## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606212.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606212.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606212.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:59:04 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 196 113 92 21 1148238 249.914196 228.751052 32603632 FR 49 91 125 157 185 221 747 2053 4641 8769 31539 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 4 23 3 24 7 25 6 26 16 27 23 28 17 29 27 30 44 31 315 32 314 33 276 34 293 35 296 36 296 37 303 38 330 39 350 40 386 41 321 42 361 43 369 44 366 45 371 46 454 47 420 48 460 49 481 50 502 51 559 52 668 53 753 54 850 55 1001 56 1103 57 1358 58 1704 59 1943 60 2426 61 2946 62 3654 63 4421 64 5366 65 6642 66 7868 67 9466 68 11789 69 13824 70 16642 71 19668 72 23108 73 26915 74 30523 75 34974 76 39654 77 44598 78 49872 79 55578 80 61323 81 67429 82 74791 83 80986 84 87722 85 94072 86 100906 87 107941 88 114620 89 121868 90 129048 91 135997 92 143639 93 150012 94 156536 95 161229 96 166905 97 172500 98 176945 99 180439 100 185636 101 189096 102 192795 103 195857 104 199082 105 200778 106 202384 107 204183 108 205177 109 205275 110 205508 111 206348 112 206387 113 207081 114 206403 115 205640 116 204184 117 202775 118 201463 119 199640 120 198226 121 196142 122 194660 123 191642 124 191405 125 188567 126 187309 127 184617 128 182487 129 180436 130 177562 131 175383 132 172458 133 170245 134 167922 135 165757 136 163576 137 160806 138 158450 139 155425 140 153014 141 151522 142 149181 143 146608 144 143963 145 141960 146 139454 147 137143 148 135047 149 132970 150 130878 151 128049 152 126932 153 124627 154 122882 155 120296 156 118626 157 116177 158 114810 159 113653 160 111650 161 109323 162 107543 163 105861 164 105111 165 102779 166 101089 167 100357 168 98590 169 97132 170 95323 171 93502 172 93430 173 92002 174 90464 175 89556 176 87826 177 86422 178 85594 179 85177 180 83322 181 82531 182 81022 183 79782 184 78448 185 78452 186 77357 187 76001 188 74792 189 73889 190 72914 191 72078 192 71090 193 70334 194 69807 195 68520 196 68499 197 67356 198 66430 199 65473 200 65016 201 64035 202 63327 203 62321 204 62182 205 61407 206 60430 207 59352 208 58633 209 58192 210 57574 211 56778 212 56221 213 55050 214 54639 215 54021 216 53085 217 52626 218 52293 219 51542 220 50932 221 49761 222 49744 223 48506 224 48398 225 47971 226 47466 227 46688 228 46027 229 45575 230 44938 231 44665 232 44182 233 43458 234 42888 235 42695 236 41848 237 41277 238 41063 239 40158 240 39690 241 39309 242 38559 243 38179 244 37531 245 37487 246 37114 247 36557 248 35940 249 35543 250 35029 251 34786 252 34373 253 34125 254 33404 255 33049 256 32484 257 32539 258 31998 259 31481 260 31152 261 30561 262 30404 263 29796 264 29920 265 29342 266 29040 267 28632 268 28311 269 28297 270 27535 271 27031 272 26994 273 26509 274 26389 275 26351 276 25655 277 25345 278 25201 279 25191 280 24659 281 24396 282 24130 283 23865 284 23564 285 23440 286 22945 287 22874 288 22394 289 22402 290 22083 291 21758 292 21485 293 21300 294 20950 295 20867 296 20708 297 20409 298 20015 299 19960 300 19622 301 19638 302 19378 303 19222 304 18929 305 18699 306 18650 307 18418 308 18113 309 17849 310 17554 311 17614 312 17135 313 17203 314 17198 315 16730 316 16474 317 16571 318 16414 319 16133 320 15864 321 15863 322 15934 323 15489 324 15386 325 15202 326 15353 327 14776 328 14793 329 14625 330 14641 331 14053 332 14223 333 13980 334 13948 335 14121 336 13843 337 13506 338 13500 339 13356 340 13144 341 13117 342 13014 343 12891 344 12960 345 12800 346 12772 347 12387 348 12216 349 12122 350 12137 351 12175 352 12102 353 12139 354 11947 355 11686 356 11593 357 11542 358 11433 359 11414 360 11143 361 10987 362 11262 363 11180 364 11016 365 10836 366 10846 367 10731 368 10706 369 10645 370 10342 371 10338 372 10358 373 10292 374 10305 375 10194 376 10300 377 10083 378 10033 379 9824 380 9988 381 9814 382 9827 383 10028 384 9655 385 9710 386 9585 387 9576 388 9483 389 9539 390 9499 391 9342 392 9415 393 9227 394 9251 395 9370 396 9266 397 9085 398 9149 399 8990 400 9003 401 8969 402 8811 403 8877 404 8991 405 8695 406 8816 407 8767 408 8607 409 8696 410 8668 411 8559 412 8421 413 8441 414 8274 415 8472 416 8444 417 8249 418 8278 419 8249 420 8319 421 8319 422 8218 423 8115 424 8213 425 8004 426 8109 427 8065 428 7917 429 7871 430 7956 431 7826 432 7821 433 7913 434 7768 435 7740 436 7824 437 7706 438 7634 439 7651 440 7677 441 7480 442 7565 443 7511 444 7588 445 7494 446 7434 447 7444 448 7386 449 7350 450 7437 451 7415 452 7304 453 7260 454 7258 455 7217 456 7293 457 7112 458 7183 459 7138 460 6996 461 6998 462 7067 463 7048 464 6965 465 7065 466 7074 467 6830 468 7045 469 6891 470 6961 471 6957 472 6884 473 6954 474 6973 475 6929 476 6901 477 6808 478 6915 479 6933 480 6858 481 6835 482 6716 483 6896 484 6761 485 6670 486 6790 487 6758 488 6654 489 6603 490 6747 491 6704 492 6525 493 6583 494 6567 495 6556 496 6554 497 6440 498 6612 499 6614 500 6616 501 6579 502 6394 503 6490 504 6431 505 6495 506 6397 507 6579 508 6309 509 6437 510 6310 511 6251 512 6392 513 6373 514 6315 515 6255 516 6443 517 6352 518 6321 519 6243 520 6344 521 6363 522 6320 523 6309 524 6217 525 6332 526 6169 527 6224 528 6339 529 6166 530 6174 531 6187 532 6349 533 6272 534 6101 535 6327 536 6235 537 6203 538 6232 539 6217 540 6282 541 6265 542 6202 543 6134 544 6127 545 6167 546 6135 547 6143 548 6106 549 6235 550 6234 551 6343 552 6132 553 6180 554 6035 555 6229 556 6086 557 6054 558 6085 559 6024 560 6088 561 6074 562 6069 563 6009 564 6098 565 6107 566 6107 567 5861 568 6017 569 5965 570 5969 571 5996 572 6044 573 5982 574 5947 575 5972 576 5973 577 5960 578 5984 579 6140 580 6035 581 5914 582 6004 583 5967 584 5854 585 5916 586 5885 587 5910 588 5922 589 5895 590 5822 591 5768 592 5784 593 5902 594 5786 595 5871 596 6018 597 5881 598 5872 599 5901 600 5978 601 5840 602 5781 603 5927 604 5944 605 5992 606 5800 607 5944 608 5972 609 5807 610 5916 611 5916 612 5857 613 5928 614 5714 615 5854 616 5880 617 5680 618 5809 619 5851 620 5832 621 6070 622 5757 623 5803 624 5827 625 5740 626 5837 627 5886 628 5616 629 5730 630 5744 631 5764 632 5692 633 5761 634 5802 635 5758 636 5831 637 5765 638 5633 639 5710 640 5867 641 5771 642 5794 643 5789 644 5720 645 5660 646 5634 647 5732 648 5718 649 5741 650 5572 651 5611 652 5553 653 5523 654 5659 655 5716 656 5591 657 5559 658 5556 659 5705 660 5522 661 5505 662 5589 663 5604 664 5536 665 5578 666 5572 667 5640 668 5516 669 5442 670 5524 671 5546 672 5598 673 5617 674 5633 675 5688 676 5546 677 5570 678 5585 679 5562 680 5629 681 5512 682 5641 683 5678 684 5630 685 5506 686 5684 687 5522 688 5520 689 5506 690 5629 691 5468 692 5687 693 5453 694 5642 695 5604 696 5659 697 5696 698 5606 699 5485 700 5525 701 5677 702 5702 703 5553 704 5712 705 5702 706 5677 707 5696 708 5708 709 5650 710 5632 711 5748 712 5698 713 5670 714 5548 715 5639 716 5694 717 5617 718 5707 719 5657 720 5680 721 5559 722 5781 723 5637 724 5585 725 5658 726 5706 727 5716 728 5620 729 5631 730 5818 731 5654 732 5637 733 5601 734 5523 735 5618 736 5687 737 5567 738 5569 739 5534 740 5652 741 5648 742 5480 743 5696 744 5536 745 5635 746 5673 747 5600 748 5548 749 5411 750 5588 751 5629 752 5550 753 5493 754 5624 755 5675 756 5606 757 5645 758 5598 759 5612 760 5455 761 5639 762 5567 763 5534 764 5545 765 5517 766 5550 767 5527 768 5524 769 5409 770 5551 771 5454 772 5482 773 5529 774 5454 775 5468 776 5312 777 5397 778 5382 779 5393 780 5540 781 5387 782 5425 783 5465 784 5298 785 5477 786 5441 787 5439 788 5356 789 5389 790 5386 791 5339 792 5280 793 5378 794 5397 795 5422 796 5316 797 5279 798 5342 799 5405 800 5324 801 5356 802 5243 803 5462 804 5279 805 5380 806 5344 807 5346 808 5400 809 5296 810 5334 811 5194 812 5330 813 5380 814 5298 815 5408 816 5393 817 5258 818 5262 819 5327 820 5356 821 5242 822 5327 823 5264 824 5211 825 5254 826 5284 827 5317 828 5265 829 5134 830 5169 831 5300 832 5191 833 5280 834 5270 835 5242 836 5336 837 5223 838 5195 839 5227 840 5243 841 5319 842 5284 843 5246 844 5177 845 5302 846 5272 847 5257 848 5173 849 5152 850 5209 851 5241 852 5285 853 5121 854 5187 855 5228 856 5168 857 5215 858 5189 859 5176 860 5123 861 5084 862 5119 863 5072 864 5148 865 5152 866 5073 867 5130 868 5098 869 5126 870 5137 871 5074 872 5046 873 5096 874 5178 875 5067 876 5177 877 5054 878 5112 879 5005 880 5008 881 4937 882 5257 883 5023 884 5101 885 5123 886 5049 887 4998 888 5078 889 5013 890 5167 891 4955 892 4939 893 4877 894 4912 895 5088 896 4968 897 4991 898 5130 899 5078 900 5007 901 4950 902 4931 903 4973 904 4976 905 4952 906 4970 907 5025 908 4999 909 4867 910 4852 911 5027 912 4888 913 5034 914 4876 915 4968 916 4924 917 4871 918 4861 919 4863 920 4910 921 4955 922 4857 923 5002 924 4776 925 4749 926 4850 927 4781 928 4853 929 4842 930 4662 931 4847 932 4767 933 4870 934 4858 935 4711 936 4861 937 4757 938 4735 939 4850 940 4713 941 4789 942 4791 943 4671 944 4776 945 4666 946 4652 947 4734 948 4683 949 4851 950 4705 951 4752 952 4692 953 4663 954 4767 955 4766 956 4519 957 4686 958 4592 959 4615 960 4776 961 4579 962 4624 963 4641 964 4696 965 4514 966 4724 967 4629 968 4660 969 4628 970 4632 971 4596 972 4462 973 4508 974 4587 975 4566 976 4714 977 4660 978 4573 979 4602 980 4598 981 4457 982 4543 983 4486 984 4498 985 4650 986 4506 987 4525 988 4523 989 4406 990 4451 991 4437 992 4460 993 4476 994 4360 995 4445 996 4404 997 4517 998 4494 999 4595 1000 4400 1001 4455 1002 4502 1003 4370 1004 4460 1005 4572 1006 4576 1007 4412 1008 4412 1009 4368 1010 4462 1011 4452 1012 4461 1013 4516 1014 4310 1015 4454 1016 4523 1017 4405 1018 4568 1019 4433 1020 4513 1021 4416 1022 4459 1023 4496 1024 4377 1025 4355 1026 4367 1027 4271 1028 4378 1029 4354 1030 4467 1031 4342 1032 4394 1033 4439 1034 4421 1035 4326 1036 4176 1037 4468 1038 4448 1039 4324 1040 4317 1041 4321 1042 4335 1043 4248 1044 4336 1045 4522 1046 4337 1047 4487 1048 4354 1049 4405 1050 4401 1051 4465 1052 4455 1053 4449 1054 4401 1055 4468 1056 4432 1057 4377 1058 4473 1059 4564 1060 4475 1061 4367 1062 4386 1063 4512 1064 4400 1065 4321 1066 4515 1067 4383 1068 4505 1069 4481 1070 4513 1071 4476 1072 4502 1073 4413 1074 4515 1075 4530 1076 4508 1077 4501 1078 4446 1079 4556 1080 4492 1081 4476 1082 4467 1083 4564 1084 4536 1085 4534 1086 4522 1087 4441 1088 4611 1089 4474 1090 4679 1091 4530 1092 4518 1093 4545 1094 4554 1095 4628 1096 4512 1097 4512 1098 4481 1099 4529 1100 4512 1101 4558 1102 4445 1103 4461 1104 4532 1105 4598 1106 4532 1107 4445 1108 4463 1109 4447 1110 4494 1111 4482 1112 4485 1113 4307 1114 4378 1115 4521 1116 4538