 147 125605 148 123425 149 121605 150 119247 151 117068 152 114799 153 113250 154 111807 155 110002 156 108007 157 106118 158 104793 159 102979 160 100688 161 98709 162 98096 163 95727 164 94725 165 92955 166 91625 167 89769 168 88811 169 87119 170 85683 171 84193 172 83384 173 82829 174 81031 175 79485 176 78516 177 77062 178 75703 179 75017 180 74433 181 72965 182 72005 183 71615 184 70839 185 69117 186 68250 187 67592 188 67072 189 65870 190 64671 191 63817 192 63346 193 62390 194 61544 195 61158 196 59317 197 59639 198 58512 199 57321 200 56843 201 56857 202 55840 203 54991 204 54147 205 53473 206 52868 207 52154 208 51733 209 50930 210 50329 211 49783 212 49232 213 48948 214 47793 215 47596 216 46835 217 46455 218 45761 219 44984 220 44457 221 43906 222 43303 223 42863 224 42397 225 41645 226 41786 227 40900 228 40111 229 40017 230 39076 231 38993 232 38039 233 37888 234 37345 235 36779 236 36592 237 35894 238 35668 239 34841 240 34438 241 34120 242 33570 243 33439 244 32896 245 32116 246 31777 247 31637 248 31179 249 30844 250 30401 251 29760 252 29786 253 29437 254 28850 255 28774 256 28418 257 28050 258 27737 259 27256 260 27101 261 26537 262 26591 263 26076 264 25844 265 25161 266 25066 267 24830 268 24355 269 24173 270 23723 271 23280 272 23055 273 22970 274 22888 275 22438 276 22315 277 21972 278 21746 279 21377 280 21058 281 20808 282 20787 283 20409 284 20163 285 20101 286 19741 287 19585 288 19332 289 19123 290 18901 291 18636 292 18502 293 18371 294 18171 295 17819 296 17824 297 17685 298 17168 299 17041 300 17059 301 16758 302 16692 303 16378 304 15877 305 16247 306 15783 307 15778 308 15374 309 15328 310 15104 311 14975 312 15022 313 14687 314 14540 315 14426 316 14290 317 14141 318 13942 319 13839 320 13728 321 13703 322 13534 323 13292 324 13162 325 13093 326 12858 327 12768 328 12794 329 12388 330 12426 331 12398 332 12373 333 12105 334 11830 335 11816 336 11906 337 11558 338 11613 339 11586 340 11296 341 11266 342 11101 343 10946 344 11005 345 10911 346 10696 347 10681 348 10680 349 10490 350 10579 351 10436 352 10238 353 10263 354 10257 355 10022 356 9872 357 9888 358 9777 359 9776 360 9568 361 9636 362 9464 363 9553 364 9428 365 9373 366 9205 367 9177 368 9072 369 8983 370 9018 371 9092 372 8834 373 8842 374 8839 375 8776 376 8862 377 8734 378 8693 379 8454 380 8589 381 8583 382 8361 383 8519 384 8501 385 8299 386 8423 387 8266 388 8286 389 8226 390 8291 391 8018 392 8045 393 8006 394 7842 395 8171 396 8084 397 7944 398 7800 399 7935 400 7962 401 7798 402 7835 403 7745 404 7628 405 7635 406 7540 407 7568 408 7720 409 7529 410 7715 411 7568 412 7503 413 7427 414 7289 415 7231 416 7258 417 7324 418 7328 419 7183 420 7311 421 7177 422 7093 423 7019 424 7123 425 7148 426 7106 427 7168 428 7020 429 7014 430 6971 431 6938 432 7030 433 6890 434 6885 435 6762 436 6869 437 6779 438 6730 439 6535 440 6606 441 6719 442 6546 443 6476 444 6465 445 6691 446 6606 447 6517 448 6436 449 6434 450 6571 451 6469 452 6473 453 6297 454 6404 455 6329 456 6274 457 6405 458 6275 459 6411 460 6217 461 6230 462 6305 463 6205 464 6312 465 6144 466 6267 467 6179 468 6252 469 6217 470 5953 471 6075 472 6145 473 6031 474 6133 475 6213 476 6110 477 6023 478 6214 479 6002 480 6091 481 5904 482 5913 483 5886 484 5859 485 6090 486 6055 487 6078 488 5939 489 6048 490 5818 491 5915 492 5925 493 5840 494 5897 495 5836 496 5899 497 5855 498 5803 499 5852 500 5919 501 5804 502 5641 503 5709 504 5725 505 5808 506 5654 507 5611 508 5747 509 5679 510 5590 511 5615 512 5705 513 5644 514 5710 515 5593 516 5568 517 5653 518 5560 519 5599 520 5574 521 5571 522 5518 523 5584 524 5591 525 5599 526 5591 527 5665 528 5564 529 5541 530 5667 531 5658 532 5487 533 5633 534 5515 535 5522 536 5482 537 5580 538 5497 539 5552 540 5557 541 5440 542 5488 543 5470 544 5529 545 5424 546 5589 547 5468 548 5579 549 5496 550 5547 551 5463 552 5439 553 5439 554 5443 555 5426 556 5397 557 5479 558 5436 559 5305 560 5509 561 5331 562 5382 563 5350 564 5320 565 5400 566 5278 567 5354 568 5308 569 5466 570 5444 571 5408 572 5431 573 5419 574 5445 575 5258 576 5322 577 5280 578 5286 579 5272 580 5354 581 5411 582 5366 583 5245 584 5189 585 5335 586 5328 587 5309 588 5389 589 5191 590 5281 591 5237 592 5227 593 5223 594 5296 595 5178 596 5322 597 5176 598 5320 599 5455 600 5305 601 5226 602 5215 603 5153 604 5259 605 5253 606 5255 607 5404 608 5250 609 5202 610 5217 611 5303 612 5269 613 5260 614 5323 615 5321 616 5302 617 5255 618 5280 619 5118 620 5271 621 5110 622 5192 623 5281 624 5239 625 5146 626 5061 627 5025 628 5179 629 5121 630 5111 631 5207 632 5015 633 5153 634 5204 635 5135 636 5274 637 5064 638 5206 639 5256 640 5024 641 5217 642 5036 643 5078 644 4987 645 5208 646 5056 647 5107 648 5127 649 5100 650 5063 651 5029 652 4987 653 5026 654 4976 655 5099 656 4996 657 5113 658 5073 659 4982 660 5072 661 5091 662 4939 663 5097 664 4979 665 5009 666 4990 667 5021 668 4917 669 4872 670 4942 671 5005 672 5018 673 5025 674 4949 675 5052 676 5094 677 5001 678 4924 679 5069 680 4973 681 5059 682 5050 683 5079 684 5075 685 4936 686 4976 687 4975 688 4929 689 5032 690 4981 691 5002 692 5049 693 5160 694 5098 695 5056 696 4968 697 5035 698 5010 699 5146 700 5037 701 4999 702 4931 703 5044 704 5106 705 5177 706 5013 707 5128 708 5126 709 5082 710 5009 711 5166 712 5058 713 5053 714 5192 715 5239 716 5104 717 5101 718 4974 719 5103 720 5171 721 5138 722 4971 723 5143 724 5086 725 4885 726 5060 727 5180 728 5208 729 5097 730 4975 731 5056 732 5052 733 5063 734 5155 735 5012 736 5052 737 5114 738 5180 739 4947 740 5024 741 4978 742 5048 743 5144 744 5035 745 5078 746 4895 747 5013 748 4936 749 4978 750 4969 751 4935 752 5006 753 4901 754 5105 755 5077 756 5039 757 4926 758 5119 759 4984 760 5081 761 4989 762 4956 763 4977 764 4981 765 5061 766 4956 767 4952 768 4807 769 4861 770 4972 771 4856 772 4893 773 4922 774 4973 775 4846 776 4954 777 4820 778 4826 779 4863 780 4880 781 4906 782 4910 783 4840 784 4907 785 4850 786 4784 787 4880 788 4845 789 4882 790 4855 791 4886 792 4919 793 4840 794 4821 795 4797 796 4835 797 4802 798 4884 799 4715 800 4779 801 4746 802 4808 803 4696 804 4720 805 4753 806 4723 807 4824 808 4752 809 4765 810 4730 811 4707 812 4739 813 4770 814 4726 815 4727 816 4630 817 4669 818 4808 819 4757 820 4745 821 4604 822 4667 823 4631 824 4771 825 4623 826 4574 827 4747 828 4582 829 4615 830 4615 831 4684 832 4656 833 4619 834 4542 835 4637 836 4792 837 4719 838 4681 839 4544 840 4624 841 4638 842 4651 843 4694 844 4661 845 4662 846 4575 847 4698 848 4623 849 4679 850 4679 851 4674 852 4681 853 4553 854 4644 855 4555 856 4631 857 4692 858 4678 859 4559 860 4700 861 4655 862 4589 863 4619 864 4575 865 4354 866 4541 867 4548 868 4581 869 4568 870 4564 871 4611 872 4630 873 4638 874 4518 875 4528 876 4503 877 4591 878 4714 879 4622 880 4459 881 4544 882 4445 883 4548 884 4483 885 4536 886 4494 887 4538 888 4472 889 4485 890 4517 891 4496 892 4596 893 4466 894 4522 895 4505 896 4420 897 4519 898 4468 899 4400 900 4325 901 4348 902 4498 903 4523 904 4496 905 4445 906 4464 907 4317 908 4301 909 4450 910 4413 911 4447 912 4452 913 4409 914 4388 915 4404 916 4402 917 4297 918 4203 919 4362 920 4187 921 4250 922 4412 923 4334 924 4301 925 4302 926 4362 927 4268 928 4225 929 4242 930 4163 931 4215 932 4214 933 4251 934 4119 935 4360 936 4298 937 4299 938 4330 939 4340 940 4223 941 4217 942 4212 943 4273 944 4140 945 4237 946 4272 947 4177 948 4200 949 4065 950 4110 951 4178 952 4277 953 4145 954 4259 955 3978 956 4200 957 4151 958 4152 959 4183 960 4273 961 4205 962 4052 963 4177 964 4209 965 4199 966 4022 967 4167 968 4186 969 4100 970 4108 971 4018 972 4157 973 4028 974 4034 975 4117 976 4129 977 4077 978 3929 979 4073 980 4158 981 3978 982 4047 983 4017 984 4106 985 4146 986 4114 987 3879 988 3944 989 3948 990 3914 991 3970 992 3950 993 4060 994 3956 995 4018 996 4007 997 3973 998 3931 999 3935 1000 3931 1001 3977 1002 4024 1003 3937 1004 4027 1005 3949 1006 3899 1007 4033 1008 3994 1009 4072 1010 3837 1011 3899 1012 3920 1013 4035 1014 3838 1015 3874 1016 3930 1017 4026 1018 4081 1019 3921 1020 3949 1021 3907 1022 3953 1023 3860 1024 3860 1025 3993 1026 3887 1027 3809 1028 3822 1029 3839 1030 3919 1031 3880 1032 3838 1033 3907 1034 3867 1035 3943 1036 3895 1037 3908 1038 3871 1039 3903 1040 3933 1041 3894 1042 3848 1043 3886 1044 3881 1045 3831 1046 3926 1047 3926 1048 3917 1049 3958 1050 3882 1051 3880 1052 3813 1053 4006 1054 3885 1055 3764 1056 3911 1057 3954 1058 4013 1059 3901 1060 3860 1061 4057 1062 3966 1063 4000 1064 3948 1065 3962 1066 4058 1067 3929 1068 3983 1069 4016 1070 4013 1071 3907 1072 3957 1073 4124 1074 3950 1075 3913 1076 3873 1077 3981 1078 3997 1079 4006 1080 4256 1081 4087 1082 3984 1083 3915 1084 4053 1085 4081 1086 4177 1087 4089 1088 4066 1089 4049 1090 4060 1091 3990 1092 4066 1093 4080 1094 4065 1095 4037