## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606204.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606204.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606204.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:53:35 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 115 92 21 1556896 254.19347 228.719087 27811751 FR 47 89 125 155 185 223 729 2019 4543 8469 29795 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 3 23 2 24 7 25 7 26 13 27 16 28 16 29 26 30 30 31 237 32 222 33 230 34 221 35 258 36 236 37 219 38 248 39 267 40 248 41 297 42 262 43 247 44 323 45 293 46 311 47 345 48 354 49 341 50 364 51 390 52 472 53 497 54 545 55 650 56 761 57 853 58 1016 59 1314 60 1433 61 1742 62 2348 63 2698 64 3193 65 4018 66 4752 67 5932 68 7088 69 8659 70 10384 71 12114 72 13994 73 16783 74 19305 75 21964 76 25061 77 28510 78 31811 79 35444 80 39514 81 43959 82 48684 83 53044 84 58202 85 62546 86 67383 87 72470 88 78994 89 83476 90 89404 91 95243 92 100321 93 106162 94 111786 95 116096 96 120639 97 125218 98 130367 99 134779 100 138658 101 143104 102 146596 103 149111 104 152921 105 155191 106 157712 107 159288 108 162388 109 163594 110 164979 111 166174 112 166992 113 167500 114 168382 115 169010 116 168742 117 168005 118 168368 119 167587 120 166793 121 166777 122 165723 123 164469 124 163894 125 162726 126 161666 127 159716 128 158695 129 156907 130 155510 131 154331 132 152850 133 149979 134 148958 135 147382 136 145863 137 143790 138 142047 139 140131 140 138211 141 136808 142 134110 143 132821 144 131101 145 128855 146 126724 147 125105 148 124161 149 121873 150 119665 151 117414 152 115821 153 114587 154 112727 155 110926 156 109196 157 107649 158 105729 159 104355 160 102907 161 101258 162 98446 163 98147 164 96819 165 95118 166 93658 167 92025 168 90690 169 90138 170 88358 171 87103 172 85557 173 84707 174 82752 175 81797 176 81164 177 79457 178 79220 179 77827 180 76133 181 75680 182 74689 183 73655 184 73091 185 71695 186 70053 187 69848 188 69555 189 67703 190 67351 191 66435 192 65990 193 64398 194 63689 195 63173 196 62297 197 61786 198 60680 199 60241 200 59384 201 58598 202 57768 203 57048 204 56217 205 55934 206 54922 207 54288 208 53994 209 52629 210 52232 211 52007 212 51177 213 50656 214 49580 215 49208 216 48899 217 48165 218 47547 219 47074 220 46394 221 45822 222 45258 223 44673 224 44076 225 43589 226 43364 227 42626 228 42323 229 41779 230 41321 231 40666 232 40106 233 39794 234 39052 235 38564 236 38289 237 37602 238 37505 239 36735 240 36353 241 35742 242 35412 243 35089 244 34747 245 34142 246 33842 247 33393 248 32698 249 32415 250 32341 251 31992 252 31501 253 30905 254 30346 255 30138 256 29762 257 29569 258 29085 259 28996 260 28446 261 27863 262 27486 263 27568 264 26662 265 26559 266 26242 267 26216 268 25694 269 25684 270 25620 271 24977 272 24823 273 24339 274 23893 275 23755 276 23343 277 22942 278 22971 279 22621 280 22388 281 22111 282 22066 283 21718 284 21282 285 20896 286 20953 287 20719 288 20394 289 20271 290 20149 291 19654 292 19627 293 19307 294 18979 295 18752 296 18319 297 18504 298 18024 299 18086 300 18006 301 17622 302 17276 303 16992 304 16902 305 16830 306 16714 307 16437 308 16442 309 16192 310 15972 311 15902 312 15787 313 15489 314 15504 315 15037 316 14985 317 14790 318 14621 319 14287 320 14229 321 14322 322 13998 323 13988 324 13824 325 13505 326 13519 327 13253 328 13033 329 12962 330 12923 331 12821 332 12689 333 12383 334 12194 335 12136 336 12332 337 12131 338 11916 339 11879 340 11635 341 11543 342 11268 343 11323 344 11365 345 11324 346 11234 347 11070 348 10959 349 10916 350 10726 351 10681 352 10618 353 10656 354 10615 355 10358 356 10065 357 10087 358 10206 359 10066 360 9823 361 9785 362 9790 363 9545 364 9694 365 9573 366 9442 367 9294 368 9274 369 9235 370 9114 371 9269 372 9166 373 9115 374 9057 375 8846 376 8892 377 8869 378 8813 379 8726 380 8713 381 8777 382 8445 383 8524 384 8455 385 8239 386 8418 387 8195 388 8310 389 8266 390 8136 391 8151 392 8129 393 8059 394 8103 395 7915 396 7986 397 7859 398 7858 399 7666 400 7712 401 7771 402 7620 403 7622 404 7670 405 7413 406 7693 407 7631 408 7371 409 7493 410 7358 411 7336 412 7399 413 7433 414 7224 415 7264 416 7257 417 7148 418 7124 419 7272 420 7192 421 7251 422 7131 423 7078 424 7045 425 6894 426 7000 427 6798 428 6897 429 6935 430 6899 431 6828 432 6726 433 6690 434 6656 435 6708 436 6710 437 6621 438 6639 439 6664 440 6568 441 6483 442 6604 443 6500 444 6397 445 6288 446 6367 447 6525 448 6375 449 6408 450 6340 451 6290 452 6381 453 6325 454 6429 455 6227 456 6238 457 6166 458 6319 459 6175 460 6029 461 6016 462 6128 463 6231 464 6157 465 6078 466 6027 467 5938 468 5930 469 5897 470 6030 471 5980 472 5986 473 6005 474 5943 475 5933 476 5984 477 5858 478 5971 479 5851 480 5961 481 5965 482 5935 483 6069 484 5748 485 5766 486 5759 487 5682 488 5789 489 5681 490 5664 491 5747 492 5619 493 5780 494 5649 495 5760 496 5582 497 5769 498 5673 499 5633 500 5599 501 5605 502 5554 503 5546 504 5562 505 5530 506 5615 507 5478 508 5621 509 5485 510 5583 511 5494 512 5490 513 5445 514 5323 515 5553 516 5419 517 5465 518 5311 519 5546 520 5427 521 5379 522 5313 523 5343 524 5439 525 5427 526 5260 527 5313 528 5413 529 5460 530 5361 531 5472 532 5271 533 5331 534 5386 535 5347 536 5260 537 5253 538 5374 539 5286 540 5390 541 5297 542 5237 543 5287 544 5214 545 5251 546 5170 547 5259 548 5212 549 5197 550 5358 551 5247 552 5217 553 5323 554 5229 555 5229 556 5235 557 5104 558 5080 559 5350 560 5216 561 5031 562 5120 563 5124 564 5081 565 5290 566 5024 567 5014 568 4996 569 5196 570 5130 571 5112 572 5193 573 5157 574 5120 575 5163 576 5029 577 5118 578 5040 579 5222 580 5167 581 5224 582 4917 583 5107 584 4959 585 5101 586 5136 587 4966 588 5100 589 5022 590 5088 591 4913 592 5072 593 5112 594 5099 595 5007 596 4981 597 5086 598 4958 599 4984 600 4948 601 5046 602 4969 603 4988 604 5101 605 5015 606 5053 607 4933 608 5006 609 5014 610 5136 611 4983 612 5058 613 5155 614 4947 615 5088 616 5022 617 5019 618 5022 619 4999 620 5042 621 5023 622 4958 623 4976 624 4989 625 4974 626 4899 627 4979 628 4760 629 5106 630 4913 631 5001 632 4798 633 4847 634 4920 635 4749 636 4858 637 4937 638 5008 639 4813 640 4932 641 4898 642 4850 643 4843 644 4978 645 4915 646 4879 647 4883 648 4805 649 4928 650 4747 651 4834 652 4740 653 4887 654 4888 655 5018 656 4778 657 4800 658 4896 659 4838 660 4792 661 4807 662 4896 663 4876 664 4928 665 4857 666 4832 667 4847 668 4886 669 4826 670 4721 671 4846 672 4948 673 4882 674 4981 675 4864 676 4702 677 4842 678 4832 679 4864 680 4858 681 4792 682 4750 683 4899 684 4792 685 4881 686 4821 687 4828 688 4772 689 4809 690 4752 691 4860 692 4802 693 4733 694 4862 695 4914 696 4809 697 4818 698 4904 699 4953 700 4883 701 4717 702 4749 703 4844 704 4940 705 4896 706 4822 707 4877 708 4956 709 4789 710 4911 711 4835 712 4885 713 4816 714 4798 715 4863 716 4923 717 4894 718 4811 719 4980 720 4827 721 4849 722 4872 723 4934 724 4861 725 4856 726 4852 727 4968 728 4900 729 4808 730 4876 731 4810 732 4759 733 4855 734 4785 735 4769 736 4934 737 4806 738 4777 739 4690 740 4882 741 4813 742 4755 743 4979 744 4761 745 4845 746 4859 747 4864 748 4794 749 4724 750 4789 751 4711 752 4811 753 4811 754 4816 755 4698 756 4773 757 4576 758 4585 759 4743 760 4820 761 4796 762 4818 763 4837 764 4767 765 4787 766 4796 767 4737 768 4785 769 4675 770 4642 771 4760 772 4854 773 4709 774 4681 775 4653 776 4752 777 4727 778 4702 779 4692 780 4728 781 4641 782 4612 783 4701 784 4678 785 4592 786 4622 787 4787 788 4538 789 4613 790 4721 791 4580 792 4699 793 4610 794 4682 795 4606 796 4594 797 4525 798 4506 799 4637 800 4631 801 4601 802 4532 803 4660 804 4599 805 4674 806 4566 807 4620 808 4693 809 4543 810 4571 811 4489 812 4522 813 4582 814 4672 815 4569 816 4507 817 4564 818 4512 819 4528 820 4456 821 4488 822 4538 823 4563 824 4520 825 4581 826 4606 827 4607 828 4530 829 4527 830 4442 831 4366 832 4434 833 4504 834 4529 835 4499 836 4438 837 4529 838 4403 839 4572 840 4490 841 4441 842 4450 843 4514 844 4552 845 4612 846 4576 847 4568 848 4477 849 4564 850 4510 851 4425 852 4558 853 4584 854 4428 855 4404 856 4429 857 4572 858 4541 859 4466 860 4415 861 4533 862 4417 863 4584 864 4561 865 4468 866 4499 867 4356 868 4313 869 4431 870 4292 871 4426 872 4495 873 4439 874 4439 875 4502 876 4413 877 4419 878 4470 879 4341 880 4366 881 4256 882 4332 883 4286 884 4377 885 4441 886 4314 887 4348 888 4288 889 4315 890 4366 891 4339 892 4269 893 4307 894 4281 895 4313 896 4226 897 4234 898 4303 899 4350 900 4206 901 4261 902 4163 903 4218 904 4344 905 4254 906 4294 907 4158 908 4219 909 4205 910 4229 911 4238 912 4272 913 4198 914 4214 915 4277 916 4250 917 4071 918 4226 919 4164 920 4025 921 4072 922 4147 923 4226 924 4133 925 4054 926 4074 927 4195 928 4102 929 4116 930 4104 931 4118 932 4037 933 4156 934 4068 935 4071 936 4091 937 4127 938 4189 939 4129 940 4070 941 4160 942 4081 943 4133 944 4021 945 4032 946 3982 947 4033 948 4041 949 4123 950 4025 951 4042 952 4067 953 3963 954 4074 955 4007 956 4030 957 3998 958 4062 959 4053 960 3998 961 3989 962 4031 963 4051 964 4036 965 3944 966 3923 967 4000 968 4007 969 3944 970 4004 971 3974 972 3800 973 4050 974 3979 975 3851 976 4004 977 3988 978 3882 979 3921 980 3979 981 3798 982 3906 983 4000 984 3988 985 3902 986 3994 987 3947 988 3846 989 3934 990 3893 991 3935 992 3960 993 3832 994 3917 995 3875 996 3915 997 3950 998 3907 999 3888 1000 3832 1001 3849 1002 3972 1003 3998 1004 3916 1005 3945 1006 3843 1007 3882 1008 3824 1009 3859 1010 3867 1011 3820 1012 3841 1013 3849 1014 3780 1015 3805 1016 3816 1017 3864 1018 3921 1019 3844 1020 3804 1021 3780 1022 3704 1023 3735 1024 3615 1025 3721 1026 3825 1027 3743 1028 3764 1029 3793 1030 3811 1031 3894 1032 3827 1033 3747 1034 3792 1035 3776 1036 3850 1037 3737 1038 3851 1039 3802 1040 3637 1041 3723 1042 3792 1043 3773 1044 3725 1045 3715 1046 3827 1047 3626 1048 3711 1049 3763 1050 3789 1051 3827 1052 3766 1053 3739 1054 3732 1055 3761 1056 3699 1057 3778 1058 3818 1059 3776 1060 3733 1061 3787 1062 3807 1063 3828 1064 3768 1065 3781 1066 3788 1067 3770 1068 3818 1069 3780 1070 3738 1071 3779 1072 3715 1073 3729 1074 3833 1075 3885 1076 3804 1077 3776 1078 3800 1079 3839 1080 3828 1081 3780 1082 3796 1083 3808 1084 3901 1085 3798 1086 3840 1087 3802 1088 3782 1089 3786 1090 3850 1091 3776 1092 3890 1093 3782 1094 3934 1095 3719 1096 3843 1097 3736 1098 3843 1099 3896 1100 3825 1101 3853 1102 3746 1103 3732 1104 3878 1105 3783 1106 3806 1107 3833 1108 3741 1109 3907 1110 3697 1111 3766 1112 3687 1113 3792 1114 3728 1115 3822 1116 3738 1117 3740 1118 3714 1119 3639 1120 3759