## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606193.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606193.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606193.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:56:48 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 210 113 105 20 1294648 280.558645 271.249277 27791992 FR 55 103 145 179 211 255 929 2271 5071 9321 31293 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 1 22 2 23 5 24 10 25 12 26 12 27 17 28 29 29 41 30 45 31 306 32 268 33 268 34 272 35 268 36 303 37 291 38 273 39 291 40 296 41 297 42 307 43 317 44 376 45 361 46 365 47 422 48 437 49 467 50 525 51 528 52 624 53 765 54 852 55 1015 56 1270 57 1472 58 1809 59 2255 60 2791 61 3369 62 4162 63 5111 64 6006 65 7165 66 8523 67 10053 68 11812 69 13865 70 16432 71 18862 72 21232 73 24572 74 27211 75 30345 76 34008 77 37656 78 41716 79 45748 80 50399 81 54872 82 60069 83 64367 84 69197 85 74221 86 78459 87 83206 88 88515 89 92893 90 97481 91 103277 92 108805 93 113001 94 117491 95 120804 96 124288 97 127687 98 131580 99 134330 100 138294 101 140517 102 142969 103 146995 104 148023 105 149541 106 151059 107 151829 108 154016 109 153617 110 155374 111 155608 112 156360 113 157613 114 157571 115 157308 116 156730 117 156148 118 156010 119 154803 120 153728 121 153604 122 151742 123 151247 124 150996 125 149431 126 148336 127 147412 128 145665 129 143976 130 142260 131 141562 132 140081 133 138648 134 136068 135 135212 136 133851 137 132056 138 129676 139 128028 140 126376 141 124487 142 124386 143 122088 144 119986 145 118594 146 116390 147 114893 148 112895 149 111602 150 110489 151 107454 152 106817 153 104960 154 104131 155 102363 156 101000 157 99481 158 97067 159 96160 160 94528 161 93485 162 91880 163 90791 164 89854 165 88156 166 87397 167 86105 168 84431 169 83133 170 82274 171 81235 172 80014 173 78991 174 77545 175 76642 176 75610 177 75208 178 74054 179 73164 180 72073 181 71318 182 70200 183 69597 184 68882 185 67554 186 66858 187 66101 188 65053 189 65044 190 63650 191 62663 192 62414 193 61367 194 60930 195 59687 196 59408 197 58636 198 58076 199 56900 200 56315 201 56145 202 55342 203 54946 204 53994 205 53067 206 52770 207 52180 208 51698 209 51252 210 50306 211 49793 212 49439 213 48714 214 48253 215 47516 216 47137 217 46540 218 45955 219 45931 220 44961 221 44738 222 44140 223 43183 224 42813 225 42754 226 42039 227 41100 228 40875 229 40927 230 40002 231 39538 232 39421 233 38995 234 38291 235 37816 236 37636 237 37274 238 36691 239 36723 240 35988 241 35624 242 34960 243 34516 244 34316 245 33740 246 33451 247 32821 248 32808 249 32127 250 31811 251 31449 252 30820 253 30538 254 30330 255 29810 256 29510 257 29393 258 28984 259 28542 260 28381 261 27916 262 27565 263 27070 264 26905 265 26517 266 26244 267 26051 268 25994 269 25385 270 25127 271 24787 272 24566 273 24469 274 24122 275 24010 276 23287 277 23272 278 22844 279 22865 280 22406 281 22324 282 21756 283 21612 284 21464 285 21113 286 20505 287 20941 288 20404 289 20218 290 20005 291 19566 292 19709 293 19348 294 19072 295 19076 296 18729 297 18611 298 18421 299 18090 300 18143 301 17657 302 17671 303 17322 304 17100 305 16847 306 16608 307 16398 308 16452 309 16474 310 15969 311 15877 312 15776 313 15731 314 15675 315 15134 316 15305 317 14967 318 15054 319 14603 320 14459 321 14292 322 14142 323 14060 324 13884 325 13899 326 13752 327 13425 328 13361 329 13133 330 13160 331 13087 332 13075 333 13023 334 12449 335 12345 336 12492 337 12255 338 12232 339 11956 340 11790 341 11847 342 11854 343 11563 344 11524 345 11568 346 11118 347 11152 348 11101 349 11061 350 10971 351 10883 352 10802 353 10697 354 10546 355 10467 356 10367 357 10424 358 10341 359 10274 360 10097 361 9998 362 9849 363 9840 364 9667 365 9732 366 9877 367 9759 368 9645 369 9431 370 9415 371 9194 372 9221 373 9323 374 9174 375 9238 376 9017 377 8985 378 9082 379 8906 380 8819 381 8739 382 8731 383 8777 384 8564 385 8494 386 8469 387 8495 388 8453 389 8317 390 8387 391 8294 392 8176 393 8120 394 8150 395 8313 396 8271 397 7977 398 8132 399 7984 400 7879 401 7884 402 7930 403 7811 404 7978 405 7773 406 7623 407 7528 408 7700 409 7503 410 7470 411 7358 412 7534 413 7451 414 7252 415 7559 416 7304 417 7400 418 7178 419 7430 420 7083 421 7225 422 7170 423 7192 424 7227 425 7116 426 7227 427 6954 428 6872 429 6945 430 6802 431 6949 432 6889 433 6733 434 6893 435 6829 436 6747 437 6718 438 6765 439 6588 440 6624 441 6766 442 6547 443 6551 444 6402 445 6559 446 6481 447 6398 448 6451 449 6430 450 6477 451 6295 452 6445 453 6316 454 6416 455 6275 456 6387 457 6232 458 6325 459 6265 460 6140 461 6207 462 6294 463 6168 464 6214 465 6188 466 5978 467 6144 468 6094 469 6100 470 6166 471 6023 472 5991 473 5869 474 6008 475 6114 476 5997 477 6044 478 5803 479 5923 480 5946 481 5762 482 5937 483 5863 484 5955 485 5823 486 5847 487 5735 488 5875 489 5775 490 5845 491 5815 492 5667 493 5717 494 5643 495 5617 496 5865 497 5665 498 5633 499 5501 500 5567 501 5710 502 5638 503 5630 504 5592 505 5520 506 5450 507 5531 508 5482 509 5488 510 5403 511 5500 512 5464 513 5417 514 5557 515 5427 516 5321 517 5387 518 5344 519 5385 520 5311 521 5216 522 5415 523 5320 524 5356 525 5404 526 5247 527 5336 528 5402 529 5261 530 5249 531 5331 532 5261 533 5356 534 5412 535 5270 536 5350 537 5258 538 5384 539 5322 540 5387 541 5191 542 5259 543 5296 544 5208 545 5293 546 5263 547 5240 548 5236 549 5244 550 5271 551 5265 552 5266 553 5222 554 5180 555 5271 556 5310 557 5218 558 5120 559 5213 560 5222 561 5150 562 5129 563 5060 564 5193 565 5251 566 5074 567 5199 568 5182 569 5115 570 5211 571 5254 572 5003 573 5076 574 5210 575 5231 576 5240 577 4986 578 5135 579 5170 580 5119 581 5219 582 5057 583 5074 584 5192 585 5063 586 5142 587 5079 588 5231 589 5085 590 5200 591 5071 592 5025 593 5141 594 5141 595 5070 596 5201 597 5127 598 5100 599 5190 600 5083 601 5087 602 5178 603 5157 604 5126 605 5195 606 5079 607 5116 608 5096 609 5046 610 5214 611 5233 612 5171 613 5083 614 5031 615 5151 616 5066 617 5145 618 5154 619 5177 620 5036 621 5017 622 5108 623 5171 624 5106 625 5043 626 5101 627 5126 628 5145 629 5121 630 5062 631 4999 632 5043 633 4984 634 4954 635 5037 636 5010 637 5106 638 5047 639 4957 640 5012 641 5015 642 5016 643 4987 644 4997 645 4905 646 4919 647 4938 648 4864 649 4945 650 4864 651 4930 652 4938 653 5012 654 4965 655 4958 656 5020 657 4913 658 4851 659 4981 660 4907 661 4964 662 4940 663 4955 664 4878 665 4968 666 4948 667 5103 668 4899 669 4794 670 4947 671 4942 672 4934 673 4893 674 4892 675 4978 676 4955 677 4932 678 4916 679 4829 680 4931 681 4961 682 4900 683 4968 684 4926 685 4993 686 4989 687 4825 688 4931 689 4888 690 4967 691 4885 692 4968 693 4866 694 4990 695 4894 696 4871 697 4841 698 4930 699 4852 700 5048 701 4892 702 4793 703 4929 704 4946 705 4949 706 4824 707 4932 708 4927 709 4928 710 4954 711 4903 712 4945 713 4971 714 4939 715 4921 716 4905 717 4998 718 4907 719 4755 720 5020 721 4913 722 4943 723 4834 724 4868 725 4948 726 4841 727 4960 728 4763 729 4809 730 4938 731 4961 732 4875 733 4782 734 4760 735 4811 736 4854 737 4701 738 4764 739 4816 740 4745 741 4985 742 4742 743 4692 744 4841 745 4756 746 4807 747 4667 748 4858 749 4763 750 4817 751 4742 752 4792 753 4804 754 4698 755 4930 756 4731 757 4778 758 4915 759 4813 760 4672 761 4847 762 4831 763 4657 764 4808 765 4805 766 4721 767 4772 768 4766 769 4743 770 4600 771 4745 772 4699 773 4813 774 4711 775 4654 776 4667 777 4622 778 4664 779 4717 780 4771 781 4746 782 4656 783 4739 784 4705 785 4731 786 4714 787 4694 788 4671 789 4696 790 4623 791 4568 792 4706 793 4621 794 4798 795 4655 796 4671 797 4590 798 4631 799 4804 800 4638 801 4695 802 4596 803 4618 804 4781 805 4635 806 4658 807 4657 808 4573 809 4727 810 4762 811 4617 812 4545 813 4613 814 4674 815 4733 816 4605 817 4614 818 4681 819 4626 820 4635 821 4685 822 4563 823 4675 824 4773 825 4645 826 4674 827 4774 828 4664 829 4788 830 4749 831 4678 832 4673 833 4651 834 4684 835 4584 836 4704 837 4763 838 4751 839 4837 840 4717 841 4626 842 4683 843 4707 844 4713 845 4727 846 4806 847 4660 848 4752 849 4734 850 4738 851 4800 852 4747 853 4779 854 4750 855 4705 856 4690 857 4726 858 4720 859 4721 860 4680 861 4735 862 4767 863 4681 864 4721 865 4590 866 4642 867 4768 868 4698 869 4691 870 4692 871 4703 872 4640 873 4705 874 4646 875 4623 876 4693 877 4633 878 4558 879 4575 880 4579 881 4551 882 4697 883 4493 884 4545 885 4561 886 4678 887 4643 888 4446 889 4515 890 4514 891 4508 892 4496 893 4437 894 4528 895 4583 896 4614 897 4488 898 4461 899 4446 900 4545 901 4443 902 4456 903 4473 904 4526 905 4494 906 4472 907 4474 908 4462 909 4423 910 4365 911 4366 912 4422 913 4365 914 4385 915 4422 916 4494 917 4359 918 4360 919 4387 920 4369 921 4311 922 4436 923 4373 924 4265 925 4271 926 4374 927 4289 928 4339 929 4358 930 4303 931 4369 932 4198 933 4358 934 4239 935 4311 936 4258 937 4391 938 4293 939 4253 940 4339 941 4251 942 4339 943 4390 944 4204 945 4267 946 4251 947 4229 948 4272 949 4208 950 4272 951 4306 952 4214 953 4191 954 4220 955 4239 956 4183 957 4308 958 4215 959 4231 960 4093 961 4109 962 4104 963 4159 964 4240 965 4100 966 4134 967 4216 968 4095 969 4239 970 4228 971 4145 972 4229 973 4126 974 3949 975 4138 976 4129 977 4186 978 4169 979 4020 980 4091 981 4085 982 4099 983 4020 984 4093 985 4023 986 4139 987 4062 988 3932 989 3979 990 4011 991 4036 992 4043 993 3943 994 4011 995 4080 996 4093 997 3972 998 4019 999 4057 1000 4084 1001 4051 1002 4068 1003 3950 1004 3999 1005 3972 1006 3999 1007 4020 1008 4117 1009 3918 1010 3998 1011 3951 1012 4025 1013 4016 1014 3928 1015 3973 1016 3901 1017 3949 1018 3930 1019 3961 1020 3891 1021 3894 1022 3920 1023 3985 1024 3991 1025 4038 1026 3971 1027 3899 1028 3899 1029 3976 1030 3907 1031 3969 1032 3853 1033 3896 1034 4029 1035 3860 1036 3909 1037 3883 1038 3920 1039 3857 1040 3883 1041 4029 1042 3863 1043 3995 1044 3896 1045 3947 1046 4010 1047 3956 1048 3951 1049 3931 1050 3921 1051 3955 1052 4031 1053 3939 1054 3962 1055 3996 1056 3978 1057 3935 1058 3898 1059 3968 1060 3934 1061 3974 1062 3893 1063 3911 1064 3867 1065 3887 1066 3942 1067 4013 1068 3925 1069 3891 1070 3982 1071 4015 1072 4084 1073 3906 1074 3891 1075 3994 1076 3970 1077 3950 1078 3984 1079 3919 1080 4031 1081 4007 1082 3965 1083 4070 1084 3968 1085 3973 1086 4017 1087 3985 1088 3842 1089 3930 1090 3948 1091 3898 1092 3930 1093 3908 1094 3907 1095 4013 1096 4113 1097 3912 1098 3929 1099 3880 1100 3884 1101 3893 1102 3979 1103 3990 1104 3916 1105 4021 1106 3986 1107 4040 1108 3922 1109 3888 1110 3955 1111 3891 1112 3848 1113 3826 1114 4014 1115 4044 1116 3929 1117 4016 1118 3844 1119 3918 1120 3942 1121 3915 1122 3876 1123 3991 1124 3882 1125 3891 1126 3832 1127 3994 1128 3937 1129 3958 1130 3932 1131 3876 1132 4041 1133 3990 1134 3895 1135 3856 1136 3967 1137 3986 1138 3982 1139 3940 1140 3906 1141 3967 1142 3865 1143 3934 1144 3848 1145 3868 1146 3860 1147 3871 1148 3802 1149 3804 1150 3850 1151 3889 1152 3817 1153 3861 1154 3819 1155 3791 1156 3817 1157 3890 1158 3841 1159 3854 1160 3889 1161 3884 1162 3781 1163 3712 1164 3771 1165 3749 1166 3814 1167 3810 1168 3760 1169 3715 1170 3677 1171 3718 1172 3739 1173 3743 1174 3725 1175 3790 1176 3864 1177 3717 1178 3605 1179 3653 1180 3742 1181 3693 1182 3657 1183 3741 1184 3655 1185 3650 1186 3672 1187 3644 1188 3655 1189 3621 1190 3549 1191 3725 1192 3665 1193 3612 1194 3549 1195 3729 1196 3590 1197 3575 1198 3626 1199 3667 1200 3581 1201 3704 1202 3648 1203 3592 1204 3569 1205 3700 1206 3560 1207 3524 1208 3611 1209 3612 1210 3596 1211 3543 1212 3630 1213 3642 1214 3617 1215 3658 1216 3663 1217 3616 1218 3595 1219 3636 1220 3608 1221 3695 1222 3624 1223 3571 1224 3575 1225 3648 1226 3612 1227 3595 1228 3536 1229 3606 1230 3497 1231 3655 1232 3646 1233 3602 1234 3589 1235 3490 1236 3601 1237 3565 1238 3599 1239 3621 1240 3707 1241 3612 1242 3569 1243 3532 1244 3609 1245 3605 1246 3540 1247 3519 1248 3548 1249 3521 1250 3553 1251 3514 1252 3562 1253 3476 1254 3603 1255 3546 1256 3562 1257 3509 1258 3466 1259 3564 1260 3516