## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606202.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606202.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606202.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:41:58 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 199 115 92 21 3080497 253.528815 229.389734 28568738 FR 47 89 125 157 185 223 727 2007 4513 8381 29073 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 3 23 4 24 11 25 9 26 20 27 21 28 15 29 22 30 31 31 276 32 318 33 264 34 246 35 260 36 263 37 280 38 305 39 284 40 322 41 323 42 366 43 307 44 363 45 356 46 357 47 362 48 391 49 443 50 426 51 443 52 549 53 590 54 688 55 813 56 845 57 1062 58 1270 59 1482 60 1774 61 2172 62 2850 63 3250 64 3909 65 4746 66 5784 67 6979 68 8135 69 9913 70 12137 71 14283 72 16802 73 19280 74 22245 75 25577 76 29053 77 32469 78 36385 79 41096 80 45845 81 50469 82 55831 83 61264 84 66407 85 71156 86 77251 87 82674 88 88055 89 93904 90 99618 91 105675 92 111911 93 117796 94 123271 95 128447 96 132807 97 137264 98 141358 99 145204 100 149754 101 153958 102 157371 103 159915 104 162761 105 166015 106 168220 107 169561 108 170848 109 172291 110 172791 111 173845 112 174516 113 175336 114 175791 115 176095 116 175662 117 174579 118 173453 119 173370 120 171662 121 170505 122 168896 123 169151 124 166996 125 165540 126 164726 127 162826 128 160910 129 158799 130 157410 131 155676 132 153798 133 151282 134 149455 135 148068 136 146798 137 145047 138 142776 139 140844 140 137354 141 136439 142 133499 143 132204 144 130262 145 128422 146 126522 147 124429 148 122482 149 120836 150 119440 151 117323 152 115234 153 113700 154 112233 155 110565 156 108855 157 107053 158 105443 159 104181 160 101949 161 100434 162 98950 163 97107 164 96064 165 94939 166 93554 167 91578 168 90296 169 89105 170 87707 171 86530 172 85674 173 84036 174 82927 175 81791 176 80248 177 79478 178 78786 179 77424 180 76683 181 75142 182 74266 183 73880 184 72524 185 71215 186 70788 187 69836 188 69049 189 68079 190 67032 191 66552 192 65878 193 65083 194 64454 195 63008 196 62610 197 61650 198 60797 199 60190 200 59549 201 58629 202 58317 203 57488 204 56867 205 55926 206 55370 207 54199 208 54305 209 53718 210 52341 211 52469 212 51637 213 50950 214 50300 215 49916 216 48989 217 48591 218 47958 219 47291 220 46825 221 46566 222 45474 223 45653 224 44873 225 44269 226 43909 227 42980 228 42641 229 41799 230 41712 231 41022 232 40702 233 40284 234 39693 235 39316 236 38735 237 38164 238 37777 239 37636 240 36777 241 36088 242 35641 243 35470 244 35084 245 34419 246 34348 247 33898 248 33222 249 32972 250 32473 251 31924 252 31623 253 31482 254 30939 255 30409 256 30319 257 29561 258 29093 259 29194 260 29103 261 28450 262 28223 263 27898 264 27573 265 27270 266 26798 267 26633 268 26374 269 25822 270 25616 271 25255 272 24956 273 24700 274 24240 275 24218 276 23783 277 23572 278 23317 279 22986 280 22867 281 22182 282 22242 283 21581 284 21782 285 21627 286 21226 287 21095 288 20798 289 20389 290 20218 291 20198 292 19739 293 19616 294 19354 295 19103 296 19101 297 18852 298 18639 299 18146 300 18198 301 17775 302 17714 303 17582 304 17315 305 17152 306 17224 307 16904 308 16611 309 16553 310 16081 311 16161 312 16089 313 15856 314 15604 315 15483 316 15228 317 15077 318 14921 319 14719 320 14660 321 14500 322 14313 323 14146 324 13917 325 13940 326 13745 327 13371 328 13514 329 13439 330 13245 331 13035 332 12887 333 12732 334 12637 335 12655 336 12433 337 12350 338 12210 339 12194 340 11899 341 11823 342 11921 343 11741 344 11693 345 11574 346 11417 347 11406 348 11314 349 10940 350 11102 351 10993 352 10846 353 10826 354 10640 355 10529 356 10409 357 10410 358 10269 359 10244 360 10200 361 10161 362 9919 363 10019 364 9894 365 9679 366 9670 367 9498 368 9551 369 9737 370 9409 371 9311 372 9144 373 9262 374 9100 375 9124 376 9150 377 9219 378 9040 379 9126 380 9022 381 8938 382 8853 383 8684 384 8735 385 8729 386 8529 387 8469 388 8323 389 8335 390 8598 391 8349 392 8281 393 8361 394 8074 395 8172 396 8150 397 8207 398 8131 399 7967 400 8057 401 7881 402 7871 403 7896 404 7823 405 7697 406 7863 407 7795 408 7671 409 7676 410 7701 411 7719 412 7689 413 7526 414 7506 415 7550 416 7471 417 7481 418 7433 419 7380 420 7169 421 7248 422 7322 423 7152 424 7247 425 7320 426 7107 427 7113 428 7143 429 7022 430 7047 431 6994 432 7067 433 6985 434 6922 435 6888 436 6997 437 6929 438 6841 439 6836 440 6742 441 6731 442 6901 443 6579 444 6595 445 6731 446 6776 447 6614 448 6578 449 6478 450 6497 451 6507 452 6544 453 6510 454 6422 455 6521 456 6386 457 6376 458 6357 459 6299 460 6293 461 6362 462 6367 463 6209 464 6216 465 6213 466 6271 467 6175 468 6125 469 6235 470 6245 471 6129 472 6303 473 6162 474 6136 475 6289 476 6121 477 6114 478 6174 479 6038 480 5928 481 6066 482 6157 483 6037 484 6072 485 5943 486 6180 487 6004 488 5969 489 6039 490 5943 491 5949 492 5951 493 5776 494 5905 495 5776 496 5935 497 5969 498 5799 499 5941 500 5826 501 5761 502 5713 503 5837 504 5783 505 5663 506 5773 507 5857 508 5706 509 5756 510 5593 511 5653 512 5587 513 5605 514 5476 515 5603 516 5597 517 5581 518 5535 519 5619 520 5639 521 5542 522 5547 523 5477 524 5483 525 5537 526 5382 527 5626 528 5494 529 5591 530 5497 531 5477 532 5423 533 5567 534 5444 535 5468 536 5446 537 5454 538 5461 539 5462 540 5571 541 5467 542 5353 543 5455 544 5369 545 5461 546 5417 547 5386 548 5478 549 5401 550 5593 551 5320 552 5476 553 5396 554 5471 555 5408 556 5377 557 5510 558 5385 559 5425 560 5344 561 5314 562 5322 563 5195 564 5248 565 5267 566 5286 567 5282 568 5230 569 5315 570 5283 571 5346 572 5353 573 5314 574 5308 575 5312 576 5310 577 5271 578 5253 579 5250 580 5368 581 5172 582 5258 583 5285 584 5121 585 5069 586 5337 587 5244 588 5237 589 5165 590 5196 591 5222 592 5122 593 5119 594 5265 595 5090 596 5269 597 5371 598 5146 599 5178 600 5289 601 5255 602 5350 603 5165 604 5235 605 5313 606 5305 607 5234 608 5164 609 5395 610 5232 611 5276 612 5248 613 5266 614 5186 615 5188 616 5108 617 5258 618 5201 619 5124 620 5185 621 5269 622 5187 623 5225 624 5191 625 5185 626 5115 627 5215 628 5134 629 5083 630 5110 631 5120 632 5151 633 5055 634 5125 635 5150 636 5106 637 5113 638 5187 639 5078 640 5204 641 5113 642 5149 643 5049 644 5229 645 5035 646 4998 647 5167 648 5091 649 5074 650 5030 651 5012 652 5111 653 5018 654 5076 655 5007 656 5083 657 4970 658 5051 659 5068 660 5065 661 5149 662 5098 663 4924 664 5018 665 5066 666 5141 667 4903 668 5050 669 5002 670 5037 671 5012 672 5076 673 4968 674 4985 675 4998 676 5151 677 5031 678 4999 679 5035 680 4936 681 4915 682 5026 683 5076 684 5187 685 5051 686 4965 687 5129 688 4919 689 5052 690 4945 691 4992 692 4911 693 4901 694 4920 695 5083 696 5000 697 4960 698 5051 699 4956 700 4958 701 4971 702 4989 703 5040 704 5048 705 4991 706 5185 707 5023 708 4966 709 5017 710 4965 711 5032 712 5007 713 4898 714 4923 715 5014 716 4909 717 4934 718 5010 719 5038 720 5107 721 5033 722 4960 723 4972 724 5133 725 4928 726 4963 727 4990 728 5105 729 4927 730 5041 731 4945 732 4884 733 5109 734 4969 735 4930 736 5036 737 4963 738 5002 739 4898 740 4960 741 5003 742 5058 743 4910 744 5012 745 4979 746 4911 747 4999 748 4974 749 5023 750 4966 751 4896 752 5091 753 4952 754 4788 755 5031 756 4917 757 4960 758 4907 759 4931 760 4811 761 5030 762 5008 763 4787 764 4949 765 4995 766 4966 767 4938 768 4930 769 4843 770 4814 771 4854 772 4927 773 4879 774 4923 775 4801 776 4808 777 4761 778 4817 779 4797 780 4797 781 4943 782 4947 783 4867 784 4815 785 4791 786 4573 787 4691 788 4841 789 4867 790 4768 791 4851 792 4793 793 4696 794 4783 795 4828 796 4774 797 4698 798 4847 799 4881 800 4723 801 4815 802 4648 803 4779 804 4753 805 4792 806 4759 807 4776 808 4708 809 4670 810 4742 811 4693 812 4785 813 4784 814 4701 815 4628 816 4636 817 4645 818 4738 819 4620 820 4767 821 4741 822 4627 823 4640 824 4747 825 4687 826 4719 827 4652 828 4650 829 4777 830 4686 831 4632 832 4632 833 4686 834 4648 835 4623 836 4749 837 4754 838 4667 839 4758 840 4569 841 4725 842 4594 843 4681 844 4602 845 4714 846 4636 847 4718 848 4631 849 4660 850 4571 851 4715 852 4572 853 4767 854 4732 855 4729 856 4667 857 4704 858 4675 859 4625 860 4683 861 4767 862 4557 863 4730 864 4629 865 4673 866 4623 867 4509 868 4609 869 4540 870 4480 871 4519 872 4491 873 4530 874 4568 875 4695 876 4529 877 4496 878 4616 879 4656 880 4387 881 4502 882 4541 883 4480 884 4543 885 4491 886 4492 887 4489 888 4509 889 4490 890 4397 891 4477 892 4446 893 4380 894 4407 895 4583 896 4504 897 4479 898 4445 899 4493 900 4411 901 4304 902 4356 903 4403 904 4264 905 4379 906 4355 907 4308 908 4277 909 4347 910 4313 911 4272 912 4406 913 4468 914 4493 915 4292 916 4272 917 4424 918 4301 919 4424 920 4298 921 4310 922 4309 923 4318 924 4181 925 4363 926 4351 927 4281 928 4252 929 4282 930 4389 931 4329 932 4267 933 4439 934 4233 935 4339 936 4293 937 4265 938 4347 939 4198 940 4253 941 4178 942 4264 943 4200 944 4188 945 4190 946 4156 947 4229 948 4246 949 4226 950 4183 951 4088 952 4205 953 4246 954 4257 955 4084 956 4092 957 4127 958 4121 959 4015 960 4071 961 4157 962 4107 963 4067 964 4054 965 4164 966 4095 967 4048 968 4181 969 4033 970 4052 971 4119 972 4096 973 4117 974 4094 975 4160 976 3976 977 4091 978 4075 979 4129 980 4033 981 4037 982 4034 983 4031 984 4175 985 4188 986 4075 987 3995 988 3975 989 4000 990 3940 991 3972 992 4087 993 3963 994 3977 995 3905 996 4001 997 4005 998 4029 999 4119 1000 4041 1001 4061 1002 3977 1003 3989 1004 3977 1005 3931 1006 3904 1007 3922 1008 3907 1009 3987 1010 3949 1011 3974 1012 3892 1013 3867 1014 3914 1015 3929 1016 4045 1017 3892 1018 3968 1019 4012 1020 3849 1021 3950 1022 3974 1023 3957 1024 3783 1025 3899 1026 3949 1027 3914 1028 3928 1029 3924 1030 3829 1031 3870 1032 3791 1033 3807 1034 3877 1035 3995 1036 3800 1037 3906 1038 3874 1039 3902 1040 3733 1041 3963 1042 3795 1043 3835 1044 3839 1045 3880 1046 3853 1047 3896 1048 3829 1049 3869 1050 3733 1051 3882 1052 3786 1053 3910 1054 4010 1055 3862 1056 3881 1057 3781 1058 3896 1059 3957 1060 3947 1061 3820 1062 3826 1063 3923 1064 3922 1065 3833 1066 3956 1067 3846 1068 3856 1069 3859 1070 3844 1071 3925 1072 3865 1073 4014 1074 4020 1075 3916 1076 3885 1077 4093 1078 4015 1079 3926 1080 3934 1081 3915 1082 3930 1083 4016 1084 4002 1085 3914 1086 3919 1087 3928 1088 3884 1089 3946 1090 3885 1091 3936 1092 3929 1093 4059 1094 3879 1095 3908 1096 4002 1097 3945 1098 3928 1099 3944 1100 3872 1101 4010 1102 3958 1103 3933 1104 3884 1105 3967 1106 3840 1107 3882 1108 3939 1109 3989 1110 3997 1111 3871 1112 3938 1113 4000 1114 3989 1115 3928 1116 3882 1117 3863 1118 3930 1119 3876