## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606209.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606209.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606209.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:51:27 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 196 114 92 21 1294590 251.009426 229.421787 27987474 FR 49 91 125 155 185 221 767 2071 4655 8783 31395 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 3 23 8 24 3 25 2 26 17 27 18 28 20 29 28 30 49 31 249 32 247 33 254 34 244 35 250 36 232 37 269 38 271 39 279 40 285 41 278 42 316 43 307 44 311 45 327 46 333 47 370 48 380 49 411 50 444 51 457 52 596 53 580 54 638 55 778 56 903 57 1020 58 1353 59 1563 60 1976 61 2388 62 2950 63 3481 64 4141 65 5194 66 6056 67 7691 68 9224 69 10790 70 13024 71 15397 72 18248 73 21171 74 23989 75 27612 76 31833 77 35492 78 39507 79 44415 80 49248 81 54873 82 60293 83 65542 84 71000 85 76495 86 82899 87 88927 88 94879 89 100224 90 106158 91 112483 92 118555 93 124649 94 130359 95 134263 96 139333 97 143833 98 148273 99 152600 100 156776 101 159912 102 162603 103 165927 104 168666 105 170402 106 171863 107 173577 108 174981 109 176009 110 175976 111 176776 112 177426 113 177262 114 177443 115 176588 116 176207 117 174764 118 174523 119 173138 120 171625 121 170478 122 168682 123 166896 124 166186 125 164772 126 162496 127 160406 128 158122 129 156302 130 154117 131 152575 132 150296 133 148065 134 145755 135 144469 136 142333 137 140232 138 138016 139 135783 140 133423 141 131671 142 129940 143 128340 144 125427 145 123729 146 121502 147 119374 148 118003 149 116401 150 114093 151 111934 152 109464 153 108264 154 106246 155 105693 156 102936 157 101160 158 99981 159 98445 160 96426 161 94744 162 93052 163 91303 164 90539 165 89021 166 87868 167 86061 168 84830 169 83960 170 82263 171 80676 172 80053 173 78798 174 77715 175 76074 176 75909 177 74387 178 73458 179 72664 180 71213 181 70014 182 69712 183 69110 184 67753 185 67106 186 66281 187 65279 188 64374 189 63551 190 62718 191 61908 192 60887 193 60306 194 59311 195 58987 196 58422 197 57204 198 56637 199 56389 200 55354 201 54621 202 54590 203 53446 204 52889 205 52148 206 51922 207 50972 208 49916 209 49701 210 48996 211 48220 212 48094 213 47338 214 47125 215 46146 216 45747 217 45113 218 44791 219 44236 220 43696 221 43079 222 42462 223 41636 224 41482 225 41130 226 40646 227 40107 228 39595 229 38906 230 38396 231 37844 232 37681 233 37190 234 36573 235 35956 236 35593 237 35372 238 34849 239 34559 240 34088 241 33624 242 33408 243 32578 244 32345 245 31643 246 31709 247 31073 248 30887 249 30439 250 29648 251 29553 252 29553 253 28804 254 28414 255 28041 256 27752 257 27372 258 27406 259 26841 260 26641 261 26263 262 26191 263 25745 264 25545 265 24881 266 24631 267 24573 268 24104 269 23800 270 23559 271 23365 272 23066 273 22873 274 22673 275 22390 276 21877 277 21866 278 21478 279 21373 280 21078 281 20922 282 20727 283 20322 284 20063 285 19998 286 19773 287 19712 288 19191 289 19021 290 18713 291 18771 292 18433 293 18402 294 18049 295 17948 296 17648 297 17440 298 17176 299 17169 300 16752 301 16899 302 16531 303 16193 304 16183 305 16139 306 15971 307 15658 308 15661 309 15311 310 15345 311 14955 312 14873 313 14561 314 14578 315 14453 316 14284 317 13984 318 13938 319 13856 320 13813 321 13744 322 13550 323 13227 324 13046 325 13070 326 12682 327 12785 328 12604 329 12436 330 12322 331 12417 332 12192 333 12017 334 11903 335 12038 336 11920 337 11681 338 11653 339 11430 340 11451 341 11196 342 11065 343 11009 344 10915 345 10518 346 10790 347 10796 348 10742 349 10512 350 10338 351 10453 352 10121 353 10269 354 10115 355 10061 356 9722 357 9747 358 9597 359 9719 360 9810 361 9557 362 9404 363 9406 364 9457 365 9511 366 9296 367 9078 368 9136 369 8992 370 8948 371 9084 372 8939 373 8848 374 8846 375 8756 376 8891 377 8779 378 8713 379 8620 380 8686 381 8537 382 8497 383 8464 384 8468 385 8408 386 8315 387 8197 388 8116 389 8027 390 8150 391 8184 392 7865 393 8091 394 7900 395 7946 396 7876 397 7832 398 7784 399 7819 400 7738 401 7720 402 7545 403 7721 404 7704 405 7487 406 7537 407 7499 408 7492 409 7401 410 7351 411 7383 412 7486 413 7382 414 7338 415 7259 416 7216 417 7255 418 7201 419 7227 420 7161 421 6950 422 7056 423 7047 424 7013 425 6915 426 7006 427 7005 428 6885 429 6734 430 6841 431 6888 432 6771 433 6806 434 6719 435 6622 436 6648 437 6691 438 6616 439 6584 440 6529 441 6458 442 6479 443 6443 444 6552 445 6454 446 6450 447 6448 448 6403 449 6329 450 6240 451 6234 452 6377 453 6271 454 6146 455 6285 456 6066 457 6083 458 6212 459 6236 460 6137 461 6073 462 6079 463 6085 464 6110 465 5888 466 6066 467 6078 468 6015 469 6072 470 5975 471 6124 472 5912 473 5971 474 5983 475 6057 476 5883 477 6001 478 5944 479 5936 480 5984 481 5791 482 5883 483 5837 484 5970 485 5815 486 5840 487 5772 488 5699 489 5870 490 5746 491 5757 492 5595 493 5709 494 5771 495 5682 496 5768 497 5599 498 5718 499 5657 500 5587 501 5641 502 5615 503 5718 504 5601 505 5586 506 5561 507 5521 508 5451 509 5496 510 5582 511 5378 512 5522 513 5473 514 5509 515 5483 516 5500 517 5508 518 5389 519 5529 520 5433 521 5325 522 5408 523 5326 524 5396 525 5411 526 5375 527 5494 528 5414 529 5424 530 5330 531 5459 532 5361 533 5446 534 5327 535 5337 536 5356 537 5320 538 5307 539 5298 540 5316 541 5378 542 5279 543 5192 544 5310 545 5345 546 5140 547 5419 548 5366 549 5173 550 5400 551 5245 552 5366 553 5315 554 5247 555 5049 556 5187 557 5219 558 5279 559 5212 560 5057 561 5194 562 5257 563 5188 564 5259 565 5138 566 5229 567 5248 568 5067 569 5264 570 5165 571 5226 572 5099 573 5285 574 5141 575 5099 576 5174 577 5242 578 5205 579 5107 580 5110 581 5075 582 4995 583 5064 584 5008 585 5118 586 5075 587 5099 588 5259 589 5021 590 5141 591 5045 592 5093 593 5125 594 5075 595 5023 596 5087 597 5054 598 5070 599 5140 600 5015 601 4903 602 5079 603 5082 604 4972 605 5041 606 5147 607 5251 608 5026 609 4916 610 5059 611 5073 612 5049 613 5061 614 5120 615 5215 616 4967 617 4963 618 4989 619 5184 620 5112 621 5158 622 5099 623 4935 624 4964 625 4908 626 4852 627 4910 628 5021 629 4988 630 4936 631 4905 632 5036 633 4972 634 4911 635 4936 636 4965 637 4959 638 5005 639 4893 640 4826 641 4920 642 4967 643 5051 644 4957 645 4939 646 4936 647 4929 648 4914 649 4836 650 4910 651 4842 652 4891 653 4860 654 4887 655 4943 656 4797 657 4857 658 4852 659 4868 660 4839 661 4913 662 4877 663 4960 664 4726 665 4809 666 4984 667 4879 668 4835 669 4796 670 4861 671 4821 672 4874 673 4845 674 4836 675 4855 676 4971 677 4917 678 4885 679 4891 680 4824 681 4835 682 4861 683 4821 684 4728 685 4862 686 4728 687 4830 688 4785 689 4846 690 4825 691 4948 692 4867 693 4972 694 4854 695 4892 696 4942 697 4893 698 4847 699 4840 700 4913 701 4907 702 4880 703 4822 704 4927 705 4862 706 4958 707 4838 708 4858 709 4918 710 4940 711 4956 712 4980 713 4981 714 4841 715 4988 716 4972 717 4902 718 4861 719 5045 720 4910 721 5072 722 4929 723 4906 724 4790 725 4920 726 4730 727 4919 728 4790 729 4775 730 5029 731 4824 732 5025 733 4851 734 4834 735 4865 736 4834 737 4905 738 4699 739 4868 740 4856 741 4930 742 4784 743 4988 744 4882 745 4914 746 4948 747 5009 748 4824 749 4814 750 4851 751 4757 752 4779 753 4755 754 4693 755 4904 756 4925 757 4799 758 4854 759 4891 760 5023 761 4864 762 4881 763 4852 764 4928 765 4786 766 4894 767 4892 768 4808 769 4736 770 4811 771 4637 772 4756 773 4740 774 4842 775 4868 776 4790 777 4702 778 4842 779 4757 780 4688 781 4798 782 4735 783 4771 784 4583 785 4540 786 4810 787 4803 788 4656 789 4685 790 4697 791 4602 792 4638 793 4503 794 4614 795 4722 796 4758 797 4666 798 4683 799 4753 800 4584 801 4583 802 4659 803 4637 804 4602 805 4581 806 4720 807 4616 808 4500 809 4598 810 4639 811 4647 812 4518 813 4596 814 4686 815 4597 816 4531 817 4583 818 4626 819 4527 820 4633 821 4515 822 4570 823 4491 824 4546 825 4599 826 4603 827 4553 828 4495 829 4456 830 4463 831 4581 832 4348 833 4433 834 4434 835 4645 836 4547 837 4597 838 4550 839 4539 840 4630 841 4612 842 4490 843 4487 844 4453 845 4598 846 4460 847 4480 848 4510 849 4685 850 4437 851 4549 852 4454 853 4581 854 4578 855 4463 856 4531 857 4505 858 4477 859 4486 860 4423 861 4547 862 4448 863 4525 864 4541 865 4559 866 4526 867 4455 868 4429 869 4339 870 4514 871 4420 872 4369 873 4373 874 4437 875 4377 876 4582 877 4497 878 4362 879 4348 880 4447 881 4432 882 4511 883 4384 884 4390 885 4413 886 4421 887 4458 888 4405 889 4336 890 4385 891 4326 892 4378 893 4411 894 4340 895 4353 896 4301 897 4219 898 4378 899 4356 900 4372 901 4193 902 4361 903 4185 904 4351 905 4409 906 4324 907 4383 908 4297 909 4295 910 4266 911 4290 912 4269 913 4374 914 4318 915 4319 916 4290 917 4245 918 4130 919 4169 920 4135 921 4243 922 4197 923 4125 924 4147 925 4134 926 4169 927 4102 928 4136 929 4147 930 4212 931 4210 932 4176 933 4153 934 4109 935 4053 936 4064 937 4091 938 4178 939 4233 940 4063 941 4109 942 4065 943 4043 944 4066 945 4111 946 4048 947 4121 948 4043 949 4056 950 4079 951 4021 952 4145 953 4072 954 4143 955 4063 956 4080 957 4068 958 4082 959 4026 960 4113 961 4051 962 4063 963 3982 964 3944 965 4081 966 3944 967 3989 968 4113 969 3915 970 3904 971 4065 972 3968 973 3903 974 3949 975 3898 976 3875 977 3960 978 3974 979 4016 980 4007 981 3976 982 3781 983 3901 984 3978 985 3854 986 3857 987 3951 988 3892 989 3963 990 3864 991 3917 992 3918 993 3913 994 3911 995 3827 996 3947 997 3916 998 3838 999 3750 1000 3797 1001 3799 1002 3919 1003 3899 1004 3904 1005 3915 1006 3868 1007 3932 1008 3888 1009 3889 1010 3865 1011 3808 1012 3849 1013 3891 1014 3702 1015 3939 1016 3774 1017 3904 1018 3880 1019 3892 1020 3829 1021 3872 1022 3785 1023 3834 1024 3790 1025 3750 1026 3749 1027 3755 1028 3855 1029 3774 1030 3671 1031 3749 1032 3721 1033 3778 1034 3806 1035 3790 1036 3804 1037 3798 1038 3775 1039 3810 1040 3731 1041 3808 1042 3701 1043 3718 1044 3646 1045 3829 1046 3776 1047 3866 1048 3790 1049 3928 1050 3793 1051 3746 1052 3743 1053 3804 1054 3838 1055 3835 1056 3792 1057 3825 1058 3927 1059 3899 1060 4031 1061 3782 1062 3732 1063 3876 1064 3848 1065 3864 1066 3813 1067 3903 1068 3793 1069 3939 1070 3780 1071 3907 1072 3851 1073 3879 1074 3851 1075 3890 1076 3905 1077 3892 1078 3888 1079 3884 1080 3930 1081 3913 1082 3915 1083 3897 1084 3778 1085 3824 1086 4014 1087 3852 1088 3921 1089 3896 1090 3935 1091 4016 1092 3963 1093 3870 1094 3882 1095 3838 1096 3934 1097 3840 1098 3950 1099 3883 1100 3971 1101 3892 1102 3867 1103 3846 1104 3795 1105 3771 1106 3855 1107 3878 1108 3843 1109 3832 1110 3880 1111 3853 1112 3881 1113 3670 1114 3901 1115 3812 1116 3817