## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606210.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606210.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606210.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:24:24 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 198 113 94 20 1177358 255.570097 236.525412 25303963 FR 49 93 129 159 189 227 797 2095 4679 8797 31445 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 22 2 23 2 24 7 25 3 26 8 27 19 28 19 29 19 30 31 31 207 32 210 33 236 34 191 35 218 36 218 37 222 38 263 39 267 40 279 41 279 42 260 43 269 44 297 45 301 46 301 47 335 48 352 49 362 50 408 51 468 52 520 53 532 54 610 55 736 56 846 57 993 58 1280 59 1393 60 1771 61 2200 62 2827 63 3260 64 3967 65 4821 66 5744 67 7109 68 8484 69 10154 70 12248 71 14403 72 16827 73 19429 74 22159 75 25496 76 29256 77 32672 78 36171 79 40411 80 44927 81 49883 82 54770 83 59332 84 64793 85 69439 86 74461 87 79879 88 84823 89 90260 90 95333 91 100442 92 105940 93 112840 94 117041 95 121626 96 125521 97 129873 98 133520 99 135635 100 140833 101 143534 102 145817 103 149978 104 152321 105 153692 106 156279 107 156494 108 157919 109 158654 110 158798 111 159687 112 160015 113 160551 114 159728 115 159927 116 158576 117 157378 118 156824 119 155581 120 154531 121 152610 122 151773 123 150861 124 149614 125 147766 126 146033 127 143567 128 142554 129 140303 130 138331 131 136159 132 134997 133 132710 134 131417 135 129410 136 128002 137 126375 138 124145 139 122242 140 119494 141 117992 142 116311 143 114412 144 112138 145 110762 146 108866 147 107213 148 105442 149 103571 150 101933 151 100216 152 98182 153 97014 154 95712 155 94193 156 92173 157 90818 158 89689 159 87825 160 86693 161 85177 162 83480 163 82585 164 81245 165 80110 166 78817 167 77444 168 76455 169 75367 170 74474 171 73059 172 72065 173 69846 174 69328 175 68466 176 67969 177 67333 178 66095 179 65011 180 63821 181 63753 182 62605 183 61375 184 60746 185 60470 186 59388 187 58377 188 57792 189 57024 190 56144 191 55301 192 54702 193 54254 194 53995 195 53110 196 52178 197 51762 198 51276 199 50618 200 49628 201 49339 202 48555 203 48051 204 47296 205 47096 206 46313 207 45675 208 45072 209 44884 210 44273 211 43849 212 43416 213 42759 214 41921 215 41494 216 40891 217 40347 218 39870 219 39912 220 39190 221 38690 222 37814 223 37698 224 36948 225 36739 226 36222 227 36113 228 35544 229 34868 230 34510 231 34236 232 33784 233 33500 234 33027 235 32693 236 32350 237 31982 238 31455 239 31147 240 30715 241 30079 242 29925 243 29298 244 29334 245 28780 246 28648 247 28038 248 27955 249 27410 250 26850 251 26593 252 26479 253 26059 254 25579 255 25330 256 24987 257 25025 258 24563 259 23973 260 23941 261 23899 262 23397 263 23034 264 22587 265 22684 266 22459 267 21982 268 21666 269 21707 270 21280 271 20993 272 20739 273 20593 274 20077 275 20046 276 19915 277 19778 278 19110 279 19465 280 18996 281 18648 282 18712 283 18432 284 18154 285 17967 286 17627 287 17203 288 17226 289 17260 290 16826 291 16696 292 16664 293 16274 294 16243 295 16036 296 15640 297 15545 298 15400 299 15194 300 15104 301 14783 302 14867 303 14860 304 14434 305 14405 306 14528 307 13956 308 13904 309 13590 310 13401 311 13311 312 13184 313 12963 314 12875 315 12899 316 13062 317 12783 318 12703 319 12426 320 12397 321 11993 322 12127 323 11930 324 11904 325 11645 326 11515 327 11511 328 11511 329 11227 330 10963 331 11157 332 11044 333 10878 334 10732 335 10562 336 10789 337 10451 338 10541 339 10339 340 10182 341 10295 342 10254 343 9974 344 9932 345 9881 346 9620 347 9524 348 9570 349 9472 350 9302 351 9382 352 9143 353 9072 354 9049 355 8936 356 8986 357 8907 358 8883 359 8609 360 8880 361 8684 362 8565 363 8419 364 8467 365 8332 366 8300 367 8195 368 8316 369 8104 370 8164 371 8156 372 7983 373 7998 374 7855 375 7915 376 7887 377 7736 378 7772 379 7654 380 7813 381 7625 382 7671 383 7563 384 7630 385 7470 386 7365 387 7495 388 7509 389 7340 390 7384 391 7248 392 7364 393 7258 394 7131 395 7219 396 7056 397 7028 398 7091 399 6981 400 6929 401 6886 402 6907 403 6896 404 6893 405 6956 406 6860 407 6713 408 6664 409 6726 410 6813 411 6732 412 6622 413 6595 414 6611 415 6566 416 6374 417 6633 418 6531 419 6503 420 6471 421 6488 422 6466 423 6386 424 6349 425 6391 426 6373 427 6247 428 6199 429 6274 430 6096 431 6273 432 6069 433 6115 434 5969 435 6133 436 6085 437 6019 438 5899 439 5932 440 5971 441 5946 442 5813 443 5954 444 5732 445 5786 446 5715 447 5658 448 5771 449 5714 450 5747 451 5632 452 5790 453 5782 454 5696 455 5638 456 5745 457 5512 458 5644 459 5542 460 5587 461 5598 462 5553 463 5450 464 5566 465 5492 466 5382 467 5392 468 5551 469 5489 470 5479 471 5497 472 5428 473 5407 474 5437 475 5307 476 5409 477 5411 478 5308 479 5380 480 5366 481 5435 482 5334 483 5336 484 5343 485 5272 486 5217 487 5418 488 5175 489 5286 490 5294 491 5283 492 5133 493 5202 494 5293 495 5333 496 5246 497 5246 498 5246 499 5143 500 5131 501 5226 502 5221 503 5056 504 5165 505 5049 506 5183 507 4950 508 4998 509 5117 510 4860 511 5007 512 5014 513 4950 514 5047 515 5040 516 4964 517 4959 518 5001 519 4978 520 4960 521 4935 522 4969 523 4932 524 4868 525 5028 526 4980 527 5070 528 4952 529 4957 530 4935 531 4882 532 4860 533 4942 534 4880 535 4923 536 4933 537 4964 538 4893 539 4894 540 4950 541 4708 542 5028 543 4889 544 4839 545 4820 546 4903 547 4832 548 4931 549 4850 550 4906 551 4842 552 5012 553 4824 554 4819 555 4901 556 4845 557 4873 558 4797 559 5043 560 4947 561 4799 562 4838 563 4731 564 4893 565 4839 566 4726 567 4735 568 4759 569 4644 570 4767 571 4793 572 4773 573 4829 574 4682 575 4845 576 4643 577 4639 578 4702 579 4721 580 4826 581 4685 582 4762 583 4757 584 4580 585 4522 586 4668 587 4760 588 4700 589 4636 590 4745 591 4631 592 4676 593 4576 594 4654 595 4642 596 4675 597 4564 598 4642 599 4655 600 4686 601 4663 602 4574 603 4699 604 4605 605 4793 606 4740 607 4727 608 4607 609 4657 610 4598 611 4640 612 4627 613 4531 614 4638 615 4605 616 4674 617 4454 618 4478 619 4596 620 4640 621 4609 622 4623 623 4567 624 4493 625 4621 626 4496 627 4652 628 4553 629 4597 630 4524 631 4600 632 4614 633 4572 634 4535 635 4558 636 4643 637 4622 638 4623 639 4506 640 4523 641 4513 642 4571 643 4580 644 4534 645 4603 646 4480 647 4536 648 4670 649 4436 650 4529 651 4429 652 4463 653 4436 654 4395 655 4516 656 4457 657 4433 658 4508 659 4452 660 4348 661 4303 662 4397 663 4495 664 4377 665 4411 666 4532 667 4475 668 4385 669 4467 670 4338 671 4506 672 4568 673 4565 674 4450 675 4433 676 4457 677 4388 678 4527 679 4410 680 4501 681 4493 682 4568 683 4364 684 4503 685 4384 686 4389 687 4522 688 4446 689 4426 690 4484 691 4492 692 4420 693 4443 694 4499 695 4424 696 4470 697 4546 698 4510 699 4422 700 4461 701 4554 702 4474 703 4457 704 4538 705 4528 706 4477 707 4388 708 4537 709 4488 710 4491 711 4495 712 4517 713 4496 714 4566 715 4457 716 4616 717 4453 718 4565 719 4569 720 4547 721 4574 722 4464 723 4518 724 4558 725 4496 726 4489 727 4436 728 4411 729 4505 730 4539 731 4518 732 4581 733 4448 734 4462 735 4533 736 4458 737 4511 738 4462 739 4541 740 4550 741 4467 742 4539 743 4560 744 4496 745 4432 746 4404 747 4494 748 4439 749 4411 750 4449 751 4455 752 4475 753 4469 754 4439 755 4418 756 4352 757 4486 758 4480 759 4507 760 4445 761 4396 762 4376 763 4365 764 4392 765 4372 766 4329 767 4447 768 4400 769 4298 770 4457 771 4310 772 4359 773 4361 774 4408 775 4413 776 4327 777 4279 778 4345 779 4332 780 4277 781 4334 782 4414 783 4400 784 4278 785 4334 786 4310 787 4271 788 4333 789 4245 790 4201 791 4304 792 4222 793 4207 794 4354 795 4278 796 4294 797 4247 798 4248 799 4237 800 4288 801 4270 802 4284 803 4266 804 4198 805 4235 806 4223 807 4282 808 4305 809 4121 810 4137 811 4197 812 4198 813 4180 814 4234 815 4207 816 4282 817 4187 818 4108 819 4262 820 4167 821 4216 822 4114 823 4087 824 4221 825 4065 826 4225 827 4150 828 4173 829 4059 830 4163 831 4207 832 4122 833 4152 834 4217 835 4099 836 4128 837 4294 838 4169 839 4052 840 4163 841 4205 842 4088 843 4125 844 4185 845 4201 846 4187 847 4137 848 4111 849 4101 850 4087 851 4074 852 4122 853 4260 854 4160 855 4108 856 4214 857 4134 858 4216 859 4136 860 4072 861 4047 862 4061 863 4170 864 4029 865 4098 866 4042 867 3961 868 4195 869 3994 870 4182 871 3995 872 4059 873 4076 874 4123 875 4122 876 4081 877 4148 878 4070 879 3840 880 4005 881 3952 882 4050 883 3945 884 4022 885 4028 886 4015 887 4059 888 4111 889 3964 890 4001 891 3993 892 3936 893 3986 894 3879 895 3936 896 3980 897 4095 898 4081 899 4004 900 3920 901 3959 902 3884 903 4023 904 3850 905 3962 906 3867 907 3913 908 3836 909 3971 910 3948 911 3911 912 3792 913 3941 914 3919 915 3912 916 3887 917 3825 918 3853 919 3879 920 3899 921 3932 922 3802 923 3811 924 3837 925 3731 926 3868 927 3773 928 3770 929 3808 930 3891 931 3896 932 3881 933 3867 934 3805 935 3838 936 3716 937 3720 938 3680 939 3654 940 3743 941 3783 942 3716 943 3711 944 3744 945 3699 946 3714 947 3692 948 3764 949 3716 950 3702 951 3709 952 3755 953 3701 954 3754 955 3727 956 3630 957 3682 958 3703 959 3741 960 3741 961 3731 962 3661 963 3635 964 3609 965 3677 966 3674 967 3573 968 3662 969 3701 970 3584 971 3600 972 3601 973 3627 974 3639 975 3663 976 3635 977 3716 978 3578 979 3597 980 3582 981 3586 982 3666 983 3567 984 3532 985 3544 986 3588 987 3573 988 3548 989 3522 990 3591 991 3537 992 3577 993 3476 994 3525 995 3539 996 3555 997 3567 998 3542 999 3522 1000 3460 1001 3490 1002 3557 1003 3510 1004 3604 1005 3490 1006 3592 1007 3594 1008 3513 1009 3418 1010 3462 1011 3321 1012 3442 1013 3446 1014 3483 1015 3495 1016 3484 1017 3521 1018 3528 1019 3520 1020 3548 1021 3514 1022 3450 1023 3509 1024 3555 1025 3565 1026 3479 1027 3487 1028 3501 1029 3337 1030 3500 1031 3345 1032 3432 1033 3413 1034 3492 1035 3472 1036 3477 1037 3333 1038 3456 1039 3303 1040 3394 1041 3465 1042 3450 1043 3460 1044 3527 1045 3496 1046 3503 1047 3472 1048 3461 1049 3456 1050 3398 1051 3571 1052 3484 1053 3459 1054 3495 1055 3493 1056 3505 1057 3426 1058 3665 1059 3493 1060 3499 1061 3454 1062 3532 1063 3481 1064 3527 1065 3519 1066 3540 1067 3557 1068 3425 1069 3587 1070 3508 1071 3526 1072 3576 1073 3561 1074 3542 1075 3572 1076 3530 1077 3552 1078 3597 1079 3596 1080 3568 1081 3546 1082 3542 1083 3504 1084 3484 1085 3611 1086 3492 1087 3585 1088 3628 1089 3632 1090 3591 1091 3576 1092 3540 1093 3607 1094 3509 1095 3656 1096 3513 1097 3540 1098 3593 1099 3551 1100 3513 1101 3641 1102 3440 1103 3619 1104 3517 1105 3483 1106 3522 1107 3546 1108 3501 1109 3484 1110 3449 1111 3483 1112 3533 1113 3373 1114 3467 1115 3487 1116 3488 1117 3472 1118 3522 1119 3535 1120 3497 1121 3554 1122 3549 1123 3476 1124 3522 1125 3444 1126 3585 1127 3511 1128 3559 1129 3457 1130 3502 1131 3486 1132 3477 1133 3358 1134 3545 1135 3406 1136 3471 1137 3457 1138 3412