## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606214.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606214.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606214.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:47:17 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 199 115 94 22 1294579 257.077051 236.77267 24276390 FR 49 93 129 159 189 227 813 2119 4729 8909 32079 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 3 24 7 25 11 26 11 27 14 28 17 29 15 30 36 31 215 32 216 33 197 34 218 35 215 36 186 37 215 38 201 39 204 40 257 41 238 42 227 43 229 44 283 45 270 46 278 47 282 48 322 49 323 50 324 51 395 52 471 53 439 54 500 55 638 56 693 57 862 58 983 59 1172 60 1413 61 1807 62 2131 63 2660 64 3143 65 3810 66 4682 67 5630 68 6731 69 8112 70 9739 71 11608 72 13533 73 15945 74 18615 75 21170 76 24300 77 27596 78 31089 79 34524 80 38481 81 42803 82 47095 83 52089 84 56172 85 61405 86 65767 87 71164 88 75968 89 81041 90 85763 91 90992 92 97372 93 101435 94 106291 95 111445 96 115431 97 119140 98 123305 99 127231 100 131193 101 133356 102 136634 103 140188 104 142126 105 144471 106 146456 107 147753 108 148964 109 149382 110 150779 111 151030 112 152091 113 152247 114 152603 115 152872 116 150961 117 151060 118 150710 119 149948 120 148974 121 147172 122 145517 123 144721 124 144088 125 142518 126 141095 127 139062 128 137819 129 136134 130 134250 131 132929 132 130986 133 128941 134 127474 135 125698 136 123799 137 121941 138 120675 139 119304 140 117299 141 114723 142 113685 143 111738 144 109862 145 107766 146 106404 147 104575 148 103121 149 101503 150 99746 151 97901 152 96390 153 95078 154 92980 155 91959 156 89871 157 89214 158 87514 159 85677 160 84311 161 83091 162 81565 163 79807 164 79155 165 77531 166 76866 167 75085 168 73900 169 73036 170 72108 171 71280 172 70398 173 69161 174 67754 175 66976 176 65755 177 64697 178 64545 179 63178 180 62229 181 61493 182 60752 183 59683 184 59365 185 58080 186 57089 187 56547 188 55880 189 55150 190 54584 191 54377 192 53587 193 52345 194 51985 195 51263 196 51036 197 50166 198 49692 199 49031 200 48315 201 47626 202 47133 203 46598 204 45499 205 45569 206 45301 207 44254 208 43939 209 43127 210 42770 211 42568 212 41665 213 41212 214 40915 215 40471 216 39594 217 39462 218 39020 219 38350 220 38032 221 37268 222 36769 223 36787 224 36014 225 35683 226 35252 227 34993 228 34585 229 34260 230 33461 231 33380 232 32616 233 32518 234 31852 235 31324 236 31212 237 30753 238 30208 239 30339 240 29709 241 29259 242 29069 243 28494 244 28399 245 28003 246 27749 247 27298 248 27046 249 26690 250 26134 251 25949 252 25345 253 25443 254 24876 255 24782 256 24369 257 24247 258 23769 259 23681 260 23153 261 22966 262 22744 263 22062 264 22247 265 21984 266 21760 267 21376 268 21084 269 21063 270 20648 271 20550 272 20199 273 20145 274 19722 275 19206 276 19356 277 19236 278 18967 279 18629 280 18392 281 18419 282 18179 283 17653 284 17509 285 17419 286 17160 287 17106 288 16993 289 16570 290 16428 291 16247 292 15848 293 15945 294 15678 295 15730 296 15203 297 15274 298 15049 299 15161 300 14790 301 14773 302 14538 303 14306 304 14187 305 14014 306 13815 307 13584 308 13517 309 13598 310 13073 311 13224 312 13009 313 12873 314 12847 315 12802 316 12396 317 12490 318 12075 319 11893 320 11850 321 12014 322 11871 323 11627 324 11554 325 11456 326 11341 327 11234 328 10993 329 10951 330 10777 331 10708 332 10821 333 10700 334 10459 335 10554 336 10349 337 10254 338 10088 339 10015 340 10025 341 9934 342 9721 343 9725 344 9514 345 9560 346 9385 347 9314 348 9233 349 9083 350 9081 351 9090 352 8967 353 9024 354 8800 355 8703 356 8730 357 8654 358 8581 359 8605 360 8411 361 8514 362 8197 363 8253 364 8301 365 8144 366 8288 367 7960 368 7925 369 7981 370 7925 371 7812 372 7923 373 7726 374 7750 375 7803 376 7783 377 7543 378 7655 379 7448 380 7347 381 7432 382 7201 383 7245 384 7329 385 7301 386 7195 387 7248 388 7187 389 6985 390 7149 391 7266 392 7085 393 7002 394 6939 395 6819 396 6749 397 6992 398 6967 399 6825 400 6946 401 6686 402 6745 403 6670 404 6749 405 6565 406 6610 407 6602 408 6496 409 6550 410 6684 411 6416 412 6480 413 6541 414 6432 415 6446 416 6322 417 6518 418 6405 419 6311 420 6209 421 6211 422 6299 423 6127 424 6262 425 6188 426 6163 427 6000 428 6006 429 6157 430 6036 431 5943 432 6062 433 5899 434 5826 435 5880 436 5900 437 5779 438 5796 439 5923 440 5697 441 5740 442 5774 443 5708 444 5614 445 5702 446 5675 447 5627 448 5682 449 5546 450 5564 451 5499 452 5588 453 5628 454 5432 455 5486 456 5483 457 5419 458 5408 459 5453 460 5407 461 5302 462 5521 463 5334 464 5268 465 5457 466 5319 467 5172 468 5335 469 5405 470 5131 471 5238 472 5291 473 5251 474 5322 475 5195 476 5301 477 5111 478 5136 479 5125 480 5090 481 5149 482 5098 483 5143 484 5145 485 5184 486 5124 487 5070 488 5211 489 5172 490 5148 491 5133 492 5033 493 4998 494 4997 495 5065 496 4992 497 5101 498 5026 499 4898 500 4967 501 4952 502 5044 503 4938 504 4951 505 4802 506 4864 507 4872 508 4814 509 4895 510 4889 511 4896 512 4735 513 4828 514 4854 515 4940 516 4779 517 4817 518 4879 519 4829 520 4705 521 4770 522 4774 523 4876 524 4837 525 4928 526 4814 527 4868 528 4685 529 4726 530 4858 531 4668 532 4687 533 4693 534 4748 535 4757 536 4752 537 4778 538 4810 539 4614 540 4720 541 4648 542 4777 543 4605 544 4601 545 4711 546 4824 547 4667 548 4754 549 4649 550 4860 551 4672 552 4653 553 4801 554 4653 555 4664 556 4577 557 4553 558 4778 559 4620 560 4665 561 4542 562 4616 563 4694 564 4696 565 4645 566 4617 567 4611 568 4605 569 4620 570 4708 571 4640 572 4619 573 4523 574 4457 575 4446 576 4643 577 4461 578 4532 579 4609 580 4599 581 4454 582 4512 583 4461 584 4438 585 4449 586 4527 587 4459 588 4647 589 4444 590 4320 591 4418 592 4386 593 4382 594 4522 595 4515 596 4441 597 4428 598 4418 599 4586 600 4466 601 4465 602 4433 603 4411 604 4438 605 4458 606 4411 607 4502 608 4521 609 4409 610 4493 611 4513 612 4405 613 4453 614 4469 615 4449 616 4538 617 4557 618 4472 619 4282 620 4447 621 4477 622 4418 623 4413 624 4352 625 4456 626 4395 627 4405 628 4397 629 4312 630 4489 631 4290 632 4348 633 4284 634 4349 635 4340 636 4408 637 4284 638 4359 639 4296 640 4353 641 4239 642 4363 643 4354 644 4197 645 4460 646 4308 647 4314 648 4340 649 4263 650 4370 651 4287 652 4267 653 4292 654 4242 655 4290 656 4313 657 4159 658 4202 659 4236 660 4170 661 4281 662 4255 663 4192 664 4239 665 4315 666 4323 667 4339 668 4220 669 4221 670 4351 671 4292 672 4248 673 4248 674 4280 675 4418 676 4229 677 4213 678 4177 679 4314 680 4311 681 4155 682 4270 683 4346 684 4268 685 4234 686 4185 687 4297 688 4244 689 4313 690 4318 691 4320 692 4212 693 4277 694 4227 695 4303 696 4346 697 4322 698 4210 699 4274 700 4319 701 4253 702 4251 703 4293 704 4265 705 4331 706 4217 707 4404 708 4375 709 4355 710 4318 711 4352 712 4342 713 4279 714 4347 715 4381 716 4345 717 4332 718 4369 719 4318 720 4324 721 4377 722 4315 723 4402 724 4250 725 4245 726 4229 727 4263 728 4232 729 4350 730 4345 731 4381 732 4284 733 4315 734 4342 735 4351 736 4295 737 4271 738 4272 739 4310 740 4384 741 4382 742 4277 743 4338 744 4269 745 4302 746 4267 747 4367 748 4259 749 4307 750 4318 751 4167 752 4264 753 4209 754 4067 755 4218 756 4208 757 4240 758 4311 759 4102 760 4302 761 4234 762 4330 763 4227 764 4226 765 4268 766 4313 767 4256 768 4258 769 4178 770 4180 771 4139 772 4279 773 4154 774 4077 775 4184 776 4161 777 4227 778 4154 779 4164 780 4241 781 4172 782 4130 783 4146 784 4150 785 4126 786 4233 787 4159 788 4023 789 4062 790 4113 791 4019 792 4050 793 4079 794 4048 795 4291 796 4022 797 4020 798 4146 799 4130 800 4113 801 4146 802 4020 803 4130 804 4044 805 4094 806 4087 807 4064 808 3971 809 4048 810 4031 811 4025 812 4054 813 4026 814 4106 815 4024 816 3961 817 3959 818 3990 819 3923 820 4029 821 4076 822 3974 823 3980 824 4135 825 3930 826 4025 827 4075 828 4025 829 3979 830 3903 831 3964 832 4029 833 3916 834 3848 835 3985 836 3979 837 4072 838 4004 839 3873 840 3856 841 3941 842 3989 843 3886 844 3938 845 3909 846 4002 847 3895 848 3981 849 3935 850 4027 851 3946 852 3927 853 4006 854 3989 855 3871 856 3919 857 4004 858 3929 859 4017 860 3886 861 3958 862 3939 863 4002 864 3818 865 3956 866 3891 867 3798 868 3906 869 3840 870 3855 871 3868 872 3919 873 3830 874 3973 875 3915 876 3930 877 3868 878 3816 879 3841 880 4014 881 3840 882 3838 883 3779 884 3861 885 3894 886 3909 887 3902 888 3801 889 3740 890 3862 891 3744 892 3836 893 3752 894 3777 895 3889 896 3803 897 3803 898 3844 899 3785 900 3863 901 3821 902 3856 903 3802 904 3815 905 3823 906 3828 907 3747 908 3796 909 3780 910 3791 911 3919 912 3739 913 3641 914 3786 915 3702 916 3728 917 3761 918 3673 919 3815 920 3656 921 3763 922 3694 923 3589 924 3712 925 3662 926 3652 927 3646 928 3638 929 3579 930 3582 931 3623 932 3593 933 3653 934 3607 935 3636 936 3620 937 3732 938 3615 939 3654 940 3581 941 3622 942 3591 943 3678 944 3680 945 3587 946 3546 947 3569 948 3661 949 3551 950 3639 951 3560 952 3528 953 3493 954 3565 955 3617 956 3537 957 3580 958 3443 959 3538 960 3548 961 3503 962 3477 963 3550 964 3581 965 3577 966 3561 967 3584 968 3486 969 3512 970 3530 971 3491 972 3481 973 3470 974 3541 975 3366 976 3401 977 3458 978 3513 979 3500 980 3552 981 3399 982 3527 983 3444 984 3446 985 3393 986 3499 987 3393 988 3482 989 3456 990 3438 991 3337 992 3385 993 3374 994 3347 995 3373 996 3338 997 3375 998 3380 999 3417 1000 3495 1001 3388 1002 3449 1003 3437 1004 3370 1005 3337 1006 3422 1007 3408 1008 3311 1009 3379 1010 3297 1011 3402 1012 3282 1013 3386 1014 3351 1015 3353 1016 3388 1017 3321 1018 3341 1019 3438 1020 3355 1021 3372 1022 3283 1023 3333 1024 3360 1025 3302 1026 3226 1027 3319 1028 3266 1029 3280 1030 3296 1031 3214 1032 3231 1033 3299 1034 3272 1035 3369 1036 3257 1037 3344 1038 3390 1039 3411 1040 3307 1041 3232 1042 3232 1043 3397 1044 3293 1045 3468 1046 3358 1047 3411 1048 3362 1049 3377 1050 3365 1051 3253 1052 3286 1053 3379 1054 3376 1055 3331 1056 3366 1057 3330 1058 3464 1059 3418 1060 3436 1061 3338 1062 3354 1063 3377 1064 3467 1065 3430 1066 3441 1067 3311 1068 3373 1069 3395 1070 3405 1071 3437 1072 3435 1073 3430 1074 3391 1075 3394 1076 3398 1077 3499 1078 3439 1079 3476 1080 3434 1081 3435 1082 3414 1083 3420 1084 3462 1085 3367 1086 3421 1087 3463 1088 3471 1089 3400 1090 3472 1091 3420 1092 3540 1093 3437 1094 3422 1095 3385 1096 3518 1097 3440 1098 3463 1099 3426 1100 3457 1101 3418 1102 3400 1103 3418 1104 3471 1105 3386 1106 3519 1107 3403 1108 3368 1109 3324 1110 3452 1111 3429 1112 3403 1113 3356 1114 3373 1115 3423 1116 3415 1117 3297 1118 3372 1119 3348 1120 3332 1121 3313 1122 3420 1123 3293 1124 3335 1125 3359 1126 3470 1127 3374 1128 3326 1129 3319 1130 3403 1131 3408 1132 3287 1133 3333 1134 3392 1135 3264 1136 3355 1137 3362 1138 3388 1139 3320