## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606208.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606208.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606208.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:17:09 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 198 114 92 21 1024984 252.358569 229.259251 22006653 FR 49 91 127 157 185 223 741 2033 4595 8703 31275 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 4 23 5 24 5 25 9 26 8 27 12 28 15 29 10 30 30 31 183 32 207 33 171 34 167 35 218 36 195 37 192 38 230 39 213 40 243 41 232 42 258 43 222 44 285 45 262 46 248 47 280 48 317 49 320 50 316 51 401 52 434 53 465 54 540 55 617 56 683 57 873 58 982 59 1143 60 1412 61 1722 62 2105 63 2475 64 2931 65 3657 66 4323 67 5301 68 6351 69 7742 70 9270 71 11051 72 12807 73 15021 74 17385 75 19726 76 22325 77 25602 78 28526 79 32183 80 35349 81 39637 82 43759 83 48238 84 52291 85 56680 86 60635 87 65411 88 69997 89 74362 90 79383 91 83807 92 88569 93 93389 94 98324 95 102106 96 105501 97 108577 98 112624 99 115836 100 118900 101 122376 102 124882 103 127690 104 129549 105 131833 106 133200 107 134338 108 135196 109 136022 110 135846 111 137672 112 137369 113 138352 114 138543 115 138524 116 137909 117 137438 118 136636 119 134805 120 134438 121 133285 122 131570 123 130763 124 130982 125 129552 126 128393 127 126629 128 125569 129 123424 130 121923 131 120315 132 118336 133 117425 134 115903 135 114760 136 112976 137 111290 138 109072 139 107803 140 106179 141 104311 142 102870 143 100957 144 100009 145 97805 146 97086 147 95398 148 94579 149 92944 150 91071 151 89490 152 87907 153 85830 154 84952 155 83713 156 82241 157 80939 158 79997 159 78553 160 77815 161 76131 162 75221 163 73434 164 72414 165 71001 166 70278 167 69766 168 68563 169 67489 170 66316 171 65547 172 64463 173 63303 174 62467 175 61597 176 60578 177 59950 178 59105 179 58684 180 57292 181 56645 182 56090 183 55578 184 54544 185 53928 186 52730 187 52391 188 51901 189 51240 190 50520 191 49743 192 49289 193 48605 194 48174 195 47202 196 47307 197 46545 198 45555 199 45234 200 44769 201 44244 202 43796 203 43227 204 42932 205 42066 206 41498 207 40751 208 40750 209 40368 210 39795 211 39372 212 38376 213 38128 214 37944 215 37577 216 36362 217 36508 218 36020 219 35533 220 35232 221 34625 222 34239 223 33606 224 33658 225 32998 226 32559 227 32400 228 31973 229 31432 230 30881 231 31014 232 30718 233 30197 234 29767 235 29335 236 28920 237 28399 238 28304 239 27875 240 27456 241 27181 242 26688 243 26440 244 25952 245 25910 246 25678 247 25232 248 25172 249 24647 250 24376 251 24211 252 23800 253 23622 254 23272 255 22969 256 22791 257 22353 258 22262 259 21907 260 21590 261 21235 262 21234 263 20457 264 20826 265 20400 266 20042 267 19846 268 19647 269 19390 270 19088 271 19058 272 18825 273 18429 274 18395 275 18136 276 17595 277 17810 278 17625 279 17383 280 17257 281 17122 282 16887 283 16606 284 16257 285 16218 286 16100 287 16127 288 15484 289 15211 290 15481 291 14996 292 14910 293 15008 294 14523 295 14337 296 14227 297 14055 298 13984 299 13910 300 13637 301 13571 302 13496 303 13152 304 12929 305 12987 306 12957 307 12543 308 12605 309 12239 310 12408 311 12178 312 12080 313 11799 314 11804 315 11600 316 11389 317 11327 318 11241 319 11176 320 10989 321 10641 322 10960 323 10730 324 10726 325 10705 326 10310 327 10408 328 10033 329 9972 330 9993 331 9842 332 10053 333 9724 334 9499 335 9460 336 9420 337 9398 338 9280 339 9052 340 9079 341 9150 342 9080 343 9024 344 8819 345 8758 346 8679 347 8495 348 8399 349 8538 350 8471 351 8343 352 8090 353 8301 354 8107 355 7991 356 7799 357 7803 358 7778 359 7824 360 7758 361 7701 362 7591 363 7572 364 7591 365 7354 366 7565 367 7277 368 7468 369 7305 370 7420 371 7115 372 7065 373 7004 374 7162 375 6995 376 7017 377 6925 378 6846 379 6855 380 6910 381 6818 382 6642 383 6817 384 6650 385 6578 386 6609 387 6623 388 6587 389 6375 390 6503 391 6386 392 6279 393 6321 394 6258 395 6262 396 6392 397 6223 398 6205 399 6367 400 5944 401 6149 402 5993 403 6160 404 6012 405 5833 406 6055 407 5798 408 5930 409 5951 410 5931 411 6014 412 5893 413 5904 414 5704 415 5812 416 5692 417 5708 418 5696 419 5649 420 5727 421 5642 422 5731 423 5591 424 5562 425 5692 426 5534 427 5522 428 5513 429 5453 430 5425 431 5361 432 5474 433 5311 434 5367 435 5309 436 5282 437 5270 438 5227 439 5221 440 5186 441 5184 442 5248 443 5062 444 5163 445 5103 446 5062 447 5201 448 5025 449 5064 450 5023 451 4968 452 5023 453 4932 454 5063 455 4945 456 4979 457 5069 458 4912 459 4925 460 4720 461 4939 462 4791 463 4705 464 4864 465 4807 466 4837 467 4681 468 4846 469 4717 470 4660 471 4767 472 4663 473 4757 474 4666 475 4700 476 4542 477 4755 478 4699 479 4693 480 4523 481 4688 482 4622 483 4636 484 4636 485 4762 486 4665 487 4579 488 4577 489 4679 490 4505 491 4531 492 4593 493 4578 494 4562 495 4544 496 4526 497 4544 498 4573 499 4509 500 4350 501 4459 502 4393 503 4508 504 4446 505 4453 506 4312 507 4374 508 4493 509 4348 510 4385 511 4381 512 4369 513 4289 514 4316 515 4265 516 4391 517 4361 518 4276 519 4339 520 4312 521 4296 522 4307 523 4320 524 4270 525 4254 526 4237 527 4391 528 4313 529 4331 530 4214 531 4145 532 4169 533 4255 534 4264 535 4347 536 4297 537 4259 538 4259 539 4201 540 4213 541 4217 542 4238 543 4256 544 4128 545 4252 546 4059 547 4192 548 4216 549 4195 550 4199 551 4151 552 4228 553 4090 554 4104 555 4090 556 3987 557 4044 558 4133 559 4147 560 4070 561 4145 562 4210 563 4128 564 4118 565 4188 566 4063 567 4096 568 4155 569 4072 570 4060 571 4187 572 4183 573 4075 574 4169 575 4246 576 4003 577 4018 578 4044 579 4120 580 4030 581 4063 582 4095 583 4200 584 4050 585 3966 586 4031 587 4086 588 4006 589 3901 590 4081 591 4030 592 4034 593 4015 594 3982 595 3961 596 3943 597 3955 598 4078 599 4071 600 4018 601 4032 602 4073 603 4023 604 3944 605 4031 606 4026 607 4098 608 3958 609 4037 610 4054 611 4017 612 3946 613 4109 614 3993 615 3933 616 3973 617 4113 618 4001 619 3930 620 3993 621 3869 622 3885 623 3998 624 4073 625 4006 626 4029 627 3877 628 3870 629 3946 630 3888 631 3917 632 3851 633 3830 634 3911 635 3939 636 3972 637 3844 638 3894 639 3943 640 3903 641 3978 642 3893 643 3819 644 3908 645 3810 646 3806 647 4025 648 3823 649 3817 650 3768 651 3875 652 3994 653 3731 654 3863 655 3901 656 3812 657 3811 658 3811 659 3808 660 3845 661 3860 662 3894 663 3820 664 3813 665 3924 666 3926 667 3721 668 3810 669 3803 670 3921 671 3752 672 3873 673 3924 674 3815 675 3769 676 3907 677 3819 678 3812 679 3904 680 3853 681 3931 682 3794 683 3845 684 3797 685 3810 686 4009 687 3816 688 3827 689 3773 690 3849 691 3811 692 3784 693 3778 694 3814 695 3745 696 3826 697 3915 698 3982 699 3830 700 3896 701 3860 702 3803 703 3816 704 3925 705 3879 706 3896 707 3998 708 3914 709 3811 710 3949 711 3839 712 3938 713 3886 714 3979 715 3874 716 3813 717 3911 718 3976 719 3988 720 3902 721 3923 722 3957 723 3903 724 3750 725 3819 726 3931 727 3922 728 3801 729 3888 730 3788 731 3733 732 3916 733 3850 734 3878 735 3911 736 3799 737 3841 738 3775 739 3876 740 3987 741 3903 742 3942 743 3969 744 3840 745 3903 746 3936 747 3955 748 3731 749 3727 750 3851 751 3747 752 3843 753 3690 754 3859 755 3825 756 3865 757 3716 758 3711 759 3843 760 3826 761 3834 762 3769 763 3670 764 3719 765 3828 766 3762 767 3800 768 3904 769 3782 770 3758 771 3888 772 3757 773 3838 774 3746 775 3699 776 3742 777 3690 778 3702 779 3728 780 3745 781 3705 782 3693 783 3697 784 3689 785 3708 786 3798 787 3765 788 3704 789 3619 790 3658 791 3696 792 3698 793 3714 794 3564 795 3690 796 3637 797 3652 798 3608 799 3771 800 3653 801 3726 802 3694 803 3584 804 3618 805 3639 806 3638 807 3722 808 3551 809 3585 810 3670 811 3688 812 3645 813 3573 814 3603 815 3538 816 3540 817 3589 818 3637 819 3597 820 3566 821 3587 822 3673 823 3561 824 3577 825 3622 826 3621 827 3582 828 3658 829 3528 830 3531 831 3611 832 3489 833 3627 834 3567 835 3510 836 3666 837 3590 838 3616 839 3572 840 3611 841 3670 842 3636 843 3531 844 3507 845 3617 846 3586 847 3435 848 3576 849 3638 850 3526 851 3652 852 3617 853 3577 854 3510 855 3473 856 3621 857 3619 858 3502 859 3482 860 3471 861 3460 862 3668 863 3551 864 3627 865 3521 866 3495 867 3517 868 3595 869 3415 870 3602 871 3474 872 3382 873 3454 874 3523 875 3557 876 3525 877 3546 878 3429 879 3490 880 3459 881 3369 882 3455 883 3478 884 3404 885 3505 886 3426 887 3439 888 3307 889 3427 890 3429 891 3319 892 3345 893 3378 894 3421 895 3426 896 3464 897 3458 898 3292 899 3458 900 3377 901 3327 902 3430 903 3283 904 3358 905 3404 906 3299 907 3349 908 3336 909 3344 910 3281 911 3399 912 3541 913 3487 914 3210 915 3353 916 3301 917 3298 918 3324 919 3271 920 3255 921 3316 922 3324 923 3224 924 3271 925 3260 926 3338 927 3195 928 3256 929 3244 930 3263 931 3211 932 3090 933 3332 934 3275 935 3225 936 3124 937 3246 938 3248 939 3179 940 3205 941 3242 942 3250 943 3205 944 3219 945 3213 946 3198 947 3233 948 3239 949 3132 950 3274 951 3226 952 3231 953 3248 954 3160 955 3270 956 3173 957 3179 958 3193 959 3252 960 3232 961 3242 962 3179 963 3091 964 3113 965 3159 966 3165 967 3078 968 3154 969 3097 970 3135 971 3188 972 3142 973 3151 974 3106 975 3103 976 3207 977 3142 978 3058 979 3138 980 3092 981 3106 982 3152 983 3049 984 3075 985 2975 986 3100 987 3104 988 2988 989 3164 990 2975 991 2967 992 3044 993 3055 994 3041 995 2969 996 3027 997 2968 998 3022 999 3075 1000 3047 1001 3126 1002 3075 1003 3041 1004 3094 1005 3021 1006 3008 1007 3057 1008 3014 1009 2934 1010 2961 1011 3072 1012 3080 1013 2977 1014 2965 1015 3004 1016 3034 1017 3012 1018 3067 1019 2989 1020 3000 1021 3048 1022 2952 1023 3033 1024 2899 1025 3012 1026 2995 1027 3016 1028 3062 1029 2976 1030 3059 1031 3004 1032 2879 1033 2940 1034 3044 1035 2994 1036 2987 1037 3006 1038 2918 1039 3034 1040 2975 1041 2868 1042 2951 1043 2928 1044 3039 1045 2954 1046 3003 1047 2910 1048 2983 1049 2975 1050 3015 1051 2965 1052 3029 1053 2979 1054 2917 1055 2954 1056 2872 1057 2997 1058 3030 1059 3023 1060 3072 1061 2983 1062 2991 1063 2985 1064 2981 1065 3006 1066 2940 1067 3050 1068 2959 1069 2977 1070 3007 1071 3079 1072 3109 1073 3075 1074 3087 1075 3019 1076 3031 1077 3021 1078 3081 1079 3115 1080 3056 1081 3100 1082 2943 1083 2993 1084 3075 1085 3025 1086 3025 1087 3082 1088 3051 1089 2978 1090 3019 1091 3127 1092 3093 1093 3040 1094 3097 1095 3058 1096 3028 1097 3126 1098 3124 1099 3089 1100 3025 1101 3016 1102 3055 1103 2966 1104 2948 1105 2982 1106 2942 1107 3050 1108 2987 1109 2982 1110 3003 1111 2880 1112 2973 1113 2891 1114 2957 1115 3028 1116 3027 1117 3053 1118 2960