## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606205.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606205.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606205.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 00:20:20 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 115 95 20 2596052 261.846259 238.176289 32260969 FR 49 91 129 161 191 231 777 2089 4691 8753 30749 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 1 22 3 23 7 24 9 25 7 26 10 27 22 28 16 29 30 30 36 31 286 32 269 33 269 34 284 35 265 36 287 37 308 38 304 39 346 40 335 41 313 42 306 43 348 44 338 45 352 46 380 47 374 48 423 49 418 50 435 51 470 52 537 53 594 54 658 55 733 56 810 57 998 58 1162 59 1330 60 1624 61 2036 62 2550 63 2915 64 3360 65 4204 66 5232 67 6227 68 7702 69 9051 70 10937 71 12932 72 15119 73 17679 74 20215 75 23545 76 26887 77 29937 78 33962 79 37897 80 42146 81 46770 82 51546 83 56671 84 61831 85 66661 86 72313 87 77970 88 83276 89 89036 90 95282 91 101318 92 107296 93 113540 94 119290 95 124697 96 129986 97 134853 98 140198 99 145118 100 149698 101 154914 102 159169 103 162780 104 166597 105 170245 106 173175 107 175590 108 178197 109 180382 110 182064 111 183999 112 185751 113 188062 114 188360 115 189421 116 188551 117 188941 118 189075 119 188925 120 188455 121 188691 122 188061 123 186239 124 186042 125 185368 126 184066 127 182605 128 180854 129 180457 130 177338 131 177012 132 175671 133 173875 134 172102 135 170936 136 168063 137 166782 138 164091 139 161818 140 160655 141 158514 142 156605 143 155465 144 152223 145 150920 146 148109 147 145876 148 144328 149 141822 150 140022 151 137411 152 135637 153 134543 154 132541 155 129940 156 128511 157 126165 158 124570 159 122959 160 121543 161 119235 162 117137 163 115908 164 114379 165 112340 166 110703 167 109031 168 108129 169 105785 170 104124 171 103327 172 101328 173 100524 174 98462 175 97270 176 95301 177 94499 178 93546 179 92172 180 90600 181 89410 182 88021 183 87423 184 86283 185 85293 186 84118 187 83073 188 81546 189 80706 190 79786 191 78490 192 77273 193 76810 194 75457 195 75156 196 73354 197 72970 198 72120 199 71165 200 70135 201 69438 202 68247 203 67714 204 66807 205 65970 206 64800 207 64469 208 63320 209 63044 210 62809 211 61638 212 60475 213 60101 214 59368 215 58608 216 57580 217 57179 218 56482 219 55888 220 54794 221 53929 222 53409 223 53144 224 52341 225 52058 226 50995 227 50523 228 50315 229 49170 230 48916 231 48384 232 47827 233 47174 234 46723 235 45718 236 45289 237 45020 238 44172 239 43571 240 43174 241 42463 242 42124 243 41667 244 41031 245 40519 246 40059 247 39643 248 39390 249 38643 250 38303 251 37968 252 37208 253 36596 254 36279 255 36002 256 35607 257 35154 258 34723 259 34620 260 34071 261 33335 262 33224 263 32434 264 32016 265 31475 266 31412 267 31015 268 30811 269 30456 270 30004 271 29814 272 29360 273 28882 274 28441 275 28064 276 27669 277 27347 278 27428 279 26884 280 26958 281 26470 282 26110 283 25728 284 25327 285 25445 286 24984 287 24779 288 24136 289 23971 290 23907 291 23335 292 23141 293 22932 294 22480 295 22439 296 22227 297 21687 298 21886 299 21391 300 21021 301 20731 302 20623 303 20442 304 20399 305 20298 306 19652 307 19519 308 19517 309 19165 310 19037 311 18698 312 18309 313 18513 314 18383 315 17817 316 17695 317 17618 318 17437 319 17180 320 17061 321 16994 322 16606 323 16487 324 16326 325 16136 326 16072 327 16003 328 15632 329 15591 330 15339 331 15185 332 15176 333 14763 334 14785 335 14769 336 14344 337 14353 338 14234 339 14038 340 13982 341 14093 342 13702 343 13477 344 13295 345 13303 346 13276 347 13101 348 12780 349 12864 350 12834 351 12640 352 12388 353 12472 354 12396 355 12264 356 12200 357 11811 358 12000 359 11961 360 11844 361 11549 362 11494 363 11470 364 11666 365 11348 366 11178 367 10952 368 10903 369 11083 370 10766 371 10578 372 10619 373 10578 374 10801 375 10395 376 10484 377 10451 378 10386 379 10300 380 10194 381 10224 382 10224 383 10122 384 9993 385 9927 386 9864 387 9770 388 9747 389 9745 390 9610 391 9585 392 9588 393 9582 394 9564 395 9393 396 9397 397 9256 398 9333 399 9252 400 9017 401 9111 402 9049 403 9034 404 8996 405 8946 406 8919 407 8958 408 8801 409 8763 410 8878 411 8674 412 8579 413 8638 414 8635 415 8607 416 8496 417 8347 418 8529 419 8574 420 8447 421 8353 422 8362 423 8286 424 8274 425 8283 426 8171 427 8263 428 8084 429 8116 430 8049 431 8032 432 7875 433 7863 434 7898 435 7894 436 7976 437 7705 438 7745 439 7726 440 7675 441 7669 442 7732 443 7533 444 7584 445 7570 446 7589 447 7423 448 7506 449 7496 450 7391 451 7395 452 7343 453 7390 454 7426 455 7329 456 7097 457 7131 458 7190 459 7273 460 7152 461 7177 462 7302 463 7166 464 7196 465 7017 466 6983 467 6985 468 7103 469 6898 470 7062 471 6880 472 6995 473 6956 474 7048 475 6786 476 6904 477 6901 478 6795 479 6860 480 6886 481 6557 482 6813 483 6926 484 6726 485 6752 486 6724 487 6686 488 6888 489 6575 490 6781 491 6709 492 6639 493 6699 494 6615 495 6804 496 6677 497 6627 498 6590 499 6548 500 6477 501 6569 502 6539 503 6590 504 6481 505 6484 506 6487 507 6494 508 6568 509 6403 510 6251 511 6342 512 6235 513 6291 514 6261 515 6212 516 6319 517 6424 518 6277 519 6435 520 6274 521 6294 522 6197 523 6282 524 6290 525 6233 526 6190 527 6202 528 6248 529 6249 530 6093 531 6285 532 6409 533 6115 534 6223 535 6281 536 6154 537 6252 538 6069 539 6212 540 6194 541 6209 542 6061 543 6047 544 6161 545 6004 546 6086 547 6139 548 6185 549 6013 550 6215 551 6134 552 6031 553 6058 554 5980 555 6117 556 6170 557 5999 558 6136 559 6089 560 6056 561 5957 562 5922 563 6117 564 5954 565 5847 566 5897 567 5991 568 5954 569 5988 570 5991 571 5992 572 6045 573 5908 574 5973 575 5840 576 5900 577 5895 578 5883 579 5876 580 5962 581 5974 582 5762 583 5861 584 5883 585 5845 586 5791 587 5894 588 5916 589 5776 590 5861 591 5889 592 5797 593 5812 594 5942 595 5853 596 5903 597 5856 598 5742 599 5962 600 5827 601 5737 602 5841 603 5835 604 5895 605 5778 606 5903 607 5919 608 5810 609 5838 610 5900 611 5971 612 5813 613 5907 614 5850 615 5848 616 5859 617 5825 618 5863 619 5813 620 5806 621 5847 622 5827 623 5888 624 5788 625 5837 626 5752 627 5758 628 5790 629 5674 630 5881 631 5777 632 5660 633 5823 634 5680 635 5703 636 5766 637 5731 638 5685 639 5715 640 5794 641 5631 642 5610 643 5798 644 5569 645 5680 646 5587 647 5666 648 5651 649 5597 650 5523 651 5567 652 5615 653 5510 654 5599 655 5693 656 5636 657 5463 658 5674 659 5485 660 5625 661 5593 662 5551 663 5518 664 5621 665 5612 666 5665 667 5518 668 5600 669 5432 670 5655 671 5491 672 5717 673 5579 674 5656 675 5671 676 5617 677 5606 678 5539 679 5492 680 5547 681 5616 682 5565 683 5628 684 5565 685 5664 686 5548 687 5649 688 5672 689 5391 690 5745 691 5598 692 5612 693 5614 694 5628 695 5639 696 5589 697 5548 698 5646 699 5562 700 5478 701 5781 702 5547 703 5710 704 5591 705 5643 706 5640 707 5508 708 5588 709 5521 710 5704 711 5599 712 5633 713 5645 714 5620 715 5611 716 5575 717 5686 718 5781 719 5712 720 5662 721 5616 722 5533 723 5607 724 5647 725 5584 726 5754 727 5709 728 5565 729 5555 730 5618 731 5586 732 5539 733 5607 734 5694 735 5595 736 5588 737 5415 738 5604 739 5560 740 5637 741 5692 742 5679 743 5546 744 5576 745 5601 746 5656 747 5482 748 5605 749 5747 750 5508 751 5535 752 5513 753 5554 754 5550 755 5535 756 5632 757 5514 758 5519 759 5560 760 5526 761 5664 762 5518 763 5514 764 5525 765 5440 766 5521 767 5629 768 5560 769 5442 770 5433 771 5513 772 5450 773 5458 774 5503 775 5467 776 5544 777 5355 778 5492 779 5419 780 5533 781 5464 782 5414 783 5405 784 5404 785 5391 786 5368 787 5525 788 5501 789 5411 790 5380 791 5276 792 5467 793 5406 794 5548 795 5450 796 5371 797 5291 798 5309 799 5364 800 5441 801 5239 802 5249 803 5387 804 5290 805 5269 806 5312 807 5409 808 5466 809 5335 810 5307 811 5309 812 5254 813 5280 814 5263 815 5198 816 5222 817 5219 818 5209 819 5233 820 5231 821 5196 822 5234 823 5210 824 5272 825 5138 826 5195 827 5278 828 5350 829 5178 830 5252 831 5155 832 5204 833 5357 834 5254 835 5177 836 5110 837 5214 838 5227 839 5267 840 5145 841 5240 842 5215 843 5153 844 5140 845 5195 846 5216 847 5197 848 5269 849 5212 850 5255 851 5175 852 5280 853 5160 854 5101 855 5117 856 5246 857 5133 858 5317 859 5289 860 5246 861 5120 862 5347 863 5247 864 5178 865 5254 866 5073 867 5165 868 5077 869 5264 870 5104 871 5172 872 5140 873 5056 874 5037 875 5151 876 5197 877 5189 878 5073 879 5211 880 5003 881 5091 882 5111 883 4943 884 4951 885 5084 886 5077 887 5089 888 5060 889 4962 890 4950 891 5056 892 5053 893 4964 894 5022 895 4971 896 5040 897 5058 898 4907 899 5036 900 4895 901 4912 902 4934 903 4912 904 4945 905 4910 906 5100 907 5024 908 5026 909 4848 910 4914 911 4867 912 4930 913 4936 914 4858 915 4890 916 4928 917 4803 918 4965 919 4826 920 4932 921 4925 922 4914 923 4834 924 4831 925 4787 926 4949 927 4839 928 4793 929 4745 930 4913 931 4838 932 4693 933 4785 934 4809 935 4842 936 4790 937 4739 938 4809 939 4856 940 4814 941 4787 942 4797 943 4824 944 4691 945 4744 946 4701 947 4840 948 4637 949 4813 950 4755 951 4700 952 4735 953 4699 954 4717 955 4708 956 4734 957 4594 958 4671 959 4772 960 4571 961 4619 962 4717 963 4743 964 4672 965 4732 966 4612 967 4746 968 4586 969 4660 970 4642 971 4568 972 4601 973 4734 974 4646 975 4653 976 4642 977 4660 978 4690 979 4588 980 4534 981 4631 982 4684 983 4589 984 4633 985 4552 986 4659 987 4411 988 4585 989 4660 990 4487 991 4482 992 4601 993 4499 994 4553 995 4588 996 4461 997 4519 998 4515 999 4539 1000 4547 1001 4523 1002 4466 1003 4429 1004 4493 1005 4511 1006 4395 1007 4562 1008 4573 1009 4546 1010 4507 1011 4543 1012 4410 1013 4624 1014 4467 1015 4479 1016 4439 1017 4517 1018 4410 1019 4506 1020 4432 1021 4541 1022 4461 1023 4490 1024 4409 1025 4464 1026 4450 1027 4393 1028 4383 1029 4310 1030 4421 1031 4563 1032 4484 1033 4306 1034 4368 1035 4356 1036 4393 1037 4321 1038 4406 1039 4475 1040 4425 1041 4443 1042 4369 1043 4470 1044 4391 1045 4435 1046 4315 1047 4398 1048 4359 1049 4514 1050 4389 1051 4482 1052 4448 1053 4412 1054 4465 1055 4411 1056 4413 1057 4429 1058 4442 1059 4436 1060 4423 1061 4396 1062 4459 1063 4456 1064 4432 1065 4498 1066 4466 1067 4380 1068 4300 1069 4381 1070 4405 1071 4434 1072 4499 1073 4417 1074 4474 1075 4422 1076 4425 1077 4634 1078 4476 1079 4495 1080 4398 1081 4385 1082 4416 1083 4471 1084 4358 1085 4468 1086 4569 1087 4403 1088 4469 1089 4436 1090 4418 1091 4508 1092 4411 1093 4525 1094 4546 1095 4398 1096 4539 1097 4509 1098 4530 1099 4434 1100 4392 1101 4494 1102 4454 1103 4481 1104 4359 1105 4446 1106 4397 1107 4491 1108 4545 1109 4380 1110 4453 1111 4384 1112 4357 1113 4479 1114 4319 1115 4526 1116 4443 1117 4421 1118 4485 1119 4393 1120 4476 1121 4442 1122 4454 1123 4461 1124 4371 1125 4293 1126 4449 1127 4467 1128 4385 1129 4386 1130 4388 1131 4341 1132 4437 1133 4403 1134 4361 1135 4366 1136 4376 1137 4395 1138 4453 1139 4336 1140 4339 1141 4377 1142 4355 1143 4364 1144 4275 1145 4334 1146 4323 1147 4268 1148 4250 1149 4335 1150 4317 1151 4352 1152 4244 1153 4366 1154 4307