## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606196.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606196.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606196.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:50:47 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 203 113 98 20 1412392 264.695274 248.164734 26751285 FR 51 95 133 167 197 237 795 2093 4693 8561 28573 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 1 22 7 23 5 24 15 25 11 26 13 27 26 28 22 29 40 30 56 31 282 32 291 33 294 34 254 35 301 36 273 37 295 38 317 39 285 40 309 41 353 42 321 43 325 44 338 45 358 46 348 47 399 48 407 49 430 50 472 51 564 52 642 53 769 54 809 55 998 56 1269 57 1475 58 1875 59 2293 60 2777 61 3516 62 4485 63 5308 64 6288 65 7425 66 8845 67 10715 68 12695 69 14732 70 17612 71 20383 72 23109 73 26162 74 29649 75 32801 76 36289 77 40256 78 43983 79 48628 80 53191 81 57590 82 63365 83 68073 84 72449 85 77203 86 81825 87 86683 88 91305 89 96217 90 100857 91 106462 92 110868 93 116034 94 120257 95 123312 96 126039 97 129235 98 133119 99 136099 100 139181 101 141948 102 144989 103 146185 104 148727 105 150027 106 151328 107 152165 108 153226 109 153519 110 154488 111 154784 112 155029 113 155869 114 155509 115 155715 116 154648 117 153635 118 153127 119 151991 120 150487 121 150808 122 149574 123 148595 124 147571 125 146786 126 144675 127 143820 128 142225 129 140123 130 137858 131 138051 132 136233 133 134528 134 132876 135 131270 136 130118 137 128332 138 125974 139 123975 140 122497 141 121610 142 119876 143 117610 144 116347 145 114221 146 113139 147 111281 148 109861 149 107899 150 106067 151 105037 152 103089 153 101128 154 100209 155 99092 156 97145 157 95878 158 94860 159 93436 160 91943 161 90268 162 88867 163 88033 164 86765 165 85210 166 84089 167 83067 168 81933 169 81023 170 79471 171 78401 172 77527 173 76560 174 75031 175 74090 176 73119 177 72613 178 71912 179 70293 180 70292 181 68599 182 67863 183 66872 184 66526 185 65519 186 64709 187 63814 188 62889 189 62633 190 61701 191 61303 192 60335 193 60004 194 59246 195 57934 196 57596 197 57140 198 56246 199 55652 200 55113 201 54552 202 53680 203 52968 204 52346 205 51815 206 51559 207 50628 208 50233 209 49658 210 49119 211 48728 212 47956 213 47563 214 46699 215 46179 216 45626 217 45282 218 44867 219 44485 220 43804 221 43306 222 42331 223 42406 224 41917 225 40995 226 41094 227 40317 228 40127 229 39529 230 38754 231 38294 232 38317 233 37544 234 37000 235 37117 236 36375 237 35427 238 35745 239 35632 240 34590 241 34252 242 34165 243 33176 244 33110 245 32342 246 32353 247 31682 248 31327 249 30957 250 30605 251 30362 252 30172 253 29685 254 29156 255 29231 256 28578 257 28134 258 28012 259 27710 260 27304 261 27188 262 26775 263 26469 264 26053 265 25644 266 25508 267 25344 268 25011 269 24570 270 24281 271 23854 272 23840 273 23538 274 23072 275 23152 276 22698 277 22463 278 22266 279 22181 280 21608 281 21803 282 21289 283 20888 284 20774 285 20614 286 20479 287 20228 288 19977 289 19592 290 19453 291 19339 292 19002 293 18872 294 18437 295 18356 296 18100 297 17935 298 17745 299 17547 300 16992 301 17300 302 17177 303 16820 304 16883 305 16298 306 16022 307 16176 308 15904 309 15861 310 15623 311 15319 312 15392 313 15267 314 14997 315 14771 316 14524 317 14470 318 14347 319 14276 320 14142 321 13778 322 13602 323 13445 324 13412 325 13289 326 13190 327 13119 328 12823 329 12831 330 12682 331 12623 332 12465 333 12271 334 12157 335 12263 336 12059 337 11921 338 11699 339 11505 340 11467 341 11402 342 11409 343 11229 344 11142 345 11104 346 10996 347 10951 348 10732 349 10546 350 10424 351 10568 352 10474 353 10473 354 10109 355 9882 356 10027 357 9874 358 9914 359 9827 360 9720 361 9485 362 9465 363 9466 364 9402 365 9285 366 9474 367 9212 368 9310 369 9187 370 9014 371 9033 372 8968 373 8755 374 8894 375 8591 376 8855 377 8662 378 8601 379 8623 380 8559 381 8331 382 8574 383 8396 384 8232 385 8291 386 8192 387 8165 388 8099 389 8107 390 8015 391 7937 392 7836 393 7806 394 7848 395 7738 396 7777 397 7770 398 7669 399 7578 400 7762 401 7645 402 7582 403 7551 404 7542 405 7433 406 7490 407 7362 408 7260 409 7366 410 7202 411 7206 412 7203 413 7014 414 7061 415 7061 416 6920 417 7053 418 7138 419 7047 420 6990 421 6853 422 6965 423 6860 424 6857 425 6916 426 6729 427 6803 428 6891 429 6737 430 6719 431 6523 432 6731 433 6593 434 6721 435 6482 436 6448 437 6387 438 6488 439 6362 440 6360 441 6342 442 6404 443 6452 444 6329 445 6517 446 6323 447 6368 448 6340 449 6358 450 6147 451 6107 452 6130 453 6102 454 6128 455 6125 456 5977 457 6100 458 6062 459 6017 460 6047 461 6011 462 5938 463 5820 464 5856 465 5992 466 5917 467 5922 468 5842 469 5772 470 5843 471 5810 472 5806 473 5794 474 5751 475 5757 476 5688 477 5787 478 5798 479 5818 480 5710 481 5848 482 5617 483 5664 484 5655 485 5704 486 5612 487 5611 488 5634 489 5720 490 5630 491 5532 492 5593 493 5584 494 5547 495 5545 496 5429 497 5534 498 5517 499 5547 500 5461 501 5436 502 5385 503 5317 504 5491 505 5364 506 5291 507 5281 508 5406 509 5419 510 5316 511 5368 512 5285 513 5293 514 5255 515 5216 516 5275 517 5204 518 5235 519 5208 520 5249 521 5152 522 5149 523 5215 524 5198 525 5253 526 5127 527 5183 528 5255 529 5288 530 5243 531 5145 532 5056 533 5086 534 5083 535 5051 536 4949 537 4961 538 5039 539 5086 540 5154 541 4996 542 5143 543 5056 544 4958 545 5026 546 5028 547 4977 548 5137 549 4908 550 5067 551 5079 552 5062 553 5003 554 5013 555 4993 556 4961 557 4973 558 5025 559 5024 560 5013 561 4991 562 4885 563 4993 564 5006 565 5010 566 5046 567 5047 568 5037 569 4874 570 4917 571 5081 572 4846 573 5095 574 4927 575 5026 576 5062 577 4928 578 4862 579 4804 580 5045 581 4942 582 4875 583 4939 584 4858 585 4888 586 4883 587 4909 588 5067 589 4823 590 4893 591 5055 592 4941 593 4848 594 4927 595 4992 596 4926 597 4778 598 4925 599 4976 600 4901 601 4824 602 4895 603 5020 604 4946 605 4952 606 4948 607 5066 608 4879 609 4942 610 5012 611 4872 612 4981 613 4961 614 4982 615 4932 616 5041 617 4811 618 4875 619 4845 620 4882 621 4888 622 4869 623 4944 624 4882 625 4850 626 4943 627 4925 628 4965 629 4796 630 4757 631 4745 632 4908 633 4806 634 4740 635 4856 636 4881 637 4860 638 4862 639 4737 640 4828 641 4806 642 4796 643 4690 644 4791 645 4818 646 4759 647 4847 648 4808 649 4729 650 4747 651 4834 652 4667 653 4691 654 4578 655 4751 656 4761 657 4645 658 4685 659 4673 660 4654 661 4659 662 4828 663 4820 664 4834 665 4874 666 4882 667 4770 668 4700 669 4714 670 4813 671 4881 672 4723 673 4704 674 4723 675 4672 676 4692 677 4734 678 4724 679 4712 680 4783 681 4768 682 4584 683 4730 684 4656 685 4845 686 4865 687 4681 688 4714 689 4733 690 4741 691 4632 692 4692 693 4714 694 4678 695 4769 696 4755 697 4765 698 4610 699 4688 700 4726 701 4680 702 4634 703 4784 704 4708 705 4734 706 4765 707 4781 708 4653 709 4686 710 4738 711 4635 712 4775 713 4807 714 4716 715 4807 716 4603 717 4875 718 4634 719 4716 720 4671 721 4703 722 4676 723 4521 724 4602 725 4508 726 4731 727 4640 728 4601 729 4561 730 4554 731 4623 732 4688 733 4653 734 4727 735 4632 736 4594 737 4606 738 4718 739 4605 740 4527 741 4647 742 4533 743 4622 744 4597 745 4629 746 4579 747 4666 748 4519 749 4562 750 4515 751 4572 752 4532 753 4561 754 4639 755 4507 756 4637 757 4657 758 4593 759 4531 760 4558 761 4470 762 4602 763 4488 764 4452 765 4600 766 4575 767 4576 768 4570 769 4452 770 4509 771 4502 772 4478 773 4549 774 4489 775 4521 776 4537 777 4508 778 4459 779 4458 780 4351 781 4518 782 4420 783 4484 784 4480 785 4383 786 4432 787 4431 788 4482 789 4516 790 4521 791 4581 792 4476 793 4551 794 4496 795 4599 796 4422 797 4439 798 4459 799 4521 800 4435 801 4384 802 4524 803 4438 804 4452 805 4553 806 4492 807 4554 808 4545 809 4422 810 4509 811 4392 812 4364 813 4456 814 4474 815 4468 816 4463 817 4435 818 4433 819 4520 820 4457 821 4304 822 4568 823 4441 824 4310 825 4368 826 4484 827 4441 828 4588 829 4477 830 4361 831 4557 832 4512 833 4573 834 4526 835 4371 836 4440 837 4476 838 4411 839 4470 840 4528 841 4487 842 4521 843 4395 844 4496 845 4585 846 4433 847 4584 848 4479 849 4472 850 4490 851 4519 852 4433 853 4531 854 4492 855 4445 856 4396 857 4523 858 4547 859 4505 860 4470 861 4436 862 4454 863 4401 864 4427 865 4388 866 4462 867 4322 868 4453 869 4479 870 4487 871 4284 872 4417 873 4341 874 4427 875 4436 876 4525 877 4410 878 4397 879 4330 880 4364 881 4184 882 4286 883 4293 884 4373 885 4398 886 4218 887 4295 888 4188 889 4319 890 4143 891 4214 892 4279 893 4176 894 4229 895 4239 896 4212 897 4153 898 4229 899 4148 900 4223 901 4136 902 4211 903 4228 904 4195 905 4182 906 4182 907 4204 908 4112 909 4192 910 4242 911 4295 912 4252 913 4133 914 4092 915 4112 916 4216 917 4042 918 4095 919 4039 920 4043 921 4220 922 3996 923 4100 924 4140 925 4004 926 4075 927 4074 928 4083 929 4023 930 3984 931 4118 932 3991 933 3964 934 4017 935 4021 936 4045 937 3993 938 4118 939 3977 940 4081 941 3937 942 3950 943 3960 944 4025 945 4036 946 3878 947 3909 948 4114 949 3874 950 3956 951 3943 952 3979 953 4023 954 3967 955 4001 956 3940 957 4100 958 3917 959 4021 960 3921 961 3923 962 3883 963 3967 964 3928 965 4016 966 3964 967 3934 968 3997 969 4002 970 3811 971 3836 972 3898 973 3875 974 3830 975 3844 976 3859 977 3875 978 3903 979 3858 980 3997 981 3889 982 3761 983 3762 984 3740 985 3718 986 3841 987 3776 988 3712 989 3773 990 3810 991 3803 992 3919 993 3788 994 3691 995 3834 996 3722 997 3827 998 3793 999 3815 1000 3777 1001 3812 1002 3880 1003 3768 1004 3782 1005 3792 1006 3655 1007 3835 1008 3678 1009 3774 1010 3574 1011 3739 1012 3796 1013 3792 1014 3735 1015 3685 1016 3784 1017 3770 1018 3767 1019 3729 1020 3723 1021 3780 1022 3685 1023 3796 1024 3734 1025 3694 1026 3774 1027 3697 1028 3709 1029 3617 1030 3716 1031 3768 1032 3615 1033 3616 1034 3681 1035 3720 1036 3611 1037 3632 1038 3630 1039 3682 1040 3659 1041 3656 1042 3677 1043 3689 1044 3686 1045 3719 1046 3656 1047 3694 1048 3662 1049 3684 1050 3752 1051 3683 1052 3776 1053 3654 1054 3698 1055 3604 1056 3692 1057 3722 1058 3596 1059 3660 1060 3659 1061 3715 1062 3697 1063 3659 1064 3708 1065 3714 1066 3586 1067 3728 1068 3730 1069 3788 1070 3703 1071 3586 1072 3716 1073 3670 1074 3812 1075 3659 1076 3770 1077 3580 1078 3775 1079 3758 1080 3718 1081 3739 1082 3752 1083 3706 1084 3773 1085 3767 1086 3682 1087 3689 1088 3768 1089 3706 1090 3721 1091 3656 1092 3683 1093 3665 1094 3713 1095 3704 1096 3641 1097 3653 1098 3635 1099 3684 1100 3647 1101 3682 1102 3685 1103 3693 1104 3583 1105 3739 1106 3676 1107 3710 1108 3829 1109 3671 1110 3770 1111 3845 1112 3670 1113 3830 1114 3720 1115 3699 1116 3745 1117 3704 1118 3630 1119 3514 1120 3742 1121 3846 1122 3704 1123 3757 1124 3690 1125 3687 1126 3662 1127 3623 1128 3689 1129 3816 1130 3777 1131 3688 1132 3741 1133 3592 1134 3737 1135 3636 1136 3664 1137 3734 1138 3641 1139 3665 1140 3716 1141 3690 1142 3650 1143 3747 1144 3638 1145 3725 1146 3685 1147 3598 1148 3697 1149 3590 1150 3571 1151 3608 1152 3666 1153 3656 1154 3511 1155 3643 1156 3510 1157 3548 1158 3660 1159 3587 1160 3527 1161 3508 1162 3570 1163 3516 1164 3427 1165 3509 1166 3491 1167 3555 1168 3649 1169 3509 1170 3633 1171 3479 1172 3570 1173 3544 1174 3543 1175 3538 1176 3511 1177 3513 1178 3499 1179 3454 1180 3555 1181 3497 1182 3481 1183 3438