## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606195.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606195.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606195.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 20:37:04 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 209 113 104 21 1294614 279.750029 268.124623 16721201 FR 53 101 141 175 209 251 877 2177 4843 8843 29613 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 1 23 2 24 2 25 3 26 8 27 15 28 21 29 20 30 34 31 160 32 187 33 166 34 206 35 171 36 182 37 187 38 176 39 172 40 192 41 192 42 171 43 197 44 227 45 220 46 232 47 227 48 231 49 254 50 295 51 315 52 387 53 432 54 499 55 585 56 709 57 830 58 1082 59 1311 60 1537 61 1986 62 2496 63 2917 64 3497 65 4185 66 4863 67 5872 68 6969 69 7934 70 9498 71 11304 72 12771 73 14282 74 16160 75 18303 76 20344 77 22786 78 24505 79 26957 80 29885 81 32872 82 35574 83 38621 84 41391 85 44353 86 47053 87 49696 88 52902 89 55579 90 58731 91 61287 92 64529 93 67849 94 70493 95 72984 96 74337 97 76446 98 79169 99 80518 100 82932 101 84220 102 86415 103 87835 104 88781 105 90397 106 90896 107 91646 108 92786 109 92490 110 93317 111 93498 112 94589 113 95222 114 94801 115 94524 116 93969 117 93905 118 93426 119 93126 120 92636 121 92819 122 91783 123 91304 124 91223 125 90581 126 89452 127 88372 128 87999 129 86844 130 85985 131 85052 132 84772 133 83692 134 82720 135 81530 136 80513 137 80039 138 78600 139 77733 140 76558 141 75862 142 74605 143 73523 144 72356 145 71785 146 70657 147 69957 148 68265 149 67350 150 67007 151 65253 152 64796 153 63448 154 62746 155 62122 156 61023 157 60330 158 59312 159 58320 160 57430 161 56441 162 55692 163 55021 164 53531 165 53454 166 52655 167 51606 168 51547 169 50784 170 49952 171 48633 172 48521 173 48028 174 47099 175 46545 176 45871 177 45173 178 44966 179 43956 180 43774 181 43078 182 42401 183 41934 184 41691 185 41708 186 40798 187 40098 188 39785 189 38998 190 38196 191 38230 192 37832 193 37422 194 36994 195 36723 196 35947 197 35449 198 35262 199 34645 200 34743 201 33868 202 33377 203 33338 204 32870 205 32845 206 32040 207 31492 208 31876 209 30916 210 30592 211 30199 212 30077 213 29817 214 29169 215 29360 216 28520 217 28201 218 28083 219 27915 220 27172 221 27019 222 26731 223 26371 224 26152 225 26081 226 25771 227 25228 228 25024 229 24586 230 24358 231 24369 232 24043 233 23787 234 23133 235 22994 236 22844 237 22502 238 22164 239 22212 240 21817 241 21493 242 21183 243 21133 244 20650 245 20472 246 20234 247 19913 248 19605 249 19701 250 19395 251 19258 252 18925 253 18613 254 18174 255 18345 256 18078 257 17999 258 17444 259 17508 260 17225 261 16963 262 16610 263 16768 264 16695 265 16387 266 16200 267 15987 268 15552 269 15394 270 15246 271 14836 272 15157 273 14611 274 14600 275 14800 276 14381 277 14102 278 14139 279 13962 280 13614 281 13529 282 13393 283 13113 284 12934 285 13060 286 12830 287 12828 288 12653 289 12395 290 12296 291 12182 292 11991 293 11865 294 11594 295 11771 296 11513 297 11417 298 11315 299 11040 300 10966 301 10958 302 10848 303 10625 304 10638 305 10340 306 10209 307 10202 308 10059 309 10012 310 9800 311 9733 312 9845 313 9648 314 9621 315 9313 316 9408 317 9186 318 9049 319 9065 320 8900 321 8751 322 8776 323 8723 324 8480 325 8526 326 8450 327 8201 328 8227 329 8260 330 7990 331 8002 332 7985 333 7787 334 7856 335 7819 336 7637 337 7470 338 7486 339 7299 340 7398 341 7260 342 7095 343 7228 344 7101 345 7131 346 6996 347 7027 348 6773 349 6831 350 6748 351 6689 352 6698 353 6685 354 6394 355 6289 356 6485 357 6284 358 6233 359 6213 360 6180 361 6159 362 6016 363 6098 364 5918 365 6004 366 5924 367 5805 368 5863 369 5812 370 5722 371 5690 372 5762 373 5643 374 5597 375 5560 376 5654 377 5386 378 5508 379 5501 380 5450 381 5362 382 5408 383 5337 384 5273 385 5344 386 5261 387 5087 388 5155 389 5233 390 5131 391 5019 392 4981 393 4965 394 5084 395 5037 396 4844 397 4929 398 4898 399 5066 400 4854 401 4943 402 4945 403 4728 404 4854 405 4759 406 4657 407 4821 408 4762 409 4699 410 4618 411 4744 412 4667 413 4642 414 4571 415 4475 416 4419 417 4573 418 4471 419 4607 420 4509 421 4465 422 4570 423 4394 424 4465 425 4398 426 4350 427 4429 428 4310 429 4389 430 4296 431 4241 432 4216 433 4245 434 4224 435 4167 436 4081 437 4070 438 4117 439 4191 440 4134 441 4139 442 3934 443 4111 444 4177 445 4060 446 4076 447 4021 448 4075 449 4040 450 3939 451 3979 452 3821 453 4017 454 3951 455 3882 456 3940 457 3833 458 3903 459 3928 460 3876 461 3878 462 3832 463 3705 464 3827 465 3812 466 3740 467 3787 468 3820 469 3767 470 3791 471 3784 472 3778 473 3790 474 3696 475 3690 476 3660 477 3722 478 3691 479 3646 480 3640 481 3630 482 3659 483 3720 484 3620 485 3621 486 3561 487 3660 488 3600 489 3542 490 3528 491 3585 492 3478 493 3605 494 3493 495 3479 496 3463 497 3527 498 3480 499 3588 500 3538 501 3420 502 3468 503 3502 504 3507 505 3367 506 3406 507 3417 508 3409 509 3510 510 3393 511 3343 512 3366 513 3330 514 3307 515 3327 516 3459 517 3390 518 3360 519 3334 520 3315 521 3291 522 3298 523 3251 524 3328 525 3361 526 3367 527 3385 528 3311 529 3364 530 3290 531 3247 532 3264 533 3345 534 3277 535 3283 536 3288 537 3267 538 3216 539 3213 540 3247 541 3269 542 3335 543 3253 544 3334 545 3286 546 3243 547 3315 548 3197 549 3258 550 3324 551 3120 552 3407 553 3324 554 3138 555 3174 556 3257 557 3263 558 3337 559 3274 560 3250 561 3160 562 3205 563 3167 564 3306 565 3226 566 3178 567 3105 568 3173 569 3203 570 3273 571 3211 572 3208 573 3193 574 3163 575 3165 576 3194 577 3154 578 3174 579 3097 580 3128 581 3107 582 3249 583 3252 584 3131 585 3229 586 3159 587 3213 588 3118 589 3171 590 3219 591 3110 592 3273 593 3154 594 3218 595 3188 596 3240 597 3102 598 3119 599 3189 600 3191 601 3156 602 3218 603 3140 604 3159 605 3270 606 3222 607 3198 608 3200 609 3163 610 3156 611 3166 612 3137 613 3235 614 3218 615 3218 616 3176 617 3115 618 3155 619 3089 620 3121 621 3222 622 3107 623 3118 624 3101 625 3085 626 3182 627 3085 628 3132 629 3028 630 3049 631 3104 632 3110 633 3017 634 3046 635 3045 636 3117 637 3168 638 3048 639 2969 640 3081 641 3002 642 3076 643 3082 644 3013 645 3051 646 3036 647 3043 648 3035 649 2974 650 3020 651 3082 652 3105 653 3035 654 3011 655 3126 656 2985 657 2963 658 3087 659 3041 660 3005 661 3087 662 3040 663 3012 664 2948 665 3120 666 3003 667 3041 668 2967 669 3062 670 3018 671 3049 672 2974 673 3031 674 3068 675 3079 676 3071 677 3105 678 3093 679 3053 680 2980 681 2976 682 3041 683 3055 684 3099 685 3042 686 3135 687 3080 688 3021 689 2956 690 3097 691 3008 692 3113 693 3031 694 3107 695 3048 696 3072 697 2979 698 3038 699 3040 700 3008 701 2988 702 3077 703 2974 704 2981 705 3024 706 2955 707 2969 708 3101 709 3030 710 3121 711 3106 712 3039 713 2952 714 2987 715 3052 716 3015 717 3073 718 3073 719 3068 720 2882 721 2981 722 3011 723 3042 724 2966 725 2954 726 3026 727 2966 728 2963 729 3038 730 2996 731 2939 732 2977 733 3028 734 3040 735 2998 736 3018 737 3061 738 2892 739 2939 740 2953 741 3005 742 2976 743 2947 744 3053 745 2919 746 2971 747 2927 748 2927 749 2985 750 2916 751 2890 752 3035 753 2955 754 2914 755 2936 756 2941 757 2905 758 2959 759 2913 760 2918 761 2964 762 2955 763 2884 764 2948 765 3006 766 3047 767 2970 768 2876 769 2973 770 2771 771 2964 772 2950 773 3025 774 2908 775 2880 776 2916 777 2871 778 2862 779 2888 780 2842 781 2851 782 2928 783 2773 784 2848 785 2878 786 2888 787 2807 788 2836 789 2835 790 2831 791 2910 792 2937 793 2733 794 2812 795 2899 796 2896 797 2891 798 2862 799 2758 800 2849 801 2861 802 2914 803 2897 804 2832 805 2815 806 2952 807 2936 808 2857 809 2832 810 2844 811 2827 812 2904 813 2944 814 2843 815 2972 816 2899 817 2817 818 2931 819 2894 820 2888 821 2858 822 2870 823 2873 824 2774 825 2920 826 2869 827 2894 828 2880 829 2841 830 2811 831 2873 832 2848 833 2864 834 2886 835 2830 836 2791 837 2956 838 2956 839 2884 840 2867 841 2908 842 2820 843 2901 844 2958 845 2971 846 2894 847 2817 848 2790 849 2831 850 2968 851 2951 852 2850 853 2898 854 2936 855 2895 856 2910 857 2738 858 2831 859 2888 860 2909 861 2923 862 2894 863 2966 864 2898 865 2925 866 2915 867 2769 868 2869 869 2887 870 2863 871 2782 872 2832 873 2815 874 2755 875 2781 876 2869 877 2840 878 2859 879 2787 880 2862 881 2712 882 2698 883 2679 884 2728 885 2735 886 2824 887 2712 888 2810 889 2721 890 2713 891 2762 892 2720 893 2762 894 2722 895 2759 896 2687 897 2759 898 2726 899 2652 900 2677 901 2706 902 2659 903 2593 904 2725 905 2709 906 2674 907 2720 908 2593 909 2641 910 2713 911 2758 912 2767 913 2621 914 2629 915 2683 916 2665 917 2622 918 2563 919 2642 920 2668 921 2609 922 2623 923 2615 924 2646 925 2575 926 2594 927 2614 928 2640 929 2572 930 2516 931 2630 932 2656 933 2686 934 2527 935 2605 936 2564 937 2574 938 2616 939 2667 940 2587 941 2610 942 2558 943 2567 944 2575 945 2646 946 2594 947 2581 948 2565 949 2551 950 2520 951 2452 952 2578 953 2511 954 2586 955 2644 956 2502 957 2439 958 2597 959 2576 960 2591 961 2439 962 2434 963 2458 964 2485 965 2556 966 2538 967 2495 968 2453 969 2481 970 2483 971 2521 972 2539 973 2471 974 2523 975 2507 976 2496 977 2480 978 2490 979 2534 980 2429 981 2367 982 2462 983 2482 984 2506 985 2485 986 2484 987 2461 988 2499 989 2472 990 2480 991 2360 992 2479 993 2451 994 2335 995 2312 996 2445 997 2494 998 2429 999 2424 1000 2527 1001 2496 1002 2408 1003 2368 1004 2402 1005 2508 1006 2463 1007 2398 1008 2341 1009 2470 1010 2399 1011 2423 1012 2373 1013 2423 1014 2397 1015 2355 1016 2474 1017 2401 1018 2383 1019 2365 1020 2403 1021 2436 1022 2432 1023 2329 1024 2402 1025 2281 1026 2403 1027 2383 1028 2362 1029 2383 1030 2419 1031 2412 1032 2347 1033 2480 1034 2411 1035 2335 1036 2394 1037 2343 1038 2393 1039 2380 1040 2459 1041 2342 1042 2389 1043 2368 1044 2400 1045 2353 1046 2387 1047 2396 1048 2361 1049 2495 1050 2351 1051 2333 1052 2444 1053 2408 1054 2365 1055 2361 1056 2322 1057 2396 1058 2375 1059 2389 1060 2410 1061 2310 1062 2400 1063 2335 1064 2325 1065 2380 1066 2390 1067 2387 1068 2392 1069 2400 1070 2397 1071 2377 1072 2366 1073 2383 1074 2310 1075 2334 1076 2419 1077 2378 1078 2418 1079 2444 1080 2344 1081 2493 1082 2406 1083 2391 1084 2409 1085 2391 1086 2367 1087 2300 1088 2379 1089 2336 1090 2417 1091 2331 1092 2336 1093 2441 1094 2330 1095 2400 1096 2419 1097 2350 1098 2356 1099 2403 1100 2437 1101 2370 1102 2311 1103 2339 1104 2327 1105 2486 1106 2481 1107 2352 1108 2329 1109 2326 1110 2408 1111 2352 1112 2326 1113 2361 1114 2422 1115 2393 1116 2258 1117 2279 1118 2422 1119 2363 1120 2327 1121 2368 1122 2459 1123 2378 1124 2409 1125 2322 1126 2327 1127 2310 1128 2333 1129 2415 1130 2432 1131 2383 1132 2482 1133 2344 1134 2244 1135 2432 1136 2411 1137 2330 1138 2340 1139 2337 1140 2357 1141 2392 1142 2359 1143 2384 1144 2341 1145 2304 1146 2328 1147 2301 1148 2246 1149 2330 1150 2353 1151 2281 1152 2297 1153 2421 1154 2310 1155 2347 1156 2254 1157 2329 1158 2348 1159 2364 1160 2276 1161 2336 1162 2290 1163 2236 1164 2252 1165 2213 1166 2287 1167 2311 1168 2338 1169 2271 1170 2236 1171 2299 1172 2234 1173 2301 1174 2188 1175 2210 1176 2376 1177 2353 1178 2196 1179 2327 1180 2302 1181 2216 1182 2221 1183 2259 1184 2218 1185 2200 1186 2183 1187 2143 1188 2195 1189 2275 1190 2225 1191 2216 1192 2196 1193 2187 1194 2143 1195 2135 1196 2193 1197 2150 1198 2220 1199 2188 1200 2157 1201 2145 1202 2134 1203 2194 1204 2158 1205 2131 1206 2137 1207 2101 1208 2101 1209 2120 1210 2125 1211 2154 1212 2148 1213 2193 1214 2136 1215 2123 1216 2164 1217 2109 1218 2244 1219 2158 1220 2116 1221 2201 1222 2078 1223 2171 1224 2085 1225 2111 1226 2139 1227 2191 1228 2184 1229 2170 1230 2146 1231 2194 1232 2197 1233 2117 1234 2164 1235 2207 1236 2175 1237 2121 1238 2145 1239 2149 1240 2125 1241 2163 1242 2101 1243 2131 1244 2131 1245 2135 1246 2110 1247 2136 1248 2129 1249 2100