## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606189.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606189.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606189.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:04:08 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 210 113 107 21 1294631 281.64631 277.416522 28355969 FR 57 107 147 183 215 259 1053 2477 5583 10483 36125 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 3 23 3 24 11 25 8 26 13 27 26 28 13 29 38 30 51 31 283 32 281 33 270 34 267 35 274 36 308 37 267 38 307 39 309 40 300 41 347 42 334 43 330 44 362 45 355 46 416 47 361 48 401 49 442 50 480 51 553 52 678 53 687 54 767 55 957 56 1088 57 1391 58 1630 59 2032 60 2465 61 3133 62 3927 63 4722 64 5559 65 6861 66 8162 67 9610 68 11634 69 13700 70 16167 71 19090 72 21877 73 25090 74 28077 75 31979 76 35568 77 40027 78 43771 79 48620 80 53822 81 58225 82 64116 83 69446 84 73873 85 79215 86 84034 87 89731 88 94916 89 100485 90 104951 91 110249 92 115797 93 121067 94 125608 95 129635 96 131976 97 136496 98 140182 99 142832 100 146857 101 148920 102 152284 103 154867 104 156677 105 157288 106 158883 107 159827 108 161381 109 161296 110 161463 111 161891 112 163091 113 163293 114 162297 115 161992 116 162079 117 161001 118 160314 119 158275 120 158012 121 156818 122 155295 123 154227 124 153334 125 152195 126 150083 127 148327 128 147563 129 145411 130 144725 131 142500 132 140562 133 139453 134 137409 135 135615 136 134077 137 132222 138 129826 139 128404 140 126345 141 124404 142 122743 143 121502 144 119909 145 117208 146 116161 147 113917 148 112682 149 110641 150 109371 151 107747 152 105537 153 104183 154 102557 155 101869 156 99325 157 98125 158 96985 159 94923 160 93671 161 92352 162 91498 163 89979 164 88860 165 87573 166 86689 167 84795 168 84093 169 82623 170 81069 171 79987 172 79369 173 77858 174 77334 175 75935 176 74985 177 73763 178 73472 179 72323 180 71331 181 69845 182 68927 183 68607 184 67309 185 66813 186 66374 187 65231 188 64542 189 63454 190 63192 191 61986 192 61283 193 60523 194 60157 195 59251 196 58100 197 57861 198 57139 199 56735 200 55600 201 54868 202 54815 203 53795 204 53183 205 52607 206 51605 207 51690 208 50832 209 50088 210 49602 211 49246 212 48218 213 47771 214 47414 215 47588 216 46498 217 45934 218 45187 219 44568 220 44342 221 43572 222 42826 223 42245 224 42281 225 41307 226 41327 227 41039 228 40124 229 39695 230 39229 231 39011 232 38479 233 38043 234 37664 235 36976 236 36803 237 35780 238 35633 239 35276 240 34806 241 34314 242 33884 243 33478 244 33302 245 32874 246 32410 247 31949 248 31563 249 31423 250 30942 251 30669 252 30057 253 30153 254 29672 255 29015 256 29029 257 28534 258 28101 259 27811 260 27640 261 27430 262 26956 263 26444 264 26203 265 25707 266 25636 267 25610 268 25011 269 24479 270 24125 271 24022 272 23750 273 23522 274 23254 275 23322 276 22940 277 22534 278 22464 279 21985 280 21752 281 21356 282 21204 283 20905 284 20716 285 20469 286 20325 287 20005 288 19731 289 19604 290 19618 291 19081 292 19294 293 18645 294 18656 295 18456 296 18207 297 17882 298 17552 299 17511 300 17518 301 17287 302 16938 303 17128 304 16749 305 16611 306 16503 307 16228 308 15750 309 15666 310 15509 311 15542 312 15193 313 15008 314 14942 315 14765 316 14680 317 14320 318 14362 319 14027 320 14126 321 13813 322 13875 323 13590 324 13535 325 13299 326 13221 327 13247 328 12983 329 12865 330 12694 331 12372 332 12583 333 12460 334 12381 335 12064 336 12088 337 11894 338 11672 339 11899 340 11691 341 11487 342 11394 343 11340 344 11111 345 10991 346 10891 347 11043 348 10803 349 10555 350 10587 351 10543 352 10433 353 10311 354 10312 355 10069 356 10021 357 10020 358 10053 359 9642 360 9676 361 9658 362 9485 363 9610 364 9388 365 9605 366 9359 367 9231 368 9274 369 9108 370 9095 371 9093 372 9001 373 9058 374 8816 375 8761 376 8702 377 8829 378 8694 379 8639 380 8643 381 8467 382 8456 383 8242 384 8439 385 8292 386 8242 387 8152 388 8233 389 8157 390 8068 391 8071 392 7893 393 7774 394 8108 395 7876 396 7841 397 7777 398 7731 399 7744 400 7634 401 7537 402 7712 403 7643 404 7580 405 7356 406 7489 407 7359 408 7541 409 7366 410 7350 411 7323 412 7241 413 7368 414 7235 415 7138 416 7178 417 7219 418 7040 419 7077 420 7058 421 6803 422 7038 423 6987 424 6844 425 6889 426 6845 427 6898 428 6585 429 6608 430 6558 431 6732 432 6650 433 6672 434 6610 435 6584 436 6516 437 6436 438 6524 439 6500 440 6438 441 6375 442 6467 443 6285 444 6487 445 6319 446 6464 447 6222 448 6277 449 6304 450 6224 451 6129 452 6040 453 6085 454 6059 455 6205 456 6108 457 5992 458 5926 459 5939 460 5977 461 6003 462 5928 463 6027 464 5978 465 5870 466 5855 467 5925 468 5925 469 5726 470 5740 471 5980 472 5792 473 5759 474 5814 475 5888 476 5830 477 5790 478 5719 479 5666 480 5711 481 5703 482 5754 483 5738 484 5675 485 5659 486 5658 487 5711 488 5594 489 5662 490 5580 491 5523 492 5530 493 5512 494 5585 495 5466 496 5684 497 5530 498 5473 499 5482 500 5475 501 5509 502 5460 503 5533 504 5346 505 5477 506 5411 507 5379 508 5246 509 5310 510 5340 511 5329 512 5277 513 5287 514 5456 515 5236 516 5315 517 5264 518 5140 519 5216 520 5200 521 5201 522 5125 523 5327 524 5229 525 5321 526 5163 527 5114 528 5245 529 5269 530 5127 531 5160 532 5161 533 5064 534 5079 535 5163 536 5149 537 5090 538 5134 539 5192 540 5128 541 5143 542 5060 543 5208 544 5082 545 5172 546 5064 547 5088 548 5097 549 5046 550 5116 551 5086 552 5072 553 5097 554 5161 555 5162 556 5082 557 4953 558 4990 559 5147 560 5140 561 5075 562 5071 563 4906 564 5065 565 4934 566 5086 567 4970 568 5018 569 5016 570 5049 571 5025 572 5156 573 4897 574 4970 575 5016 576 4971 577 5123 578 5057 579 5010 580 5041 581 5039 582 5094 583 5109 584 5091 585 5043 586 4998 587 5203 588 5063 589 5041 590 4960 591 5082 592 5133 593 5077 594 5027 595 4960 596 4967 597 4966 598 5002 599 4986 600 4953 601 4984 602 4928 603 5026 604 4848 605 5023 606 5053 607 5133 608 4994 609 4982 610 5085 611 4888 612 4932 613 4980 614 5006 615 5058 616 4975 617 4911 618 4959 619 4971 620 4894 621 4845 622 4985 623 5095 624 4880 625 4905 626 4895 627 4834 628 4965 629 5084 630 4791 631 4996 632 4914 633 4803 634 4868 635 4814 636 4955 637 4878 638 4809 639 4793 640 4794 641 4769 642 4780 643 4827 644 4930 645 4969 646 4799 647 4939 648 4826 649 4809 650 4845 651 4809 652 4831 653 4823 654 4876 655 4793 656 4764 657 4838 658 4662 659 4821 660 4812 661 4789 662 4808 663 4775 664 4939 665 4898 666 4752 667 4773 668 4783 669 4879 670 4847 671 4801 672 4747 673 4929 674 4905 675 4932 676 4890 677 4792 678 4847 679 4788 680 4965 681 4914 682 4820 683 4794 684 4903 685 4941 686 4872 687 4841 688 4913 689 4971 690 4749 691 4822 692 4815 693 4878 694 4836 695 4845 696 4787 697 4776 698 4895 699 5027 700 4846 701 4821 702 4863 703 4834 704 4842 705 4775 706 4688 707 4787 708 4857 709 4761 710 4868 711 4908 712 4786 713 4922 714 4887 715 4798 716 4797 717 4770 718 4803 719 4846 720 4757 721 4713 722 4800 723 4719 724 4911 725 4807 726 4706 727 4818 728 4863 729 4808 730 4748 731 4803 732 4771 733 4783 734 4834 735 4776 736 4758 737 4753 738 4783 739 4756 740 4772 741 4679 742 4631 743 4705 744 4714 745 4753 746 4720 747 4774 748 4840 749 4640 750 4678 751 4704 752 4726 753 4704 754 4689 755 4840 756 4601 757 4558 758 4784 759 4770 760 4732 761 4764 762 4547 763 4657 764 4733 765 4766 766 4690 767 4657 768 4691 769 4654 770 4647 771 4654 772 4751 773 4643 774 4712 775 4631 776 4587 777 4640 778 4678 779 4743 780 4611 781 4573 782 4566 783 4649 784 4744 785 4600 786 4604 787 4619 788 4730 789 4680 790 4578 791 4583 792 4646 793 4636 794 4611 795 4617 796 4671 797 4554 798 4603 799 4647 800 4628 801 4641 802 4498 803 4579 804 4581 805 4665 806 4721 807 4721 808 4882 809 4617 810 4594 811 4615 812 4628 813 4575 814 4605 815 4623 816 4708 817 4704 818 4618 819 4642 820 4562 821 4684 822 4595 823 4574 824 4740 825 4620 826 4665 827 4794 828 4730 829 4616 830 4631 831 4725 832 4705 833 4633 834 4568 835 4748 836 4633 837 4861 838 4671 839 4636 840 4754 841 4669 842 4679 843 4674 844 4644 845 4704 846 4688 847 4659 848 4696 849 4671 850 4792 851 4719 852 4742 853 4699 854 4702 855 4771 856 4682 857 4720 858 4800 859 4678 860 4693 861 4678 862 4793 863 4589 864 4622 865 4622 866 4775 867 4607 868 4661 869 4685 870 4742 871 4752 872 4613 873 4587 874 4717 875 4711 876 4568 877 4702 878 4496 879 4744 880 4654 881 4679 882 4559 883 4569 884 4653 885 4611 886 4574 887 4682 888 4595 889 4626 890 4614 891 4475 892 4529 893 4500 894 4552 895 4567 896 4485 897 4565 898 4519 899 4549 900 4525 901 4471 902 4566 903 4508 904 4586 905 4499 906 4530 907 4476 908 4487 909 4494 910 4566 911 4515 912 4457 913 4442 914 4401 915 4553 916 4551 917 4468 918 4414 919 4469 920 4316 921 4538 922 4524 923 4342 924 4481 925 4363 926 4350 927 4399 928 4570 929 4477 930 4392 931 4338 932 4347 933 4331 934 4477 935 4312 936 4189 937 4331 938 4359 939 4294 940 4329 941 4393 942 4368 943 4255 944 4415 945 4345 946 4288 947 4219 948 4307 949 4113 950 4318 951 4212 952 4350 953 4181 954 4348 955 4262 956 4261 957 4196 958 4219 959 4278 960 4166 961 4213 962 4204 963 4114 964 4239 965 4240 966 4171 967 4185 968 4119 969 4122 970 4151 971 4117 972 4148 973 4107 974 4116 975 4307 976 4036 977 4157 978 4098 979 4147 980 4172 981 4178 982 4159 983 4154 984 4172 985 4156 986 4113 987 4137 988 4137 989 3998 990 4009 991 3969 992 4004 993 4105 994 4026 995 4040 996 4091 997 4024 998 4056 999 4190 1000 4099 1001 4094 1002 4095 1003 4046 1004 4032 1005 4085 1006 4151 1007 3973 1008 4081 1009 4044 1010 3993 1011 4082 1012 4013 1013 4101 1014 4034 1015 4061 1016 4018 1017 4043 1018 4140 1019 4080 1020 4008 1021 4043 1022 3995 1023 4023 1024 4026 1025 4088 1026 4098 1027 3947 1028 4138 1029 3954 1030 3977 1031 3951 1032 4005 1033 4025 1034 3898 1035 3982 1036 3911 1037 3908 1038 4048 1039 3984 1040 3983 1041 4015 1042 3997 1043 3921 1044 3990 1045 4065 1046 4032 1047 3927 1048 3994 1049 3972 1050 3923 1051 3959 1052 3877 1053 3930 1054 4007 1055 3894 1056 4013 1057 3946 1058 3908 1059 3951 1060 3966 1061 3982 1062 3970 1063 4029 1064 3993 1065 3882 1066 3965 1067 4076 1068 3993 1069 4010 1070 4011 1071 3952 1072 4007 1073 3986 1074 3932 1075 3989 1076 3927 1077 4012 1078 4024 1079 3977 1080 3987 1081 3891 1082 4035 1083 4025 1084 4133 1085 3977 1086 4029 1087 3960 1088 3974 1089 3880 1090 4055 1091 3957 1092 3937 1093 4042 1094 4035 1095 4145 1096 4014 1097 3936 1098 4034 1099 3988 1100 3909 1101 4101 1102 4012 1103 3919 1104 3967 1105 3971 1106 4123 1107 4014 1108 4016 1109 4013 1110 3844 1111 3948 1112 3988 1113 3966 1114 4058 1115 4042 1116 3878 1117 3912 1118 3976 1119 4007 1120 3956 1121 4055 1122 4124 1123 3974 1124 3978 1125 3980 1126 4008 1127 3984 1128 3923 1129 4064 1130 3976 1131 4067 1132 3866 1133 3969 1134 4028 1135 4007 1136 3892 1137 3976 1138 3920 1139 3983 1140 3910 1141 3978 1142 3945 1143 3999 1144 3860 1145 3945 1146 4004 1147 3959 1148 3934 1149 3936 1150 3870 1151 3919 1152 3955 1153 3964 1154 3908 1155 3837 1156 3899 1157 3869 1158 3849 1159 3967 1160 3964 1161 3895 1162 3888 1163 3779 1164 3804 1165 3839 1166 3915 1167 3925 1168 3860 1169 3836 1170 3840 1171 3795 1172 3843 1173 3917 1174 3836 1175 3803 1176 3852 1177 3783 1178 3817 1179 3744 1180 3804 1181 3866 1182 3843 1183 3786 1184 3748 1185 3730 1186 3734 1187 3793 1188 3726 1189 3761 1190 3700 1191 3689 1192 3640 1193 3752 1194 3670 1195 3802 1196 3679 1197 3696 1198 3826 1199 3705 1200 3715 1201 3778 1202 3754 1203 3690 1204 3755 1205 3759 1206 3719 1207 3632 1208 3661 1209 3612 1210 3672 1211 3713 1212 3651 1213 3640 1214 3644 1215 3688 1216 3642 1217 3621 1218 3639 1219 3706 1220 3692 1221 3705 1222 3711 1223 3657 1224 3774 1225 3624 1226 3675 1227 3689 1228 3757 1229 3753 1230 3672 1231 3657 1232 3815 1233 3598 1234 3753 1235 3720 1236 3744 1237 3679 1238 3740 1239 3587 1240 3596 1241 3668 1242 3728 1243 3530 1244 3549 1245 3609 1246 3632 1247 3554 1248 3650 1249 3659 1250 3605 1251 3828 1252 3581 1253 3600 1254 3607 1255 3516 1256 3641 1257 3588 1258 3582 1259 3592 1260 3396 1261 3512 1262 3580 1263 3595 1264 3619 1265 3482 1266 3560 1267 3662 1268 3454 1269 3518 1270 3550 1271 3634 1272 3551 1273 3518 1274 3578 1275 3499 1276 3594 1277 3594 1278 3565 1279 3526 1280 3520