## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606211.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606211.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606211.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:15:01 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 197 113 93 21 1565000 253.136128 233.457447 26572199 FR 49 93 129 159 187 225 793 2097 4679 8763 31201 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 3 23 3 24 7 25 6 26 13 27 13 28 14 29 28 30 29 31 266 32 220 33 265 34 227 35 231 36 248 37 244 38 267 39 261 40 254 41 274 42 257 43 267 44 287 45 288 46 308 47 330 48 342 49 366 50 382 51 420 52 490 53 575 54 613 55 743 56 778 57 957 58 1261 59 1507 60 1805 61 2249 62 2728 63 3189 64 3914 65 4781 66 5874 67 7288 68 8681 69 10185 70 12580 71 14836 72 17629 73 20495 74 23579 75 26959 76 30828 77 34569 78 38722 79 43406 80 48043 81 53629 82 58263 83 64132 84 69309 85 74732 86 80218 87 87047 88 92435 89 97392 90 103552 91 109005 92 114482 93 120701 94 125429 95 129979 96 135168 97 138985 98 144163 99 146517 100 150520 101 153946 102 156443 103 159686 104 161952 105 162869 106 165166 107 166720 108 167241 109 167706 110 168974 111 168758 112 169165 113 169173 114 168831 115 168309 116 166965 117 165262 118 165078 119 163506 120 163228 121 161368 122 158513 123 158013 124 156074 125 155518 126 152492 127 150711 128 149189 129 147134 130 145493 131 143280 132 140749 133 138957 134 137052 135 135327 136 133258 137 131903 138 129091 139 126887 140 125165 141 122380 142 121658 143 119505 144 117752 145 115764 146 114020 147 111991 148 109915 149 108169 150 106484 151 105217 152 103212 153 101268 154 99697 155 98044 156 96829 157 94376 158 93564 159 92086 160 90618 161 88567 162 87665 163 85685 164 84623 165 83590 166 82291 167 80721 168 79475 169 78878 170 76980 171 75733 172 75379 173 74244 174 73234 175 71605 176 70845 177 69639 178 69338 179 67909 180 66652 181 66566 182 64971 183 64694 184 63917 185 63361 186 61961 187 61356 188 60795 189 59148 190 58982 191 58156 192 57312 193 57020 194 56009 195 55399 196 54645 197 53962 198 53302 199 52907 200 51771 201 51631 202 51034 203 49884 204 49393 205 48727 206 48327 207 47713 208 47030 209 46622 210 46007 211 45645 212 44764 213 44762 214 43631 215 43612 216 42981 217 42709 218 41451 219 41606 220 40916 221 40059 222 39760 223 39080 224 38920 225 38570 226 38153 227 37484 228 36922 229 36773 230 35927 231 35954 232 34767 233 34829 234 34312 235 33932 236 33470 237 32993 238 32817 239 32460 240 31986 241 31616 242 31342 243 30704 244 30333 245 29943 246 29855 247 29284 248 28863 249 28424 250 27800 251 27969 252 27285 253 27098 254 26780 255 26588 256 26166 257 26021 258 25603 259 25746 260 25027 261 24868 262 24383 263 23933 264 23639 265 23369 266 23163 267 22917 268 22380 269 22446 270 22062 271 21550 272 21594 273 21338 274 21117 275 20933 276 20603 277 20422 278 20258 279 19864 280 19705 281 19362 282 19152 283 19056 284 19158 285 18650 286 18493 287 18384 288 18118 289 17767 290 17732 291 17431 292 17391 293 17067 294 16929 295 16773 296 16472 297 16324 298 16077 299 16009 300 15908 301 15649 302 15604 303 15414 304 15172 305 15153 306 15022 307 14758 308 14563 309 14461 310 14253 311 14150 312 13968 313 13712 314 13640 315 13665 316 13492 317 13182 318 13278 319 12987 320 12708 321 12680 322 12769 323 12504 324 12386 325 12243 326 12040 327 11967 328 11958 329 11797 330 11614 331 11915 332 11481 333 11324 334 11409 335 11137 336 11140 337 11030 338 10899 339 10784 340 10698 341 10454 342 10536 343 10403 344 10248 345 10183 346 10151 347 10033 348 9960 349 9745 350 9798 351 9855 352 9676 353 9624 354 9426 355 9417 356 9266 357 9218 358 9318 359 9262 360 9238 361 9102 362 8901 363 8897 364 8854 365 8818 366 8652 367 8534 368 8530 369 8652 370 8443 371 8384 372 8470 373 8388 374 8299 375 8296 376 8242 377 8175 378 8067 379 8101 380 8061 381 7979 382 8033 383 7917 384 7891 385 7770 386 7813 387 7736 388 7845 389 7657 390 7499 391 7576 392 7709 393 7617 394 7429 395 7470 396 7528 397 7358 398 7426 399 7375 400 7294 401 7248 402 7421 403 7383 404 7156 405 7069 406 7113 407 7127 408 7096 409 7032 410 6923 411 7113 412 6991 413 6953 414 6959 415 6905 416 6846 417 6839 418 6669 419 6794 420 6780 421 6719 422 6768 423 6691 424 6709 425 6541 426 6626 427 6533 428 6510 429 6480 430 6405 431 6534 432 6440 433 6377 434 6304 435 6384 436 6356 437 6295 438 6211 439 6229 440 6150 441 6100 442 6165 443 6209 444 6182 445 6194 446 6098 447 5997 448 5950 449 5937 450 5909 451 6007 452 6223 453 6000 454 5830 455 5841 456 5875 457 5758 458 5816 459 5804 460 5763 461 5774 462 5808 463 5765 464 5745 465 5592 466 5763 467 5596 468 5712 469 5651 470 5592 471 5746 472 5832 473 5604 474 5712 475 5551 476 5607 477 5724 478 5626 479 5580 480 5594 481 5536 482 5572 483 5567 484 5610 485 5484 486 5471 487 5400 488 5553 489 5450 490 5374 491 5439 492 5458 493 5509 494 5395 495 5438 496 5491 497 5497 498 5307 499 5368 500 5309 501 5532 502 5234 503 5340 504 5430 505 5253 506 5239 507 5254 508 5214 509 5236 510 5270 511 5249 512 5222 513 5282 514 5263 515 5173 516 5335 517 5330 518 5069 519 5141 520 5274 521 5090 522 5055 523 5198 524 5257 525 5203 526 5122 527 5305 528 5155 529 5176 530 5085 531 5187 532 5320 533 5189 534 5109 535 5173 536 5028 537 5182 538 5120 539 5258 540 5175 541 5149 542 5176 543 5010 544 5106 545 5074 546 5041 547 4942 548 5012 549 5081 550 4947 551 4927 552 5030 553 5123 554 4991 555 5042 556 5132 557 4948 558 5011 559 5101 560 4955 561 4941 562 5035 563 5068 564 4972 565 5051 566 4946 567 4841 568 4897 569 4919 570 5029 571 4896 572 4958 573 4829 574 4959 575 4912 576 4898 577 4892 578 4922 579 4955 580 4940 581 4910 582 4854 583 4818 584 4816 585 4914 586 4901 587 4916 588 4921 589 4829 590 4893 591 4932 592 4951 593 4885 594 4861 595 4897 596 4926 597 4923 598 4880 599 4891 600 4941 601 4828 602 4978 603 4979 604 4862 605 4856 606 4867 607 4922 608 4906 609 4723 610 4892 611 4774 612 4842 613 4803 614 4801 615 4774 616 4912 617 4789 618 4754 619 4884 620 4882 621 4726 622 4755 623 4840 624 4713 625 4887 626 4705 627 4977 628 4877 629 4721 630 4708 631 4720 632 4728 633 4805 634 4797 635 4819 636 4749 637 4801 638 4734 639 4656 640 4710 641 4702 642 4733 643 4797 644 4856 645 4775 646 4775 647 4677 648 4635 649 4670 650 4634 651 4670 652 4759 653 4717 654 4725 655 4649 656 4587 657 4529 658 4629 659 4612 660 4668 661 4490 662 4695 663 4612 664 4734 665 4608 666 4742 667 4617 668 4621 669 4669 670 4652 671 4752 672 4640 673 4698 674 4734 675 4597 676 4638 677 4620 678 4744 679 4622 680 4609 681 4689 682 4623 683 4669 684 4574 685 4566 686 4587 687 4673 688 4683 689 4741 690 4463 691 4546 692 4577 693 4572 694 4778 695 4722 696 4633 697 4658 698 4725 699 4563 700 4722 701 4631 702 4616 703 4825 704 4784 705 4683 706 4595 707 4612 708 4667 709 4680 710 4784 711 4744 712 4627 713 4684 714 4625 715 4748 716 4772 717 4638 718 4734 719 4866 720 4577 721 4696 722 4603 723 4892 724 4777 725 4562 726 4626 727 4725 728 4731 729 4682 730 4620 731 4685 732 4611 733 4682 734 4693 735 4677 736 4655 737 4671 738 4626 739 4647 740 4737 741 4632 742 4633 743 4603 744 4702 745 4722 746 4617 747 4656 748 4579 749 4631 750 4704 751 4688 752 4637 753 4688 754 4546 755 4758 756 4567 757 4650 758 4523 759 4587 760 4628 761 4510 762 4668 763 4667 764 4595 765 4701 766 4531 767 4570 768 4584 769 4596 770 4433 771 4502 772 4607 773 4522 774 4464 775 4476 776 4503 777 4599 778 4423 779 4538 780 4412 781 4399 782 4518 783 4438 784 4481 785 4450 786 4459 787 4460 788 4399 789 4420 790 4449 791 4505 792 4439 793 4366 794 4408 795 4509 796 4437 797 4396 798 4405 799 4447 800 4415 801 4456 802 4514 803 4413 804 4416 805 4440 806 4466 807 4482 808 4503 809 4430 810 4364 811 4341 812 4340 813 4345 814 4322 815 4304 816 4403 817 4417 818 4467 819 4331 820 4405 821 4345 822 4397 823 4335 824 4364 825 4401 826 4376 827 4263 828 4293 829 4364 830 4378 831 4311 832 4390 833 4330 834 4317 835 4334 836 4296 837 4392 838 4338 839 4359 840 4347 841 4376 842 4251 843 4349 844 4327 845 4514 846 4331 847 4429 848 4357 849 4327 850 4317 851 4309 852 4410 853 4289 854 4364 855 4315 856 4408 857 4365 858 4409 859 4349 860 4250 861 4248 862 4367 863 4310 864 4223 865 4160 866 4288 867 4276 868 4232 869 4345 870 4224 871 4217 872 4275 873 4201 874 4276 875 4313 876 4315 877 4278 878 4143 879 4192 880 4152 881 4205 882 4126 883 4147 884 4280 885 4258 886 4290 887 4150 888 4173 889 4152 890 4059 891 4037 892 4173 893 4231 894 4171 895 4101 896 4256 897 4152 898 4121 899 4175 900 4167 901 4040 902 4107 903 4218 904 4210 905 4061 906 4106 907 4266 908 4059 909 4077 910 4144 911 4101 912 4135 913 4013 914 4168 915 4075 916 4072 917 4035 918 3953 919 4078 920 4035 921 4035 922 4062 923 3920 924 3926 925 3935 926 3993 927 3961 928 3898 929 3931 930 3958 931 4042 932 3859 933 3927 934 4015 935 4009 936 3861 937 4032 938 3925 939 3977 940 3984 941 3797 942 3929 943 3863 944 3914 945 3943 946 3831 947 3817 948 3949 949 3867 950 3991 951 3854 952 3898 953 3908 954 3841 955 3826 956 3832 957 3876 958 3861 959 3859 960 3824 961 3835 962 3807 963 3746 964 3756 965 3852 966 3807 967 3709 968 3799 969 3824 970 3767 971 3755 972 3853 973 3805 974 3830 975 3809 976 3783 977 3761 978 3698 979 3708 980 3787 981 3743 982 3762 983 3798 984 3753 985 3775 986 3634 987 3703 988 3797 989 3797 990 3752 991 3692 992 3753 993 3678 994 3705 995 3658 996 3691 997 3753 998 3785 999 3681 1000 3542 1001 3791 1002 3633 1003 3716 1004 3657 1005 3645 1006 3680 1007 3596 1008 3597 1009 3675 1010 3742 1011 3679 1012 3675 1013 3690 1014 3639 1015 3793 1016 3660 1017 3735 1018 3748 1019 3666 1020 3678 1021 3580 1022 3703 1023 3786 1024 3654 1025 3627 1026 3668 1027 3597 1028 3634 1029 3553 1030 3627 1031 3580 1032 3695 1033 3563 1034 3612 1035 3624 1036 3616 1037 3621 1038 3649 1039 3570 1040 3709 1041 3557 1042 3572 1043 3627 1044 3623 1045 3654 1046 3565 1047 3698 1048 3577 1049 3567 1050 3725 1051 3616 1052 3625 1053 3649 1054 3656 1055 3648 1056 3674 1057 3668 1058 3763 1059 3659 1060 3705 1061 3711 1062 3621 1063 3646 1064 3707 1065 3582 1066 3719 1067 3701 1068 3808 1069 3668 1070 3680 1071 3829 1072 3697 1073 3718 1074 3723 1075 3651 1076 3686 1077 3678 1078 3713 1079 3850 1080 3815 1081 3808 1082 3629 1083 3749 1084 3782 1085 3796 1086 3785 1087 3840 1088 3846 1089 3667 1090 3770 1091 3828 1092 3819 1093 3755 1094 3906 1095 3907 1096 3769 1097 3678 1098 3811 1099 3741 1100 3718 1101 3829 1102 3669 1103 3741 1104 3778 1105 3728 1106 3734 1107 3714 1108 3789 1109 3748 1110 3740 1111 3742 1112 3657 1113 3569 1114 3750 1115 3704 1116 3657 1117 3625 1118 3667 1119 3660 1120 3714 1121 3739 1122 3705 1123 3715 1124 3623 1125 3700 1126 3696 1127 3705