## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606198.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606198.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606198.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:32:00 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 212 115 105 21 3080466 282.237932 269.50166 30781493 FR 53 101 143 179 211 255 857 2173 4849 8887 30067 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 3 23 6 24 9 25 13 26 21 27 32 28 30 29 31 30 58 31 366 32 336 33 334 34 321 35 349 36 349 37 349 38 371 39 370 40 388 41 416 42 392 43 366 44 430 45 429 46 461 47 495 48 490 49 542 50 653 51 712 52 856 53 906 54 1042 55 1301 56 1585 57 1956 58 2412 59 2969 60 3663 61 4429 62 5627 63 6498 64 7787 65 9455 66 10889 67 12876 68 14937 69 17301 70 20062 71 22801 72 26042 73 29065 74 32024 75 35748 76 39313 77 43086 78 47054 79 51309 80 55676 81 60311 82 65532 83 70116 84 74308 85 79121 86 84049 87 88972 88 93669 89 98665 90 103384 91 108430 92 113040 93 118350 94 122690 95 126348 96 129835 97 133296 98 136400 99 139841 100 143957 101 147565 102 149472 103 152814 104 153878 105 156478 106 157701 107 159208 108 160436 109 161216 110 162055 111 163555 112 164717 113 165129 114 164815 115 165789 116 165262 117 164516 118 164512 119 164250 120 163634 121 161984 122 162245 123 161121 124 160859 125 159496 126 158556 127 156602 128 155565 129 154565 130 153143 131 152348 132 150313 133 149008 134 147884 135 147433 136 144904 137 143270 138 141868 139 140076 140 138658 141 136197 142 135828 143 133613 144 132243 145 130652 146 129019 147 127601 148 125782 149 123356 150 122450 151 120983 152 119191 153 117534 154 115645 155 114174 156 112717 157 111917 158 110524 159 109071 160 106919 161 105479 162 104673 163 103196 164 102224 165 100107 166 99568 167 97815 168 97088 169 96075 170 93935 171 92949 172 92246 173 90608 174 89623 175 88264 176 87964 177 86941 178 85943 179 84605 180 83462 181 82024 182 80992 183 80665 184 79864 185 78810 186 77953 187 76663 188 75959 189 74716 190 74271 191 73034 192 72409 193 71808 194 71035 195 70056 196 69349 197 68686 198 67735 199 66828 200 65911 201 65748 202 64406 203 63609 204 63145 205 62905 206 62139 207 61457 208 60483 209 60305 210 59570 211 58810 212 58512 213 57829 214 56286 215 55958 216 55199 217 54903 218 54633 219 53989 220 52988 221 52627 222 51618 223 51112 224 50662 225 50554 226 50015 227 49480 228 48627 229 48248 230 47588 231 46987 232 46762 233 46058 234 45338 235 45284 236 44715 237 43709 238 43833 239 42738 240 42358 241 41824 242 41513 243 40725 244 40635 245 40094 246 39517 247 39235 248 38611 249 37993 250 37824 251 37392 252 36865 253 36414 254 35997 255 35612 256 35359 257 35186 258 34584 259 34007 260 33418 261 33128 262 33267 263 32480 264 32250 265 31648 266 31354 267 31065 268 30958 269 30236 270 30076 271 29678 272 29494 273 29060 274 28630 275 28494 276 28083 277 27811 278 27233 279 27118 280 26963 281 26601 282 26119 283 25699 284 25838 285 25324 286 25044 287 24636 288 24170 289 24057 290 23873 291 23937 292 23449 293 23297 294 22855 295 22557 296 22527 297 22065 298 22015 299 21737 300 21297 301 21379 302 20777 303 20930 304 20404 305 20232 306 20252 307 19683 308 19785 309 19507 310 19265 311 19279 312 18595 313 18675 314 18630 315 18210 316 18017 317 17975 318 17796 319 17625 320 17429 321 17136 322 17138 323 16840 324 16476 325 16544 326 16176 327 15969 328 15972 329 15810 330 15619 331 15590 332 15418 333 15485 334 14859 335 14859 336 14677 337 14635 338 14552 339 14469 340 14093 341 13989 342 13957 343 13743 344 13771 345 13429 346 13263 347 13183 348 13152 349 13098 350 12851 351 12950 352 12797 353 12707 354 12408 355 12297 356 12192 357 12135 358 12069 359 12240 360 11847 361 11882 362 11573 363 11465 364 11548 365 11499 366 11544 367 11246 368 11189 369 10914 370 11033 371 10984 372 10742 373 10839 374 10840 375 10618 376 10511 377 10501 378 10479 379 10531 380 10365 381 10330 382 10222 383 10023 384 9995 385 10098 386 9798 387 9949 388 9732 389 9668 390 9554 391 9617 392 9578 393 9613 394 9565 395 9526 396 9343 397 9198 398 9331 399 9301 400 9231 401 9141 402 9129 403 9032 404 8936 405 9020 406 8811 407 8974 408 8834 409 8747 410 8769 411 8582 412 8754 413 8631 414 8580 415 8615 416 8465 417 8398 418 8449 419 8298 420 8312 421 8515 422 8493 423 8235 424 8108 425 8086 426 8080 427 8196 428 7939 429 8056 430 8081 431 7903 432 7817 433 7741 434 7647 435 7908 436 7717 437 7817 438 7580 439 7606 440 7686 441 7675 442 7656 443 7367 444 7533 445 7455 446 7652 447 7491 448 7335 449 7392 450 7528 451 7345 452 7260 453 7231 454 7235 455 7338 456 7216 457 7086 458 7164 459 7178 460 7071 461 7043 462 7127 463 6969 464 7159 465 6869 466 7035 467 7011 468 7003 469 6914 470 6858 471 6754 472 6876 473 6949 474 6941 475 6726 476 6742 477 6776 478 6668 479 6727 480 6669 481 6744 482 6685 483 6813 484 6694 485 6772 486 6557 487 6650 488 6733 489 6489 490 6523 491 6503 492 6528 493 6527 494 6571 495 6524 496 6360 497 6376 498 6567 499 6406 500 6291 501 6304 502 6271 503 6413 504 6255 505 6265 506 6287 507 6199 508 6192 509 6343 510 6142 511 6163 512 6210 513 6053 514 6175 515 6252 516 6079 517 6194 518 6141 519 6114 520 6137 521 6220 522 6041 523 6044 524 6056 525 6068 526 6015 527 6176 528 6143 529 6002 530 6013 531 5912 532 5985 533 6117 534 5947 535 5941 536 5965 537 6115 538 5917 539 6023 540 6015 541 5831 542 5843 543 5826 544 5902 545 5950 546 5948 547 5861 548 5940 549 5928 550 5895 551 5811 552 5794 553 5882 554 5798 555 5844 556 5853 557 5838 558 5830 559 5834 560 5776 561 5839 562 5842 563 5854 564 5691 565 5859 566 5848 567 5871 568 5836 569 5830 570 5768 571 5817 572 5823 573 5725 574 5766 575 5927 576 5856 577 5711 578 5703 579 5759 580 5675 581 5831 582 5772 583 5728 584 5799 585 5689 586 5667 587 5707 588 5834 589 5761 590 5817 591 5731 592 5757 593 5734 594 5873 595 5549 596 5724 597 5600 598 5721 599 5682 600 5841 601 5839 602 5667 603 5789 604 5837 605 5800 606 5826 607 5763 608 5688 609 5754 610 5795 611 5861 612 5556 613 5696 614 5786 615 5670 616 5766 617 5568 618 5595 619 5722 620 5652 621 5682 622 5799 623 5717 624 5665 625 5655 626 5640 627 5678 628 5528 629 5622 630 5553 631 5741 632 5612 633 5682 634 5593 635 5483 636 5578 637 5586 638 5647 639 5677 640 5605 641 5580 642 5595 643 5654 644 5526 645 5599 646 5591 647 5521 648 5539 649 5442 650 5649 651 5492 652 5573 653 5622 654 5470 655 5476 656 5492 657 5353 658 5590 659 5599 660 5545 661 5450 662 5532 663 5473 664 5438 665 5607 666 5561 667 5488 668 5476 669 5522 670 5577 671 5527 672 5448 673 5568 674 5469 675 5464 676 5642 677 5341 678 5534 679 5562 680 5348 681 5389 682 5560 683 5452 684 5348 685 5496 686 5497 687 5468 688 5561 689 5529 690 5459 691 5514 692 5504 693 5528 694 5531 695 5444 696 5429 697 5473 698 5515 699 5555 700 5398 701 5560 702 5503 703 5404 704 5455 705 5515 706 5552 707 5510 708 5439 709 5443 710 5399 711 5456 712 5603 713 5489 714 5488 715 5539 716 5383 717 5605 718 5527 719 5494 720 5528 721 5454 722 5363 723 5499 724 5595 725 5522 726 5500 727 5513 728 5400 729 5381 730 5404 731 5424 732 5429 733 5374 734 5481 735 5512 736 5432 737 5444 738 5366 739 5345 740 5460 741 5435 742 5371 743 5425 744 5365 745 5422 746 5399 747 5279 748 5501 749 5388 750 5299 751 5391 752 5295 753 5359 754 5342 755 5463 756 5316 757 5334 758 5388 759 5256 760 5301 761 5350 762 5343 763 5395 764 5335 765 5348 766 5404 767 5349 768 5405 769 5178 770 5227 771 5316 772 5311 773 5317 774 5333 775 5327 776 5352 777 5262 778 5407 779 5244 780 5249 781 5201 782 5287 783 5232 784 5331 785 5357 786 5369 787 5172 788 5241 789 5222 790 5315 791 5237 792 5174 793 5116 794 5221 795 5203 796 5225 797 5303 798 5210 799 5322 800 5244 801 5271 802 5227 803 5180 804 5196 805 5133 806 5335 807 5150 808 5208 809 5223 810 5157 811 5134 812 5206 813 5137 814 5259 815 5223 816 5356 817 5208 818 5181 819 5192 820 5162 821 5190 822 5245 823 5195 824 5282 825 5185 826 5149 827 5277 828 5144 829 5144 830 5222 831 5141 832 5184 833 5238 834 5107 835 5222 836 5270 837 5146 838 5137 839 5241 840 5221 841 5205 842 5186 843 5196 844 5143 845 5225 846 5035 847 5120 848 5166 849 5127 850 5098 851 5147 852 5131 853 5232 854 5215 855 5095 856 5167 857 5207 858 5222 859 5094 860 5171 861 5184 862 5099 863 5202 864 5160 865 5061 866 5194 867 5049 868 5042 869 5135 870 5123 871 5271 872 5152 873 5172 874 5159 875 5063 876 5010 877 5253 878 5069 879 5064 880 5114 881 5007 882 5047 883 4954 884 4961 885 4999 886 5057 887 4979 888 5000 889 4990 890 4945 891 4907 892 4886 893 4891 894 4941 895 5081 896 4867 897 4877 898 4846 899 4975 900 4910 901 4965 902 4861 903 4829 904 4923 905 4789 906 5027 907 4935 908 4843 909 4899 910 4837 911 4901 912 4948 913 4828 914 4939 915 4770 916 4752 917 4779 918 4812 919 4846 920 4656 921 4807 922 4700 923 4814 924 4774 925 4894 926 4639 927 4758 928 4693 929 4687 930 4641 931 4690 932 4732 933 4762 934 4626 935 4801 936 4639 937 4702 938 4700 939 4648 940 4782 941 4632 942 4740 943 4760 944 4700 945 4708 946 4717 947 4632 948 4716 949 4624 950 4719 951 4529 952 4784 953 4768 954 4681 955 4606 956 4556 957 4571 958 4622 959 4676 960 4602 961 4573 962 4594 963 4666 964 4545 965 4561 966 4627 967 4653 968 4649 969 4558 970 4549 971 4616 972 4444 973 4590 974 4626 975 4546 976 4433 977 4573 978 4527 979 4507 980 4374 981 4528 982 4608 983 4513 984 4527 985 4486 986 4538 987 4354 988 4455 989 4566 990 4414 991 4459 992 4440 993 4435 994 4333 995 4393 996 4480 997 4495 998 4308 999 4349 1000 4399 1001 4491 1002 4287 1003 4485 1004 4432 1005 4313 1006 4413 1007 4487 1008 4374 1009 4451 1010 4507 1011 4468 1012 4412 1013 4394 1014 4297 1015 4266 1016 4324 1017 4304 1018 4338 1019 4501 1020 4530 1021 4375 1022 4383 1023 4376 1024 4289 1025 4302 1026 4407 1027 4383 1028 4352 1029 4313 1030 4327 1031 4328 1032 4381 1033 4284 1034 4372 1035 4388 1036 4279 1037 4363 1038 4397 1039 4308 1040 4396 1041 4180 1042 4283 1043 4413 1044 4446 1045 4401 1046 4301 1047 4214 1048 4395 1049 4335 1050 4277 1051 4249 1052 4236 1053 4322 1054 4371 1055 4366 1056 4333 1057 4238 1058 4424 1059 4329 1060 4311 1061 4325 1062 4470 1063 4298 1064 4378 1065 4308 1066 4195 1067 4280 1068 4427 1069 4358 1070 4303 1071 4373 1072 4319 1073 4319 1074 4283 1075 4292 1076 4350 1077 4382 1078 4315 1079 4342 1080 4328 1081 4201 1082 4321 1083 4329 1084 4385 1085 4351 1086 4432 1087 4270 1088 4373 1089 4478 1090 4287 1091 4295 1092 4451 1093 4311 1094 4363 1095 4422 1096 4312 1097 4194 1098 4375 1099 4241 1100 4296 1101 4333 1102 4381 1103 4344 1104 4422 1105 4336 1106 4250 1107 4378 1108 4301 1109 4302 1110 4349 1111 4256 1112 4306 1113 4310 1114 4306 1115 4368 1116 4324 1117 4190 1118 4232 1119 4281 1120 4252 1121 4360 1122 4443 1123 4451 1124 4260 1125 4254 1126 4319 1127 4364 1128 4343 1129 4292 1130 4347 1131 4277 1132 4315 1133 4329 1134 4115 1135 4257 1136 4239 1137 4208 1138 4175 1139 4252 1140 4260 1141 4253 1142 4297 1143 4303 1144 4305 1145 4173 1146 4322 1147 4201 1148 4237 1149 4213 1150 4289 1151 4179 1152 4197 1153 4242 1154 4178 1155 4089 1156 4178 1157 4175 1158 4175 1159 4260 1160 4145 1161 4287 1162 4151 1163 4065 1164 4119 1165 4185 1166 4102 1167 4151 1168 4140 1169 4153 1170 3922 1171 4082 1172 4149 1173 4063 1174 4024 1175 4101 1176 4136 1177 4096 1178 4061 1179 4066 1180 4141 1181 3971 1182 4005 1183 4026 1184 4066 1185 3904 1186 3945 1187 4141 1188 3891 1189 4008 1190 3970 1191 4014 1192 3959 1193 3966 1194 3870 1195 3891 1196 3911 1197 3978 1198 3928 1199 4044 1200 3867 1201 3955 1202 3916 1203 3924 1204 3970 1205 3912 1206 3904 1207 3931 1208 3928 1209 3880 1210 3915 1211 3997 1212 3836 1213 3893 1214 3884 1215 3965 1216 3984 1217 3908 1218 3909 1219 3939 1220 3919 1221 3978 1222 3822 1223 3940 1224 3880 1225 3966 1226 3943 1227 3900 1228 3936 1229 3862 1230 3979 1231 3907 1232 3904 1233 3909 1234 3912 1235 3877 1236 3894 1237 3927 1238 3900 1239 3838 1240 3904 1241 3800 1242 3866 1243 3914 1244 3935 1245 3813 1246 3923 1247 3853 1248 3973 1249 3753 1250 3904 1251 3863 1252 3873 1253 3912 1254 3776 1255 3831 1256 3840 1257 3934 1258 3775 1259 3788 1260 3724 1261 3821 1262 3731