## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606191.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606191.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606191.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:26:45 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 211 115 106 22 1294651 283.012216 275.507624 18529522 FR 57 105 147 181 213 259 1003 2375 5305 9835 33679 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 3 23 5 24 5 25 7 26 9 27 18 28 19 29 15 30 24 31 191 32 166 33 185 34 160 35 157 36 171 37 158 38 197 39 194 40 205 41 192 42 185 43 231 44 250 45 234 46 261 47 270 48 265 49 302 50 336 51 390 52 464 53 514 54 585 55 636 56 831 57 978 58 1297 59 1439 60 1880 61 2346 62 2883 63 3466 64 4096 65 5021 66 5741 67 6910 68 7905 69 9122 70 10932 71 12319 72 14083 73 15811 74 17912 75 19668 76 22078 77 24142 78 26551 79 29296 80 31923 81 35071 82 38045 83 40776 84 44229 85 46657 86 49794 87 53583 88 56678 89 59681 90 62908 91 66335 92 69387 93 73298 94 75925 95 78091 96 81056 97 83388 98 85862 99 88103 100 90132 101 92692 102 94387 103 96463 104 98116 105 99172 106 100347 107 101142 108 101967 109 102520 110 103482 111 104034 112 104371 113 105110 114 105007 115 105244 116 104510 117 104580 118 104603 119 104361 120 103352 121 103749 122 102111 123 101484 124 101750 125 101062 126 100128 127 99174 128 98572 129 96963 130 95509 131 95136 132 93980 133 92551 134 91870 135 91083 136 89875 137 88646 138 87380 139 85541 140 84931 141 83877 142 82702 143 81764 144 80281 145 79070 146 77721 147 76357 148 75632 149 74066 150 73538 151 72231 152 71830 153 70295 154 69043 155 68135 156 67496 157 66816 158 65076 159 63564 160 62994 161 62153 162 61427 163 60327 164 59748 165 58531 166 57786 167 56799 168 56502 169 55415 170 54582 171 53827 172 53228 173 52529 174 51638 175 50792 176 50212 177 49680 178 49064 179 48468 180 47487 181 46894 182 46191 183 45993 184 45394 185 44673 186 44243 187 43778 188 43151 189 42639 190 42674 191 41699 192 41120 193 40748 194 40290 195 39745 196 39002 197 38643 198 37945 199 37801 200 37287 201 36581 202 36579 203 35813 204 35648 205 34906 206 34789 207 34250 208 33935 209 33351 210 33377 211 32710 212 32486 213 31842 214 31660 215 31415 216 30801 217 30287 218 30326 219 30004 220 29744 221 29324 222 28816 223 28268 224 28218 225 27809 226 27717 227 27470 228 26873 229 26774 230 26065 231 26111 232 25833 233 25338 234 24837 235 24824 236 24590 237 24196 238 24086 239 23701 240 23378 241 22833 242 23069 243 22360 244 22283 245 22046 246 21700 247 21354 248 21466 249 20913 250 20695 251 20391 252 20352 253 20203 254 19711 255 19498 256 19195 257 19174 258 18755 259 18809 260 18491 261 18147 262 18020 263 17714 264 17696 265 17274 266 17239 267 17261 268 16825 269 16583 270 16419 271 15916 272 16133 273 15765 274 15538 275 15393 276 15219 277 15073 278 14994 279 14756 280 14590 281 14652 282 14210 283 14288 284 13932 285 13728 286 13545 287 13484 288 13253 289 13017 290 13156 291 12696 292 12802 293 12403 294 12449 295 12368 296 12191 297 11920 298 11947 299 11637 300 11575 301 11672 302 11183 303 11227 304 11065 305 11032 306 10794 307 10769 308 10509 309 10445 310 10550 311 10086 312 10114 313 9994 314 9963 315 9971 316 9882 317 9591 318 9539 319 9497 320 9310 321 9262 322 9272 323 9198 324 8986 325 8809 326 8834 327 8544 328 8541 329 8594 330 8356 331 8411 332 8469 333 8185 334 8197 335 8131 336 8008 337 7923 338 8002 339 7772 340 7799 341 7727 342 7455 343 7545 344 7462 345 7319 346 7124 347 7218 348 7190 349 7251 350 6922 351 7145 352 6959 353 6999 354 6847 355 6757 356 6778 357 6755 358 6855 359 6592 360 6473 361 6482 362 6399 363 6390 364 6280 365 6225 366 6151 367 6117 368 6227 369 6076 370 6083 371 6168 372 5921 373 5935 374 5851 375 5951 376 5964 377 5778 378 5838 379 5827 380 5724 381 5782 382 5711 383 5588 384 5622 385 5561 386 5514 387 5562 388 5524 389 5458 390 5464 391 5273 392 5397 393 5274 394 5227 395 5266 396 5163 397 5233 398 5070 399 5226 400 5288 401 5212 402 5156 403 5030 404 5062 405 4986 406 5177 407 4998 408 4945 409 4955 410 4922 411 4835 412 4872 413 4980 414 4818 415 4793 416 4950 417 4699 418 4716 419 4740 420 4847 421 4703 422 4657 423 4645 424 4778 425 4728 426 4517 427 4535 428 4557 429 4581 430 4498 431 4494 432 4582 433 4653 434 4472 435 4385 436 4468 437 4437 438 4515 439 4395 440 4270 441 4326 442 4331 443 4366 444 4261 445 4327 446 4301 447 4375 448 4217 449 4282 450 4105 451 4216 452 4224 453 4292 454 4133 455 4171 456 4019 457 4096 458 4132 459 4086 460 4086 461 4123 462 4083 463 4104 464 3972 465 3962 466 3983 467 3900 468 3940 469 3957 470 4004 471 4041 472 3970 473 3898 474 3930 475 3904 476 3963 477 3946 478 3922 479 3936 480 3909 481 3914 482 3902 483 3906 484 3919 485 3920 486 3863 487 3873 488 3873 489 3808 490 3689 491 3800 492 3861 493 3746 494 3721 495 3783 496 3696 497 3766 498 3601 499 3665 500 3609 501 3715 502 3558 503 3801 504 3729 505 3833 506 3536 507 3617 508 3647 509 3639 510 3547 511 3613 512 3557 513 3637 514 3527 515 3607 516 3533 517 3610 518 3526 519 3518 520 3461 521 3513 522 3393 523 3525 524 3459 525 3605 526 3455 527 3638 528 3622 529 3372 530 3554 531 3562 532 3479 533 3520 534 3505 535 3508 536 3431 537 3508 538 3497 539 3564 540 3466 541 3447 542 3479 543 3521 544 3449 545 3516 546 3498 547 3340 548 3404 549 3467 550 3497 551 3432 552 3512 553 3517 554 3369 555 3420 556 3447 557 3411 558 3476 559 3460 560 3331 561 3482 562 3398 563 3369 564 3339 565 3432 566 3394 567 3408 568 3421 569 3499 570 3428 571 3467 572 3343 573 3413 574 3418 575 3375 576 3326 577 3246 578 3380 579 3379 580 3367 581 3497 582 3432 583 3388 584 3373 585 3429 586 3386 587 3414 588 3413 589 3519 590 3359 591 3293 592 3357 593 3462 594 3384 595 3306 596 3424 597 3344 598 3330 599 3432 600 3452 601 3291 602 3355 603 3436 604 3358 605 3351 606 3371 607 3424 608 3315 609 3377 610 3373 611 3348 612 3374 613 3418 614 3357 615 3312 616 3322 617 3376 618 3374 619 3300 620 3423 621 3355 622 3327 623 3389 624 3377 625 3435 626 3420 627 3302 628 3299 629 3352 630 3308 631 3239 632 3293 633 3294 634 3371 635 3311 636 3201 637 3349 638 3302 639 3327 640 3320 641 3282 642 3196 643 3317 644 3272 645 3280 646 3292 647 3290 648 3288 649 3293 650 3210 651 3253 652 3347 653 3207 654 3281 655 3334 656 3244 657 3296 658 3351 659 3231 660 3196 661 3262 662 3370 663 3198 664 3355 665 3218 666 3213 667 3261 668 3266 669 3228 670 3211 671 3383 672 3320 673 3228 674 3340 675 3324 676 3302 677 3327 678 3248 679 3413 680 3222 681 3318 682 3311 683 3232 684 3279 685 3149 686 3279 687 3362 688 3296 689 3314 690 3232 691 3265 692 3334 693 3287 694 3279 695 3214 696 3216 697 3251 698 3233 699 3300 700 3219 701 3304 702 3294 703 3212 704 3075 705 3341 706 3273 707 3304 708 3166 709 3313 710 3209 711 3323 712 3297 713 3182 714 3163 715 3274 716 3211 717 3248 718 3185 719 3235 720 3225 721 3266 722 3240 723 3253 724 3159 725 3182 726 3153 727 3244 728 3224 729 3101 730 3144 731 3207 732 3143 733 3187 734 3205 735 3214 736 3268 737 3145 738 3130 739 3112 740 3167 741 3203 742 3208 743 3215 744 3184 745 3157 746 3200 747 3215 748 3072 749 3181 750 3300 751 3210 752 3117 753 3087 754 3073 755 3097 756 3083 757 3169 758 3247 759 3185 760 3250 761 3236 762 3060 763 3162 764 3112 765 3208 766 3016 767 3123 768 3073 769 3082 770 3219 771 3111 772 3146 773 3138 774 3079 775 3104 776 3056 777 3098 778 3138 779 3109 780 3127 781 3112 782 3161 783 2996 784 3080 785 3084 786 3112 787 3064 788 3160 789 3106 790 3117 791 3075 792 3090 793 3130 794 2972 795 3075 796 3110 797 3120 798 3064 799 3098 800 3059 801 3109 802 3133 803 3055 804 3214 805 3066 806 3246 807 3060 808 3061 809 3023 810 3121 811 2985 812 3132 813 3100 814 3087 815 2967 816 3084 817 3048 818 3053 819 3136 820 3149 821 3161 822 3133 823 3198 824 2947 825 3096 826 3143 827 3154 828 3139 829 3122 830 3133 831 3201 832 3171 833 3167 834 3023 835 3112 836 3164 837 3124 838 3110 839 3044 840 3125 841 3188 842 3089 843 3110 844 3205 845 3161 846 3121 847 3195 848 3159 849 3214 850 3199 851 3100 852 3221 853 3134 854 3222 855 3166 856 3105 857 3150 858 3206 859 3142 860 3171 861 3135 862 3158 863 3251 864 3130 865 3227 866 3003 867 3110 868 3125 869 3156 870 3073 871 3145 872 3120 873 3037 874 3139 875 3131 876 3135 877 3124 878 3166 879 3050 880 3095 881 3094 882 3221 883 3040 884 3057 885 3091 886 2994 887 3052 888 3139 889 3092 890 3057 891 3066 892 3020 893 3091 894 2972 895 2988 896 3022 897 3002 898 2983 899 2986 900 2952 901 2999 902 2947 903 2975 904 2962 905 2977 906 3149 907 2976 908 3053 909 2918 910 2967 911 3019 912 3037 913 2928 914 2991 915 2991 916 2911 917 2840 918 2992 919 2982 920 2928 921 2973 922 2912 923 3067 924 2982 925 2946 926 2880 927 2942 928 2911 929 2961 930 2986 931 2949 932 2900 933 2984 934 2929 935 2973 936 2821 937 2779 938 2985 939 2944 940 2862 941 2775 942 2807 943 2877 944 2868 945 2923 946 2791 947 2908 948 2830 949 2877 950 2863 951 2780 952 2809 953 2849 954 2842 955 2886 956 2849 957 2882 958 2968 959 2819 960 2855 961 2765 962 2851 963 2797 964 2906 965 2806 966 2869 967 2795 968 2767 969 2758 970 2781 971 2834 972 2720 973 2750 974 2840 975 2757 976 2826 977 2722 978 2808 979 2782 980 2755 981 2669 982 2786 983 2795 984 2820 985 2808 986 2717 987 2764 988 2772 989 2740 990 2814 991 2719 992 2827 993 2609 994 2642 995 2596 996 2746 997 2823 998 2668 999 2787 1000 2691 1001 2660 1002 2754 1003 2755 1004 2720 1005 2700 1006 2596 1007 2711 1008 2697 1009 2689 1010 2706 1011 2720 1012 2683 1013 2722 1014 2704 1015 2700 1016 2634 1017 2651 1018 2651 1019 2652 1020 2665 1021 2583 1022 2659 1023 2633 1024 2614 1025 2629 1026 2602 1027 2637 1028 2665 1029 2659 1030 2569 1031 2595 1032 2715 1033 2699 1034 2631 1035 2699 1036 2693 1037 2638 1038 2555 1039 2595 1040 2608 1041 2554 1042 2633 1043 2659 1044 2527 1045 2628 1046 2593 1047 2581 1048 2593 1049 2639 1050 2603 1051 2626 1052 2657 1053 2678 1054 2610 1055 2600 1056 2638 1057 2625 1058 2573 1059 2660 1060 2640 1061 2508 1062 2588 1063 2600 1064 2656 1065 2615 1066 2682 1067 2580 1068 2667 1069 2685 1070 2501 1071 2718 1072 2658 1073 2571 1074 2681 1075 2616 1076 2692 1077 2677 1078 2683 1079 2579 1080 2601 1081 2581 1082 2564 1083 2687 1084 2675 1085 2624 1086 2744 1087 2592 1088 2668 1089 2602 1090 2733 1091 2637 1092 2628 1093 2745 1094 2729 1095 2623 1096 2636 1097 2548 1098 2622 1099 2561 1100 2714 1101 2597 1102 2692 1103 2581 1104 2626 1105 2594 1106 2627 1107 2644 1108 2654 1109 2702 1110 2595 1111 2664 1112 2653 1113 2713 1114 2565 1115 2610 1116 2609 1117 2636 1118 2675 1119 2625 1120 2618 1121 2688 1122 2702 1123 2651 1124 2616 1125 2627 1126 2620 1127 2643 1128 2660 1129 2604 1130 2673 1131 2620 1132 2638 1133 2655 1134 2670 1135 2641 1136 2546 1137 2556 1138 2539 1139 2627 1140 2602 1141 2600 1142 2662 1143 2634 1144 2661 1145 2643 1146 2598 1147 2688 1148 2611 1149 2583 1150 2675 1151 2626 1152 2527 1153 2526 1154 2643 1155 2492 1156 2548 1157 2609 1158 2614 1159 2572 1160 2594 1161 2535 1162 2534 1163 2500 1164 2512 1165 2506 1166 2536 1167 2597 1168 2575 1169 2514 1170 2528 1171 2553 1172 2580 1173 2450 1174 2574 1175 2551 1176 2512 1177 2573 1178 2517 1179 2566 1180 2512 1181 2478 1182 2506 1183 2459 1184 2383 1185 2461 1186 2437 1187 2495 1188 2463 1189 2468 1190 2428 1191 2422 1192 2386 1193 2445 1194 2453 1195 2424 1196 2435 1197 2355 1198 2453 1199 2466 1200 2351 1201 2424 1202 2386 1203 2508 1204 2512 1205 2443 1206 2464 1207 2416 1208 2409 1209 2387 1210 2422 1211 2379 1212 2397 1213 2455 1214 2453 1215 2524 1216 2479 1217 2410 1218 2398 1219 2485 1220 2351 1221 2445 1222 2366 1223 2396 1224 2420 1225 2399 1226 2484 1227 2433 1228 2482 1229 2421 1230 2432 1231 2476 1232 2431 1233 2459 1234 2446 1235 2414 1236 2447 1237 2389 1238 2461 1239 2380 1240 2419 1241 2305 1242 2406 1243 2444 1244 2415 1245 2454 1246 2450 1247 2337 1248 2396 1249 2438 1250 2393 1251 2442 1252 2374 1253 2464 1254 2399 1255 2453 1256 2419 1257 2352 1258 2324 1259 2309 1260 2343 1261 2385 1262 2353 1263 2376 1264 2366 1265 2295 1266 2263 1267 2419 1268 2294 1269 2386 1270 2341 1271 2452