## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606192.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606192.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606192.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:24:15 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 210 117 103 21 1188869 278.078479 265.353462 21582199 FR 53 99 139 173 207 253 915 2249 5021 9233 31199 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 23 1 24 5 25 8 26 5 27 13 28 10 29 17 30 38 31 136 32 122 33 151 34 144 35 158 36 164 37 154 38 177 39 182 40 163 41 183 42 203 43 196 44 228 45 224 46 204 47 245 48 281 49 289 50 334 51 372 52 384 53 489 54 600 55 713 56 869 57 1061 58 1256 59 1781 60 2077 61 2552 62 3286 63 3952 64 4711 65 5786 66 6917 67 8338 68 9701 69 11248 70 12910 71 14752 72 16758 73 18981 74 21460 75 23678 76 26719 77 29167 78 32026 79 35223 80 37917 81 40732 82 44147 83 47952 84 51283 85 54646 86 58175 87 61403 88 64784 89 68225 90 71227 91 73735 92 77448 93 80497 94 84042 95 86576 96 89061 97 91429 98 94154 99 96084 100 98231 101 100344 102 102566 103 104690 104 106520 105 106871 106 108712 107 110435 108 111237 109 112414 110 112552 111 114023 112 115007 113 115104 114 115526 115 115660 116 116446 117 116746 118 116542 119 116574 120 116121 121 116263 122 115478 123 114949 124 115013 125 114565 126 114145 127 113964 128 113343 129 112052 130 111816 131 110410 132 109785 133 108332 134 107887 135 106564 136 106833 137 105699 138 104094 139 102846 140 101527 141 100629 142 99767 143 98376 144 96699 145 95840 146 95174 147 93316 148 92187 149 91507 150 89905 151 88817 152 87432 153 86127 154 85018 155 83961 156 82751 157 81689 158 80742 159 79085 160 78395 161 77222 162 75775 163 75314 164 74135 165 72905 166 71446 167 71098 168 69899 169 69101 170 67358 171 67128 172 66085 173 65283 174 64242 175 63056 176 62418 177 61607 178 60766 179 59952 180 59242 181 58164 182 57920 183 57063 184 56307 185 55607 186 54416 187 53987 188 53435 189 52976 190 52074 191 51846 192 50776 193 50207 194 49685 195 48910 196 48690 197 47851 198 47046 199 46440 200 46217 201 45565 202 44692 203 44752 204 44005 205 43625 206 42693 207 42147 208 41944 209 41365 210 40403 211 40202 212 39757 213 39432 214 38764 215 38356 216 38189 217 37525 218 37045 219 36531 220 35950 221 36114 222 35466 223 35253 224 34681 225 33990 226 33711 227 33935 228 33101 229 32598 230 32169 231 31762 232 31863 233 31052 234 30680 235 30411 236 30209 237 29878 238 29044 239 29077 240 28554 241 28382 242 27928 243 27602 244 27427 245 27163 246 26773 247 26286 248 25980 249 25564 250 25082 251 25334 252 24676 253 24405 254 24332 255 23950 256 23524 257 23497 258 23107 259 22672 260 22281 261 21882 262 21899 263 21725 264 21549 265 20974 266 21126 267 20496 268 20276 269 20064 270 20088 271 19637 272 19300 273 19295 274 19057 275 18824 276 18457 277 18399 278 18342 279 17833 280 17685 281 17528 282 17271 283 16884 284 16761 285 16761 286 16200 287 16289 288 15990 289 15850 290 15700 291 15380 292 15383 293 15156 294 14786 295 14580 296 14634 297 14357 298 14294 299 13985 300 13752 301 13826 302 13612 303 13469 304 13155 305 13328 306 13015 307 12832 308 12707 309 12607 310 12500 311 12339 312 12268 313 12075 314 11822 315 11850 316 11674 317 11510 318 11485 319 11480 320 11055 321 10819 322 10991 323 10983 324 10641 325 10446 326 10356 327 10435 328 10042 329 10083 330 10061 331 9895 332 9995 333 9487 334 9738 335 9380 336 9546 337 9299 338 9411 339 9164 340 9073 341 8977 342 8856 343 8749 344 8697 345 8749 346 8592 347 8421 348 8409 349 8240 350 8328 351 8154 352 8108 353 7994 354 8066 355 7888 356 7837 357 7684 358 7692 359 7611 360 7712 361 7541 362 7569 363 7586 364 7402 365 7453 366 7354 367 7153 368 7227 369 7076 370 7207 371 7062 372 6981 373 6835 374 6786 375 6837 376 6979 377 6708 378 6782 379 6801 380 6711 381 6566 382 6514 383 6516 384 6476 385 6558 386 6477 387 6264 388 6340 389 6260 390 6204 391 6333 392 6115 393 6098 394 6122 395 6015 396 5974 397 5968 398 6006 399 6009 400 6054 401 5917 402 5955 403 5868 404 5760 405 5826 406 5632 407 5802 408 5625 409 5731 410 5749 411 5654 412 5628 413 5548 414 5762 415 5596 416 5484 417 5646 418 5460 419 5530 420 5508 421 5579 422 5428 423 5391 424 5398 425 5215 426 5238 427 5462 428 5257 429 5127 430 5167 431 5269 432 5137 433 5205 434 5085 435 5146 436 5090 437 5003 438 5191 439 5101 440 4920 441 4874 442 5053 443 4871 444 5022 445 4903 446 4892 447 5057 448 4997 449 4919 450 4986 451 4919 452 4846 453 4873 454 4872 455 4876 456 4741 457 4863 458 4720 459 4778 460 4783 461 4748 462 4768 463 4728 464 4578 465 4668 466 4730 467 4609 468 4550 469 4678 470 4658 471 4660 472 4607 473 4602 474 4677 475 4600 476 4610 477 4503 478 4462 479 4607 480 4540 481 4545 482 4489 483 4458 484 4511 485 4598 486 4406 487 4375 488 4558 489 4412 490 4439 491 4517 492 4282 493 4376 494 4363 495 4416 496 4385 497 4319 498 4417 499 4332 500 4317 501 4321 502 4263 503 4240 504 4203 505 4227 506 4231 507 4304 508 4328 509 4198 510 4179 511 4389 512 4182 513 4261 514 4228 515 4237 516 4352 517 4212 518 4222 519 4232 520 4240 521 4047 522 4101 523 4095 524 4144 525 4323 526 4079 527 4015 528 4096 529 4186 530 4128 531 4093 532 4087 533 4081 534 4054 535 4101 536 4046 537 4056 538 4084 539 4070 540 4099 541 4037 542 3942 543 4026 544 4013 545 4031 546 4092 547 4171 548 3910 549 3979 550 4142 551 4008 552 4032 553 4042 554 3982 555 4041 556 3995 557 4051 558 4012 559 3933 560 3988 561 4076 562 4033 563 3976 564 3998 565 3924 566 4048 567 4048 568 3967 569 3996 570 4062 571 3963 572 3949 573 3895 574 4016 575 3953 576 3939 577 4010 578 3986 579 4068 580 3969 581 4070 582 3938 583 3804 584 3987 585 3941 586 4066 587 3914 588 3941 589 4017 590 3972 591 3868 592 3894 593 3990 594 3869 595 3916 596 3923 597 3951 598 3827 599 3980 600 4013 601 3958 602 3857 603 4051 604 3947 605 3938 606 4078 607 3964 608 3898 609 3954 610 3852 611 3861 612 3993 613 3911 614 4015 615 3971 616 3898 617 3959 618 3980 619 3917 620 3961 621 3872 622 3989 623 3856 624 3927 625 3972 626 3969 627 4003 628 3892 629 3840 630 3970 631 3822 632 3850 633 3882 634 3843 635 3927 636 3869 637 3841 638 3928 639 3803 640 3798 641 3766 642 3812 643 3913 644 3956 645 3836 646 3851 647 3899 648 3944 649 3873 650 3768 651 3838 652 3754 653 3818 654 3789 655 3742 656 3702 657 3771 658 3743 659 3787 660 3838 661 3733 662 3795 663 3819 664 3729 665 3826 666 3841 667 3778 668 3888 669 3699 670 3744 671 3885 672 3826 673 3764 674 3824 675 3793 676 3884 677 3812 678 3783 679 3854 680 3685 681 3761 682 3771 683 3794 684 3822 685 3878 686 3894 687 3842 688 3816 689 3744 690 3846 691 3926 692 3813 693 3807 694 3778 695 3814 696 3778 697 3870 698 3777 699 3654 700 3862 701 3829 702 3803 703 3884 704 3847 705 3852 706 3750 707 3763 708 3718 709 3774 710 3714 711 3849 712 3955 713 3897 714 3863 715 3893 716 3786 717 3883 718 3826 719 3775 720 3838 721 3710 722 3851 723 3755 724 3736 725 3700 726 3789 727 3763 728 3707 729 3857 730 3869 731 3800 732 3767 733 3762 734 3808 735 3706 736 3791 737 3697 738 3612 739 3748 740 3817 741 3629 742 3655 743 3673 744 3671 745 3708 746 3655 747 3706 748 3816 749 3754 750 3705 751 3665 752 3683 753 3780 754 3559 755 3611 756 3673 757 3622 758 3582 759 3797 760 3676 761 3685 762 3712 763 3662 764 3656 765 3678 766 3639 767 3578 768 3622 769 3679 770 3707 771 3660 772 3718 773 3654 774 3678 775 3586 776 3661 777 3675 778 3621 779 3653 780 3564 781 3691 782 3718 783 3692 784 3661 785 3665 786 3729 787 3718 788 3705 789 3759 790 3653 791 3668 792 3540 793 3577 794 3655 795 3648 796 3584 797 3573 798 3675 799 3702 800 3599 801 3647 802 3637 803 3546 804 3654 805 3635 806 3698 807 3569 808 3630 809 3656 810 3727 811 3569 812 3722 813 3653 814 3643 815 3703 816 3571 817 3616 818 3605 819 3532 820 3677 821 3503 822 3663 823 3487 824 3560 825 3727 826 3607 827 3554 828 3652 829 3653 830 3645 831 3659 832 3645 833 3512 834 3685 835 3565 836 3575 837 3670 838 3741 839 3731 840 3714 841 3632 842 3762 843 3596 844 3575 845 3624 846 3702 847 3708 848 3603 849 3599 850 3736 851 3770 852 3711 853 3716 854 3714 855 3686 856 3672 857 3610 858 3617 859 3585 860 3666 861 3616 862 3631 863 3711 864 3617 865 3702 866 3651 867 3710 868 3651 869 3602 870 3683 871 3593 872 3719 873 3561 874 3710 875 3639 876 3615 877 3578 878 3587 879 3481 880 3548 881 3676 882 3476 883 3549 884 3583 885 3467 886 3610 887 3590 888 3616 889 3450 890 3718 891 3468 892 3507 893 3544 894 3542 895 3507 896 3600 897 3457 898 3490 899 3497 900 3381 901 3581 902 3553 903 3478 904 3540 905 3328 906 3379 907 3539 908 3478 909 3459 910 3494 911 3433 912 3499 913 3519 914 3470 915 3527 916 3411 917 3324 918 3383 919 3461 920 3316 921 3400 922 3355 923 3322 924 3350 925 3353 926 3308 927 3374 928 3360 929 3338 930 3250 931 3235 932 3388 933 3428 934 3388 935 3302 936 3283 937 3319 938 3341 939 3285 940 3331 941 3272 942 3404 943 3373 944 3413 945 3312 946 3311 947 3381 948 3412 949 3297 950 3239 951 3317 952 3407 953 3292 954 3320 955 3377 956 3270 957 3272 958 3367 959 3360 960 3334 961 3298 962 3175 963 3305 964 3214 965 3258 966 3319 967 3270 968 3271 969 3202 970 3290 971 3168 972 3232 973 3162 974 3198 975 3215 976 3254 977 3215 978 3166 979 3229 980 3267 981 3270 982 3283 983 3173 984 3091 985 3194 986 3316 987 3214 988 3184 989 3258 990 3178 991 3196 992 3268 993 3200 994 3187 995 3101 996 3128 997 3156 998 3190 999 3211 1000 3121 1001 3200 1002 3137 1003 3166 1004 3142 1005 3089 1006 3205 1007 3157 1008 3116 1009 3094 1010 3051 1011 3029 1012 3087 1013 3152 1014 3181 1015 3181 1016 3018 1017 3149 1018 3072 1019 3114 1020 3087 1021 3097 1022 3134 1023 3093 1024 3050 1025 3117 1026 3188 1027 3015 1028 3107 1029 3105 1030 3138 1031 2965 1032 3025 1033 3035 1034 3127 1035 3030 1036 3123 1037 3066 1038 2974 1039 3123 1040 3035 1041 3038 1042 3129 1043 2921 1044 2990 1045 2971 1046 3092 1047 3077 1048 3016 1049 3036 1050 3003 1051 3062 1052 2942 1053 3032 1054 3056 1055 3030 1056 3043 1057 3077 1058 3021 1059 2998 1060 3017 1061 3094 1062 3076 1063 2895 1064 2944 1065 3007 1066 3037 1067 2942 1068 3046 1069 3070 1070 3034 1071 3053 1072 3098 1073 3081 1074 3118 1075 3015 1076 2982 1077 3100 1078 2994 1079 3097 1080 2985 1081 3078 1082 3013 1083 3081 1084 3015 1085 3049 1086 3025 1087 3102 1088 3018 1089 3069 1090 3074 1091 3077 1092 3043 1093 2952 1094 3024 1095 3107 1096 3143 1097 3104 1098 3137 1099 3053 1100 3032 1101 3100 1102 3038 1103 3049 1104 3019 1105 3077 1106 3036 1107 3024 1108 3113 1109 3140 1110 2992 1111 3028 1112 3110 1113 2986 1114 3075 1115 3045 1116 3073 1117 3051 1118 3127 1119 3048 1120 2918 1121 3033 1122 2958 1123 3039 1124 3075 1125 3094 1126 3076 1127 3126 1128 3064 1129 3011 1130 3046 1131 3057 1132 2963 1133 3003 1134 2970 1135 3024 1136 3045 1137 2994 1138 3114 1139 3004 1140 3056 1141 3086 1142 2929 1143 2948 1144 3018 1145 3073 1146 2934 1147 3085 1148 3003 1149 3034 1150 3008 1151 3036 1152 2986 1153 2977 1154 3088 1155 3003 1156 2968 1157 2988 1158 2966 1159 2993 1160 3003 1161 2930 1162 2922 1163 2966 1164 2928 1165 2901 1166 2956 1167 2868 1168 2923 1169 2895 1170 2946 1171 2833 1172 2923 1173 2910 1174 2916 1175 2982 1176 2952 1177 2859 1178 2927 1179 2887 1180 2934 1181 2940 1182 2922 1183 2844 1184 2792 1185 2813 1186 2953 1187 2845 1188 2850 1189 2866 1190 2804 1191 2952 1192 2871 1193 2844 1194 2933 1195 2803 1196 2782 1197 2748 1198 2764 1199 2892 1200 2857 1201 2791 1202 2772 1203 2829 1204 2873 1205 2822 1206 2750 1207 2753 1208 2760 1209 2739 1210 2875 1211 2857 1212 2720 1213 2813 1214 2846 1215 2806 1216 2847 1217 2888 1218 2777 1219 2859 1220 2766 1221 2837 1222 2801 1223 2872 1224 2800 1225 2869 1226 2798 1227 2888 1228 2907 1229 2886 1230 2848 1231 2805 1232 2786 1233 2828 1234 2764 1235 2863 1236 2852 1237 2790 1238 2886 1239 2748 1240 2850