## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606206.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606206.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606206.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:45:12 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 115 92 21 1061976 253.638269 228.759846 33586050 FR 47 89 125 157 185 223 743 2051 4623 8661 30625 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 4 22 4 23 2 24 9 25 4 26 13 27 20 28 12 29 31 30 43 31 278 32 253 33 300 34 282 35 289 36 271 37 303 38 326 39 295 40 300 41 321 42 338 43 340 44 369 45 355 46 364 47 398 48 431 49 432 50 456 51 484 52 603 53 542 54 638 55 770 56 832 57 1055 58 1245 59 1435 60 1759 61 2104 62 2728 63 3229 64 3840 65 4791 66 5603 67 6929 68 8504 69 10115 70 12296 71 14587 72 17123 73 20314 74 23095 75 26794 76 30570 77 34575 78 38933 79 43411 80 48468 81 53826 82 59696 83 65482 84 70996 85 77251 86 83454 87 89574 88 96285 89 102506 90 109598 91 116033 92 122936 93 130062 94 136421 95 142441 96 148097 97 153650 98 159534 99 163828 100 168763 101 173976 102 177687 103 183063 104 185827 105 189291 106 192499 107 194422 108 196526 109 198065 110 200935 111 201713 112 202904 113 204006 114 204355 115 205056 116 204638 117 204347 118 204258 119 202253 120 202403 121 201920 122 200556 123 199869 124 198118 125 196971 126 195188 127 193550 128 191931 129 190373 130 187983 131 186449 132 183756 133 181391 134 179613 135 177963 136 176482 137 173389 138 170870 139 167832 140 166445 141 163319 142 161926 143 159940 144 157580 145 155057 146 152428 147 150202 148 148110 149 146005 150 143450 151 141384 152 139816 153 137225 154 135283 155 133489 156 131021 157 128258 158 127525 159 124381 160 123221 161 121923 162 119360 163 116804 164 116526 165 113809 166 112307 167 110791 168 108718 169 107149 170 105824 171 103941 172 102328 173 101597 174 99630 175 98594 176 96772 177 95483 178 94569 179 93071 180 91509 181 90128 182 88548 183 87830 184 87057 185 85794 186 84595 187 83941 188 82641 189 81101 190 80253 191 79672 192 78068 193 77351 194 76161 195 75797 196 74766 197 73928 198 72752 199 72021 200 70732 201 70577 202 68878 203 68185 204 67649 205 66518 206 66142 207 65364 208 64335 209 63432 210 62921 211 61895 212 61498 213 60440 214 60200 215 59037 216 58550 217 57647 218 57364 219 56132 220 55930 221 54580 222 54197 223 53450 224 53007 225 52220 226 52110 227 51099 228 50740 229 49254 230 49166 231 48273 232 47973 233 47549 234 46714 235 46303 236 45920 237 44912 238 44646 239 44084 240 43407 241 42643 242 42655 243 41867 244 41306 245 40641 246 40443 247 39690 248 39276 249 38796 250 38416 251 37801 252 37276 253 37007 254 36688 255 35928 256 35662 257 35292 258 34644 259 34297 260 34242 261 32905 262 33143 263 32620 264 32323 265 31850 266 31697 267 31364 268 30627 269 30417 270 30115 271 29601 272 29401 273 28752 274 28797 275 28427 276 27859 277 27662 278 27279 279 27164 280 26688 281 26097 282 26158 283 25830 284 25734 285 25237 286 24998 287 24642 288 24386 289 23942 290 23952 291 23671 292 22964 293 23083 294 22533 295 22459 296 22230 297 21999 298 21763 299 21390 300 21179 301 21161 302 20840 303 20793 304 20347 305 20368 306 19975 307 19635 308 19479 309 19383 310 19157 311 19048 312 18644 313 18791 314 18209 315 18178 316 17807 317 17708 318 17440 319 17279 320 17201 321 16705 322 16979 323 16607 324 16506 325 16289 326 16071 327 15798 328 15793 329 15433 330 15377 331 15442 332 15389 333 15156 334 14723 335 14777 336 14649 337 14503 338 14192 339 14254 340 14011 341 13983 342 14032 343 13840 344 13532 345 13491 346 13387 347 13229 348 12939 349 13102 350 12822 351 13006 352 12597 353 12588 354 12486 355 12433 356 12243 357 12155 358 12199 359 12010 360 11991 361 11723 362 11688 363 11600 364 11620 365 11522 366 11453 367 11163 368 11165 369 11201 370 11058 371 11067 372 10808 373 10939 374 10876 375 10650 376 10610 377 10641 378 10483 379 10520 380 10447 381 10413 382 10350 383 10235 384 10021 385 10098 386 10082 387 9987 388 9864 389 9720 390 9792 391 9664 392 9729 393 9784 394 9554 395 9483 396 9426 397 9546 398 9279 399 9352 400 9292 401 9196 402 9368 403 9159 404 9157 405 9088 406 9139 407 9102 408 9170 409 9000 410 8893 411 8842 412 8830 413 8851 414 8875 415 8695 416 8678 417 8767 418 8574 419 8550 420 8620 421 8626 422 8517 423 8366 424 8539 425 8476 426 8383 427 8242 428 8058 429 8104 430 8346 431 8123 432 8139 433 8100 434 8164 435 8113 436 8024 437 7737 438 7997 439 7892 440 7885 441 7877 442 7769 443 7752 444 7812 445 7622 446 7598 447 7601 448 7590 449 7654 450 7538 451 7573 452 7587 453 7730 454 7539 455 7612 456 7395 457 7506 458 7454 459 7408 460 7289 461 7210 462 7340 463 7492 464 7238 465 7326 466 7079 467 7272 468 7251 469 7174 470 7291 471 7139 472 7084 473 7136 474 7043 475 7156 476 7005 477 7170 478 6974 479 7124 480 7035 481 6901 482 6950 483 7029 484 6958 485 6842 486 6953 487 7010 488 6907 489 6986 490 6894 491 6909 492 6649 493 6850 494 6831 495 6835 496 6734 497 6782 498 6872 499 6717 500 6711 501 6633 502 6713 503 6829 504 6684 505 6663 506 6599 507 6655 508 6531 509 6647 510 6710 511 6410 512 6548 513 6416 514 6606 515 6548 516 6670 517 6553 518 6425 519 6378 520 6449 521 6438 522 6445 523 6518 524 6613 525 6391 526 6456 527 6421 528 6521 529 6539 530 6441 531 6481 532 6410 533 6374 534 6409 535 6380 536 6406 537 6334 538 6145 539 6312 540 6422 541 6452 542 6445 543 6312 544 6165 545 6364 546 6271 547 6262 548 6285 549 6437 550 6367 551 6301 552 6152 553 6171 554 6169 555 6236 556 6232 557 6272 558 6215 559 6127 560 6132 561 6149 562 6146 563 6149 564 6295 565 6188 566 6101 567 5960 568 6259 569 6210 570 6047 571 6242 572 6231 573 6057 574 6302 575 6086 576 6031 577 6018 578 6175 579 6101 580 6002 581 6109 582 6140 583 5992 584 6152 585 5995 586 5987 587 6067 588 6037 589 5912 590 5991 591 6090 592 6120 593 6137 594 6000 595 5982 596 5997 597 6110 598 5947 599 6036 600 5999 601 5817 602 6101 603 5967 604 5937 605 6065 606 6133 607 6064 608 6051 609 6060 610 5927 611 6140 612 5974 613 6044 614 6010 615 5944 616 6023 617 6119 618 5978 619 5958 620 5998 621 6073 622 5905 623 5959 624 6100 625 5899 626 5955 627 5944 628 6117 629 6054 630 5868 631 5936 632 5918 633 5745 634 5960 635 6020 636 5817 637 5918 638 5886 639 5840 640 5913 641 5899 642 5818 643 5788 644 5839 645 5815 646 5811 647 5861 648 5891 649 5912 650 5675 651 5793 652 5719 653 5753 654 6009 655 5852 656 5746 657 5831 658 5674 659 5717 660 5664 661 5752 662 5796 663 5716 664 5644 665 5721 666 5779 667 5741 668 5810 669 5817 670 5677 671 5813 672 5733 673 5890 674 5811 675 5785 676 5849 677 5798 678 5763 679 5760 680 5751 681 5697 682 5725 683 5920 684 5697 685 5736 686 5759 687 5683 688 5770 689 5663 690 5853 691 5734 692 5592 693 5890 694 5786 695 5822 696 5870 697 5861 698 5870 699 5662 700 5772 701 5834 702 5874 703 5717 704 5779 705 5875 706 5798 707 5753 708 5743 709 5857 710 5704 711 5828 712 5861 713 5768 714 5819 715 5860 716 5730 717 5875 718 5924 719 5754 720 5948 721 5957 722 5864 723 5793 724 5869 725 5815 726 5754 727 5772 728 5805 729 5869 730 5816 731 5743 732 5919 733 5760 734 5817 735 5744 736 5793 737 5846 738 5706 739 5694 740 5634 741 5647 742 5780 743 5768 744 5749 745 5732 746 5694 747 5827 748 5792 749 5823 750 5720 751 5802 752 5775 753 5814 754 5851 755 5627 756 5876 757 5754 758 5744 759 5819 760 5719 761 5794 762 5686 763 5718 764 5773 765 5702 766 5670 767 5729 768 5642 769 5798 770 5754 771 5594 772 5753 773 5668 774 5725 775 5553 776 5615 777 5606 778 5598 779 5535 780 5542 781 5611 782 5693 783 5581 784 5600 785 5700 786 5528 787 5399 788 5654 789 5534 790 5633 791 5641 792 5635 793 5478 794 5543 795 5515 796 5499 797 5430 798 5560 799 5475 800 5630 801 5577 802 5555 803 5456 804 5422 805 5572 806 5522 807 5584 808 5459 809 5567 810 5418 811 5612 812 5569 813 5473 814 5426 815 5557 816 5326 817 5419 818 5456 819 5355 820 5314 821 5509 822 5381 823 5370 824 5561 825 5437 826 5423 827 5448 828 5385 829 5389 830 5376 831 5413 832 5349 833 5358 834 5334 835 5347 836 5466 837 5469 838 5358 839 5392 840 5459 841 5416 842 5350 843 5575 844 5464 845 5371 846 5428 847 5350 848 5407 849 5370 850 5432 851 5326 852 5436 853 5412 854 5367 855 5360 856 5271 857 5299 858 5357 859 5396 860 5311 861 5355 862 5338 863 5411 864 5442 865 5307 866 5341 867 5338 868 5335 869 5343 870 5188 871 5376 872 5207 873 5259 874 5352 875 5348 876 5355 877 5229 878 5348 879 5310 880 5265 881 5113 882 5191 883 5201 884 5319 885 5250 886 5135 887 5308 888 5313 889 5257 890 5078 891 5318 892 5278 893 5210 894 5048 895 5113 896 5064 897 5160 898 5151 899 5210 900 4979 901 5046 902 5201 903 5224 904 5149 905 5063 906 5183 907 5015 908 5154 909 5243 910 5130 911 5061 912 4973 913 5063 914 4910 915 5160 916 5085 917 4938 918 5002 919 4982 920 4944 921 5002 922 4842 923 4985 924 4942 925 4858 926 5059 927 5013 928 4967 929 4969 930 4936 931 5041 932 4949 933 4883 934 4879 935 4862 936 4918 937 4711 938 4993 939 4788 940 4986 941 4917 942 4990 943 5016 944 4792 945 4897 946 4924 947 4867 948 4894 949 4806 950 4963 951 4898 952 4956 953 4812 954 4796 955 4838 956 4869 957 4845 958 4830 959 4883 960 4817 961 4760 962 4680 963 4832 964 4978 965 4773 966 4820 967 4723 968 4868 969 4851 970 4833 971 4841 972 4750 973 4790 974 4823 975 4756 976 4811 977 4849 978 4829 979 4700 980 4871 981 4645 982 4722 983 4707 984 4632 985 4729 986 4657 987 4679 988 4634 989 4582 990 4703 991 4676 992 4695 993 4685 994 4623 995 4695 996 4543 997 4608 998 4676 999 4633 1000 4722 1001 4632 1002 4682 1003 4689 1004 4705 1005 4690 1006 4710 1007 4611 1008 4732 1009 4551 1010 4671 1011 4641 1012 4565 1013 4585 1014 4609 1015 4693 1016 4600 1017 4572 1018 4623 1019 4707 1020 4636 1021 4537 1022 4489 1023 4647 1024 4634 1025 4639 1026 4560 1027 4533 1028 4640 1029 4472 1030 4597 1031 4464 1032 4504 1033 4585 1034 4461 1035 4641 1036 4651 1037 4538 1038 4561 1039 4531 1040 4645 1041 4397 1042 4585 1043 4497 1044 4480 1045 4451 1046 4563 1047 4555 1048 4498 1049 4480 1050 4534 1051 4585 1052 4545 1053 4552 1054 4543 1055 4524 1056 4448 1057 4488 1058 4615 1059 4521 1060 4613 1061 4568 1062 4622 1063 4585 1064 4544 1065 4624 1066 4588 1067 4694 1068 4582 1069 4729 1070 4534 1071 4540 1072 4495 1073 4573 1074 4576 1075 4642 1076 4543 1077 4627 1078 4583 1079 4544 1080 4647 1081 4625 1082 4542 1083 4609 1084 4631 1085 4652 1086 4629 1087 4627 1088 4563 1089 4768 1090 4685 1091 4608 1092 4590 1093 4576 1094 4653 1095 4669 1096 4738 1097 4700 1098 4628 1099 4590 1100 4616 1101 4616 1102 4661 1103 4650 1104 4467 1105 4592 1106 4669 1107 4771 1108 4652 1109 4564 1110 4555 1111 4628 1112 4604 1113 4536 1114 4605 1115 4563 1116 4617 1117 4526 1118 4513 1119 4681 1120 4490