## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606216.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606216.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606216.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:55:32 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 114 96 21 1363429 260.342954 243.229534 31873640 FR 51 95 133 163 193 233 841 2157 4819 9123 33043 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 3 24 2 25 10 26 8 27 18 28 31 29 33 30 48 31 306 32 300 33 262 34 254 35 259 36 279 37 325 38 317 39 324 40 315 41 337 42 340 43 334 44 362 45 380 46 394 47 420 48 394 49 450 50 476 51 450 52 652 53 626 54 681 55 904 56 1029 57 1201 58 1408 59 1723 60 2107 61 2583 62 3270 63 3950 64 4518 65 5683 66 6821 67 8447 68 9942 69 12038 70 14604 71 17188 72 20476 73 23451 74 26995 75 31140 76 35574 77 39878 78 44324 79 49768 80 55376 81 61526 82 68087 83 73453 84 79599 85 85957 86 92574 87 99234 88 106257 89 112347 90 118934 91 126184 92 133453 93 140128 94 145909 95 151985 96 157393 97 162532 98 166757 99 171098 100 176031 101 179773 102 183106 103 187220 104 189495 105 191844 106 194319 107 195892 108 197474 109 197479 110 198149 111 199059 112 198992 113 199104 114 199413 115 198710 116 197252 117 196504 118 194673 119 194152 120 192218 121 190233 122 187751 123 187706 124 185554 125 184137 126 181467 127 179034 128 177599 129 175341 130 173481 131 170155 132 168474 133 165190 134 163513 135 161409 136 159367 137 156791 138 153985 139 152062 140 149645 141 147174 142 145518 143 142418 144 140359 145 137737 146 135865 147 133373 148 131304 149 129068 150 128024 151 125118 152 123386 153 121163 154 119481 155 117045 156 114843 157 113182 158 111750 159 109307 160 108089 161 105924 162 104509 163 102734 164 101989 165 99353 166 98102 167 96764 168 94760 169 93789 170 91760 171 90763 172 89566 173 88806 174 87448 175 85723 176 84919 177 83284 178 82801 179 81548 180 80153 181 78845 182 77933 183 77492 184 76089 185 74927 186 74070 187 73046 188 72075 189 71545 190 70225 191 69748 192 68716 193 67755 194 67212 195 66422 196 65582 197 64944 198 64225 199 63320 200 62241 201 61297 202 60842 203 60356 204 59687 205 58676 206 58189 207 57239 208 56333 209 55755 210 55683 211 54434 212 53699 213 53512 214 53114 215 52300 216 51480 217 50883 218 50118 219 49748 220 49216 221 48858 222 47876 223 47142 224 46646 225 46300 226 45994 227 45182 228 44606 229 44030 230 43630 231 42890 232 42621 233 42128 234 41196 235 40870 236 40930 237 39994 238 39524 239 39356 240 38442 241 38296 242 37664 243 37098 244 36645 245 36350 246 35572 247 35210 248 34788 249 34345 250 34137 251 33705 252 33497 253 32762 254 32440 255 31918 256 31480 257 31475 258 30766 259 30586 260 30122 261 29896 262 29426 263 29376 264 28925 265 28593 266 28213 267 27976 268 27453 269 27382 270 26900 271 26483 272 26197 273 26077 274 25525 275 25382 276 25004 277 24699 278 24289 279 24380 280 23904 281 23652 282 23479 283 23127 284 23042 285 22704 286 22466 287 21991 288 21809 289 21705 290 21254 291 21344 292 21088 293 20755 294 20431 295 20337 296 20132 297 19972 298 19973 299 19304 300 19058 301 18951 302 19067 303 18721 304 18586 305 18031 306 18045 307 18054 308 17635 309 17649 310 17294 311 17199 312 16758 313 16766 314 16786 315 16432 316 16315 317 16397 318 15931 319 15812 320 15436 321 15541 322 15557 323 15332 324 15200 325 14880 326 14803 327 14560 328 14501 329 14370 330 14080 331 14166 332 14199 333 13860 334 13775 335 13596 336 13437 337 13467 338 13298 339 12980 340 12940 341 12860 342 13044 343 12493 344 12566 345 12533 346 12269 347 12412 348 12168 349 12088 350 11962 351 11835 352 11697 353 11886 354 11404 355 11625 356 11222 357 11324 358 11260 359 11256 360 11112 361 11018 362 11045 363 10826 364 10706 365 10646 366 10483 367 10525 368 10403 369 10489 370 10375 371 10190 372 10347 373 10091 374 10300 375 10029 376 9935 377 9923 378 9923 379 9920 380 9867 381 9811 382 9783 383 9709 384 9759 385 9673 386 9479 387 9519 388 9533 389 9510 390 9363 391 9144 392 9085 393 9281 394 9264 395 9248 396 9123 397 8976 398 9070 399 8950 400 9012 401 9135 402 9038 403 8761 404 8779 405 8713 406 8633 407 8617 408 8799 409 8675 410 8629 411 8682 412 8454 413 8330 414 8402 415 8414 416 8296 417 8287 418 8347 419 8232 420 8270 421 8048 422 8233 423 7985 424 8162 425 8178 426 8190 427 7901 428 7969 429 7843 430 7746 431 7961 432 7863 433 7669 434 7557 435 7735 436 7617 437 7729 438 7698 439 7621 440 7672 441 7568 442 7479 443 7309 444 7427 445 7484 446 7567 447 7393 448 7396 449 7343 450 7364 451 7369 452 7342 453 7160 454 7452 455 7124 456 7240 457 7164 458 7049 459 7103 460 7065 461 7082 462 7138 463 7069 464 7081 465 7032 466 7114 467 6979 468 7122 469 7013 470 6980 471 6902 472 6932 473 6938 474 6864 475 6954 476 6866 477 6945 478 6771 479 6934 480 6853 481 6884 482 6777 483 6949 484 6892 485 6862 486 6630 487 6865 488 6672 489 6646 490 6556 491 6720 492 6529 493 6624 494 6690 495 6596 496 6788 497 6712 498 6609 499 6471 500 6482 501 6580 502 6490 503 6381 504 6422 505 6649 506 6427 507 6480 508 6392 509 6511 510 6425 511 6260 512 6369 513 6511 514 6412 515 6383 516 6517 517 6416 518 6304 519 6332 520 6359 521 6147 522 6367 523 6327 524 6239 525 6290 526 6165 527 6324 528 6292 529 6233 530 6330 531 6328 532 6316 533 6235 534 6108 535 6311 536 6137 537 6188 538 6174 539 6251 540 6201 541 6127 542 6335 543 6178 544 6224 545 6310 546 6206 547 6183 548 6150 549 6087 550 6269 551 6121 552 6284 553 6192 554 6048 555 6105 556 6031 557 6098 558 6105 559 6238 560 6133 561 6038 562 6004 563 6117 564 6187 565 6026 566 6016 567 6062 568 5910 569 5990 570 5995 571 5889 572 6079 573 6098 574 6018 575 5996 576 5920 577 5898 578 5848 579 5969 580 5932 581 5992 582 6026 583 6017 584 5955 585 6019 586 5940 587 5763 588 5881 589 5980 590 5991 591 5869 592 5849 593 5852 594 5900 595 5935 596 5855 597 5896 598 5944 599 5979 600 6044 601 5837 602 5877 603 5952 604 5866 605 6001 606 5880 607 5954 608 5819 609 5870 610 5849 611 5847 612 5867 613 5922 614 5897 615 5953 616 5849 617 5785 618 5837 619 5811 620 5694 621 5743 622 5905 623 5755 624 5899 625 5958 626 5830 627 5859 628 5711 629 5823 630 5668 631 5844 632 5849 633 5844 634 5819 635 5738 636 5735 637 5722 638 5638 639 5696 640 5706 641 5698 642 5701 643 5649 644 5735 645 5684 646 5827 647 5719 648 5706 649 5661 650 5587 651 5642 652 5731 653 5554 654 5663 655 5658 656 5710 657 5591 658 5557 659 5660 660 5652 661 5599 662 5605 663 5712 664 5636 665 5534 666 5604 667 5551 668 5556 669 5771 670 5586 671 5614 672 5669 673 5700 674 5746 675 5633 676 5749 677 5634 678 5518 679 5692 680 5599 681 5685 682 5536 683 5713 684 5540 685 5579 686 5744 687 5599 688 5646 689 5703 690 5702 691 5576 692 5625 693 5590 694 5510 695 5677 696 5678 697 5669 698 5548 699 5713 700 5691 701 5698 702 5608 703 5663 704 5649 705 5670 706 5706 707 5719 708 5765 709 5667 710 5692 711 5766 712 5641 713 5741 714 5669 715 5700 716 5649 717 5724 718 5629 719 5859 720 5724 721 5731 722 5769 723 5772 724 5684 725 5607 726 5610 727 5643 728 5750 729 5695 730 5719 731 5661 732 5656 733 5647 734 5545 735 5651 736 5647 737 5659 738 5676 739 5651 740 5610 741 5705 742 5583 743 5728 744 5636 745 5642 746 5593 747 5639 748 5639 749 5547 750 5519 751 5619 752 5591 753 5626 754 5541 755 5601 756 5614 757 5615 758 5640 759 5556 760 5822 761 5531 762 5689 763 5501 764 5577 765 5633 766 5532 767 5666 768 5579 769 5581 770 5553 771 5540 772 5670 773 5511 774 5456 775 5438 776 5439 777 5366 778 5337 779 5524 780 5425 781 5477 782 5405 783 5395 784 5442 785 5314 786 5315 787 5391 788 5392 789 5447 790 5393 791 5460 792 5420 793 5491 794 5282 795 5282 796 5399 797 5286 798 5312 799 5368 800 5350 801 5338 802 5221 803 5397 804 5300 805 5253 806 5275 807 5338 808 5272 809 5286 810 5314 811 5272 812 5349 813 5221 814 5283 815 5153 816 5270 817 5346 818 5195 819 5248 820 5389 821 5288 822 5204 823 5307 824 5343 825 5259 826 5228 827 5091 828 5163 829 5128 830 5259 831 5340 832 5107 833 5181 834 5144 835 5156 836 5207 837 5308 838 5287 839 5262 840 5273 841 5196 842 5275 843 5351 844 5230 845 5173 846 5228 847 5242 848 5243 849 5272 850 5150 851 5286 852 5136 853 5312 854 5163 855 5194 856 5174 857 5276 858 5162 859 5156 860 5158 861 5237 862 5159 863 5137 864 5105 865 5321 866 5131 867 5105 868 5073 869 5156 870 4994 871 5171 872 5189 873 5059 874 5145 875 5119 876 5118 877 5121 878 5052 879 5162 880 5087 881 5090 882 5022 883 5116 884 5128 885 5064 886 5168 887 5136 888 5099 889 5141 890 5118 891 5115 892 5047 893 4999 894 5059 895 4845 896 5030 897 5003 898 4978 899 4952 900 5174 901 4932 902 4940 903 5008 904 5048 905 5014 906 5048 907 4921 908 4875 909 4986 910 5010 911 4803 912 5018 913 4967 914 4853 915 5025 916 4930 917 4862 918 4930 919 4918 920 4835 921 4904 922 4856 923 4751 924 4924 925 4799 926 4815 927 4831 928 4889 929 4956 930 4829 931 4737 932 4757 933 4856 934 4802 935 4774 936 4811 937 4783 938 4797 939 4906 940 4829 941 4775 942 4803 943 4770 944 4568 945 4677 946 4797 947 4812 948 4745 949 4775 950 4686 951 4582 952 4626 953 4761 954 4711 955 4717 956 4695 957 4728 958 4692 959 4599 960 4668 961 4651 962 4601 963 4577 964 4675 965 4671 966 4621 967 4631 968 4760 969 4622 970 4602 971 4584 972 4503 973 4604 974 4546 975 4619 976 4682 977 4602 978 4535 979 4562 980 4550 981 4624 982 4563 983 4611 984 4449 985 4554 986 4431 987 4411 988 4440 989 4417 990 4439 991 4420 992 4569 993 4409 994 4466 995 4355 996 4433 997 4486 998 4476 999 4460 1000 4501 1001 4519 1002 4510 1003 4571 1004 4561 1005 4555 1006 4439 1007 4523 1008 4428 1009 4394 1010 4377 1011 4449 1012 4299 1013 4371 1014 4466 1015 4362 1016 4362 1017 4489 1018 4364 1019 4384 1020 4417 1021 4461 1022 4344 1023 4379 1024 4316 1025 4278 1026 4412 1027 4375 1028 4392 1029 4434 1030 4346 1031 4331 1032 4353 1033 4333 1034 4386 1035 4366 1036 4363 1037 4400 1038 4313 1039 4414 1040 4376 1041 4475 1042 4305 1043 4404 1044 4424 1045 4343 1046 4472 1047 4368 1048 4296 1049 4398 1050 4471 1051 4423 1052 4494 1053 4455 1054 4440 1055 4461 1056 4417 1057 4366 1058 4469 1059 4466 1060 4416 1061 4467 1062 4475 1063 4434 1064 4539 1065 4426 1066 4418 1067 4438 1068 4537 1069 4475 1070 4449 1071 4658 1072 4478 1073 4583 1074 4498 1075 4575 1076 4453 1077 4600 1078 4491 1079 4559 1080 4577 1081 4557 1082 4460 1083 4536 1084 4522 1085 4551 1086 4447 1087 4571 1088 4735 1089 4516 1090 4616 1091 4462 1092 4609 1093 4490 1094 4543 1095 4602 1096 4573 1097 4485 1098 4578 1099 4597 1100 4444 1101 4482 1102 4501 1103 4444 1104 4557 1105 4643 1106 4467 1107 4415 1108 4504 1109 4454 1110 4437 1111 4496 1112 4462 1113 4398 1114 4397 1115 4508 1116 4451 1117 4405 1118 4470 1119 4381 1120 4469 1121 4476 1122 4456 1123 4388 1124 4418 1125 4456 1126 4653 1127 4406 1128 4474 1129 4326 1130 4444 1131 4443 1132 4479 1133 4427 1134 4311 1135 4460 1136 4495 1137 4361 1138 4306 1139 4480 1140 4428 1141 4305 1142 4391 1143 4357 1144 4298 1145 4313 1146 4303 1147 4292 1148 4372 1149 4344 1150 4290 1151 4372 1152 4306 1153 4296 1154 4305 1155 4148 1156 4279 1157 4194 1158 4330 1159 4217 1160 4180