## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606215.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606215.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606215.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:15:26 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 113 95 22 1044997 258.747177 240.493567 26747271 FR 51 95 131 163 191 231 835 2147 4783 9025 32567 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 3 23 4 24 7 25 9 26 13 27 12 28 8 29 25 30 37 31 219 32 235 33 225 34 225 35 224 36 217 37 263 38 269 39 236 40 308 41 241 42 273 43 271 44 304 45 318 46 345 47 332 48 369 49 391 50 403 51 417 52 547 53 618 54 605 55 745 56 865 57 1006 58 1272 59 1435 60 1721 61 2113 62 2699 63 3156 64 3754 65 4635 66 5643 67 6697 68 8185 69 9867 70 11672 71 13935 72 16331 73 19108 74 21941 75 25271 76 28740 77 32661 78 36467 79 41072 80 45636 81 50250 82 55802 83 60706 84 66213 85 71378 86 76712 87 81651 88 88177 89 93908 90 99131 91 105030 92 110307 93 116391 94 121040 95 126212 96 130354 97 134227 98 138976 99 142441 100 146901 101 149224 102 152431 103 155428 104 158399 105 160078 106 161495 107 162659 108 164669 109 165219 110 165567 111 166305 112 166475 113 167256 114 166540 115 166195 116 165410 117 164780 118 163857 119 162716 120 160345 121 159546 122 158439 123 156998 124 155987 125 155036 126 152756 127 150627 128 149814 129 147380 130 145184 131 143167 132 142005 133 139398 134 137413 135 135856 136 134668 137 132277 138 130418 139 128097 140 126461 141 124286 142 122516 143 120896 144 118803 145 117075 146 115314 147 113705 148 112312 149 109884 150 108442 151 106451 152 104840 153 103105 154 101080 155 100125 156 98425 157 96465 158 94971 159 93626 160 91890 161 90067 162 89263 163 87592 164 86566 165 84846 166 83385 167 81920 168 81386 169 80383 170 78790 171 77381 172 75805 173 75158 174 74266 175 73052 176 72091 177 71156 178 70157 179 69250 180 68448 181 67532 182 66409 183 65520 184 64765 185 63789 186 63229 187 62365 188 61333 189 60670 190 59548 191 59273 192 58352 193 57533 194 57191 195 56131 196 55356 197 54621 198 54182 199 53583 200 52736 201 52118 202 51612 203 51040 204 50334 205 49544 206 49259 207 48577 208 48103 209 47359 210 47011 211 46299 212 45797 213 45165 214 44351 215 43975 216 43563 217 43079 218 42335 219 41977 220 41229 221 40744 222 40386 223 39703 224 39347 225 39351 226 38543 227 37921 228 37545 229 37188 230 36637 231 36210 232 36190 233 35189 234 34891 235 34347 236 34069 237 33472 238 33058 239 32665 240 32211 241 31973 242 31470 243 31280 244 30806 245 30393 246 30365 247 29604 248 29328 249 28900 250 28494 251 28464 252 27914 253 27807 254 27085 255 26641 256 26642 257 26188 258 25690 259 25376 260 25331 261 24996 262 24693 263 24290 264 24044 265 23797 266 23509 267 23373 268 23150 269 22700 270 22428 271 22309 272 21610 273 21852 274 21343 275 21129 276 21311 277 20824 278 20436 279 20024 280 20200 281 19889 282 19731 283 19398 284 18823 285 19039 286 18618 287 18571 288 18331 289 17979 290 17918 291 17655 292 17674 293 17342 294 17118 295 16916 296 16661 297 16628 298 16325 299 16179 300 15993 301 15476 302 15795 303 15630 304 15424 305 15211 306 15107 307 14914 308 14618 309 14573 310 14464 311 14170 312 14111 313 13837 314 13943 315 13523 316 13689 317 13558 318 13137 319 12987 320 13054 321 12976 322 12839 323 12642 324 12671 325 12573 326 12420 327 12308 328 12032 329 12150 330 11873 331 11789 332 11738 333 11618 334 11507 335 11517 336 11126 337 11208 338 11004 339 10841 340 10849 341 10603 342 10713 343 10663 344 10576 345 10239 346 10260 347 10254 348 10121 349 9870 350 9876 351 9826 352 9748 353 9768 354 9450 355 9498 356 9359 357 9349 358 9498 359 9287 360 9111 361 8904 362 8930 363 9044 364 8769 365 9012 366 8957 367 8765 368 8750 369 8835 370 8680 371 8488 372 8562 373 8666 374 8431 375 8286 376 8427 377 8354 378 8336 379 8268 380 8256 381 8055 382 7982 383 8065 384 8062 385 8078 386 7803 387 7881 388 7748 389 7932 390 7821 391 7754 392 7859 393 7674 394 7767 395 7694 396 7490 397 7586 398 7467 399 7465 400 7413 401 7544 402 7319 403 7330 404 7343 405 7241 406 7373 407 7310 408 7107 409 7146 410 7161 411 7111 412 7184 413 7146 414 7071 415 6972 416 7031 417 6744 418 6884 419 6853 420 7000 421 6793 422 6942 423 6698 424 6837 425 6674 426 6809 427 6674 428 6649 429 6568 430 6633 431 6679 432 6569 433 6566 434 6322 435 6448 436 6322 437 6278 438 6421 439 6484 440 6210 441 6276 442 6281 443 6233 444 6302 445 6202 446 6229 447 6179 448 6176 449 6063 450 6137 451 6043 452 6289 453 6043 454 6040 455 5949 456 6020 457 6010 458 5843 459 6107 460 5955 461 5698 462 5905 463 5772 464 5780 465 5836 466 5788 467 5752 468 5766 469 5799 470 5700 471 5708 472 5779 473 5858 474 5790 475 5771 476 5737 477 5735 478 5759 479 5680 480 5625 481 5638 482 5675 483 5714 484 5638 485 5734 486 5511 487 5459 488 5581 489 5639 490 5646 491 5612 492 5469 493 5538 494 5554 495 5627 496 5489 497 5513 498 5482 499 5461 500 5437 501 5510 502 5446 503 5414 504 5420 505 5355 506 5497 507 5280 508 5440 509 5364 510 5294 511 5321 512 5290 513 5352 514 5316 515 5303 516 5308 517 5194 518 5305 519 5250 520 5422 521 5154 522 5281 523 5240 524 5247 525 5261 526 5227 527 5248 528 5305 529 5154 530 5310 531 5121 532 5238 533 5228 534 5002 535 5289 536 5146 537 5212 538 5249 539 5176 540 5178 541 5242 542 5126 543 5205 544 5223 545 5119 546 5133 547 5186 548 5176 549 5169 550 5265 551 5143 552 5176 553 5167 554 5159 555 5140 556 5102 557 5015 558 5156 559 5215 560 5179 561 5141 562 5148 563 5110 564 5049 565 5187 566 5176 567 5149 568 4958 569 5043 570 5024 571 5006 572 5138 573 4954 574 4991 575 5080 576 4944 577 4922 578 4970 579 4973 580 4981 581 5014 582 4950 583 4996 584 5049 585 5046 586 4983 587 5032 588 4995 589 4839 590 4988 591 4957 592 4883 593 4971 594 4966 595 4814 596 4829 597 4924 598 5085 599 5066 600 4979 601 4989 602 5076 603 4922 604 4936 605 4969 606 4817 607 4989 608 4859 609 4896 610 4836 611 5000 612 4813 613 4931 614 4952 615 4902 616 4964 617 4812 618 4885 619 4900 620 4848 621 4923 622 4850 623 4826 624 4693 625 4898 626 4797 627 4714 628 4980 629 4756 630 4885 631 4788 632 4849 633 4832 634 4912 635 4934 636 4812 637 4783 638 4803 639 4864 640 4770 641 4894 642 4798 643 4892 644 4808 645 4746 646 4754 647 4779 648 4887 649 4771 650 4665 651 4694 652 4702 653 4802 654 4786 655 4757 656 4672 657 4761 658 4714 659 4734 660 4744 661 4716 662 4691 663 4727 664 4679 665 4762 666 4638 667 4707 668 4657 669 4485 670 4633 671 4685 672 4839 673 4701 674 4765 675 4612 676 4743 677 4732 678 4764 679 4588 680 4640 681 4606 682 4717 683 4683 684 4666 685 4748 686 4782 687 4619 688 4667 689 4757 690 4812 691 4695 692 4687 693 4713 694 4688 695 4640 696 4573 697 4754 698 4795 699 4739 700 4628 701 4747 702 4794 703 4679 704 4699 705 4723 706 4712 707 4723 708 4777 709 4867 710 4812 711 4787 712 4735 713 4763 714 4750 715 4583 716 4908 717 4877 718 4791 719 4785 720 4813 721 4752 722 4922 723 4762 724 4700 725 4700 726 4740 727 4879 728 4787 729 4727 730 4779 731 4828 732 4692 733 4859 734 4684 735 4709 736 4691 737 4694 738 4762 739 4718 740 4779 741 4815 742 4736 743 4764 744 4776 745 4775 746 4713 747 4657 748 4726 749 4653 750 4723 751 4781 752 4658 753 4814 754 4666 755 4765 756 4800 757 4570 758 4754 759 4695 760 4793 761 4704 762 4834 763 4600 764 4520 765 4674 766 4761 767 4575 768 4638 769 4600 770 4729 771 4649 772 4573 773 4616 774 4648 775 4642 776 4716 777 4579 778 4614 779 4667 780 4362 781 4518 782 4631 783 4626 784 4494 785 4396 786 4495 787 4583 788 4613 789 4466 790 4513 791 4539 792 4438 793 4653 794 4575 795 4527 796 4541 797 4540 798 4617 799 4534 800 4503 801 4522 802 4512 803 4491 804 4603 805 4507 806 4466 807 4515 808 4439 809 4499 810 4508 811 4477 812 4312 813 4420 814 4544 815 4500 816 4344 817 4414 818 4274 819 4456 820 4435 821 4440 822 4436 823 4392 824 4405 825 4419 826 4411 827 4441 828 4246 829 4378 830 4298 831 4439 832 4347 833 4489 834 4393 835 4387 836 4505 837 4407 838 4339 839 4495 840 4365 841 4347 842 4481 843 4343 844 4361 845 4397 846 4377 847 4357 848 4296 849 4342 850 4418 851 4232 852 4375 853 4505 854 4415 855 4328 856 4395 857 4344 858 4372 859 4268 860 4248 861 4414 862 4320 863 4409 864 4319 865 4299 866 4306 867 4324 868 4323 869 4329 870 4260 871 4204 872 4262 873 4314 874 4273 875 4334 876 4385 877 4305 878 4285 879 4353 880 4306 881 4233 882 4278 883 4353 884 4387 885 4361 886 4347 887 4266 888 4289 889 4144 890 4335 891 4248 892 4217 893 4136 894 4305 895 4168 896 4234 897 4124 898 4177 899 4236 900 4271 901 4141 902 4170 903 4140 904 4319 905 4182 906 4120 907 4146 908 4187 909 4210 910 4226 911 4125 912 4197 913 4241 914 4078 915 4105 916 4179 917 4085 918 4141 919 4031 920 4110 921 4034 922 4002 923 3918 924 4057 925 4093 926 4108 927 4057 928 4067 929 3987 930 4078 931 4035 932 3887 933 3988 934 4056 935 4014 936 4027 937 4086 938 3933 939 3972 940 4004 941 4044 942 3911 943 3982 944 3924 945 3927 946 3965 947 3862 948 3951 949 3892 950 3984 951 3827 952 3912 953 3947 954 3888 955 3830 956 3981 957 3952 958 3857 959 3828 960 3898 961 3867 962 3886 963 3801 964 3946 965 3890 966 3887 967 3918 968 3838 969 3853 970 3903 971 3873 972 3779 973 3758 974 3842 975 3843 976 3884 977 3986 978 3884 979 3854 980 3787 981 3858 982 3839 983 3903 984 3836 985 3735 986 3886 987 3836 988 3777 989 3785 990 3763 991 3725 992 3755 993 3791 994 3726 995 3636 996 3710 997 3668 998 3740 999 3735 1000 3826 1001 3637 1002 3757 1003 3709 1004 3749 1005 3707 1006 3720 1007 3710 1008 3660 1009 3602 1010 3864 1011 3827 1012 3790 1013 3811 1014 3741 1015 3706 1016 3768 1017 3810 1018 3732 1019 3824 1020 3747 1021 3688 1022 3777 1023 3754 1024 3690 1025 3765 1026 3697 1027 3656 1028 3732 1029 3632 1030 3681 1031 3677 1032 3638 1033 3645 1034 3704 1035 3579 1036 3653 1037 3706 1038 3837 1039 3751 1040 3711 1041 3690 1042 3708 1043 3718 1044 3593 1045 3637 1046 3713 1047 3666 1048 3698 1049 3755 1050 3664 1051 3697 1052 3674 1053 3801 1054 3752 1055 3722 1056 3761 1057 3782 1058 3668 1059 3773 1060 3740 1061 3741 1062 3710 1063 3764 1064 3805 1065 3680 1066 3783 1067 3723 1068 3627 1069 3826 1070 3647 1071 3766 1072 3789 1073 3760 1074 3755 1075 3830 1076 3717 1077 3850 1078 3689 1079 3814 1080 3814 1081 3759 1082 3809 1083 3890 1084 3801 1085 3815 1086 3854 1087 3815 1088 3864 1089 3814 1090 3799 1091 3700 1092 3825 1093 3777 1094 3840 1095 3880 1096 3840 1097 3885 1098 3852 1099 3751 1100 3818 1101 3828 1102 3771 1103 3744 1104 3774 1105 3932 1106 3715 1107 3667 1108 3734 1109 3820 1110 3807 1111 3835 1112 3782 1113 3726 1114 3751 1115 3910 1116 3783 1117 3642 1118 3751 1119 3767 1120 3806 1121 3822 1122 3820 1123 3772 1124 3715 1125 3785 1126 3837 1127 3743 1128 3689 1129 3721 1130 3626 1131 3795 1132 3600 1133 3666 1134 3776 1135 3696 1136 3650 1137 3642 1138 3683 1139 3715 1140 3662 1141 3757 1142 3740 1143 3692 1144 3609 1145 3618 1146 3610 1147 3637 1148 3631 1149 3739 1150 3631