## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606203.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606203.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606203.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:23:23 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 199 117 91 21 2741771 251.585798 224.960031 29283391 FR 47 87 123 153 183 221 697 1983 4485 8353 29271 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 23 3 24 18 25 10 26 14 27 18 28 14 29 19 30 50 31 283 32 283 33 275 34 292 35 237 36 269 37 285 38 286 39 250 40 304 41 311 42 335 43 342 44 328 45 309 46 375 47 398 48 412 49 440 50 432 51 502 52 611 53 632 54 660 55 790 56 944 57 1073 58 1265 59 1476 60 1816 61 2192 62 2721 63 3151 64 3707 65 4591 66 5474 67 6622 68 7887 69 9367 70 11379 71 13244 72 15417 73 18256 74 21264 75 23987 76 27198 77 30548 78 34391 79 38904 80 43180 81 47909 82 52513 83 57719 84 62515 85 67319 86 73070 87 78482 88 83629 89 89619 90 95207 91 100628 92 106675 93 113091 94 118177 95 123432 96 127737 97 132665 98 137465 99 141452 100 146581 101 149825 102 154358 103 158169 104 161637 105 163661 106 166202 107 168025 108 170797 109 172304 110 173555 111 174356 112 176051 113 177081 114 177446 115 178005 116 177875 117 178232 118 177109 119 176794 120 175808 121 175653 122 174813 123 173412 124 172965 125 171225 126 170068 127 167884 128 167421 129 165373 130 164391 131 162371 132 160842 133 158789 134 157265 135 155315 136 153798 137 152163 138 150292 139 146958 140 145671 141 143173 142 141817 143 139536 144 138271 145 136290 146 134601 147 132551 148 130881 149 129256 150 126448 151 124775 152 122799 153 120929 154 119707 155 117335 156 116084 157 113367 158 111934 159 110080 160 109183 161 106731 162 105338 163 103965 164 102824 165 101242 166 99280 167 97996 168 96325 169 95113 170 93390 171 92749 172 91403 173 90194 174 88391 175 87013 176 86261 177 84521 178 83535 179 82329 180 81107 181 80346 182 79523 183 78115 184 77144 185 76094 186 75256 187 74332 188 72757 189 72027 190 70901 191 70452 192 69153 193 68579 194 67539 195 66772 196 65753 197 65304 198 64665 199 63793 200 62989 201 61911 202 61123 203 60676 204 59823 205 58910 206 57963 207 57320 208 57232 209 56553 210 55580 211 54646 212 53796 213 53454 214 52395 215 52712 216 51183 217 50712 218 50317 219 49224 220 49329 221 48603 222 47854 223 47712 224 46498 225 46230 226 45944 227 44946 228 44593 229 43582 230 43049 231 42978 232 42129 233 41990 234 41311 235 40672 236 40420 237 39944 238 39496 239 38871 240 38567 241 38281 242 37692 243 37388 244 36588 245 35780 246 35783 247 35398 248 34969 249 34372 250 34111 251 33456 252 33007 253 32840 254 32284 255 31809 256 31476 257 31061 258 30582 259 29869 260 30205 261 29638 262 29266 263 28942 264 28637 265 28094 266 27769 267 27804 268 27116 269 26822 270 26476 271 26461 272 25954 273 25474 274 25515 275 25137 276 24669 277 24562 278 23977 279 23859 280 23606 281 23366 282 23372 283 23141 284 22477 285 22445 286 22144 287 22123 288 21644 289 21011 290 21217 291 20729 292 20681 293 20316 294 19913 295 20138 296 19729 297 19445 298 19275 299 19099 300 18757 301 18567 302 18521 303 18291 304 17884 305 17696 306 17747 307 17421 308 17092 309 17362 310 17007 311 16749 312 16645 313 16299 314 15975 315 15972 316 15676 317 15569 318 15444 319 15173 320 15106 321 14999 322 14930 323 14730 324 14675 325 14311 326 14308 327 14132 328 13813 329 13701 330 13520 331 13716 332 13607 333 13333 334 13162 335 12899 336 12849 337 12806 338 12794 339 12585 340 12311 341 12153 342 12124 343 12075 344 12095 345 11676 346 11831 347 11797 348 11375 349 11297 350 11284 351 11328 352 11110 353 11023 354 10974 355 10918 356 10785 357 10659 358 10610 359 10603 360 10310 361 10171 362 10208 363 10056 364 9969 365 10084 366 10075 367 9972 368 10036 369 9624 370 9724 371 9708 372 9556 373 9390 374 9469 375 9290 376 9367 377 9234 378 9219 379 9086 380 9147 381 9090 382 9097 383 8856 384 8785 385 8733 386 8736 387 8737 388 8784 389 8686 390 8541 391 8407 392 8480 393 8354 394 8414 395 8407 396 8460 397 8247 398 8105 399 8147 400 8069 401 8155 402 8100 403 7950 404 7986 405 7964 406 8011 407 8008 408 7822 409 7922 410 7722 411 7780 412 7739 413 7694 414 7575 415 7696 416 7730 417 7603 418 7399 419 7450 420 7472 421 7382 422 7231 423 7420 424 7304 425 7272 426 7475 427 7287 428 7196 429 7189 430 7286 431 7324 432 7056 433 7020 434 7050 435 7087 436 6911 437 6968 438 6783 439 6997 440 6848 441 6885 442 6888 443 6847 444 6702 445 6775 446 6863 447 6644 448 6715 449 6738 450 6692 451 6696 452 6644 453 6696 454 6582 455 6635 456 6448 457 6444 458 6460 459 6431 460 6413 461 6486 462 6330 463 6593 464 6181 465 6256 466 6407 467 6341 468 6461 469 6327 470 6398 471 6341 472 6324 473 6201 474 6186 475 6294 476 6195 477 6141 478 6159 479 6087 480 6178 481 6115 482 6037 483 6091 484 6140 485 6179 486 6119 487 5885 488 5991 489 6146 490 6070 491 6032 492 5757 493 6054 494 6211 495 6126 496 5949 497 5926 498 6087 499 5870 500 5866 501 5836 502 5851 503 5877 504 5973 505 5873 506 5768 507 5784 508 5659 509 5785 510 5681 511 5818 512 5763 513 5686 514 5723 515 5744 516 5711 517 5751 518 5676 519 5648 520 5754 521 5580 522 5587 523 5686 524 5468 525 5672 526 5549 527 5723 528 5622 529 5615 530 5598 531 5568 532 5729 533 5606 534 5556 535 5585 536 5497 537 5455 538 5537 539 5448 540 5353 541 5489 542 5648 543 5467 544 5541 545 5428 546 5542 547 5438 548 5480 549 5494 550 5566 551 5577 552 5418 553 5494 554 5433 555 5354 556 5408 557 5469 558 5380 559 5381 560 5515 561 5468 562 5315 563 5245 564 5455 565 5324 566 5278 567 5377 568 5270 569 5243 570 5290 571 5295 572 5450 573 5229 574 5321 575 5550 576 5301 577 5429 578 5243 579 5265 580 5307 581 5369 582 5343 583 5317 584 5381 585 5102 586 5216 587 5304 588 5287 589 5362 590 5264 591 5266 592 5316 593 5151 594 5287 595 5138 596 5282 597 5383 598 5204 599 5273 600 5195 601 5309 602 5236 603 5227 604 5196 605 5193 606 5287 607 5333 608 5174 609 5235 610 5259 611 5334 612 5289 613 5208 614 5164 615 5242 616 5298 617 5184 618 5183 619 5181 620 5236 621 5140 622 5257 623 5247 624 5292 625 5245 626 5092 627 5258 628 5243 629 5268 630 5162 631 5253 632 5102 633 5120 634 5132 635 5022 636 5122 637 5206 638 5194 639 5131 640 5149 641 5149 642 5214 643 5146 644 5058 645 5189 646 5039 647 5140 648 5161 649 4999 650 4990 651 4987 652 5108 653 5267 654 5051 655 4969 656 5046 657 5025 658 5027 659 5016 660 5066 661 5083 662 5001 663 5059 664 4991 665 5143 666 5028 667 5116 668 5014 669 5024 670 5078 671 5028 672 5131 673 5072 674 5003 675 5036 676 5070 677 5048 678 4989 679 5082 680 4983 681 5153 682 5099 683 5016 684 5026 685 5140 686 5057 687 5068 688 5050 689 5021 690 5001 691 4896 692 5040 693 5060 694 5031 695 4947 696 4986 697 5092 698 5119 699 5017 700 5039 701 5066 702 5048 703 5008 704 5083 705 5047 706 4905 707 5037 708 5108 709 5122 710 4961 711 5083 712 5187 713 5054 714 5035 715 5120 716 5007 717 5119 718 5104 719 5036 720 5161 721 5061 722 5135 723 5139 724 5088 725 5105 726 5102 727 5056 728 5038 729 5022 730 5107 731 5213 732 5046 733 4964 734 5065 735 5035 736 5005 737 5031 738 4967 739 4966 740 5024 741 4931 742 5075 743 5078 744 4904 745 5118 746 4895 747 4950 748 5094 749 5056 750 5158 751 4920 752 4919 753 5054 754 4933 755 4982 756 4907 757 5058 758 4943 759 5001 760 5103 761 5077 762 4929 763 5024 764 4947 765 5021 766 4891 767 4959 768 4942 769 5008 770 4857 771 5060 772 4862 773 4907 774 4879 775 4834 776 4933 777 4933 778 4766 779 4860 780 4909 781 4937 782 4885 783 4901 784 4855 785 4765 786 4819 787 4953 788 4918 789 4894 790 4892 791 4810 792 4873 793 4805 794 4805 795 4804 796 4805 797 4867 798 4855 799 4791 800 4810 801 4714 802 4844 803 4892 804 4906 805 4736 806 4822 807 4768 808 4874 809 4803 810 4714 811 4758 812 4784 813 4789 814 4735 815 4726 816 4746 817 4746 818 4745 819 4693 820 4824 821 4770 822 4761 823 4750 824 4686 825 4730 826 4726 827 4611 828 4792 829 4571 830 4690 831 4678 832 4763 833 4638 834 4775 835 4755 836 4752 837 4736 838 4693 839 4585 840 4726 841 4702 842 4553 843 4594 844 4783 845 4735 846 4805 847 4578 848 4749 849 4756 850 4606 851 4819 852 4744 853 4628 854 4599 855 4663 856 4562 857 4729 858 4759 859 4662 860 4796 861 4682 862 4484 863 4762 864 4546 865 4602 866 4677 867 4649 868 4795 869 4621 870 4572 871 4623 872 4583 873 4500 874 4660 875 4584 876 4608 877 4620 878 4696 879 4632 880 4622 881 4634 882 4598 883 4545 884 4521 885 4485 886 4591 887 4587 888 4581 889 4518 890 4565 891 4359 892 4633 893 4547 894 4392 895 4496 896 4540 897 4479 898 4489 899 4345 900 4515 901 4542 902 4458 903 4489 904 4544 905 4548 906 4302 907 4529 908 4399 909 4407 910 4429 911 4337 912 4441 913 4451 914 4388 915 4368 916 4446 917 4486 918 4363 919 4327 920 4384 921 4322 922 4460 923 4316 924 4325 925 4304 926 4340 927 4320 928 4379 929 4237 930 4324 931 4312 932 4301 933 4248 934 4273 935 4264 936 4306 937 4240 938 4212 939 4286 940 4310 941 4205 942 4270 943 4279 944 4156 945 4252 946 4235 947 4310 948 4189 949 4307 950 4335 951 4152 952 4079 953 4140 954 4159 955 4211 956 4246 957 4130 958 4038 959 4211 960 4145 961 4270 962 4182 963 4079 964 4228 965 4184 966 4295 967 4195 968 4148 969 4199 970 4158 971 4164 972 4045 973 4083 974 4054 975 4186 976 4195 977 4174 978 4187 979 4138 980 4017 981 4210 982 4086 983 4117 984 4183 985 4197 986 4027 987 4123 988 4152 989 4130 990 4036 991 3869 992 3989 993 3916 994 4112 995 4027 996 4072 997 4047 998 4030 999 4036 1000 4025 1001 4056 1002 4175 1003 4097 1004 4068 1005 4014 1006 3968 1007 4033 1008 3990 1009 4091 1010 4046 1011 4017 1012 4025 1013 3995 1014 4039 1015 4053 1016 3957 1017 3969 1018 3974 1019 3923 1020 3985 1021 4059 1022 4088 1023 3949 1024 3916 1025 3879 1026 4065 1027 3898 1028 3891 1029 4001 1030 3996 1031 3983 1032 3938 1033 3849 1034 3835 1035 3958 1036 3985 1037 3960 1038 3989 1039 3990 1040 3923 1041 3960 1042 3793 1043 3990 1044 3895 1045 3921 1046 3897 1047 3950 1048 3850 1049 3935 1050 3965 1051 3911 1052 4039 1053 3912 1054 3932 1055 3856 1056 3912 1057 3921 1058 3942 1059 3937 1060 3941 1061 3958 1062 4029 1063 4008 1064 3959 1065 4011 1066 3988 1067 3820 1068 3938 1069 3915 1070 3970 1071 3959 1072 3964 1073 4039 1074 4003 1075 4064 1076 4005 1077 3892 1078 3942 1079 3891 1080 3904 1081 4089 1082 4054 1083 3952 1084 3948 1085 4050 1086 4037 1087 4005 1088 4054 1089 3958 1090 3940 1091 3937 1092 3959 1093 3961 1094 4026 1095 4006 1096 3980 1097 3949 1098 3928 1099 3911 1100 3994 1101 3976 1102 3994 1103 3927 1104 4042 1105 3930 1106 3877 1107 3937 1108 4032 1109 3903