## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606194.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606194.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606194.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:25:51 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 114 102 21 1294690 273.550456 261.775657 18131217 FR 53 101 139 173 205 247 877 2193 4889 8933 29939 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 23 1 24 3 25 6 26 12 27 16 28 14 29 24 30 35 31 168 32 180 33 179 34 172 35 158 36 175 37 188 38 199 39 210 40 199 41 210 42 208 43 206 44 241 45 257 46 225 47 290 48 266 49 321 50 323 51 367 52 453 53 427 54 563 55 685 56 864 57 964 58 1217 59 1518 60 1886 61 2358 62 3016 63 3490 64 4260 65 5082 66 5874 67 7044 68 8284 69 9669 70 11408 71 13193 72 15169 73 17224 74 19259 75 21318 76 23918 77 26120 78 28839 79 31852 80 34665 81 37878 82 41822 83 44682 84 47650 85 51182 86 53882 87 57789 88 60591 89 63976 90 67264 91 70411 92 73939 93 76920 94 80355 95 82662 96 84856 97 86735 98 89424 99 90923 100 93278 101 95005 102 96808 103 98752 104 100060 105 100301 106 102052 107 102030 108 102462 109 103143 110 104524 111 103720 112 104550 113 104559 114 104874 115 104727 116 103997 117 103781 118 103326 119 102330 120 101148 121 101594 122 100627 123 100674 124 99106 125 99129 126 97785 127 96541 128 96194 129 94112 130 93383 131 92816 132 91449 133 90924 134 89530 135 89185 136 87218 137 86132 138 84575 139 83728 140 82867 141 81441 142 80532 143 79505 144 78125 145 77492 146 75721 147 75253 148 73474 149 72214 150 71439 151 70844 152 69216 153 67531 154 66935 155 66739 156 65552 157 64225 158 63634 159 62543 160 62099 161 60275 162 59956 163 58901 164 57684 165 56855 166 56451 167 55510 168 54668 169 53797 170 53329 171 52664 172 51644 173 50763 174 50488 175 49827 176 48858 177 48820 178 47900 179 47249 180 46498 181 45962 182 45498 183 44874 184 44222 185 43792 186 43281 187 42588 188 42307 189 41722 190 40737 191 40674 192 39947 193 39813 194 39080 195 38871 196 38789 197 37979 198 37374 199 36933 200 36605 201 36057 202 35691 203 35320 204 34600 205 34516 206 34384 207 33684 208 33421 209 32973 210 32421 211 32293 212 32134 213 31746 214 31111 215 30716 216 30347 217 29891 218 29863 219 29418 220 29262 221 28817 222 28386 223 28106 224 27619 225 27541 226 27172 227 26849 228 26690 229 26268 230 25976 231 25663 232 25212 233 25006 234 24759 235 24559 236 24243 237 23947 238 23523 239 23438 240 22910 241 22896 242 22329 243 22106 244 21860 245 21641 246 21699 247 21265 248 20958 249 20872 250 20493 251 20084 252 19926 253 19906 254 19581 255 19459 256 19018 257 18753 258 18895 259 18497 260 18165 261 18006 262 17683 263 17501 264 17687 265 17296 266 16992 267 16829 268 16639 269 16388 270 16049 271 16064 272 15729 273 15543 274 15438 275 15594 276 15407 277 15148 278 14749 279 14655 280 14659 281 14410 282 14134 283 14053 284 13956 285 13780 286 13432 287 13265 288 13287 289 12957 290 13004 291 12754 292 12657 293 12637 294 12521 295 12128 296 12107 297 11902 298 11865 299 11807 300 11568 301 11495 302 11135 303 11256 304 11094 305 11011 306 10829 307 10733 308 10550 309 10585 310 10415 311 10318 312 10055 313 10162 314 10013 315 9836 316 9816 317 9581 318 9682 319 9503 320 9410 321 9221 322 9233 323 9111 324 8977 325 8794 326 8748 327 8760 328 8713 329 8657 330 8317 331 8274 332 8340 333 8207 334 8193 335 8153 336 7952 337 7939 338 7982 339 7837 340 7700 341 7577 342 7549 343 7545 344 7453 345 7353 346 7309 347 7352 348 7015 349 7253 350 7055 351 6947 352 6830 353 7012 354 6734 355 6721 356 6605 357 6484 358 6649 359 6658 360 6448 361 6471 362 6415 363 6364 364 6319 365 6402 366 6369 367 6135 368 6047 369 6040 370 6063 371 5990 372 6107 373 5975 374 5922 375 5889 376 5830 377 5822 378 5849 379 5953 380 5756 381 5677 382 5624 383 5554 384 5506 385 5595 386 5548 387 5500 388 5436 389 5480 390 5343 391 5293 392 5350 393 5285 394 5393 395 5222 396 5274 397 5263 398 5239 399 5357 400 5203 401 5050 402 5117 403 5166 404 5193 405 5093 406 5149 407 5030 408 4747 409 4933 410 4946 411 4914 412 4977 413 4924 414 4833 415 4719 416 4907 417 4701 418 4769 419 4751 420 4730 421 4731 422 4703 423 4644 424 4622 425 4628 426 4697 427 4569 428 4648 429 4525 430 4474 431 4576 432 4635 433 4521 434 4480 435 4519 436 4451 437 4435 438 4283 439 4354 440 4340 441 4342 442 4280 443 4275 444 4335 445 4312 446 4315 447 4256 448 4227 449 4439 450 4247 451 4188 452 4185 453 4218 454 4301 455 4197 456 4147 457 4205 458 4089 459 4107 460 4094 461 4036 462 4019 463 3933 464 4052 465 4024 466 4138 467 3967 468 4140 469 3982 470 3951 471 3999 472 4023 473 3997 474 4043 475 3995 476 3869 477 4000 478 3981 479 3935 480 3871 481 3976 482 3824 483 3870 484 3779 485 3814 486 3815 487 3725 488 3799 489 3930 490 3798 491 3777 492 3747 493 3748 494 3807 495 3649 496 3713 497 3718 498 3762 499 3623 500 3710 501 3652 502 3753 503 3580 504 3697 505 3598 506 3599 507 3669 508 3530 509 3637 510 3515 511 3560 512 3683 513 3599 514 3605 515 3447 516 3617 517 3532 518 3526 519 3529 520 3614 521 3603 522 3411 523 3611 524 3458 525 3495 526 3456 527 3496 528 3500 529 3613 530 3538 531 3466 532 3555 533 3539 534 3493 535 3517 536 3430 537 3434 538 3505 539 3446 540 3563 541 3456 542 3507 543 3442 544 3413 545 3397 546 3407 547 3426 548 3380 549 3359 550 3438 551 3385 552 3370 553 3393 554 3475 555 3391 556 3355 557 3431 558 3381 559 3403 560 3391 561 3334 562 3320 563 3304 564 3402 565 3354 566 3401 567 3405 568 3342 569 3381 570 3350 571 3354 572 3455 573 3353 574 3340 575 3398 576 3375 577 3335 578 3355 579 3460 580 3309 581 3344 582 3377 583 3333 584 3445 585 3382 586 3248 587 3411 588 3393 589 3334 590 3446 591 3394 592 3303 593 3434 594 3347 595 3372 596 3432 597 3338 598 3297 599 3323 600 3415 601 3345 602 3385 603 3394 604 3397 605 3366 606 3340 607 3417 608 3337 609 3357 610 3379 611 3285 612 3215 613 3357 614 3321 615 3373 616 3393 617 3355 618 3317 619 3413 620 3300 621 3277 622 3270 623 3309 624 3345 625 3318 626 3279 627 3330 628 3274 629 3304 630 3291 631 3346 632 3310 633 3307 634 3309 635 3342 636 3340 637 3282 638 3289 639 3211 640 3288 641 3254 642 3306 643 3235 644 3292 645 3217 646 3289 647 3290 648 3314 649 3279 650 3245 651 3344 652 3232 653 3290 654 3247 655 3242 656 3271 657 3288 658 3200 659 3141 660 3200 661 3254 662 3320 663 3264 664 3305 665 3201 666 3252 667 3420 668 3217 669 3199 670 3297 671 3299 672 3231 673 3306 674 3338 675 3208 676 3228 677 3334 678 3230 679 3280 680 3166 681 3249 682 3193 683 3228 684 3242 685 3269 686 3189 687 3298 688 3147 689 3339 690 3275 691 3214 692 3389 693 3261 694 3273 695 3247 696 3227 697 3164 698 3231 699 3197 700 3281 701 3211 702 3221 703 3153 704 3206 705 3236 706 3267 707 3065 708 3198 709 3169 710 3281 711 3235 712 3228 713 3192 714 3284 715 3201 716 3313 717 3227 718 3199 719 3123 720 3254 721 3110 722 3137 723 3124 724 3229 725 3186 726 3157 727 3170 728 3144 729 3167 730 3194 731 3149 732 3253 733 3215 734 3116 735 3120 736 3247 737 3158 738 3132 739 3167 740 3117 741 3158 742 3230 743 3148 744 3191 745 3119 746 3049 747 3153 748 3182 749 3217 750 3173 751 3137 752 3148 753 3094 754 3101 755 3119 756 3103 757 3085 758 2996 759 3190 760 3031 761 3034 762 3039 763 3063 764 3194 765 3204 766 3075 767 3021 768 3223 769 2992 770 3052 771 3050 772 2993 773 3169 774 3163 775 3096 776 3189 777 3009 778 3081 779 3093 780 3025 781 3072 782 3058 783 3185 784 3093 785 3039 786 2964 787 3192 788 3074 789 3073 790 3014 791 3026 792 3062 793 3075 794 3166 795 2988 796 2980 797 3051 798 3059 799 3065 800 3091 801 3116 802 3140 803 3052 804 3021 805 3130 806 3080 807 3146 808 3100 809 3029 810 3022 811 3053 812 3024 813 3095 814 3168 815 3053 816 3046 817 3062 818 3029 819 3103 820 3101 821 3030 822 3140 823 2966 824 3056 825 3009 826 3074 827 3026 828 3047 829 3084 830 2995 831 2955 832 3048 833 3117 834 3116 835 3035 836 3104 837 3112 838 3158 839 3135 840 3108 841 3085 842 3046 843 3132 844 3089 845 3146 846 3147 847 3072 848 3078 849 3053 850 3115 851 2973 852 3056 853 3145 854 3100 855 3117 856 3058 857 3092 858 3133 859 3074 860 3021 861 3136 862 3050 863 3086 864 3088 865 3044 866 3007 867 2980 868 3079 869 3033 870 2984 871 3065 872 3050 873 2987 874 3062 875 2926 876 3010 877 2998 878 3084 879 2895 880 2919 881 2996 882 2895 883 2869 884 3012 885 2964 886 2910 887 2900 888 2995 889 2879 890 2862 891 2981 892 2969 893 2892 894 2907 895 2913 896 2876 897 2857 898 3010 899 2969 900 2912 901 2923 902 2922 903 2782 904 2896 905 2977 906 2899 907 2929 908 2948 909 2947 910 2862 911 2926 912 2854 913 2784 914 2842 915 2809 916 2801 917 2923 918 2781 919 2906 920 2826 921 2840 922 2815 923 2811 924 2915 925 2889 926 2896 927 2745 928 2805 929 2777 930 2811 931 2854 932 2825 933 2790 934 2784 935 2802 936 2780 937 2786 938 2786 939 2760 940 2770 941 2765 942 2767 943 2699 944 2701 945 2708 946 2717 947 2766 948 2785 949 2764 950 2727 951 2766 952 2800 953 2717 954 2818 955 2693 956 2676 957 2681 958 2770 959 2698 960 2725 961 2621 962 2633 963 2749 964 2788 965 2658 966 2698 967 2747 968 2677 969 2768 970 2717 971 2582 972 2677 973 2623 974 2671 975 2729 976 2691 977 2659 978 2625 979 2645 980 2604 981 2605 982 2583 983 2781 984 2695 985 2707 986 2640 987 2618 988 2621 989 2683 990 2663 991 2656 992 2583 993 2614 994 2543 995 2579 996 2622 997 2641 998 2545 999 2602 1000 2595 1001 2638 1002 2705 1003 2565 1004 2582 1005 2580 1006 2589 1007 2475 1008 2576 1009 2544 1010 2640 1011 2657 1012 2631 1013 2571 1014 2559 1015 2641 1016 2478 1017 2617 1018 2657 1019 2590 1020 2530 1021 2638 1022 2573 1023 2574 1024 2545 1025 2542 1026 2645 1027 2429 1028 2540 1029 2555 1030 2457 1031 2555 1032 2464 1033 2540 1034 2553 1035 2557 1036 2540 1037 2557 1038 2537 1039 2544 1040 2452 1041 2615 1042 2597 1043 2579 1044 2474 1045 2591 1046 2544 1047 2565 1048 2569 1049 2599 1050 2538 1051 2521 1052 2565 1053 2498 1054 2547 1055 2517 1056 2488 1057 2519 1058 2491 1059 2517 1060 2562 1061 2575 1062 2543 1063 2534 1064 2579 1065 2503 1066 2574 1067 2513 1068 2576 1069 2573 1070 2478 1071 2534 1072 2568 1073 2620 1074 2532 1075 2539 1076 2585 1077 2643 1078 2621 1079 2548 1080 2582 1081 2604 1082 2571 1083 2603 1084 2563 1085 2574 1086 2532 1087 2449 1088 2678 1089 2664 1090 2544 1091 2627 1092 2535 1093 2549 1094 2610 1095 2558 1096 2533 1097 2587 1098 2498 1099 2552 1100 2554 1101 2458 1102 2586 1103 2545 1104 2519 1105 2522 1106 2643 1107 2607 1108 2540 1109 2588 1110 2573 1111 2474 1112 2537 1113 2536 1114 2560 1115 2627 1116 2590 1117 2522 1118 2526 1119 2536 1120 2483 1121 2502 1122 2654 1123 2566 1124 2599 1125 2530 1126 2596 1127 2604 1128 2512 1129 2553 1130 2553 1131 2537 1132 2560 1133 2594 1134 2577 1135 2531 1136 2626 1137 2541 1138 2585 1139 2527 1140 2612 1141 2542 1142 2547 1143 2521 1144 2535 1145 2607 1146 2570 1147 2567 1148 2541 1149 2525 1150 2576 1151 2539 1152 2583 1153 2508 1154 2438 1155 2484 1156 2529 1157 2434 1158 2478 1159 2452 1160 2503 1161 2463 1162 2474 1163 2438 1164 2473 1165 2447 1166 2495 1167 2488 1168 2542 1169 2440 1170 2541 1171 2443 1172 2412 1173 2464 1174 2433 1175 2452 1176 2524 1177 2422 1178 2418 1179 2453 1180 2468 1181 2405 1182 2484 1183 2412 1184 2405 1185 2449 1186 2442 1187 2334 1188 2395 1189 2383 1190 2358 1191 2393 1192 2333 1193 2404 1194 2307 1195 2387 1196 2311 1197 2323 1198 2431 1199 2342 1200 2341 1201 2280 1202 2350 1203 2310 1204 2461 1205 2334 1206 2301 1207 2338 1208 2346 1209 2254 1210 2310 1211 2278 1212 2275 1213 2325 1214 2324 1215 2337 1216 2343 1217 2348 1218 2322 1219 2377 1220 2328 1221 2362 1222 2410 1223 2285 1224 2340 1225 2303 1226 2445