## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606201.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606201.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606201.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:14:24 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 202 114 95 21 1294650 260.169556 238.592629 32546911 FR 49 93 129 161 191 229 757 2047 4595 8501 29303 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 2 23 3 24 11 25 16 26 20 27 22 28 25 29 35 30 51 31 303 32 336 33 288 34 315 35 328 36 308 37 319 38 321 39 354 40 335 41 353 42 325 43 389 44 398 45 392 46 439 47 443 48 454 49 462 50 539 51 515 52 635 53 678 54 753 55 876 56 956 57 1154 58 1350 59 1623 60 1958 61 2448 62 2998 63 3506 64 4286 65 5165 66 6132 67 7589 68 9289 69 10837 70 13220 71 15184 72 18088 73 21022 74 24380 75 27545 76 31727 77 35610 78 39952 79 44569 80 49408 81 54637 82 60198 83 66233 84 71525 85 77248 86 83305 87 89356 88 95916 89 101779 90 108822 91 114338 92 121991 93 127681 94 133524 95 139731 96 144371 97 150358 98 155218 99 159518 100 165125 101 169892 102 173414 103 176656 104 179211 105 182766 106 186508 107 187823 108 190200 109 191477 110 192717 111 193746 112 195487 113 194935 114 196626 115 196010 116 196303 117 195820 118 194888 119 194053 120 193057 121 193525 122 190505 123 189592 124 188256 125 187344 126 185454 127 183158 128 182423 129 181092 130 178596 131 176546 132 174079 133 171986 134 169772 135 168125 136 166564 137 164396 138 162013 139 159291 140 157040 141 155261 142 153878 143 151555 144 149255 145 147197 146 144425 147 141792 148 139998 149 138777 150 136100 151 133937 152 132023 153 129961 154 128548 155 126661 156 124406 157 122007 158 121038 159 118761 160 116786 161 114761 162 113277 163 112162 164 110515 165 108445 166 106688 167 105483 168 103789 169 102595 170 100881 171 99139 172 98325 173 96738 174 95380 175 94064 176 92833 177 91621 178 90262 179 89305 180 87359 181 87162 182 86050 183 84808 184 83600 185 82352 186 80873 187 80318 188 79491 189 78755 190 77500 191 76577 192 75733 193 75104 194 73463 195 72900 196 71917 197 71246 198 70362 199 69728 200 68537 201 67895 202 66628 203 66051 204 65052 205 64396 206 63886 207 63234 208 62009 209 61335 210 61063 211 59909 212 59487 213 59022 214 57768 215 57123 216 56528 217 56150 218 55541 219 54677 220 54067 221 53385 222 52707 223 51857 224 51493 225 50680 226 50489 227 49571 228 49171 229 48177 230 48007 231 47219 232 46810 233 46555 234 45523 235 44833 236 44550 237 44264 238 43612 239 42687 240 42587 241 42134 242 41317 243 40967 244 40428 245 39796 246 39591 247 39165 248 38661 249 37920 250 37497 251 37034 252 36653 253 36603 254 35899 255 35179 256 34662 257 34712 258 33883 259 33603 260 33304 261 33135 262 32687 263 32374 264 31969 265 31484 266 31081 267 30674 268 30417 269 30274 270 29843 271 29052 272 28880 273 28892 274 28313 275 27814 276 27489 277 27542 278 26835 279 26586 280 26322 281 26002 282 26195 283 25690 284 24949 285 24872 286 24775 287 24227 288 24226 289 23624 290 23581 291 23171 292 23304 293 22783 294 22378 295 22076 296 22253 297 21975 298 21518 299 21520 300 20961 301 20937 302 20569 303 20159 304 20221 305 19870 306 19566 307 19614 308 19313 309 19112 310 18736 311 18644 312 18398 313 18019 314 18164 315 17889 316 17743 317 17463 318 17450 319 17278 320 16976 321 16756 322 16482 323 16372 324 16238 325 16120 326 15846 327 15722 328 15671 329 15481 330 15311 331 15458 332 15008 333 14744 334 14495 335 14618 336 14404 337 14249 338 14142 339 14177 340 14071 341 13896 342 13601 343 13386 344 13387 345 13261 346 13252 347 12959 348 12806 349 12812 350 12716 351 12506 352 12614 353 12680 354 12233 355 12158 356 12045 357 12176 358 12019 359 11917 360 11766 361 11624 362 11750 363 11555 364 11319 365 11207 366 11223 367 11138 368 10909 369 11020 370 10938 371 10837 372 10554 373 10731 374 10602 375 10568 376 10426 377 10478 378 10388 379 10313 380 10268 381 10159 382 10234 383 10000 384 10160 385 9896 386 10010 387 9726 388 9888 389 9955 390 9705 391 9630 392 9567 393 9722 394 9588 395 9639 396 9493 397 9375 398 9346 399 9372 400 9184 401 9130 402 9118 403 9164 404 9045 405 9042 406 9070 407 8840 408 8920 409 8720 410 8746 411 8583 412 8667 413 8666 414 8480 415 8713 416 8495 417 8509 418 8559 419 8595 420 8576 421 8330 422 8246 423 8235 424 8356 425 8363 426 8282 427 8180 428 8141 429 8215 430 8043 431 8182 432 8077 433 8004 434 7900 435 7859 436 8014 437 7891 438 7864 439 7968 440 7761 441 7716 442 7695 443 7530 444 7766 445 7757 446 7750 447 7563 448 7585 449 7531 450 7541 451 7622 452 7409 453 7440 454 7396 455 7374 456 7516 457 7325 458 7228 459 7291 460 7225 461 7214 462 7143 463 7288 464 7269 465 7008 466 7203 467 7208 468 7131 469 6944 470 6976 471 7091 472 6977 473 7074 474 7023 475 7101 476 6944 477 6959 478 6830 479 6959 480 6955 481 6998 482 6941 483 6732 484 6837 485 6918 486 6910 487 6797 488 6721 489 6708 490 6734 491 6681 492 6756 493 6825 494 6728 495 6887 496 6818 497 6727 498 6731 499 6527 500 6614 501 6611 502 6460 503 6560 504 6460 505 6611 506 6511 507 6549 508 6431 509 6464 510 6522 511 6437 512 6488 513 6459 514 6417 515 6387 516 6418 517 6308 518 6426 519 6209 520 6311 521 6443 522 6259 523 6340 524 6405 525 6393 526 6441 527 6336 528 6307 529 6271 530 6341 531 6296 532 6205 533 6311 534 6269 535 6231 536 6167 537 6337 538 6210 539 6282 540 6252 541 6192 542 6104 543 6187 544 6098 545 6318 546 6019 547 6222 548 6199 549 6135 550 6317 551 6138 552 6097 553 6117 554 6042 555 5952 556 6146 557 5999 558 6202 559 6103 560 6007 561 6029 562 6066 563 5974 564 6127 565 6047 566 6045 567 6031 568 6000 569 6075 570 5984 571 5958 572 6142 573 6000 574 6067 575 5958 576 6027 577 6015 578 5890 579 6109 580 6097 581 6066 582 5936 583 6092 584 5972 585 5936 586 5978 587 5929 588 5889 589 5935 590 5985 591 6064 592 6050 593 6072 594 6025 595 5902 596 5888 597 6020 598 5982 599 5925 600 6078 601 5920 602 5969 603 5940 604 5885 605 6083 606 5999 607 6036 608 5918 609 5947 610 5924 611 6136 612 5981 613 6102 614 5941 615 6032 616 5893 617 5862 618 5920 619 5857 620 5969 621 6057 622 5835 623 5903 624 5996 625 5980 626 5932 627 5815 628 5904 629 5813 630 5899 631 5876 632 5786 633 5919 634 5905 635 5807 636 5866 637 5776 638 5788 639 5812 640 5728 641 5713 642 5744 643 5733 644 5756 645 5790 646 5759 647 5828 648 5830 649 5806 650 5613 651 5632 652 5729 653 5683 654 5770 655 5818 656 5692 657 5693 658 5628 659 5589 660 5715 661 5732 662 5713 663 5719 664 5608 665 5745 666 5814 667 5748 668 5618 669 5600 670 5727 671 5654 672 5759 673 5617 674 5728 675 5694 676 5675 677 5716 678 5691 679 5587 680 5668 681 5696 682 5675 683 5795 684 5696 685 5743 686 5687 687 5481 688 5729 689 5721 690 5863 691 5680 692 5761 693 5789 694 5633 695 5699 696 5731 697 5742 698 5637 699 5635 700 5739 701 5719 702 5724 703 5685 704 5722 705 5802 706 5828 707 5753 708 5744 709 5838 710 5723 711 5715 712 5633 713 5756 714 5774 715 5857 716 5788 717 5764 718 5825 719 5866 720 5820 721 5780 722 5802 723 5597 724 5726 725 5732 726 5750 727 5690 728 5630 729 5655 730 5733 731 5635 732 5756 733 5648 734 5724 735 5546 736 5743 737 5592 738 5727 739 5671 740 5624 741 5705 742 5614 743 5761 744 5622 745 5702 746 5631 747 5577 748 5674 749 5658 750 5649 751 5698 752 5660 753 5605 754 5649 755 5610 756 5527 757 5695 758 5460 759 5737 760 5612 761 5740 762 5680 763 5576 764 5649 765 5747 766 5485 767 5561 768 5655 769 5573 770 5570 771 5486 772 5668 773 5619 774 5537 775 5477 776 5527 777 5566 778 5425 779 5562 780 5527 781 5536 782 5495 783 5589 784 5385 785 5478 786 5456 787 5495 788 5463 789 5575 790 5511 791 5571 792 5320 793 5393 794 5476 795 5564 796 5368 797 5523 798 5399 799 5561 800 5344 801 5337 802 5373 803 5533 804 5424 805 5451 806 5433 807 5373 808 5386 809 5329 810 5427 811 5363 812 5449 813 5400 814 5433 815 5358 816 5440 817 5442 818 5262 819 5259 820 5390 821 5362 822 5282 823 5372 824 5365 825 5426 826 5445 827 5398 828 5317 829 5315 830 5243 831 5216 832 5270 833 5337 834 5299 835 5288 836 5344 837 5490 838 5325 839 5308 840 5398 841 5278 842 5249 843 5244 844 5257 845 5401 846 5379 847 5306 848 5350 849 5269 850 5367 851 5305 852 5433 853 5354 854 5373 855 5234 856 5411 857 5326 858 5302 859 5388 860 5195 861 5268 862 5382 863 5323 864 5231 865 5321 866 5283 867 5288 868 5264 869 5318 870 5192 871 5373 872 5113 873 5160 874 5328 875 5290 876 5254 877 5192 878 5146 879 5208 880 5116 881 4964 882 5254 883 5322 884 5189 885 5026 886 5287 887 5180 888 5180 889 5266 890 5108 891 5060 892 4999 893 4949 894 4923 895 5174 896 5186 897 5126 898 5203 899 5072 900 5009 901 5097 902 5114 903 5020 904 4943 905 5102 906 5057 907 5065 908 4884 909 5001 910 4925 911 5107 912 5043 913 5064 914 5052 915 4969 916 5038 917 4975 918 4901 919 4938 920 4970 921 5006 922 4915 923 4850 924 4785 925 5004 926 4943 927 4797 928 5033 929 4858 930 4839 931 4773 932 4796 933 4771 934 4905 935 4933 936 4954 937 4975 938 4872 939 4792 940 5031 941 4886 942 4889 943 4843 944 5032 945 4835 946 4814 947 4827 948 4970 949 4823 950 4870 951 4763 952 4821 953 4839 954 4756 955 4724 956 4798 957 4844 958 4854 959 4854 960 4690 961 4798 962 4736 963 4790 964 4805 965 4680 966 4694 967 4563 968 4542 969 4696 970 4578 971 4800 972 4742 973 4721 974 4632 975 4744 976 4655 977 4665 978 4665 979 4594 980 4752 981 4641 982 4699 983 4657 984 4594 985 4707 986 4649 987 4631 988 4577 989 4550 990 4682 991 4453 992 4564 993 4528 994 4492 995 4466 996 4607 997 4504 998 4533 999 4598 1000 4675 1001 4538 1002 4604 1003 4598 1004 4519 1005 4586 1006 4613 1007 4511 1008 4508 1009 4471 1010 4635 1011 4501 1012 4511 1013 4606 1014 4431 1015 4557 1016 4494 1017 4605 1018 4617 1019 4510 1020 4444 1021 4570 1022 4570 1023 4570 1024 4578 1025 4471 1026 4411 1027 4459 1028 4482 1029 4534 1030 4458 1031 4418 1032 4418 1033 4489 1034 4501 1035 4463 1036 4563 1037 4377 1038 4380 1039 4490 1040 4427 1041 4392 1042 4350 1043 4512 1044 4363 1045 4405 1046 4477 1047 4510 1048 4413 1049 4505 1050 4485 1051 4436 1052 4476 1053 4456 1054 4504 1055 4337 1056 4579 1057 4518 1058 4380 1059 4489 1060 4455 1061 4429 1062 4369 1063 4569 1064 4469 1065 4451 1066 4444 1067 4426 1068 4462 1069 4467 1070 4491 1071 4444 1072 4498 1073 4570 1074 4546 1075 4501 1076 4467 1077 4594 1078 4491 1079 4529 1080 4494 1081 4484 1082 4469 1083 4454 1084 4517 1085 4505 1086 4442 1087 4511 1088 4517 1089 4628 1090 4554 1091 4534 1092 4485 1093 4473 1094 4551 1095 4646 1096 4599 1097 4592 1098 4494 1099 4536 1100 4621 1101 4516 1102 4508 1103 4508 1104 4493 1105 4449 1106 4436 1107 4627 1108 4510 1109 4481 1110 4480 1111 4503 1112 4418 1113 4289 1114 4397 1115 4417 1116 4402 1117 4520 1118 4492 1119 4450 1120 4436 1121 4511 1122 4435 1123 4531 1124 4379 1125 4421 1126 4602 1127 4430 1128 4533 1129 4410 1130 4416 1131 4560 1132 4368 1133 4431 1134 4471 1135 4573 1136 4475 1137 4498 1138 4573 1139 4444 1140 4534 1141 4333 1142 4374 1143 4368 1144 4485 1145 4390 1146 4400 1147 4425 1148 4353 1149 4374 1150 4339 1151 4490 1152 4321