## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606199.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606199.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606199.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:24:55 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 186 112 85 21 1294579 233.768917 208.458205 19657912 FR 45 85 117 145 171 207 641 1881 4257 7879 26829 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 1 23 2 24 2 25 4 26 12 27 15 28 24 29 20 30 26 31 214 32 189 33 180 34 220 35 182 36 205 37 197 38 208 39 225 40 243 41 244 42 204 43 259 44 281 45 292 46 275 47 301 48 307 49 372 50 404 51 456 52 605 53 650 54 745 55 959 56 1145 57 1488 58 1912 59 2297 60 2889 61 3696 62 4472 63 5538 64 6474 65 7850 66 9319 67 11140 68 12778 69 15251 70 17517 71 20321 72 23012 73 25697 74 28883 75 31865 76 35618 77 38770 78 42992 79 46700 80 50693 81 54845 82 59765 83 63723 84 68189 85 71705 86 75676 87 79765 88 84266 89 87677 90 91899 91 96431 92 99591 93 103391 94 107075 95 110316 96 112111 97 114800 98 117010 99 118467 100 120527 101 123313 102 123996 103 126547 104 128120 105 128968 106 129437 107 128973 108 130102 109 129629 110 129515 111 129542 112 130498 113 129606 114 130039 115 129509 116 129175 117 127196 118 126606 119 124839 120 123006 121 122356 122 120960 123 119477 124 118444 125 117061 126 115661 127 113436 128 112460 129 109835 130 108173 131 106643 132 104586 133 102571 134 101544 135 99323 136 98236 137 96666 138 94946 139 92792 140 91105 141 88505 142 87687 143 85799 144 84039 145 82861 146 81388 147 80002 148 78044 149 77248 150 75496 151 74326 152 72188 153 71028 154 70096 155 68911 156 67439 157 66762 158 65618 159 64415 160 63643 161 61794 162 61704 163 59681 164 59158 165 58440 166 57178 167 56467 168 55592 169 54584 170 53699 171 53094 172 52534 173 51359 174 50756 175 50105 176 49422 177 48596 178 48342 179 47518 180 46945 181 46791 182 45504 183 45019 184 44084 185 43708 186 43323 187 42877 188 42515 189 41812 190 41526 191 41021 192 40458 193 39821 194 39240 195 39044 196 38416 197 37974 198 37553 199 37455 200 36668 201 36201 202 35750 203 35172 204 35006 205 34705 206 34292 207 33638 208 33494 209 33275 210 32748 211 32310 212 32081 213 31506 214 31004 215 31082 216 30292 217 29897 218 29436 219 29184 220 29100 221 28576 222 28088 223 27800 224 27753 225 27412 226 26978 227 26760 228 26490 229 25587 230 25492 231 25352 232 25284 233 25030 234 24299 235 24122 236 23808 237 23815 238 23554 239 23323 240 22910 241 22723 242 22054 243 21801 244 21493 245 21434 246 21478 247 20966 248 20580 249 20351 250 20057 251 19907 252 19522 253 19558 254 19386 255 18909 256 18931 257 18494 258 18215 259 18167 260 17847 261 17808 262 17563 263 17322 264 17040 265 16963 266 16595 267 16665 268 16298 269 16044 270 15982 271 15791 272 15565 273 15216 274 15191 275 15435 276 14916 277 14633 278 14514 279 14390 280 14307 281 14051 282 14180 283 13538 284 13471 285 13490 286 13432 287 13094 288 13052 289 13049 290 12881 291 12613 292 12587 293 12355 294 12227 295 11954 296 11924 297 11521 298 11642 299 11615 300 11524 301 11166 302 11300 303 11173 304 11099 305 10614 306 10668 307 10544 308 10552 309 10445 310 10034 311 10056 312 10038 313 9966 314 9696 315 9778 316 9584 317 9654 318 9490 319 9370 320 9195 321 9236 322 9138 323 9077 324 8926 325 8823 326 8865 327 8566 328 8647 329 8643 330 8401 331 8365 332 8180 333 8120 334 8124 335 7863 336 7968 337 7800 338 7799 339 7725 340 7530 341 7744 342 7443 343 7403 344 7501 345 7325 346 7174 347 7226 348 7220 349 6887 350 6933 351 7017 352 6843 353 6980 354 6840 355 6682 356 6663 357 6805 358 6492 359 6546 360 6511 361 6455 362 6397 363 6544 364 6339 365 6376 366 6248 367 6311 368 6189 369 6207 370 6107 371 6025 372 6015 373 5994 374 6082 375 5954 376 5847 377 5964 378 5920 379 5956 380 5821 381 5574 382 5748 383 5760 384 5744 385 5738 386 5653 387 5585 388 5711 389 5556 390 5584 391 5454 392 5387 393 5496 394 5468 395 5459 396 5485 397 5335 398 5432 399 5294 400 5249 401 5209 402 5282 403 5246 404 5171 405 5128 406 5317 407 5213 408 5045 409 5152 410 5059 411 5066 412 4972 413 5030 414 4952 415 4977 416 5053 417 4995 418 4973 419 4998 420 4952 421 4828 422 4948 423 4989 424 4920 425 4800 426 4757 427 4759 428 4754 429 4677 430 4666 431 4610 432 4869 433 4677 434 4685 435 4672 436 4564 437 4654 438 4535 439 4541 440 4541 441 4594 442 4560 443 4460 444 4490 445 4506 446 4453 447 4383 448 4339 449 4479 450 4460 451 4388 452 4439 453 4314 454 4396 455 4368 456 4283 457 4321 458 4332 459 4260 460 4296 461 4241 462 4266 463 4288 464 4199 465 4181 466 4223 467 4229 468 4234 469 4301 470 4144 471 4218 472 4116 473 4158 474 4192 475 4131 476 4179 477 4178 478 4187 479 4039 480 4257 481 4048 482 4168 483 4095 484 4120 485 4058 486 4047 487 4072 488 3999 489 4029 490 4017 491 4060 492 3907 493 4047 494 3990 495 4016 496 4111 497 3902 498 3967 499 3958 500 3930 501 4052 502 3818 503 3969 504 3843 505 3815 506 3897 507 3797 508 3854 509 3731 510 3815 511 3733 512 3909 513 3780 514 3743 515 4018 516 3775 517 3773 518 3791 519 3799 520 3819 521 3764 522 3743 523 3783 524 3779 525 3781 526 3744 527 3723 528 3762 529 3766 530 3787 531 3736 532 3789 533 3754 534 3723 535 3747 536 3742 537 3624 538 3700 539 3710 540 3770 541 3800 542 3697 543 3706 544 3660 545 3742 546 3718 547 3794 548 3620 549 3582 550 3712 551 3591 552 3671 553 3679 554 3720 555 3554 556 3709 557 3610 558 3617 559 3653 560 3654 561 3621 562 3706 563 3553 564 3764 565 3615 566 3598 567 3669 568 3665 569 3670 570 3542 571 3591 572 3672 573 3641 574 3663 575 3710 576 3487 577 3562 578 3540 579 3690 580 3701 581 3623 582 3619 583 3604 584 3589 585 3621 586 3576 587 3650 588 3565 589 3633 590 3657 591 3636 592 3590 593 3652 594 3749 595 3651 596 3583 597 3517 598 3554 599 3645 600 3658 601 3622 602 3614 603 3543 604 3546 605 3575 606 3620 607 3651 608 3482 609 3567 610 3654 611 3715 612 3600 613 3628 614 3509 615 3606 616 3612 617 3482 618 3635 619 3495 620 3513 621 3609 622 3626 623 3570 624 3596 625 3549 626 3581 627 3523 628 3523 629 3517 630 3625 631 3566 632 3492 633 3465 634 3512 635 3551 636 3514 637 3450 638 3481 639 3438 640 3470 641 3399 642 3427 643 3468 644 3431 645 3467 646 3485 647 3535 648 3506 649 3449 650 3505 651 3448 652 3418 653 3466 654 3471 655 3448 656 3438 657 3519 658 3401 659 3533 660 3376 661 3449 662 3385 663 3442 664 3452 665 3475 666 3502 667 3512 668 3517 669 3404 670 3403 671 3495 672 3422 673 3488 674 3429 675 3434 676 3480 677 3506 678 3440 679 3499 680 3421 681 3423 682 3387 683 3502 684 3402 685 3409 686 3437 687 3323 688 3485 689 3615 690 3474 691 3410 692 3416 693 3543 694 3420 695 3470 696 3423 697 3454 698 3493 699 3512 700 3580 701 3478 702 3503 703 3416 704 3455 705 3424 706 3487 707 3410 708 3447 709 3483 710 3464 711 3394 712 3345 713 3399 714 3441 715 3509 716 3543 717 3479 718 3385 719 3363 720 3449 721 3461 722 3399 723 3338 724 3416 725 3461 726 3445 727 3463 728 3440 729 3378 730 3489 731 3429 732 3472 733 3518 734 3343 735 3435 736 3346 737 3306 738 3319 739 3487 740 3448 741 3494 742 3343 743 3485 744 3324 745 3335 746 3538 747 3451 748 3443 749 3298 750 3356 751 3414 752 3345 753 3301 754 3403 755 3326 756 3374 757 3337 758 3295 759 3351 760 3395 761 3251 762 3436 763 3410 764 3398 765 3305 766 3351 767 3376 768 3314 769 3334 770 3252 771 3280 772 3296 773 3315 774 3339 775 3296 776 3177 777 3311 778 3252 779 3338 780 3272 781 3359 782 3387 783 3288 784 3299 785 3223 786 3269 787 3296 788 3339 789 3307 790 3298 791 3262 792 3252 793 3222 794 3248 795 3300 796 3266 797 3209 798 3262 799 3272 800 3280 801 3304 802 3294 803 3193 804 3218 805 3249 806 3294 807 3331 808 3279 809 3223 810 3248 811 3233 812 3330 813 3230 814 3290 815 3256 816 3221 817 3143 818 3256 819 3338 820 3333 821 3193 822 3203 823 3259 824 3218 825 3217 826 3279 827 3173 828 3168 829 3284 830 3145 831 3245 832 3253 833 3267 834 3214 835 3161 836 3181 837 3192 838 3160 839 3233 840 3226 841 3172 842 3211 843 3180 844 3199 845 3303 846 3204 847 3272 848 3183 849 3234 850 3273 851 3207 852 3222 853 3247 854 3222 855 3253 856 3324 857 3211 858 3249 859 3166 860 3271 861 3161 862 3124 863 3181 864 3154 865 3184 866 3203 867 3138 868 3089 869 3188 870 3101 871 3131 872 3124 873 3098 874 3082 875 3145 876 3136 877 3063 878 3137 879 3103 880 3068 881 3038 882 3040 883 3065 884 3069 885 3079 886 3058 887 3028 888 3029 889 2947 890 3032 891 3010 892 3092 893 3103 894 2904 895 3152 896 3038 897 3036 898 3030 899 3011 900 3018 901 2997 902 2896 903 3051 904 2841 905 2992 906 2958 907 2980 908 3056 909 3017 910 2951 911 2966 912 3033 913 2871 914 2930 915 2957 916 2987 917 2924 918 2900 919 2915 920 2912 921 2902 922 2816 923 2945 924 2898 925 2832 926 2830 927 2878 928 2885 929 2897 930 2837 931 2956 932 2896 933 2876 934 2975 935 2913 936 2890 937 2917 938 2857 939 2882 940 2819 941 2876 942 2901 943 2819 944 2835 945 2771 946 2908 947 2817 948 2840 949 2837 950 2829 951 2874 952 2904 953 2821 954 2831 955 2846 956 2829 957 2838 958 2782 959 2784 960 2827 961 2755 962 2805 963 2719 964 2818 965 2811 966 2875 967 2850 968 2690 969 2757 970 2717 971 2784 972 2774 973 2751 974 2748 975 2775 976 2817 977 2687 978 2779 979 2749 980 2691 981 2789 982 2781 983 2676 984 2677 985 2725 986 2672 987 2717 988 2675 989 2763 990 2706 991 2697 992 2656 993 2654 994 2740 995 2640 996 2662 997 2831 998 2678 999 2622 1000 2694 1001 2727 1002 2674 1003 2654 1004 2747 1005 2658 1006 2715 1007 2746 1008 2673 1009 2678 1010 2601 1011 2696 1012 2686 1013 2621 1014 2620 1015 2679 1016 2653 1017 2695 1018 2652 1019 2672 1020 2633 1021 2631 1022 2705 1023 2640 1024 2603 1025 2659 1026 2599 1027 2648 1028 2584 1029 2622 1030 2558 1031 2628 1032 2574 1033 2730 1034 2601 1035 2563 1036 2599