## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606197.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606197.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606197.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 00:45:35 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 115 99 21 1428188 267.197486 250.795045 30786000 FR 51 95 133 167 199 239 797 2097 4687 8553 28585 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 3 23 4 24 15 25 9 26 27 27 29 28 20 29 35 30 50 31 319 32 349 33 347 34 333 35 330 36 336 37 302 38 383 39 357 40 373 41 364 42 373 43 359 44 432 45 391 46 437 47 456 48 494 49 543 50 563 51 622 52 739 53 806 54 906 55 1127 56 1319 57 1655 58 2102 59 2445 60 3162 61 3724 62 4938 63 5796 64 6793 65 8421 66 9501 67 11674 68 13698 69 16133 70 18742 71 21806 72 25219 73 28607 74 31892 75 35539 76 40296 77 43818 78 48444 79 53549 80 58684 81 63316 82 69669 83 74381 84 80406 85 86175 86 90380 87 96320 88 102073 89 106823 90 112870 91 117802 92 123484 93 129032 94 134511 95 138469 96 142181 97 146304 98 150111 99 152988 100 156908 101 159051 102 162780 103 165531 104 167297 105 169549 106 170520 107 172577 108 173839 109 173967 110 175102 111 175523 112 176677 113 176876 114 176887 115 176897 116 176237 117 175082 118 174652 119 174146 120 172961 121 172144 122 170443 123 169455 124 169001 125 168145 126 166338 127 164906 128 162616 129 161713 130 158865 131 158019 132 155666 133 154843 134 153041 135 151060 136 149664 137 147868 138 146049 139 143516 140 141575 141 139803 142 138513 143 136875 144 134391 145 132770 146 130658 147 129284 148 127278 149 125579 150 123503 151 121799 152 119424 153 118308 154 117057 155 115229 156 113525 157 111740 158 110150 159 108313 160 107140 161 105219 162 103830 163 102392 164 101270 165 98955 166 98043 167 96613 168 95838 169 94101 170 92870 171 91994 172 90338 173 89110 174 87908 175 86910 176 85652 177 84997 178 83967 179 82226 180 81249 181 80442 182 79136 183 78808 184 77854 185 76571 186 75800 187 75201 188 73836 189 73259 190 72416 191 71052 192 70642 193 69840 194 68746 195 67882 196 66656 197 66283 198 65787 199 64760 200 63959 201 63351 202 62695 203 62034 204 61705 205 61010 206 59842 207 59123 208 58363 209 57783 210 57574 211 56414 212 55904 213 55144 214 55122 215 54018 216 53484 217 52728 218 51816 219 51638 220 51192 221 50335 222 49575 223 49053 224 48661 225 48397 226 47320 227 47186 228 46605 229 46131 230 45699 231 44973 232 44483 233 44042 234 43329 235 42857 236 42138 237 41985 238 41307 239 41230 240 40258 241 39903 242 39512 243 39004 244 38297 245 37867 246 37788 247 37448 248 36524 249 36367 250 35997 251 35540 252 34971 253 34691 254 34061 255 34046 256 33410 257 33092 258 32259 259 32275 260 31836 261 31486 262 31294 263 30829 264 30525 265 29984 266 29373 267 29420 268 29319 269 29039 270 28282 271 27873 272 27420 273 27295 274 27106 275 26787 276 26373 277 26187 278 25829 279 25432 280 25490 281 25265 282 24916 283 24364 284 24162 285 23939 286 23552 287 23445 288 23222 289 22839 290 22346 291 22562 292 22118 293 21728 294 21783 295 21388 296 21107 297 20830 298 20721 299 20613 300 20014 301 20336 302 19890 303 19552 304 19362 305 19099 306 19221 307 18930 308 18593 309 18477 310 18271 311 18181 312 17965 313 17735 314 17439 315 17136 316 17056 317 16911 318 16818 319 16434 320 16308 321 16212 322 15924 323 15967 324 15747 325 15568 326 15264 327 15093 328 15248 329 14882 330 14610 331 14510 332 14397 333 14241 334 14091 335 13962 336 14234 337 13829 338 13797 339 13541 340 13309 341 13183 342 13151 343 13257 344 13082 345 12778 346 12947 347 12547 348 12492 349 12350 350 12413 351 12237 352 11816 353 11979 354 11808 355 11640 356 11724 357 11560 358 11452 359 11381 360 11426 361 11227 362 10925 363 10776 364 11084 365 10865 366 10918 367 10678 368 10552 369 10559 370 10748 371 10351 372 10420 373 10397 374 10344 375 10205 376 10222 377 10077 378 10006 379 9879 380 10087 381 9853 382 9850 383 9664 384 9628 385 9702 386 9572 387 9542 388 9416 389 9333 390 9258 391 9319 392 9197 393 9205 394 9037 395 9080 396 8977 397 8942 398 9011 399 8981 400 8840 401 8910 402 8837 403 8743 404 8687 405 8648 406 8638 407 8491 408 8568 409 8399 410 8526 411 8560 412 8454 413 8370 414 8228 415 8207 416 7996 417 8191 418 8279 419 8306 420 8074 421 7969 422 7948 423 7968 424 7897 425 7942 426 8035 427 7906 428 7845 429 7749 430 7711 431 7739 432 7838 433 7619 434 7777 435 7626 436 7583 437 7483 438 7455 439 7439 440 7371 441 7415 442 7363 443 7310 444 7170 445 7396 446 7323 447 7316 448 7200 449 7192 450 7123 451 7017 452 7119 453 7074 454 6894 455 7118 456 7025 457 7057 458 7121 459 7043 460 6980 461 6956 462 7007 463 6890 464 6796 465 6808 466 6820 467 6822 468 6770 469 6785 470 6754 471 6631 472 6781 473 6840 474 6796 475 6707 476 6439 477 6728 478 6679 479 6705 480 6689 481 6618 482 6564 483 6544 484 6469 485 6584 486 6446 487 6380 488 6552 489 6538 490 6521 491 6537 492 6288 493 6297 494 6462 495 6322 496 6449 497 6411 498 6283 499 6387 500 6256 501 6317 502 6280 503 6233 504 6150 505 6094 506 6329 507 6004 508 6283 509 6130 510 6122 511 6089 512 6145 513 5985 514 6030 515 6107 516 6179 517 5987 518 6022 519 5899 520 6004 521 5948 522 6126 523 6006 524 5927 525 6107 526 5917 527 6059 528 5800 529 6028 530 5879 531 5962 532 5952 533 5910 534 5923 535 5830 536 5875 537 5856 538 5842 539 5857 540 5865 541 5859 542 5780 543 5815 544 5888 545 5890 546 5692 547 5693 548 5814 549 5833 550 5873 551 5828 552 5954 553 5872 554 5845 555 5743 556 5762 557 5767 558 5783 559 5676 560 5743 561 5685 562 5699 563 5777 564 5674 565 5673 566 5733 567 5724 568 5766 569 5728 570 5648 571 5729 572 5600 573 5703 574 5696 575 5750 576 5645 577 5630 578 5608 579 5647 580 5621 581 5532 582 5640 583 5695 584 5649 585 5748 586 5713 587 5692 588 5851 589 5617 590 5807 591 5739 592 5847 593 5670 594 5767 595 5528 596 5696 597 5739 598 5649 599 5647 600 5698 601 5596 602 5697 603 5744 604 5690 605 5736 606 5701 607 5832 608 5744 609 5646 610 5583 611 5743 612 5629 613 5689 614 5568 615 5574 616 5650 617 5708 618 5591 619 5553 620 5505 621 5582 622 5653 623 5501 624 5724 625 5574 626 5564 627 5583 628 5643 629 5650 630 5580 631 5609 632 5502 633 5637 634 5549 635 5643 636 5550 637 5556 638 5424 639 5571 640 5502 641 5454 642 5476 643 5421 644 5543 645 5575 646 5465 647 5542 648 5557 649 5476 650 5374 651 5381 652 5368 653 5442 654 5483 655 5546 656 5529 657 5368 658 5255 659 5350 660 5384 661 5553 662 5538 663 5332 664 5412 665 5488 666 5357 667 5322 668 5490 669 5412 670 5364 671 5468 672 5494 673 5379 674 5493 675 5470 676 5459 677 5547 678 5400 679 5513 680 5445 681 5374 682 5427 683 5496 684 5354 685 5390 686 5402 687 5439 688 5385 689 5285 690 5350 691 5392 692 5470 693 5364 694 5374 695 5491 696 5366 697 5424 698 5483 699 5392 700 5388 701 5390 702 5501 703 5333 704 5489 705 5460 706 5450 707 5349 708 5524 709 5406 710 5290 711 5471 712 5394 713 5379 714 5478 715 5405 716 5343 717 5515 718 5320 719 5398 720 5489 721 5446 722 5564 723 5341 724 5343 725 5443 726 5305 727 5458 728 5383 729 5402 730 5335 731 5305 732 5338 733 5473 734 5262 735 5346 736 5421 737 5388 738 5300 739 5365 740 5226 741 5443 742 5262 743 5358 744 5381 745 5276 746 5320 747 5470 748 5322 749 5276 750 5278 751 5288 752 5330 753 5225 754 5260 755 5319 756 5236 757 5326 758 5265 759 5376 760 5343 761 5328 762 5236 763 5240 764 5425 765 5303 766 5290 767 5271 768 5205 769 5175 770 5305 771 5366 772 5305 773 5318 774 5109 775 5313 776 5219 777 5217 778 5245 779 5168 780 5219 781 5194 782 5121 783 5176 784 5238 785 5290 786 5112 787 5266 788 5236 789 5228 790 5049 791 5211 792 5193 793 5150 794 5115 795 5113 796 5178 797 5145 798 5143 799 5153 800 5104 801 5159 802 5203 803 4975 804 5154 805 5045 806 5261 807 5192 808 5200 809 5178 810 5154 811 5083 812 5080 813 5069 814 5191 815 5005 816 5234 817 5142 818 5064 819 5084 820 5202 821 5157 822 5094 823 4983 824 5185 825 5035 826 5206 827 5046 828 5102 829 5226 830 5098 831 5080 832 5111 833 5145 834 5124 835 5083 836 5102 837 5184 838 5282 839 5163 840 5096 841 5039 842 5186 843 5111 844 5153 845 5227 846 5120 847 5050 848 5103 849 5188 850 5222 851 5168 852 5134 853 5098 854 5153 855 5058 856 5112 857 5153 858 5122 859 5082 860 5076 861 5179 862 5170 863 5187 864 5018 865 5044 866 5038 867 4992 868 4990 869 4994 870 4978 871 5066 872 5043 873 4992 874 5104 875 4921 876 4980 877 4996 878 4969 879 4902 880 4981 881 4940 882 4970 883 4985 884 5000 885 4991 886 4842 887 4962 888 4935 889 4899 890 4788 891 4923 892 4869 893 4819 894 4862 895 4838 896 4850 897 4830 898 4837 899 4796 900 4781 901 4841 902 4744 903 4788 904 4777 905 4771 906 4843 907 4671 908 4793 909 4836 910 4784 911 4734 912 4890 913 4891 914 4795 915 4850 916 4650 917 4775 918 4525 919 4721 920 4684 921 4762 922 4762 923 4701 924 4697 925 4605 926 4725 927 4684 928 4639 929 4748 930 4586 931 4802 932 4548 933 4661 934 4712 935 4647 936 4747 937 4668 938 4632 939 4576 940 4721 941 4606 942 4615 943 4612 944 4521 945 4562 946 4570 947 4620 948 4673 949 4634 950 4547 951 4405 952 4526 953 4629 954 4644 955 4572 956 4684 957 4488 958 4566 959 4535 960 4474 961 4516 962 4496 963 4508 964 4580 965 4459 966 4539 967 4544 968 4527 969 4530 970 4393 971 4455 972 4403 973 4408 974 4443 975 4438 976 4497 977 4391 978 4495 979 4342 980 4359 981 4435 982 4448 983 4409 984 4450 985 4491 986 4371 987 4347 988 4373 989 4311 990 4475 991 4437 992 4349 993 4272 994 4330 995 4386 996 4365 997 4328 998 4318 999 4434 1000 4343 1001 4401 1002 4404 1003 4407 1004 4358 1005 4401 1006 4327 1007 4288 1008 4324 1009 4355 1010 4163 1011 4334 1012 4269 1013 4404 1014 4259 1015 4244 1016 4290 1017 4314 1018 4312 1019 4404 1020 4161 1021 4335 1022 4439 1023 4237 1024 4305 1025 4291 1026 4363 1027 4342 1028 4233 1029 4199 1030 4290 1031 4150 1032 4267 1033 4291 1034 4179 1035 4338 1036 4217 1037 4179 1038 4338 1039 4189 1040 4255 1041 4193 1042 4290 1043 4228 1044 4132 1045 4303 1046 4349 1047 4278 1048 4276 1049 4292 1050 4307 1051 4266 1052 4161 1053 4166 1054 4226 1055 4266 1056 4297 1057 4384 1058 4165 1059 4230 1060 4377 1061 4359 1062 4227 1063 4230 1064 4087 1065 4329 1066 4304 1067 4229 1068 4261 1069 4201 1070 4227 1071 4336 1072 4222 1073 4249 1074 4179 1075 4210 1076 4228 1077 4285 1078 4216 1079 4285 1080 4275 1081 4360 1082 4336 1083 4345 1084 4310 1085 4346 1086 4289 1087 4317 1088 4260 1089 4320 1090 4262 1091 4361 1092 4258 1093 4247 1094 4226 1095 4364 1096 4313 1097 4329 1098 4290 1099 4319 1100 4254 1101 4180 1102 4298 1103 4183 1104 4320 1105 4317 1106 4281 1107 4264 1108 4304 1109 4245 1110 4276 1111 4206 1112 4260 1113 4258 1114 4223 1115 4243 1116 4221 1117 4285 1118 4293 1119 4179 1120 4208 1121 4158 1122 4333 1123 4159 1124 4297 1125 4273 1126 4214 1127 4281 1128 4261 1129 4337 1130 4101 1131 4204 1132 4357 1133 4116 1134 4196 1135 4343 1136 4152 1137 4094 1138 4241 1139 4239 1140 4221 1141 4289 1142 4186 1143 4230 1144 4188 1145 4264 1146 4241 1147 4134 1148 4250 1149 4250 1150 4252 1151 4138 1152 4168 1153 4131 1154 4193 1155 4162 1156 4151 1157 4127 1158 4107 1159 4168 1160 4066 1161 4266 1162 4169 1163 4029 1164 4024 1165 3996 1166 3966 1167 4175 1168 4033 1169 4093 1170 4161 1171 4004 1172 4148 1173 4197 1174 4019 1175 4005 1176 4065 1177 4075 1178 4138 1179 3982 1180 4000 1181 4087 1182 4021 1183 3962 1184 3978 1185 3966 1186 3846 1187 3992 1188 3929 1189 3840 1190 3956 1191 3852 1192 3928 1193 3981 1194 3841