## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606190.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606190.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606190.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:31:02 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 210 115 106 18 993006 280.966654 275.013702 26055293 FR 57 107 147 181 213 259 1025 2421 5439 10159 35115 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 18 1 21 2 22 2 23 6 24 8 25 8 26 20 27 17 28 15 29 34 30 33 31 238 32 248 33 221 34 256 35 253 36 234 37 247 38 278 39 265 40 265 41 279 42 302 43 300 44 358 45 337 46 337 47 343 48 374 49 438 50 390 51 469 52 535 53 617 54 777 55 870 56 1029 57 1205 58 1516 59 1797 60 2240 61 2901 62 3570 63 4214 64 5003 65 6193 66 7287 67 8782 68 10043 69 12034 70 14283 71 16878 72 19465 73 22008 74 25091 75 27769 76 31300 77 34732 78 38808 79 42661 80 46994 81 51541 82 56734 83 61014 84 65720 85 70587 86 74940 87 80230 88 85227 89 89262 90 94543 91 99552 92 104502 93 109039 94 114301 95 116872 96 120843 97 123737 98 127935 99 130235 100 134018 101 136399 102 139737 103 141944 104 144288 105 145061 106 146093 107 147251 108 147918 109 148745 110 149233 111 149998 112 150744 113 150508 114 150707 115 150918 116 149458 117 149385 118 148139 119 147621 120 146058 121 145856 122 144181 123 143626 124 142564 125 140717 126 139849 127 138180 128 136900 129 134640 130 133127 131 132310 132 130045 133 129063 134 127189 135 126320 136 125247 137 122714 138 120560 139 118513 140 117222 141 115518 142 114799 143 113180 144 111605 145 108819 146 107983 147 106114 148 104502 149 102713 150 100999 151 99483 152 98431 153 97239 154 94958 155 94068 156 92681 157 91013 158 89772 159 88360 160 87052 161 85810 162 84746 163 83118 164 82467 165 80949 166 79616 167 78841 168 77077 169 76383 170 74965 171 74153 172 73005 173 71808 174 70838 175 70228 176 69180 177 68219 178 67598 179 65672 180 65567 181 64748 182 63621 183 63022 184 62303 185 61609 186 60898 187 60304 188 59347 189 58521 190 58092 191 57592 192 57072 193 55998 194 54801 195 54666 196 54230 197 53323 198 52898 199 52226 200 51393 201 51002 202 50041 203 49547 204 48857 205 48496 206 48297 207 46926 208 46611 209 46209 210 45738 211 44914 212 44631 213 43668 214 43440 215 43155 216 42487 217 41915 218 41581 219 41209 220 40532 221 40340 222 39750 223 38858 224 38976 225 38422 226 38087 227 37539 228 37151 229 36588 230 35999 231 35650 232 35370 233 35054 234 34412 235 34199 236 33725 237 33240 238 32716 239 32696 240 32248 241 31799 242 31245 243 31057 244 30598 245 30224 246 29784 247 29756 248 29236 249 28648 250 28523 251 28074 252 27956 253 27334 254 27162 255 27218 256 26670 257 26069 258 25883 259 25505 260 25410 261 24923 262 24750 263 24361 264 24120 265 24015 266 23403 267 23265 268 22892 269 22834 270 22451 271 22216 272 22234 273 21558 274 21359 275 21222 276 20855 277 20730 278 20456 279 20284 280 20179 281 19560 282 19498 283 19507 284 19251 285 18821 286 18473 287 18447 288 18101 289 18420 290 18016 291 17575 292 17527 293 17385 294 17031 295 16877 296 16590 297 16433 298 16246 299 16342 300 16134 301 16056 302 15872 303 15493 304 15503 305 15324 306 14918 307 14754 308 14848 309 14450 310 14370 311 14193 312 14064 313 13883 314 13643 315 13731 316 13616 317 13255 318 13220 319 13055 320 13106 321 12780 322 12820 323 12542 324 12449 325 12291 326 12345 327 11966 328 11990 329 11838 330 11676 331 11710 332 11502 333 11445 334 11165 335 11125 336 11112 337 11089 338 10966 339 10680 340 10696 341 10569 342 10390 343 10480 344 10599 345 10186 346 10324 347 9876 348 9940 349 9938 350 9698 351 9807 352 9519 353 9524 354 9356 355 9420 356 9306 357 9216 358 9196 359 9178 360 8898 361 9119 362 8621 363 8807 364 8935 365 8730 366 8720 367 8537 368 8570 369 8511 370 8345 371 8502 372 8337 373 8292 374 8210 375 8305 376 8129 377 8072 378 8056 379 8021 380 7897 381 7891 382 7785 383 7960 384 7940 385 7614 386 7661 387 7648 388 7642 389 7630 390 7405 391 7532 392 7389 393 7481 394 7284 395 7418 396 7212 397 7046 398 7300 399 7181 400 7217 401 7104 402 7137 403 6969 404 7084 405 6979 406 6971 407 6945 408 6900 409 6775 410 6926 411 6826 412 6851 413 6840 414 6698 415 6703 416 6680 417 6685 418 6638 419 6639 420 6530 421 6597 422 6518 423 6402 424 6524 425 6389 426 6365 427 6319 428 6413 429 6316 430 6175 431 6252 432 6259 433 6208 434 6030 435 6119 436 6152 437 6242 438 6010 439 6092 440 6025 441 6006 442 6053 443 5970 444 5820 445 5979 446 5990 447 5991 448 5816 449 5868 450 5821 451 5704 452 5771 453 5936 454 5802 455 5735 456 5710 457 5633 458 5695 459 5499 460 5512 461 5689 462 5644 463 5511 464 5590 465 5486 466 5609 467 5555 468 5510 469 5464 470 5575 471 5638 472 5542 473 5414 474 5363 475 5325 476 5342 477 5381 478 5415 479 5541 480 5426 481 5348 482 5439 483 5357 484 5347 485 5315 486 5238 487 5301 488 5270 489 5195 490 5201 491 5143 492 5254 493 5067 494 5193 495 5160 496 5160 497 5155 498 5083 499 5002 500 5105 501 4969 502 4849 503 5124 504 5105 505 5051 506 5029 507 4883 508 4975 509 5039 510 4981 511 4833 512 4978 513 4886 514 4972 515 4823 516 5050 517 4924 518 4802 519 4933 520 4930 521 4911 522 4867 523 4843 524 4782 525 4752 526 4851 527 4909 528 4946 529 4861 530 4818 531 4859 532 4925 533 4850 534 4857 535 4808 536 4835 537 4779 538 4800 539 4740 540 4803 541 4839 542 4776 543 4754 544 4783 545 4934 546 4936 547 4748 548 4792 549 4759 550 4780 551 4783 552 4746 553 4659 554 4739 555 4869 556 4735 557 4820 558 4764 559 4690 560 4851 561 4771 562 4653 563 4749 564 4731 565 4793 566 4686 567 4657 568 4697 569 4753 570 4613 571 4792 572 4676 573 4712 574 4673 575 4755 576 4775 577 4743 578 4671 579 4778 580 4595 581 4591 582 4726 583 4650 584 4687 585 4652 586 4707 587 4776 588 4738 589 4629 590 4754 591 4633 592 4644 593 4759 594 4738 595 4571 596 4692 597 4743 598 4593 599 4650 600 4712 601 4705 602 4611 603 4622 604 4567 605 4736 606 4590 607 4674 608 4777 609 4687 610 4572 611 4725 612 4666 613 4638 614 4711 615 4663 616 4726 617 4656 618 4708 619 4712 620 4560 621 4642 622 4746 623 4645 624 4641 625 4581 626 4654 627 4681 628 4615 629 4655 630 4680 631 4605 632 4626 633 4491 634 4704 635 4553 636 4593 637 4519 638 4515 639 4531 640 4594 641 4513 642 4516 643 4505 644 4471 645 4493 646 4600 647 4535 648 4504 649 4471 650 4520 651 4532 652 4563 653 4474 654 4661 655 4479 656 4598 657 4396 658 4519 659 4502 660 4522 661 4511 662 4559 663 4585 664 4501 665 4558 666 4442 667 4565 668 4443 669 4465 670 4543 671 4516 672 4622 673 4537 674 4653 675 4463 676 4515 677 4522 678 4466 679 4491 680 4516 681 4509 682 4568 683 4504 684 4588 685 4611 686 4553 687 4484 688 4641 689 4401 690 4538 691 4495 692 4585 693 4459 694 4536 695 4582 696 4554 697 4418 698 4452 699 4455 700 4393 701 4491 702 4504 703 4551 704 4411 705 4538 706 4388 707 4505 708 4517 709 4607 710 4597 711 4496 712 4574 713 4476 714 4452 715 4570 716 4496 717 4592 718 4399 719 4498 720 4480 721 4487 722 4411 723 4385 724 4401 725 4547 726 4347 727 4463 728 4397 729 4398 730 4406 731 4505 732 4327 733 4415 734 4368 735 4473 736 4400 737 4454 738 4504 739 4346 740 4311 741 4441 742 4420 743 4387 744 4477 745 4402 746 4389 747 4371 748 4443 749 4373 750 4451 751 4440 752 4397 753 4327 754 4400 755 4376 756 4439 757 4251 758 4304 759 4412 760 4409 761 4404 762 4427 763 4331 764 4252 765 4483 766 4365 767 4411 768 4393 769 4285 770 4274 771 4330 772 4453 773 4334 774 4327 775 4354 776 4263 777 4277 778 4354 779 4299 780 4411 781 4392 782 4330 783 4332 784 4357 785 4256 786 4357 787 4384 788 4191 789 4278 790 4343 791 4264 792 4250 793 4298 794 4366 795 4333 796 4299 797 4394 798 4314 799 4274 800 4260 801 4335 802 4409 803 4353 804 4253 805 4347 806 4383 807 4444 808 4348 809 4367 810 4422 811 4340 812 4298 813 4380 814 4307 815 4377 816 4377 817 4229 818 4276 819 4299 820 4258 821 4398 822 4236 823 4391 824 4250 825 4389 826 4374 827 4265 828 4317 829 4351 830 4272 831 4354 832 4390 833 4369 834 4386 835 4396 836 4396 837 4361 838 4439 839 4398 840 4378 841 4312 842 4320 843 4334 844 4396 845 4307 846 4418 847 4441 848 4340 849 4417 850 4545 851 4474 852 4366 853 4430 854 4490 855 4463 856 4360 857 4484 858 4412 859 4294 860 4418 861 4334 862 4392 863 4373 864 4357 865 4267 866 4284 867 4236 868 4372 869 4415 870 4358 871 4323 872 4433 873 4302 874 4254 875 4309 876 4490 877 4342 878 4182 879 4332 880 4304 881 4316 882 4255 883 4270 884 4325 885 4240 886 4191 887 4207 888 4209 889 4315 890 4268 891 4148 892 4213 893 4042 894 4114 895 4237 896 4277 897 4212 898 4237 899 4103 900 4243 901 4198 902 4285 903 4185 904 4162 905 4158 906 4205 907 4143 908 4166 909 4236 910 4113 911 4182 912 4228 913 4204 914 4059 915 4176 916 4001 917 4113 918 4035 919 4156 920 4034 921 4075 922 3997 923 4074 924 4091 925 4179 926 4049 927 4112 928 4012 929 4089 930 4054 931 4083 932 4020 933 4180 934 3996 935 3998 936 4018 937 4033 938 4114 939 4042 940 3870 941 3982 942 4019 943 4020 944 3988 945 4046 946 3938 947 3902 948 4064 949 4031 950 3998 951 3872 952 3993 953 3897 954 4063 955 4069 956 3878 957 3942 958 3997 959 4009 960 3911 961 3801 962 3919 963 3885 964 3892 965 3896 966 3939 967 3834 968 3795 969 3851 970 3878 971 3860 972 3925 973 3859 974 3860 975 3804 976 3807 977 3824 978 3875 979 3785 980 3899 981 3766 982 3874 983 3861 984 3802 985 3676 986 3837 987 3791 988 3630 989 3812 990 3787 991 3769 992 3885 993 3781 994 3806 995 3725 996 3817 997 3741 998 3761 999 3773 1000 3769 1001 3756 1002 3784 1003 3721 1004 3787 1005 3713 1006 3769 1007 3812 1008 3754 1009 3700 1010 3698 1011 3795 1012 3766 1013 3659 1014 3826 1015 3783 1016 3666 1017 3634 1018 3721 1019 3720 1020 3704 1021 3804 1022 3617 1023 3737 1024 3685 1025 3689 1026 3706 1027 3690 1028 3727 1029 3714 1030 3734 1031 3645 1032 3772 1033 3703 1034 3696 1035 3662 1036 3714 1037 3658 1038 3623 1039 3702 1040 3566 1041 3703 1042 3607 1043 3710 1044 3638 1045 3698 1046 3683 1047 3601 1048 3655 1049 3683 1050 3632 1051 3635 1052 3644 1053 3693 1054 3675 1055 3580 1056 3695 1057 3661 1058 3589 1059 3734 1060 3677 1061 3681 1062 3640 1063 3701 1064 3681 1065 3711 1066 3680 1067 3705 1068 3648 1069 3710 1070 3716 1071 3570 1072 3655 1073 3708 1074 3680 1075 3658 1076 3657 1077 3664 1078 3672 1079 3761 1080 3728 1081 3612 1082 3486 1083 3751 1084 3592 1085 3791 1086 3628 1087 3747 1088 3773 1089 3752 1090 3671 1091 3726 1092 3615 1093 3556 1094 3697 1095 3812 1096 3809 1097 3724 1098 3731 1099 3747 1100 3697 1101 3664 1102 3755 1103 3695 1104 3696 1105 3794 1106 3609 1107 3748 1108 3673 1109 3733 1110 3670 1111 3748 1112 3566 1113 3703 1114 3697 1115 3684 1116 3661 1117 3603 1118 3642 1119 3659 1120 3669 1121 3553 1122 3617 1123 3686 1124 3693 1125 3706 1126 3691 1127 3644 1128 3728 1129 3725 1130 3617 1131 3677 1132 3523 1133 3661 1134 3611 1135 3677 1136 3690 1137 3725 1138 3729 1139 3640 1140 3675 1141 3642 1142 3590 1143 3675 1144 3606 1145 3615 1146 3707 1147 3649 1148 3654 1149 3650 1150 3720 1151 3582 1152 3601 1153 3648 1154 3701 1155 3570 1156 3573 1157 3621 1158 3614 1159 3616 1160 3599 1161 3524 1162 3518 1163 3485 1164 3426 1165 3574 1166 3569 1167 3547 1168 3494 1169 3515 1170 3649 1171 3425 1172 3551 1173 3563 1174 3478 1175 3551 1176 3470 1177 3566 1178 3502 1179 3556 1180 3470 1181 3582 1182 3494 1183 3490 1184 3391 1185 3412 1186 3473 1187 3438 1188 3358 1189 3389 1190 3467 1191 3554 1192 3390 1193 3367 1194 3416 1195 3446 1196 3492 1197 3343 1198 3509 1199 3380 1200 3382 1201 3336 1202 3415 1203 3396 1204 3405 1205 3316 1206 3349 1207 3323 1208 3313 1209 3381 1210 3396 1211 3409 1212 3377 1213 3509 1214 3388 1215 3457 1216 3372 1217 3421 1218 3407 1219 3426 1220 3419 1221 3396 1222 3398 1223 3425 1224 3417 1225 3479 1226 3271 1227 3347 1228 3463 1229 3381 1230 3386 1231 3482 1232 3317 1233 3398 1234 3367 1235 3317 1236 3437 1237 3387 1238 3408 1239 3378 1240 3397 1241 3350 1242 3343 1243 3369 1244 3310 1245 3325 1246 3321 1247 3324 1248 3335 1249 3395 1250 3326 1251 3429 1252 3315 1253 3346 1254 3382 1255 3275 1256 3302 1257 3343 1258 3408 1259 3298 1260 3357 1261 3402 1262 3312 1263 3314 1264 3299 1265 3389 1266 3261 1267 3313 1268 3225 1269 3366 1270 3228