## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606207.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606207.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606207.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:14:50 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 205 118 96 21 1203307 263.930047 240.801522 29658459 FR 49 93 129 161 193 233 777 2091 4721 8901 31783 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 4 23 4 24 11 25 6 26 14 27 19 28 10 29 18 30 38 31 255 32 245 33 246 34 272 35 231 36 249 37 279 38 270 39 290 40 277 41 272 42 268 43 274 44 310 45 332 46 333 47 339 48 362 49 363 50 431 51 476 52 481 53 496 54 542 55 715 56 760 57 921 58 1102 59 1261 60 1516 61 1864 62 2319 63 2800 64 3272 65 3941 66 4828 67 5880 68 7075 69 8616 70 10232 71 12019 72 14048 73 16502 74 19080 75 21526 76 24715 77 27882 78 31263 79 35136 80 39329 81 43231 82 48005 83 52498 84 56817 85 61418 86 66391 87 71410 88 76891 89 82005 90 86984 91 92623 92 98208 93 104105 94 108878 95 113228 96 118867 97 123000 98 126796 99 131573 100 136805 101 140147 102 145118 103 148172 104 152383 105 154161 106 156520 107 158688 108 160879 109 163190 110 165551 111 167220 112 168025 113 170411 114 170107 115 171541 116 171397 117 171168 118 171827 119 171771 120 171272 121 170948 122 171010 123 170917 124 170044 125 169145 126 167215 127 166240 128 165561 129 164259 130 163097 131 162104 132 160254 133 158533 134 157088 135 155770 136 154375 137 152161 138 150520 139 147921 140 146092 141 144042 142 143180 143 142403 144 140165 145 138184 146 135875 147 133752 148 132126 149 130853 150 128232 151 126350 152 124606 153 123798 154 121129 155 119961 156 117881 157 116149 158 115475 159 112718 160 111710 161 109403 162 107857 163 106453 164 105104 165 104236 166 102156 167 100452 168 99086 169 97973 170 96470 171 94844 172 93197 173 92181 174 90965 175 89811 176 89069 177 87483 178 85927 179 84673 180 83821 181 82000 182 81309 183 80096 184 79566 185 78249 186 77086 187 76906 188 75315 189 73880 190 73525 191 72645 192 71674 193 71039 194 69969 195 69621 196 68136 197 66968 198 66941 199 65743 200 65181 201 63697 202 62703 203 62776 204 61525 205 61075 206 60644 207 59843 208 59109 209 58239 210 58097 211 56937 212 56270 213 55802 214 54998 215 54554 216 53443 217 52806 218 52522 219 51591 220 51368 221 50623 222 49590 223 49282 224 48190 225 48398 226 47669 227 47064 228 46281 229 45543 230 45389 231 44551 232 44152 233 43941 234 43223 235 42617 236 41879 237 41838 238 41305 239 40595 240 40032 241 39496 242 38865 243 38626 244 38304 245 38006 246 37489 247 36937 248 36522 249 35972 250 35574 251 34977 252 34878 253 34647 254 33585 255 33213 256 32601 257 32454 258 32331 259 32158 260 31743 261 30879 262 30823 263 30061 264 29977 265 29737 266 29274 267 28694 268 28442 269 28177 270 28104 271 27517 272 27355 273 26870 274 26719 275 26052 276 25966 277 25733 278 25472 279 25091 280 24862 281 24507 282 24209 283 24032 284 23486 285 23502 286 23191 287 22708 288 22827 289 22325 290 22095 291 21777 292 21534 293 21334 294 21059 295 20727 296 20696 297 20262 298 20056 299 20136 300 19715 301 19385 302 19389 303 19188 304 19024 305 18685 306 18776 307 18312 308 18092 309 17600 310 17598 311 17484 312 17497 313 17003 314 16925 315 16728 316 16677 317 16323 318 16310 319 16112 320 15885 321 15608 322 15416 323 15460 324 15330 325 14903 326 15095 327 14878 328 14469 329 14343 330 14484 331 14019 332 14077 333 13907 334 13832 335 13789 336 13420 337 13449 338 13232 339 13039 340 13070 341 12800 342 12665 343 12735 344 12605 345 12469 346 12184 347 12387 348 12030 349 11837 350 11814 351 11880 352 11707 353 11678 354 11242 355 11306 356 11405 357 11228 358 11173 359 11185 360 10775 361 10624 362 10894 363 10653 364 10752 365 10401 366 10505 367 10309 368 10258 369 10243 370 10127 371 9986 372 10014 373 9844 374 9915 375 9672 376 9931 377 9636 378 9708 379 9535 380 9613 381 9507 382 9332 383 9403 384 9233 385 9297 386 9164 387 9128 388 9109 389 9065 390 8854 391 8777 392 8930 393 8898 394 8659 395 8745 396 8683 397 8661 398 8481 399 8502 400 8503 401 8432 402 8287 403 8466 404 8458 405 8122 406 8409 407 8546 408 8244 409 8058 410 8151 411 8134 412 8133 413 8014 414 7943 415 7991 416 7914 417 7831 418 7811 419 7733 420 7670 421 7613 422 7572 423 7600 424 7641 425 7657 426 7747 427 7494 428 7558 429 7449 430 7498 431 7406 432 7388 433 7468 434 7130 435 7226 436 7337 437 7218 438 7085 439 7115 440 7261 441 7107 442 7167 443 7129 444 7131 445 7033 446 7029 447 6935 448 7021 449 6920 450 6940 451 6886 452 6835 453 6925 454 6662 455 6753 456 6656 457 6619 458 6787 459 6511 460 6660 461 6543 462 6634 463 6615 464 6584 465 6485 466 6435 467 6458 468 6649 469 6437 470 6406 471 6419 472 6467 473 6326 474 6365 475 6384 476 6376 477 6368 478 6125 479 6209 480 6380 481 6251 482 6411 483 6252 484 6499 485 6432 486 6262 487 6329 488 6276 489 6313 490 6165 491 6158 492 6279 493 6265 494 6234 495 6133 496 6222 497 6131 498 6032 499 6121 500 6075 501 6177 502 6032 503 6051 504 5951 505 6064 506 5978 507 5847 508 5921 509 5990 510 5862 511 5939 512 5918 513 5891 514 5738 515 5854 516 5897 517 6023 518 5770 519 5870 520 5697 521 5852 522 5693 523 5802 524 5796 525 5703 526 5721 527 5837 528 5818 529 5725 530 5810 531 5808 532 5771 533 5752 534 5848 535 5637 536 5819 537 5759 538 5708 539 5696 540 5730 541 5637 542 5717 543 5741 544 5728 545 5712 546 5674 547 5790 548 5646 549 5583 550 5817 551 5609 552 5651 553 5528 554 5519 555 5588 556 5543 557 5473 558 5579 559 5505 560 5471 561 5501 562 5419 563 5515 564 5653 565 5578 566 5635 567 5348 568 5515 569 5439 570 5448 571 5437 572 5579 573 5456 574 5477 575 5423 576 5493 577 5351 578 5381 579 5310 580 5545 581 5259 582 5436 583 5445 584 5393 585 5426 586 5335 587 5405 588 5413 589 5319 590 5444 591 5374 592 5558 593 5442 594 5311 595 5469 596 5420 597 5373 598 5359 599 5454 600 5433 601 5226 602 5375 603 5247 604 5226 605 5214 606 5318 607 5271 608 5240 609 5268 610 5366 611 5365 612 5373 613 5407 614 5501 615 5423 616 5391 617 5281 618 5391 619 5389 620 5389 621 5248 622 5357 623 5326 624 5363 625 5283 626 5322 627 5338 628 5368 629 5422 630 5361 631 5277 632 5322 633 5268 634 5267 635 5200 636 5266 637 5064 638 5238 639 5225 640 5221 641 5217 642 5108 643 5300 644 5326 645 5261 646 5203 647 5141 648 5151 649 5184 650 5155 651 5153 652 5173 653 5134 654 5093 655 5216 656 5247 657 5193 658 5025 659 5156 660 4988 661 5023 662 5153 663 5098 664 5094 665 5023 666 5124 667 5176 668 5056 669 5137 670 5251 671 5098 672 5200 673 5183 674 5215 675 5141 676 5170 677 5007 678 5166 679 5138 680 5084 681 5104 682 5204 683 5193 684 5147 685 5247 686 5100 687 4976 688 5114 689 5110 690 5156 691 5154 692 5150 693 5087 694 5046 695 5117 696 5258 697 5246 698 5220 699 5163 700 5204 701 5051 702 5109 703 5058 704 5176 705 5089 706 5098 707 5054 708 5111 709 5122 710 5211 711 5208 712 5151 713 5239 714 5185 715 5149 716 5180 717 5132 718 5199 719 5372 720 5202 721 5255 722 5115 723 5320 724 5351 725 5274 726 5205 727 5241 728 5302 729 5287 730 5177 731 5220 732 5140 733 5189 734 5132 735 5204 736 5285 737 5121 738 5187 739 5120 740 5136 741 5208 742 5021 743 5100 744 5071 745 5074 746 5141 747 5293 748 5094 749 5118 750 5004 751 4978 752 5114 753 5133 754 5131 755 5160 756 5135 757 5147 758 5092 759 5219 760 5171 761 5229 762 5195 763 5249 764 5143 765 5116 766 5049 767 5048 768 4991 769 5018 770 5075 771 5122 772 5035 773 5041 774 5089 775 5048 776 4903 777 5081 778 5092 779 4997 780 4996 781 4998 782 5022 783 4986 784 5060 785 5120 786 4900 787 5062 788 4911 789 4975 790 5074 791 4952 792 4903 793 4958 794 4935 795 4878 796 4869 797 4838 798 4794 799 4866 800 4956 801 4816 802 4890 803 4951 804 4839 805 4957 806 5061 807 4890 808 4889 809 4927 810 4945 811 4955 812 4909 813 4822 814 4954 815 4883 816 4896 817 4827 818 4918 819 4803 820 4722 821 4783 822 4858 823 4737 824 4797 825 4918 826 4825 827 4849 828 4849 829 4709 830 4860 831 4887 832 4808 833 4801 834 4725 835 4869 836 4789 837 4775 838 4760 839 4858 840 4858 841 4676 842 4770 843 4800 844 4696 845 4761 846 4767 847 4792 848 4780 849 4831 850 4784 851 4728 852 4772 853 4882 854 4766 855 4829 856 4706 857 4861 858 4833 859 4752 860 4721 861 4749 862 4630 863 4791 864 4859 865 4723 866 4766 867 4810 868 4626 869 4724 870 4679 871 4769 872 4691 873 4670 874 4726 875 4728 876 4627 877 4704 878 4615 879 4645 880 4748 881 4787 882 4693 883 4560 884 4756 885 4666 886 4746 887 4738 888 4707 889 4646 890 4700 891 4591 892 4642 893 4576 894 4466 895 4568 896 4485 897 4547 898 4591 899 4557 900 4499 901 4648 902 4624 903 4483 904 4559 905 4529 906 4570 907 4481 908 4516 909 4609 910 4576 911 4488 912 4531 913 4505 914 4450 915 4522 916 4393 917 4427 918 4457 919 4585 920 4504 921 4576 922 4363 923 4510 924 4322 925 4401 926 4345 927 4443 928 4469 929 4334 930 4423 931 4479 932 4410 933 4398 934 4419 935 4346 936 4330 937 4325 938 4275 939 4449 940 4285 941 4347 942 4392 943 4420 944 4254 945 4429 946 4514 947 4410 948 4340 949 4357 950 4472 951 4383 952 4377 953 4355 954 4305 955 4386 956 4241 957 4293 958 4288 959 4328 960 4264 961 4284 962 4315 963 4335 964 4213 965 4447 966 4290 967 4285 968 4303 969 4406 970 4239 971 4275 972 4320 973 4341 974 4265 975 4348 976 4256 977 4241 978 4235 979 4273 980 4219 981 4268 982 4226 983 4075 984 4130 985 4284 986 4249 987 4177 988 4195 989 4195 990 4256 991 4209 992 4227 993 4179 994 4155 995 4127 996 4139 997 4058 998 4163 999 4164 1000 4114 1001 4036 1002 4160 1003 4211 1004 4123 1005 4177 1006 4204 1007 4145 1008 4130 1009 4189 1010 4103 1011 4165 1012 4042 1013 4036 1014 4164 1015 4201 1016 4153 1017 4153 1018 4215 1019 4154 1020 4095 1021 4154 1022 4063 1023 4074 1024 4138 1025 4133 1026 4073 1027 4139 1028 4021 1029 4013 1030 4046 1031 4051 1032 3998 1033 3941 1034 4120 1035 4166 1036 4012 1037 3945 1038 4094 1039 4139 1040 4069 1041 3979 1042 4034 1043 3994 1044 4049 1045 3939 1046 4053 1047 4034 1048 3894 1049 4016 1050 4011 1051 3973 1052 4117 1053 4080 1054 4029 1055 4109 1056 4010 1057 4056 1058 4074 1059 4082 1060 4032 1061 3939 1062 4089 1063 4038 1064 4082 1065 4048 1066 4165 1067 4160 1068 4202 1069 4146 1070 4131 1071 4151 1072 4125 1073 4054 1074 4238 1075 4135 1076 4112 1077 4054 1078 3986 1079 3921 1080 3996 1081 4019 1082 4038 1083 4111 1084 4094 1085 4121 1086 4125 1087 4106 1088 4236 1089 4089 1090 4024 1091 4154 1092 4009 1093 4063 1094 4106 1095 4108 1096 4115 1097 4026 1098 4130 1099 4026 1100 4098 1101 3993 1102 4021 1103 4155 1104 4148 1105 4076 1106 4018 1107 4110 1108 4016 1109 4024 1110 4038 1111 4035 1112 4013 1113 4010 1114 3988 1115 3981 1116 4037 1117 4074 1118 4043 1119 3989 1120 4003 1121 4010 1122 4057 1123 4069 1124 3977 1125 3977 1126 4056 1127 4093 1128 4041 1129 4002 1130 4113 1131 4059 1132 4035 1133 3938 1134 4073 1135 4023 1136 4057 1137 3922 1138 3931 1139 3876 1140 3891 1141 3951 1142 3980 1143 4077 1144 3973 1145 4055 1146 3935 1147 3905 1148 3898 1149 4033 1150 3876 1151 3870 1152 3882 1153 3938 1154 3884 1155 3814 1156 3966 1157 3816 1158 3857 1159 3921 1160 3884 1161 3877 1162 3865 1163 3784 1164 3854 1165 3842