## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606200.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606200.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606200.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:29:51 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 201 115 93 21 1294637 257.282078 232.435747 24721632 FR 47 89 125 157 187 225 735 2013 4515 8335 28515 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 4 24 12 25 9 26 13 27 12 28 12 29 21 30 23 31 215 32 207 33 210 34 222 35 223 36 222 37 210 38 251 39 252 40 243 41 249 42 255 43 268 44 284 45 271 46 289 47 331 48 333 49 306 50 343 51 388 52 440 53 468 54 518 55 591 56 622 57 800 58 924 59 1107 60 1301 61 1629 62 2034 63 2358 64 2842 65 3470 66 4197 67 5155 68 6056 69 7429 70 8877 71 10560 72 12504 73 14680 74 16714 75 19156 76 22064 77 24480 78 27732 79 30941 80 34803 81 38871 82 42832 83 47290 84 51643 85 55059 86 59609 87 64400 88 68774 89 73880 90 78819 91 83950 92 89480 93 94354 94 99161 95 103018 96 106635 97 110844 98 115233 99 118594 100 122325 101 126206 102 129359 103 132465 104 135929 105 137686 106 139231 107 141484 108 143174 109 143900 110 145573 111 146005 112 147551 113 148228 114 148946 115 149551 116 148699 117 148212 118 148052 119 147470 120 146990 121 146180 122 145603 123 145173 124 143691 125 143492 126 141918 127 140496 128 139411 129 137595 130 136332 131 135616 132 134303 133 132451 134 131158 135 130350 136 127887 137 126430 138 124708 139 122481 140 121233 141 119364 142 118094 143 116407 144 115161 145 113574 146 111450 147 109889 148 107717 149 107199 150 105285 151 103593 152 102696 153 100408 154 99489 155 98091 156 97027 157 95027 158 93643 159 92494 160 90645 161 89517 162 88020 163 87308 164 85803 165 84604 166 83595 167 82027 168 80904 169 79810 170 77973 171 76793 172 75963 173 74479 174 74154 175 73090 176 72029 177 71385 178 70469 179 68961 180 68187 181 67538 182 66193 183 65682 184 64647 185 64066 186 62789 187 62052 188 61098 189 61168 190 60155 191 59060 192 58837 193 57610 194 57228 195 56538 196 55658 197 55088 198 54157 199 53611 200 53254 201 52681 202 51642 203 50984 204 50605 205 49917 206 49525 207 48737 208 48195 209 47906 210 47021 211 45988 212 45871 213 45325 214 44819 215 44316 216 43525 217 43266 218 42696 219 41882 220 41705 221 41171 222 40269 223 40075 224 39243 225 39168 226 39092 227 38176 228 37833 229 37353 230 36788 231 36174 232 36111 233 35666 234 35154 235 34855 236 34282 237 33823 238 33781 239 33234 240 32540 241 32250 242 31629 243 31634 244 31149 245 31025 246 30401 247 30058 248 30097 249 29154 250 28806 251 28934 252 28208 253 27743 254 27365 255 27232 256 26778 257 26395 258 26024 259 25874 260 25721 261 25327 262 24895 263 24625 264 24050 265 23954 266 23894 267 23434 268 22905 269 22894 270 22923 271 22558 272 22179 273 22035 274 21658 275 21627 276 21080 277 20892 278 20721 279 20421 280 20348 281 19940 282 19691 283 19367 284 19102 285 19163 286 18625 287 18619 288 18550 289 18285 290 18186 291 17703 292 17685 293 17437 294 17217 295 17015 296 16866 297 16517 298 16476 299 16246 300 16032 301 15899 302 15798 303 15583 304 15437 305 15207 306 14971 307 14822 308 14766 309 14433 310 14275 311 14363 312 13942 313 14045 314 13868 315 13703 316 13449 317 13301 318 13145 319 13006 320 12744 321 12795 322 12596 323 12413 324 12518 325 12214 326 11949 327 12146 328 11696 329 11694 330 11703 331 11465 332 11382 333 11294 334 11259 335 10996 336 10825 337 10897 338 10827 339 10605 340 10539 341 10462 342 10591 343 10371 344 10303 345 10209 346 10031 347 10105 348 9916 349 9727 350 9746 351 9695 352 9410 353 9549 354 9475 355 9203 356 9105 357 9184 358 9121 359 9140 360 9076 361 8874 362 8734 363 8830 364 8750 365 8636 366 8467 367 8488 368 8336 369 8399 370 8333 371 8251 372 8109 373 8130 374 8066 375 8106 376 7978 377 8016 378 7842 379 7893 380 7919 381 7774 382 7698 383 7613 384 7552 385 7554 386 7573 387 7529 388 7511 389 7379 390 7421 391 7263 392 7403 393 7300 394 7351 395 7270 396 7236 397 7071 398 7020 399 7088 400 6961 401 6901 402 6919 403 6984 404 7011 405 6680 406 6800 407 6683 408 6676 409 6692 410 6675 411 6562 412 6598 413 6552 414 6566 415 6600 416 6472 417 6452 418 6591 419 6515 420 6489 421 6387 422 6371 423 6392 424 6404 425 6250 426 6234 427 6257 428 6128 429 6185 430 6178 431 6061 432 5962 433 6041 434 6044 435 6050 436 6111 437 5930 438 5972 439 5961 440 5997 441 6062 442 5886 443 5840 444 5741 445 5731 446 5754 447 5752 448 5821 449 5650 450 5655 451 5736 452 5730 453 5852 454 5755 455 5669 456 5516 457 5539 458 5556 459 5558 460 5572 461 5614 462 5622 463 5472 464 5488 465 5563 466 5415 467 5413 468 5397 469 5281 470 5473 471 5307 472 5330 473 5334 474 5390 475 5440 476 5256 477 5367 478 5170 479 5150 480 5278 481 5144 482 5279 483 5160 484 5192 485 5258 486 5128 487 5258 488 5227 489 5265 490 5064 491 5201 492 5066 493 5085 494 5066 495 5112 496 5137 497 5170 498 5201 499 5027 500 5008 501 5015 502 5034 503 4861 504 4989 505 4886 506 4989 507 4926 508 4881 509 4886 510 4955 511 4868 512 4918 513 4822 514 4903 515 4944 516 4841 517 4849 518 4751 519 4852 520 4893 521 4930 522 4905 523 4858 524 4818 525 4872 526 4877 527 4890 528 4892 529 4676 530 4892 531 4925 532 4830 533 4642 534 4813 535 4816 536 4660 537 4783 538 4829 539 4696 540 4770 541 4817 542 4778 543 4774 544 4663 545 4701 546 4570 547 4705 548 4721 549 4741 550 4741 551 4763 552 4622 553 4720 554 4655 555 4647 556 4790 557 4601 558 4597 559 4655 560 4455 561 4655 562 4650 563 4566 564 4560 565 4646 566 4566 567 4534 568 4612 569 4676 570 4586 571 4669 572 4687 573 4675 574 4714 575 4552 576 4574 577 4723 578 4602 579 4589 580 4593 581 4631 582 4455 583 4566 584 4568 585 4611 586 4579 587 4560 588 4498 589 4490 590 4544 591 4543 592 4614 593 4413 594 4553 595 4472 596 4596 597 4511 598 4580 599 4590 600 4466 601 4458 602 4507 603 4472 604 4533 605 4547 606 4559 607 4612 608 4410 609 4587 610 4511 611 4585 612 4600 613 4562 614 4450 615 4520 616 4581 617 4550 618 4588 619 4354 620 4515 621 4462 622 4437 623 4517 624 4425 625 4509 626 4557 627 4518 628 4501 629 4481 630 4534 631 4485 632 4443 633 4477 634 4476 635 4415 636 4462 637 4480 638 4475 639 4435 640 4473 641 4459 642 4410 643 4433 644 4394 645 4424 646 4359 647 4380 648 4453 649 4421 650 4357 651 4386 652 4349 653 4328 654 4321 655 4407 656 4401 657 4387 658 4400 659 4321 660 4343 661 4406 662 4288 663 4304 664 4420 665 4437 666 4321 667 4346 668 4400 669 4295 670 4336 671 4412 672 4383 673 4324 674 4476 675 4368 676 4416 677 4340 678 4368 679 4404 680 4267 681 4462 682 4333 683 4294 684 4354 685 4378 686 4377 687 4342 688 4365 689 4293 690 4333 691 4362 692 4466 693 4421 694 4308 695 4301 696 4510 697 4302 698 4405 699 4309 700 4421 701 4285 702 4376 703 4294 704 4435 705 4360 706 4379 707 4234 708 4331 709 4404 710 4239 711 4411 712 4340 713 4298 714 4370 715 4267 716 4377 717 4431 718 4378 719 4357 720 4296 721 4392 722 4367 723 4409 724 4370 725 4293 726 4364 727 4340 728 4406 729 4286 730 4425 731 4261 732 4241 733 4288 734 4257 735 4263 736 4362 737 4289 738 4288 739 4333 740 4260 741 4283 742 4279 743 4365 744 4253 745 4244 746 4183 747 4262 748 4295 749 4216 750 4374 751 4207 752 4228 753 4367 754 4255 755 4244 756 4331 757 4301 758 4280 759 4290 760 4197 761 4258 762 4284 763 4297 764 4188 765 4330 766 4289 767 4262 768 4219 769 4242 770 4208 771 4225 772 4187 773 4230 774 4197 775 4222 776 4185 777 4185 778 4230 779 4224 780 4156 781 4149 782 4169 783 4226 784 4184 785 4198 786 4126 787 4028 788 4284 789 4178 790 4144 791 4262 792 4162 793 4079 794 4122 795 4087 796 4123 797 4007 798 4184 799 4127 800 4150 801 4148 802 4127 803 4039 804 4173 805 4109 806 4142 807 4133 808 4103 809 4145 810 4177 811 4198 812 4048 813 4001 814 4100 815 4029 816 4172 817 4108 818 4106 819 4098 820 4232 821 4073 822 4079 823 4074 824 4161 825 4136 826 4222 827 4109 828 4122 829 4135 830 4060 831 4092 832 4060 833 4086 834 4125 835 4072 836 4086 837 4156 838 4011 839 4064 840 4189 841 4150 842 4083 843 4173 844 4076 845 4101 846 4069 847 3940 848 4080 849 4068 850 4095 851 4126 852 4087 853 4131 854 4035 855 4058 856 4075 857 4002 858 4024 859 4144 860 4016 861 4080 862 4050 863 4091 864 4019 865 4013 866 4004 867 4008 868 4071 869 4030 870 3977 871 4029 872 4021 873 3957 874 3912 875 4010 876 4037 877 3871 878 4025 879 3990 880 3988 881 3863 882 3859 883 3877 884 3993 885 3814 886 3929 887 3901 888 3988 889 3869 890 3935 891 3838 892 3914 893 3858 894 3883 895 3853 896 3879 897 3860 898 3873 899 3847 900 3748 901 3925 902 3840 903 3817 904 3833 905 3779 906 3815 907 3940 908 3864 909 3825 910 3839 911 3804 912 3836 913 3817 914 3716 915 3850 916 3887 917 3768 918 3716 919 3705 920 3698 921 3731 922 3752 923 3784 924 3719 925 3734 926 3725 927 3779 928 3643 929 3713 930 3732 931 3647 932 3649 933 3708 934 3677 935 3708 936 3668 937 3681 938 3608 939 3799 940 3729 941 3587 942 3718 943 3581 944 3726 945 3684 946 3758 947 3622 948 3719 949 3515 950 3622 951 3569 952 3511 953 3697 954 3584 955 3671 956 3590 957 3709 958 3675 959 3604 960 3676 961 3542 962 3522 963 3692 964 3605 965 3605 966 3615 967 3576 968 3496 969 3457 970 3513 971 3515 972 3693 973 3557 974 3541 975 3633 976 3512 977 3731 978 3594 979 3514 980 3556 981 3480 982 3700 983 3533 984 3556 985 3496 986 3537 987 3475 988 3491 989 3462 990 3469 991 3376 992 3479 993 3506 994 3433 995 3664 996 3487 997 3562 998 3455 999 3398 1000 3460 1001 3505 1002 3347 1003 3489 1004 3478 1005 3357 1006 3440 1007 3446 1008 3421 1009 3369 1010 3421 1011 3438 1012 3361 1013 3439 1014 3410 1015 3447 1016 3395 1017 3409 1018 3566 1019 3416 1020 3580 1021 3404 1022 3413 1023 3466 1024 3345 1025 3370 1026 3347 1027 3410 1028 3396 1029 3373 1030 3284 1031 3288 1032 3355 1033 3418 1034 3448 1035 3428 1036 3403 1037 3386 1038 3349 1039 3323 1040 3349 1041 3280 1042 3431 1043 3417 1044 3292 1045 3449 1046 3428 1047 3261 1048 3342 1049 3341 1050 3372 1051 3463 1052 3312 1053 3371 1054 3287 1055 3375 1056 3326 1057 3383 1058 3440 1059 3414 1060 3359 1061 3350 1062 3304 1063 3457 1064 3378 1065 3386 1066 3319 1067 3415 1068 3396 1069 3302 1070 3361 1071 3431 1072 3378 1073 3469 1074 3420 1075 3390 1076 3375 1077 3407 1078 3351 1079 3439 1080 3414 1081 3392 1082 3445 1083 3296 1084 3444 1085 3488 1086 3457 1087 3413 1088 3415 1089 3376 1090 3504 1091 3368 1092 3468 1093 3385 1094 3498 1095 3476 1096 3393 1097 3495 1098 3460 1099 3369 1100 3433 1101 3396 1102 3395 1103 3393 1104 3464 1105 3307 1106 3392 1107 3459 1108 3366 1109 3407 1110 3366 1111 3314 1112 3311 1113 3416 1114 3446 1115 3390 1116 3401 1117 3318 1118 3412 1119 3335 1120 3411 1121 3394 1122 3417 1123 3414 1124 3361 1125 3336 1126 3356 1127 3371 1128 3346 1129 3331 1130 3333 1131 3409